Rosetta@home, проектирование новых белков Налаштування

[Dimych]

Проект "Rosetta@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт

Официальная статистика по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 12.04.2006 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.bakerlab.org/rosetta
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
BOINC 6 Versions Change Log
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Если у вас есть желание помочь команде, посчитать на командный аккаунт, можно использовать так называемый "слабый ключ аккаунта" (weak account key) который позволяет коннектиться к проекту не вводя пароли. Все очки будут присваиваться командному юзеру distributed.org.ua

Чтобы подключиться:
0) установите BOINC
1) создайте файл account_boinc.bakerlab.org_rosetta.xml в папке \data\
2) в файл поместите текст

CODE

<account>
    <master_url>http://boinc.bakerlab.org/rosetta/</master_url>
    <authenticator>46ed7286c5974c66fe43ee6b4828413a</authenticator>
    <project_name>rosetta@home</project_name>
</account>

3) перезагрузите BOINC
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Цель проекта - решение одной из самых больших проблем в молекулярной биологии - вычисление 3-х мерной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Благодаря недавно завершенному проекту "Геном человека" известны аминокислотные последовательности всех белков в человеческом организме. Исследования по данному проекту также помогут в проектировании новых, не существующих белков. В случае успешного решения данных проблем мы сможем бороться с такими болезнями как рак, малярия, болезнь Альцгеймера, сибирская язва и другими генетическими и вирусными заболеваниями.[/quote]
взято отсюда

PROMO VIDEO new!

Для большей научной пользы выставьте время рассчета ВЮ - 1 день.
Для этого:
1. зайдите в Ваши настройки на сайте, http://boinc.bakerlab.org/rosetta/prefs.php?subset=project
2. выберите Target CPU run time = 1 day
3. нажмите Update
4. откройте БОИНК менеджер
5. если у вас сокращенный вид, нажмите Advanced View
6. выберите первую вкладку
7. выберите проект Розетта и нажмите кнопку "Обновить" сверху слева
8. Готово! Теперь каждая молекула будет "предсказываться" 1 день вместо 3 часов (по умолчанию)

Статья в журнале LiveScience.com
Мини FAQ
Исследование болезней
Что мы хотим знать о проекте Rosetta@Home ?
Rosetta@Home FAQ
Описание структур и методов моделирования белков
Сравнение биомедицинских проектов распределенных вычислений

Реферат по Росетте

Инструкция по подключению на FreeBSD, боинк брать на оф сайте

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

Марка по теме проекта:



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



Це повідомлення відредагував Rilian: May 10 2011, 13:12

[Gelo]

Сделай так

(Show/Hide)

и можешь делать 100% загрузку ЦП

[UA_Lex]

Спасибо, сделал. Почему то первое задание завершилось - Ошибка вычислений. В чем может быть причина?

[Gelo]

Ошибки вычислений - это нормальное явление, если они одиночны. Вот когда они множественные тогда и надо искать причину( глючная память, хреновое питалово проца и тд.)

[Rilian]

Спасибо, сделал. Почему то первое задание завершилось - Ошибка вычислений. В чем может быть причина?

причина написана в логе задания. посмотри на сайте и напиши сюда, будем разбираться

[corsar83]

Dec 10, 2010
Our article on protein energy landscapes done using @BOINC on Rosetta@HOME is out! ТЫЦ

[Неадекватный Тролль]

У них там каникулы чтоль?

[pvtt]

хотів би дізнатись чому на одному компютері очків дає трохи більше ніж просить бонік, а на другому наоборот?

приклад: пентіум 4 claimed credit granted credit
394461435 360725447 24 Jan 2011 8:10:52 UTC 25 Jan 2011 3:06:27 UTC Over Success Done 7,819.14 12.09 20.33
394348334 360619138 23 Jan 2011 21:22:18 UTC 24 Jan 2011 21:25:53 UTC Over Success Done 12,788.65 19.77 29.34
394333683 360604852 23 Jan 2011 20:04:20 UTC 24 Jan 2011 21:25:53 UTC Over Success Done 18,998.85 29.37 44.01
амд семпрон 145 з розблокованим другим ядром

394627008 360881628 24 Jan 2011 22:52:19 UTC 25 Jan 2011 3:56:05 UTC Over Success Done 6,851.63 39.89 20.33
394555718 360813284 24 Jan 2011 16:33:08 UTC 25 Jan 2011 1:40:38 UTC Over Success Done 10,066.36 58.60 49.53
394221161 360495882 23 Jan 2011 10:03:58 UTC 24 Jan 2011 22:52:19 UTC Over Success Done 20,808.19 121.14 70.07



чомусь без пробілів вийшло

[uNiUs]

хотів би дізнатись чому на одному компютері очків дає трохи більше ніж просить бонік, а на другому наоборот?

В Rosetta@home на claimed credit впливає лише boinc CPU benchmarks, в той час як на реальний час обчислення завдання впливає не лише потужнiсть процессору, а загальна швидкодiя зв'язки CPU - шина - RAM. Тому на ПК з швидкою RAM granted credit > claimed credit, i навпаки.

[pvtt]

Зрозумів, дякую.

[corsar83]

Oct 6, 2011
Journal post from David Baker

A recent issue of Nature describes an exciting result from Rosetta@home in collaboration with the NMR spectroscopy laboratory of Lewis Kay in Toronto. Like almost all machines, proteins in order to carry out their functions have to move (change their conformation somewhat) but it has been extremely difficult to determine what these conformational changes are. Lewis Kay's group has developed new methods for getting experimental information on the higher energy very shortlived conformations proteins visit while carrying out their functions. This data is not sufficient to determine the structure of these "excited state" conformations using conventional methods. However, as the paper shows, we can use these experimental data to guide Rosetta and Rosetta@home structure calculations, and produce models of these states. We went one step further than this in the paper by using Rosetta design calculations to stabilize the excited state, and subsequent experiments confirmed the validity of the model. This combination of experimental NMR data, Rosetta structure calculations, and Rosetta design should be very powerful in understanding how proteins carry out their functions.

[Rilian]

Rosetta@Home: Project News Oct 22, 2011

2011-10-22: Journal post from David Baker

Today's issue of Science magazine describes an exciting new approach to HIV vaccine design using Rosetta. In contrast with other viruses such as polio and influenza, inactivated HIV or HIV proteins have not worked as vaccines, and hence as you know there is currently no effective HIV vaccine. Our approach to vaccine design is to take the bits of the HIV surface protein that people make antibodies to, and using Rosetta graft them onto small stable scaffolds that can be made in large quantities and potentially could be useful as vaccines. We've shown earlier that this can be done straightforwardly with Rosetta if the bits of the HIV protein are contiguous along the sequence, but it is much harder if the antibody recognizes multiple bits close in three dimensions but far in sequence. In this paper we show how such "discontinuous" epitipes can be transferred from HIV gp120 to a simple scaffold protein. More work will be required to determine whether this or other vaccine candidates designed using this approach will be effective as HIV vaccines-let us all hope so!!

с помощью Розетти хотят разработать такіе белкі, которие можно будет легко проізвесті в огромном колічестве. Анализируются белки части которых присоединяются к белку-цели в какой-то маленькой площади, а сами (эти части) при этом находятся далеко в белковой последовательности

[corsar83]

Oct 26, 2011
David Baker receives UW Medicine's Inventor of the Year award.

From the award announcement “ the Inventor of the Year award is given to individuals who have translated research from the bench, through partnerships with the biomedical industry, to a product or process that has had a major impact on healthcare and the local economy” . Read more...

Oct 26, 2011
Rosetta@Home software updated to version 3.17

[Rilian]

2012-01-29: Journal post from David BakerLast year we described in Science magazine the design of a new enzyme which catalyzes a chemical reaction called the Diels Alder reaction involving the formation of two carbon-carbon bonds.

This reaction is interesting because no natural enzymes are known to catalyze the reaction. However, it wasn't a very good enzyme, and we asked FoldIt players to try to improve it. As described in Nature Biotechnology this month, remarkably FoldIt players were able to make the designed enzyme 20 times faster by inserting a completely new loop which helps the enzyme bind the chemicals it links together. The combination of Rosetta@Home and FoldIt is turning out to be powerful indeed for solving challenging problems in biomedicine!

[Dromage]

А действительно выгодно и правильно выставлять расчетное время в 1 день? Кто может внятно обьяснить? А то я пока что 6 часов поставил вместо 3-х...

[Rilian]

А действительно выгодно и правильно выставлять расчетное время в 1 день? Кто может внятно обьяснить? А то я пока что 6 часов поставил вместо 3-х...

Каждый таск реально считается например 100000 часов.

то есть от того что твой комп посчитает 6 а не 24 часа в общем проекту не важно

когда я считал только розетту, я ставил 24, просто потому что тратится меньше времени на перезагрузку заданий (ибо в 24:00 оно обрывает и удаляет текущее вычисление даже если оно почти завершено) - таски делятся на кусочки по 10-20 минут, и при обрыве часть такого куска просто пропадает