Help Fight Childhood Cancer, проект по подбору лекарств от нейробластомы (рак) Налаштування

[Rilian]

Помоги в борьбе с детским раком / Help Fight Childhood Cancer

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid

• Help Fight Childhood Cancer - статья у нас на сайте
• Статистика по команде "Ukraine"
• Топ-50 участников команды
• Общая статистика проекта
• обзор проекта на английском
• Официальный сайт Университета Чиба (новости на сайте)
• Видео, составленное командой NMG-NETWORK

World Community Grid рада объявить о запуске проекта Help Fight Childhood Cancer под руководством Института по Исследованию Рака в Чибо (Япония), а также Университета Чиба (префектура Чиба, Япония). Миссия проекта - найти лекарства которые смогут заблокировать три вида белков обычно связываемых с развитием Нейробластомы (вид рака) - одного из видов плотных опухолей которые чаще всего развиваются у детей. Нахождение лекарств, блокирующих эти белки, позволит более эффективно лечить этот вид опухоли с помощью химиотерапии. Нейробластома проявляется чаще всего в раннем детстве и обычно ведет к смерти. Если проект будет удачным, он может привести к прорыву в исследованиях этой болезни, которая до сих пор не поддавалась ученым, и это позволит намного увеличить шансы на лечение нейробластомы.

В новой фазе проекта, запущеной в Августе 2010, исследуется 3 дополнительных цели
После этого ввиду успешност экспериментов добавлено еще 3 цели. Итого на апрель 2012 года рассчитано 8 целей, и еще 1 на очереди

Help Fight Childhood Cancer это двенадцатый проект в рамках World Community Grid и один из 7 (на момент запуска) которые сейчас активны. Для более детальной информации по остальным проектам, заходите на форум World Community Grid.

Часто задаваемые вопросы по проекту:

Что такое нейробластома?
Нейробластома - один из видов злокачественных опухолей и встречается обычно у младенцев и детей и очень редко у детей старше 10 лет. Клетки этой опухоли напоминают нервные клетки на ранних этапах их развития у плода. Одна треть нейробластом развивается в надпочечниках, другая треть - в брюшной полости по ходу нервных стволов вдоль позвоночника и остальные - в грудной полости и на шее. Некоторые нейробластомы возникают из спинного мозга. Иногда в связи с широким распространением опухоли на момент диагностики трудно установить точно место, откуда возникла опухоль. Не все опухоли нервной системы относятся к злокачественным. Нейробластома составляет 6-10% из всех детских раковых заболеваний и 15% от всех летальных исходов вызванных раком.

Что вызывает нейробластому?
Вероятность возникновения нейробластомы по всему миру почти одинаковая. Это дает возможность предположить, что факторы окружающей среды, например, ее загрязнение, не являются причиной развития этой опухоли. Многие исследователи полагают, что нейробластома возникает в том случае, когда нормальные эмбриональные нейробласты не созревают в нервные клетки или клетки коры надпочечников. Вместо этого, они продолжают расти и делиться. Большинство нейробластом не являются следствием наследуемых мутаций ДНК. Они вызваны мутациями, приобретенными в ранний период жизни ребенка. Эти мутации присутствуют в опухолевых клетках родителя ребенка и не передаются детям. Причины, вызывающие изменения ДНК, приводящие к возникновению нейробластом, не известны.

Какие потенциальные преимущества проекта Help Fight Childhood Cancer?
Институт по Исследованию Рака в Чибо, а также Университет Чиба (Япония) используют компьютерные ресурсы WCG для определения новых лекарственных кандидатов которые имеют нужную форму и химические характеристики для блокирования трех протеинов: TrkB, ALK и SCxx, которые часто встречаются, или ненормально мутируют, в агрессивно развивающихся нейробластомах. Блокирование этих протеинов, как считают ученые, позволит значительно повысить шансы на излечение с помощью химиотерапии.

Что именно считают рассчетные ядра проекта Help Fight Childhood Cancer?
Исследователи приготовили базу из 3 миллионов соединений - или потенциальных кандидатов для лекарства - и используют мощности добровольцев в WCG для симуляции лабораторных экспериментов, чтобы протестировать какие из этих соединений блокируют протеины TrkB, ALK и SCxx. Лучшие из моелкул будут выбраны и протестированы в лаборатории для подавления нейробластомы.

Какие преимущества получает проект от использования World Community Grid?
На своих мощностях исследователям для этого проекта понадобилось бы 8000 лет компьютерных рассчетов. С помощью мощностей участников WCG рассчеты могут быть проведены примерно за 2 года!

Что изображено на скринсейвере?
Программа симулирует лабораторное исследование, и проверяет, может ли данный лекарственный кандидат потенциально блокировать протеин, связанный с образованием рака. Форма в центре круга детей представляет собой белковую молекулу, которая является целью эксперимента в данном рабочем юните - белок TrkB, ALK, или SCxx. Когда рассчитывается возможная позиция (докинг двух молекул) лекарственного кандидата и одного из 3 белков, это место обозначается цветным шариком.

Скриншот графического клиента

Откуда взялись рисунки на сайте Help Fight Childhood Cancer project и в графическом клиенте?
Они были пожертвованы Ассоциацией Детского Рака Японии (Children's Cancer Association of Japan) - это единственная благотворительная организация в Японии которая поддерживает детей больных раком и их семьи. Организация была основана в 1968 году родителями которые потеряли своих детей, больных раком. Рисунки нарисованы детьми:

* "Лев"

* "Розовые семена"

* "Упражнения по радио"


График производительности проекта:


Це повідомлення відредагував Rilian: Apr 16 2012, 21:20

[Rilian]

16-00. Новые афтершоковые толчки в Токио, силой до 5,8 баллов. Эпицентр расположен в префектуре Chiba, пишет в своем твиттере корреспондент CNN в Японии.

следим за развитием событий тут http://www.worldcommunitygrid.org/forums/w...18_lastpage,yes

[Rilian]

93% проекта завершено!

приглашаю пропедалить команду в топ

[Rilian]

осталось 34 дня до завершения этой фазы проекта!

поднажмем!

[Rilian]

Официально - осталось меньше 30 дней до конца проекта!

Greetings all,

This is the official statement saying there is an estimated 30 days left of new work to be sent out. The project is expected to have an additional 2 weeks to clean up the remaining batches after that. The last batch of work units from the researchers is L4_287 which has been built and loaded already.

Thank you again for all your help with this project! Let me know if you have any questions.
Seippel

Кранчим сколько можем!

http://www.worldcommunitygrid.org/forums/w...ad_thread,31083

ps: Alexus78, у тебя машины потянут переход на связку HCC+HFCC (ты ж щяс на HCC-only) ? HFCC потребляет 80МБ памяти на ядро

[Death]

добавил 2 ядра на итлуа ))

[Rilian]

(287-259)*10,000*2/81,000 = 6,9 days left

осталось работы на 1 неделю

[Rilian]

Задания почти закончились

ученые готовят еще 2-3 таргета, которые будут доступны для рассчетов в Июне 2011

The current work units for the drug targets will be completed in a few weeks, so there will be no work for some time. However, the researchers are preparing two or three additional targets that they would like to process and these should be ready in about June of 2011. In a few weeks, the researchers will post more information about these new targets and the additional work. The researchers seem to be optimistic about the current results, but more analysis and testing is required before they can come to any conclusions. Thanks to everyone contributing to this project and there should be more opportunity to help soon.

http://www.m.chiba-u.ac.jp/class/bioinfor/...fcc_e/news.html

We have finished the calculation for the third target as S2.

Now we are preparing the screening experiment by neuroblastoma cells.

Thank you .

[vitalidze1]

Заначить вже можна переключатись на HCC

[akostyrin]

Похоже, все! ВЮ уже не выдаются!

[Allineer]

ВЮ уже не выдаются!

последнее задание получил в четверг. самые слабые машины сейчас их досчитывают.

[Rilian]

Ура! Свершилось!

перебрасываю все силы на HCC. Чему очень способствует их малое потребление памяти

[Bel]

Так уже всё? Досчитали наконец то или будет 2 фаза проекта?

[Rilian]

Так уже всё? Досчитали наконец то или будет 2 фаза проекта?

см више на 6 сообщеній..

[Allineer]

ученые готовят еще 2-3 таргета

а можно для идиотов: таргет это нечто небольшое по объему или...?

[Rilian]

ученые готовят еще 2-3 таргета

а можно для идиотов: таргет это нечто небольшое по объему или...?

таргет (цель) это место на раковом белке, через которое можно запустить механизм его разрушения.

на данный момент мы вычисляли докинг различных белков против 6 предполагаемых целей. В каждом из рассчетов было по 3000000 пар белков для докинга. Найдено некоторое кол-во белков которые на комп симуляции показали свою эффективность в разрушении ракового белка через эти цели. Сейчас оно проверяется вживую в лаборатории, и готовятся данные для рассчетов докинга еще на 2 или 3 цели. (то есть еще по 3 млн)

В шапке есть описание