Poem@home, Моделирование структуры белка Налаштування

[nikelong]

Проект "Poem@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт
Статистика по команде "Ukraine"
Статистика на фришниках
Статистика на фришниках по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 22.10.2007 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.fzk.de/poem/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Моделирование струтуры белка, используется модифицированный метод молекулярной динамики с помощью стохастической оптимизации. Проект занимается поиском молекул, которые могут заблокировать хемокины (хемотаксические цитокины), что даст возможность блокировать различные процессы в организме на уровне клеточных рецепторов, например, остановить воспалительный процесс. Ведется совместная работа с проектами, посвященными малярии, онкологии, болезни Алцгеймера. В будущем планируется разработать метод моделирования белковых молекул, которые уже могут использовать фармацевты, врачи, ученые, а также детально изучить структуру мебранных белков.


Вопрос: "Действительно ли поект POEM@Home отличается от других проектов, изучающих белки?"

(Show/Hide)

"При моделировании Белка используются два подхода.
1) Вы изучаете/копируете из природы: Изучая новую последовательность, каждый пробует скопировать
структурные фрагменты известных белков и собирает из них хорошие структуры. Преимущества: Работает
для больших белков, дает превосходные структуры для высокого подобия последовательности. Недостатки:
не работает, когда нет никакого подобия последовательности (новые свертки), не работает, когда нет
никаких экспериментальных данных (трансмембранные белки, с которыми связано 40 % всех известных
наркотиков), отсутствие изучения кинетики.

2) Вы моделируете сворачивающийся процесс так, как это происходит в природе (Folding@Home) с
биофизической моделью. Это делается на основе молекулярной динамики (MD), методом последовательных
приближений с шагом по времени 10E-15 s/step. Поскольку длительность сворачивающегося процесса занимает
миллисекунды, нам необходимо просчитать большое количество шагов. Преимущества: полная информация о
динамике, времени сворачивания, высокая точность структуры. Недостатки: работа только для маленьких белков.

POEM пробует интерполировать между этими двумя подходами. Проект использует раздробленную модель для
свободной энергии белка , то есть - может работать для новых всерток и применений в нано-био-технологиях,
где отсутствуют опытных данных. В отличие от MD, проект использует термодинамическую гипотезу Anfinsons
(Нобелевская премия по Химии 1972), что белки в их биологически активном состоянии на конец существования
имеют минимальную свободную энергию. Процесс моделирования таким образом заменен процессом оптимизации,
который является в тысячи раз быстрее чем MD. Преимущества: Может просчитывать белки по крайней мере
среднего размера, получает картину сворачивания, работает для "новых сверток". Недостатки: все еще
ограниченный размер белков <100 аминокислот, все же не показывает реальную кинетическую картину.

POEM пробует бороться с этими недостатками. Организаторы надеются сделать успехи в следующих направлениях:
- белки "новых сверток" с низким подобием последовательности существующим белкам
- белки в нефизиологических средах (нами получен грант на организацию и внедрение только наиболее
биологически совместимых),
- понимание процесса сворачивания более сложных белков, которые не могут быть изучены методом
непосредственного кинетического моделирования
- межбелковые взаимодействия, где партнеры изменяют их внешний вид при соединении (процесс биологического сигнала)
- усовершенствование образцовых структур для трансмембранных белков

Вопрос: "Сворачивая новую последовательность, как ваш метод будет моделировать действие компаньонок
(не нашел другого значения слова chperones) ? Вы участвовали в каком-нибудь недавнем соревновании CASP?"

(Show/Hide)

Ответы:
"Первый вопрос: Компаньонки действуют (как считает большинство людей), понижая барьеры энергии
перехода furing(?) свертывания. POEM делает это в процессе моделирования любым временным увеличением
"температуры", делая возможным моделирование "туннельных" высоких уровней перехода энергии.

Под температурой здесь понимается не "температура системы", которая определена в показателях энтропии
модели, но "кинетическая температура", которая управляет тем, как долго может происходить моделирование.

Для "туннелирования" мы изобрели стохастический метод туннелирования (см. 1999 PRL),

Более детально - Optimization on the group HP

Ускоряя моделирование тысяч сверток (и используя другие "уловки"wink POEM - тв ысячи раз быстрее чем MD.

Вопрос о CASP: Да, мы участвовали в CASP7. POEM - базируется на методах физики, таким образом здесь
используется взаимодействия Кулона (O (N ** 2)) == EXPENSIVE. Поскольку мы не имели вычислительных
ресурсов, мы расчитывали только цели с менее чем 150 Аминокислотами.

POEM теперь не использует никакого моделирования соответствия. Следовательно мы свободный для шаблона
базовой модели. Для шаблона свободной модели, то есть "новые свертки" мы занимали 5-е место (приблизительно
280 групп). С POEM@HOUM мы надеемся собрать инфраструктуру способную участвовать по полной программе в CASP8."

Вопрос: Мы хотели бы знать о болезнях, которые Poem@Home мог помочь лечить?

(Show/Hide)

Есть два типа проектов:
1) Краткосрочная перспектива: Белки нашей группы определенно могут использоваться при изучении малярии
и речной(водной?) слепотой (river blindness), есть достаточно общие подход к лечению раку связанный с
метилизацией (methylisation ?) ДНК (в обоих случаях мы сотрудничаем с экспериментальными группами).
Мы только что получили финансирование для экспериментальной группы, имеющей дело с разработкой препарата,
который будет воздействовать на chemokines. Chemokines - белки, которые вовлечены в регулирование ячеек
иммунной системы (например участки возбуждения), и POEM@HOME поддержит этот проект, моделируя взаимодействия
chemokines с их рецепторами. Цель этого проекта состоит в том, чтобы развить молекулы, которые блокируют
эти участки и, таким образом, выключают функцию chemokine.

Мы также работаем, как и многие в мире, над бета-амилоидными скоплениями, которые очень важны для болезни
Альцгеймера и множества других дегенеративных болезней нервной системы. Я не могу быть уверенным, что
вычислительные методы принесут искоренение болезни Альцгеймера, но я думаю, что эти исследования - важная
часть для нашего фундаментального понимания. Другие, вышеописанные проекты, имеют к лечению болезней более
непосредственное отношение.

2) Долгосрочные перспективы: долгосрочная цель состоит в том, чтобы иметь лучшие методы предсказания структуры
белка, проверить их в CASP или других методах проверки правильности и затем: сделать их доступными биологам,
фармацевтам и врачам. Есть много белков в мембранах (50 % всех известных наркотикотиеов), но нет стандартных
методы для изучения структуры мембранных белков. Таким образом мы имеем приблизительно 40 000 структур для
белков вне мембран, но только 150 для белков в мембранах, и многие из них близко связаны. Если бы мы были в
состоянии использовать POEM@HOME, чтобы предсказать структуру мембранных белков, мы и другие люди могли
делать значительные успехи в лечении многих болезней, угрожающих человечеству. Наше содействие этому прежде
всего было бы развитием метода, а не определенной болезни."

Вопрос: Что Вы можете сказать на утверждение доктора Бейкера: Розетта использует физически
детальную модель всего атома, и была бесспорно лучшим методом до настоящего времени для новых всерток,
а также для того, чтобы проектировать новые белки.

(Show/Hide)

"Действительно Розетта использует силовую область(forcefield -?) всего атома , хотя эта силовая область, насколько
я знаю, не имел способности сворачивать белки расширенных конфигураций, подобно дорожки всертывания (?).

Я также согласен, что Розетта - один из лучших методов для предсказания новых сверток до настоящего времени,
но результат недавнего эксперимента CASP показал, что есть большая область для усовершенствования подобных
методов. Факт, что новые предсказания сверток являются очень трудными и что качество существующих предсказаний
далеко отстает от экспериментальных методов. Это не критика Розетты, но просто современное состояние данной области.
Теперь все доступные методы дают только иногда точные структуры, трудно предсказать заранее, когда такой успех
произойдет и размер белков, для которых демонстрировались такие успехи, остается ограниченным.

Рабочая гипотеза нашего подхода - то, что биофизическая силовая область, которая может свернуть много белков
совершенно случайных конструкций, является хорошим кандидатом для упорядоченных структур для предсказания
структуры белка. Такие методы, как первоначально полагали, вносили значительный вклад в предсказание структуры
белка в первых раундах CASP, но теперь полностью отстали от методов, базируемых на соответствия фрагментов.

Это - то, что мы теперь проверяем при нашем участии в CASP."

Ссылки по теме:

• боинк.ру
• настройка APP_INFO для POEM, Два GPU-задания одновременно

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

http://www.boinc-af.org/content/view/806/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Poemathome

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=POEM%40home/en

http://www.irelandboinc.com/projects/40-pr...ts/102-poemhome

Це повідомлення відредагував x3mEn: May 23 2012, 21:17

[netphil]

Rilian,

Только что просил x3mEn, что бы вам помог а то мы с Woldemar Olesk за всех не накранчим... помогайте.
файл создан как раз с помощью x3mEn, кроме того ставте в настроиках БОИНК - Настройка клиента - настройка сети
Минимальный буфер - 4 дня ( по выбору и зависит от возможнойтей системы)
Максимальный дополнительный буфер - 4 дня

Это даст СУЩЕСТВЕННЫЙ прирост по кранчу в среднем в сутки, т.к. клиент не простаиает.
<app_info>

<app>
<name>poemcl</name>
<user_friendly_name>POEM++ OpenCL</user_friendly_name>

</app>

<file_info>
<name>poemcl_0.1_windows_intelx86__opencl_ati_100</name>
<executable/>
</file_info>

<app_version>
<app_name>poemcl</app_name>
<version_num>1</version_num>
<flops>167186362363.818660</flops>
<plan_class>opencl_ati_100</plan_class>
<avg_ncpus>1</avg_ncpus>
<max_ncpus>1</max_ncpus>
<coproc>
<type>ATI</type>
<count>0.2</count>
</coproc>
<gpu_ram>419430400.000000</gpu_ram>
<cmdline>p3</cmdline>
<file_ref>
<file_name>poemcl_0.1_windows_intelx86__opencl_ati_100</file_name>
<main_program/>
</file_ref>
</app_version>

</app_info>

[netphil]

Мы уже 35...УРА!
Народ подтягивайтесь....

[Володимир]

Ти де був ???

[netphil]

немного компу дал передохнуть. что бы водичка в контуре тоже остыла

Кстати x3mEn был прав...как только я разогнал проц i5-2500K до 4600Мгц - видео нагружена почти на 95%. (для сравнения при 3300Мгц - видео максимум 83 - 86%)

Что то народ вяло кранчит.....

Володимир,
Кстати ты под каким ником кранчишь в ПОЕМ?

[Володимир]

Я в пентатлоні приймав участь. Дарма шо в коллатці не отримали очків.
Також дарма шо застосунок на поем не дозволяє повністю використовувати картки серії 7ххх . За їхньою статистикою Cypress Досі б'є все підряд.
Також застосунок ігнорує настройки avg_ncpus та max_ncpus за досвідом старожилів ПОЕМ та моїм.

Я як виставив найкращі параметри - у мому пості вище ( до відповіді екстрімена та тебе ), так відтоді нічого краще не зміг зробити. Ну хіба шо змусив Мюон вдодаток рахувати не знижуючи видаток ПОЕМ (5 завдань 55-64 хвилини).

Отже закінчився пентатлон, переходжу знов сюди. ... ... ...

[netphil]

а у меня выходит 4 задания по 40мин каждое.

Блин даже не знаю думал докупить еще 7970 и на воду поставить а тут такое....хм

[Володимир]

Ні, почекай поки. Я перечитав на цю тему уйму, навіть на форумах інших команд і т. д.
Деякі кажуть шо керівники проекту робили застосунки під повільніші картки, і під них все розраховувалося.
Також вони зовсім не прийняли до уваги шо люди будуть апп_інфо кілька завдань підряд, і це виливається у тупу систему використання ЦПУ ( під декілька завдань підряд).
Також.обіцяли давно новий клієнт/застосунок, але виходячи із декількох слів керівників проекту на форумі, - вони досі не знають шо і як саме міняти у новій версії. ( це в придаток до того, шо нову версію треба буде сертифікувати - шоб вважалася чинною за науковими мірками).
Також застосунки ПОЕМ зараз не підтримують cmdline
Отже ота настройка cmdline p3, яка повинна запускати завдання з високим приорітетом , не паше.

Коротше оновлення ше не скоро будуть ( виходячи зі всього) а та картка шо у тебе є + і5 2500К це дуже і дуже добре. Ну хіба шо і7 краще було б і всьо.
А я коли купляв проц+материнку то лоханувся бо і5 2500без К, та материнка проста, отже багато не розігнати але маємо шо маємо

Я VVolodymyr - кланцни на Free-DC_CPID під моїм аватаром , там статистика. Можеш і собі так у настройках профілю поставити, напиши там свій CPID, можеш взяти на своїй сторінці у проекті

[Володимир]

О! ше додам шо боїнкстатс помінявся - ось нова адреса щоденної видатності команди у проекті
http://boincstats.com/en/charts/58/team/ga...y/191/chart.png

[netphil]

Эта проблема на всей серии 7ххх или 78хх?
Чета я не могу настроить 5 заданий одновременно.

<app_info>

<app>
<name>poemcl</name>
<user_friendly_name>POEM++ OpenCL</user_friendly_name>

</app>

<file_info>
<name>poemcl_0.1_windows_intelx86__opencl_ati_100</name>
<executable/>
</file_info>

<app_version>
<app_name>poemcl</app_name>
<version_num>1</version_num>
<flops>167186362363.818660</flops>
<plan_class>opencl_ati_100</plan_class>
<avg_ncpus>1</avg_ncpus>
<max_ncpus>1</max_ncpus>
<coproc>
<type>ATI</type>
<count>0.17</count>
</coproc>
<gpu_ram>419430400.000000</gpu_ram>
<cmdline>p3</cmdline>
<file_ref>
<file_name>poemcl_0.1_windows_intelx86__opencl_ati_100</file_name>
<main_program/>
</file_ref>
</app_version>

</app_info>

[Володимир]

У Count - постав 0.2 на 5 завдань (бо 1/5 = 0,2)

Та взагалі avg_ncpus це на одне завдання, а max_ncpus це на всі разом, але деякі кажуть краще шоб max_ncpus не перевищувало 1 - отже мало бути 0.8 та 4.0 (або 0.2 та 1.0)
Але застосунок це якось ігнорує і виставляє свої значення.
Хтось також казав шо ці настройки не командують застосунком, а лише "дають знати" (шоб це не значило ... )
У мене ті цифри майже (майже) нічого не міняли. (Раджу avg_ncpus 0,2 та max_ncpus 1,0 )

Про пам’ять не дуже розумію <gpu_ram> це або разом на всі завдання або на одне.
Я робував і так і так, трохи краще виходило поставити цифру - Загальна пам’ять (у мене 2Гб) поділити на 5 - у байтах (2*1024*1024*1024 / 5 )

Виправив!

[netphil]

пробовал менять
avg_ncpus , mx_ncpus = бути 0.8 та 4.0 (або 0.2 та 1.0)

Нифига не менят.

[Володимир]

пробовал менять
avg_ncpus , mx_ncpus = бути 0.8 та 4.0 (або 0.2 та 1.0)

Нифига не менят.

Ну то так і є - але я помітив невелику різницю, у тому ЯК воно запускає завдання із самого початку. Бо якшо занести якесь страшне значення, то може бути так шо 4 завдання запустилися нормально, а п'яте запускається-перезапускається кожні 2 секунди.

Але САМЕ головне це <count></count> - це дає знати яку частку ГПУ давати на одне завдання.
Отже на 5 завдань - обов'язково став 0,2 (1 / 5 = 0,2)
на 4 - 0,25
і так далі.
Це саме перше і саме головне!

[netphil]

<type>ATI</type>
<count>0.2</count>

Сейчас вот так стоит но почему то не хочет запускать 5 заданий
Только 4 одновременно крутятся.

[x3mEn]

netphil, якщо в тебе
<avg_ncpus>1</avg_ncpus>
<max_ncpus>1</max_ncpus>
стоїть і у проца 4 ядра, то більше 4 завдань і не буде.
Постав
<avg_ncpus>0.8</avg_ncpus>
<max_ncpus>0.8</max_ncpus>
буде 5.

[Володимир]

x3mEn,
Там фігня із останнім завданням, у мене займає десь 15 хвилин шоб речі стабілізувалися, і тільки тоді пашуть 5 одночасно.
Саме із цим нетфіл і мучився.
А ті значення що ти надав мало що змінять. ( хоча ... )

Єдине шо тре мати десь 7 або більше завдань у кеші, і терпіння, тоді то п'яте завдання що починається і випадає, стабілізується.
Принаймні у мене.

Єдва пояснення avg_ncpus та max_ncpus.
1) авг - частка цпу на одне завдання, макс - на всі разом
2) авг - ... Якшо сумма часток всіх завдань перевищує 1, то запускається додаткове ядро ( я сам не зрозумів, але так хтось написав)

АЛЕ - ніхто точно не зміг тикнути на технічні пояснення цих речей... Якшо у когось є - кидайте посилання, а ні - то все шо у нас є це досвід методу тика, та сплітки з інету

Але я вище описав як у мене паше, можна спробувати ( якщо чесно то мене не раз ця фігня вже доставала, а так я б не дуже хвилювався - бо у нетфіла і так зовсім незле проект пре!)

Всім привіт!