Poem@home, Моделирование структуры белка Налаштування

[nikelong]

Проект "Poem@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт
Статистика по команде "Ukraine"
Статистика на фришниках
Статистика на фришниках по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 22.10.2007 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.fzk.de/poem/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Моделирование струтуры белка, используется модифицированный метод молекулярной динамики с помощью стохастической оптимизации. Проект занимается поиском молекул, которые могут заблокировать хемокины (хемотаксические цитокины), что даст возможность блокировать различные процессы в организме на уровне клеточных рецепторов, например, остановить воспалительный процесс. Ведется совместная работа с проектами, посвященными малярии, онкологии, болезни Алцгеймера. В будущем планируется разработать метод моделирования белковых молекул, которые уже могут использовать фармацевты, врачи, ученые, а также детально изучить структуру мебранных белков.


Вопрос: "Действительно ли поект POEM@Home отличается от других проектов, изучающих белки?"

(Show/Hide)

"При моделировании Белка используются два подхода.
1) Вы изучаете/копируете из природы: Изучая новую последовательность, каждый пробует скопировать
структурные фрагменты известных белков и собирает из них хорошие структуры. Преимущества: Работает
для больших белков, дает превосходные структуры для высокого подобия последовательности. Недостатки:
не работает, когда нет никакого подобия последовательности (новые свертки), не работает, когда нет
никаких экспериментальных данных (трансмембранные белки, с которыми связано 40 % всех известных
наркотиков), отсутствие изучения кинетики.

2) Вы моделируете сворачивающийся процесс так, как это происходит в природе (Folding@Home) с
биофизической моделью. Это делается на основе молекулярной динамики (MD), методом последовательных
приближений с шагом по времени 10E-15 s/step. Поскольку длительность сворачивающегося процесса занимает
миллисекунды, нам необходимо просчитать большое количество шагов. Преимущества: полная информация о
динамике, времени сворачивания, высокая точность структуры. Недостатки: работа только для маленьких белков.

POEM пробует интерполировать между этими двумя подходами. Проект использует раздробленную модель для
свободной энергии белка , то есть - может работать для новых всерток и применений в нано-био-технологиях,
где отсутствуют опытных данных. В отличие от MD, проект использует термодинамическую гипотезу Anfinsons
(Нобелевская премия по Химии 1972), что белки в их биологически активном состоянии на конец существования
имеют минимальную свободную энергию. Процесс моделирования таким образом заменен процессом оптимизации,
который является в тысячи раз быстрее чем MD. Преимущества: Может просчитывать белки по крайней мере
среднего размера, получает картину сворачивания, работает для "новых сверток". Недостатки: все еще
ограниченный размер белков <100 аминокислот, все же не показывает реальную кинетическую картину.

POEM пробует бороться с этими недостатками. Организаторы надеются сделать успехи в следующих направлениях:
- белки "новых сверток" с низким подобием последовательности существующим белкам
- белки в нефизиологических средах (нами получен грант на организацию и внедрение только наиболее
биологически совместимых),
- понимание процесса сворачивания более сложных белков, которые не могут быть изучены методом
непосредственного кинетического моделирования
- межбелковые взаимодействия, где партнеры изменяют их внешний вид при соединении (процесс биологического сигнала)
- усовершенствование образцовых структур для трансмембранных белков

Вопрос: "Сворачивая новую последовательность, как ваш метод будет моделировать действие компаньонок
(не нашел другого значения слова chperones) ? Вы участвовали в каком-нибудь недавнем соревновании CASP?"

(Show/Hide)

Ответы:
"Первый вопрос: Компаньонки действуют (как считает большинство людей), понижая барьеры энергии
перехода furing(?) свертывания. POEM делает это в процессе моделирования любым временным увеличением
"температуры", делая возможным моделирование "туннельных" высоких уровней перехода энергии.

Под температурой здесь понимается не "температура системы", которая определена в показателях энтропии
модели, но "кинетическая температура", которая управляет тем, как долго может происходить моделирование.

Для "туннелирования" мы изобрели стохастический метод туннелирования (см. 1999 PRL),

Более детально - Optimization on the group HP

Ускоряя моделирование тысяч сверток (и используя другие "уловки"wink POEM - тв ысячи раз быстрее чем MD.

Вопрос о CASP: Да, мы участвовали в CASP7. POEM - базируется на методах физики, таким образом здесь
используется взаимодействия Кулона (O (N ** 2)) == EXPENSIVE. Поскольку мы не имели вычислительных
ресурсов, мы расчитывали только цели с менее чем 150 Аминокислотами.

POEM теперь не использует никакого моделирования соответствия. Следовательно мы свободный для шаблона
базовой модели. Для шаблона свободной модели, то есть "новые свертки" мы занимали 5-е место (приблизительно
280 групп). С POEM@HOUM мы надеемся собрать инфраструктуру способную участвовать по полной программе в CASP8."

Вопрос: Мы хотели бы знать о болезнях, которые Poem@Home мог помочь лечить?

(Show/Hide)

Есть два типа проектов:
1) Краткосрочная перспектива: Белки нашей группы определенно могут использоваться при изучении малярии
и речной(водной?) слепотой (river blindness), есть достаточно общие подход к лечению раку связанный с
метилизацией (methylisation ?) ДНК (в обоих случаях мы сотрудничаем с экспериментальными группами).
Мы только что получили финансирование для экспериментальной группы, имеющей дело с разработкой препарата,
который будет воздействовать на chemokines. Chemokines - белки, которые вовлечены в регулирование ячеек
иммунной системы (например участки возбуждения), и POEM@HOME поддержит этот проект, моделируя взаимодействия
chemokines с их рецепторами. Цель этого проекта состоит в том, чтобы развить молекулы, которые блокируют
эти участки и, таким образом, выключают функцию chemokine.

Мы также работаем, как и многие в мире, над бета-амилоидными скоплениями, которые очень важны для болезни
Альцгеймера и множества других дегенеративных болезней нервной системы. Я не могу быть уверенным, что
вычислительные методы принесут искоренение болезни Альцгеймера, но я думаю, что эти исследования - важная
часть для нашего фундаментального понимания. Другие, вышеописанные проекты, имеют к лечению болезней более
непосредственное отношение.

2) Долгосрочные перспективы: долгосрочная цель состоит в том, чтобы иметь лучшие методы предсказания структуры
белка, проверить их в CASP или других методах проверки правильности и затем: сделать их доступными биологам,
фармацевтам и врачам. Есть много белков в мембранах (50 % всех известных наркотикотиеов), но нет стандартных
методы для изучения структуры мембранных белков. Таким образом мы имеем приблизительно 40 000 структур для
белков вне мембран, но только 150 для белков в мембранах, и многие из них близко связаны. Если бы мы были в
состоянии использовать POEM@HOME, чтобы предсказать структуру мембранных белков, мы и другие люди могли
делать значительные успехи в лечении многих болезней, угрожающих человечеству. Наше содействие этому прежде
всего было бы развитием метода, а не определенной болезни."

Вопрос: Что Вы можете сказать на утверждение доктора Бейкера: Розетта использует физически
детальную модель всего атома, и была бесспорно лучшим методом до настоящего времени для новых всерток,
а также для того, чтобы проектировать новые белки.

(Show/Hide)

"Действительно Розетта использует силовую область(forcefield -?) всего атома , хотя эта силовая область, насколько
я знаю, не имел способности сворачивать белки расширенных конфигураций, подобно дорожки всертывания (?).

Я также согласен, что Розетта - один из лучших методов для предсказания новых сверток до настоящего времени,
но результат недавнего эксперимента CASP показал, что есть большая область для усовершенствования подобных
методов. Факт, что новые предсказания сверток являются очень трудными и что качество существующих предсказаний
далеко отстает от экспериментальных методов. Это не критика Розетты, но просто современное состояние данной области.
Теперь все доступные методы дают только иногда точные структуры, трудно предсказать заранее, когда такой успех
произойдет и размер белков, для которых демонстрировались такие успехи, остается ограниченным.

Рабочая гипотеза нашего подхода - то, что биофизическая силовая область, которая может свернуть много белков
совершенно случайных конструкций, является хорошим кандидатом для упорядоченных структур для предсказания
структуры белка. Такие методы, как первоначально полагали, вносили значительный вклад в предсказание структуры
белка в первых раундах CASP, но теперь полностью отстали от методов, базируемых на соответствия фрагментов.

Это - то, что мы теперь проверяем при нашем участии в CASP."

Ссылки по теме:

• боинк.ру
• настройка APP_INFO для POEM, Два GPU-задания одновременно

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

http://www.boinc-af.org/content/view/806/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Poemathome

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=POEM%40home/en

http://www.irelandboinc.com/projects/40-pr...ts/102-poemhome

Це повідомлення відредагував x3mEn: May 23 2012, 21:17

[netphil]

Да.
C:\Program Files\BOINC\DATA\projects\boinc.fzk.de_poem
(при установке выюрал каталог для данных C:\Program Files\BOINC\DATA)

[Володимир]

Чего то проблемы после переустановки ОС.

А именно: без файла app_info считает только одно задание. А при подкидывание файла в папку с проектом..БОИНК пишет:

Notice: File referenced in app_info.xml does not exist: poemcl_0.1_windows_intelx86_opencl_ati_100


Вот сам файл:

<app_info>

<app>
<name>poemcl</name>
<user_friendly_name>POEM++ OpenCL</user_friendly_name>

</app>

<file_info>
<name>poemcl_0.1_windows_intelx86__opencl_ati_100</name>
<executable/>
</file_info>

<app_version>
<app_name>poemcl</app_name>
<version_num>1</version_num>
<flops>167186362363.818660</flops>
<plan_class>opencl_ati_100</plan_class>
<avg_ncpus>1</avg_ncpus>
<max_ncpus>1</max_ncpus>
<coproc>
<type>ATI</type>
<count>0.25</count>
</coproc>
<gpu_ram>419430400.000000</gpu_ram>
<cmdline>p3</cmdline>
<file_ref>
<file_name>poemcl_0.1_windows_intelx86__opencl_ati_100</file_name>
<main_program/>
</file_ref>
</app_version>

</app_info>

Коли підкидаєш апп.інфо і перезапускаєш боінк (а до того, його треба повністю вимкнути) - проект зтирає все з папки нафік.
Просто клацни Апдейт, і проект сам повинен завантажити застосунок (.exe) - головне шоб назва у тебе була правильна. (Я не знаю яка назва повинна бути у тебе на вінді, у мене лінукс).

[Володимир]

Якшо ніфіга не дасть,
то спробуй завантажити правильний застосунок тута http://boinc.fzk.de/poem/download/
(цей poemcl_0.1_windows_intelx86__opencl_ati_100 )
вимкни боінк повністю, і постав у папку проекту

[netphil]

ну вот все потихонбку наладилось....
Я с Вами.....

Володимир,
Спасибо помогло, подкинул в каталог и пошло poemcl_0.1_windows_intelx86__opencl_ati_100

Странно что мы так быстро выпрыгнули из 31 места на 28

[netphil]

Вот еще что хочу подумать....
как к моему app_info.xml прикурутить считать на 4 ядрах проца.....т.к. 4 ядра + 4 виртуальный...(и7-2600К)

[Володимир]

В тому й фішка з цим проектом, шо їх застосунки ігнорують настройки використання ЦПУ (на завданнях ГПУ), шо не став, а воно робить шо хоче.
А саме - використовує десь 60% ЦПУ (будьякого! ЛОЛ ), а решта 40% теж використовувати не вдасться нічим іншим. Отака фігня.
Організаторам проекту це вже не раз казали, може в наступних версіях це наладять.

А так по ідеї повинно бути
<avg_ncpus>1</avg_ncpus>
<max_ncpus>4</max_ncpus>
1 ядро на одне завдання, 4 ядра на всі разом.

[netphil]

Пока так вышло:


<app_info>

<app>
<name>poemcl</name>
<user_friendly_name>POEM++ OpenCL</user_friendly_name>
</app>

<app>
<name>poempp</name>
<user_friendly_name>POEM++</user_friendly_name>
</app>

<file_info>
<name>poemcl_0.1_windows_intelx86__opencl_ati_100</name>
<executable/>
</file_info>

<file_info>
<name>poempp_0.8_windows_intelx86</name>
<executable/>
</file_info>

<app_version>
<app_name>poemcl</app_name>
<version_num>1</version_num>
<flops>167186362363.818660</flops>
<plan_class>opencl_ati_100</plan_class>
<avg_ncpus>0.5</avg_ncpus>
<max_ncpus>0.5</max_ncpus>
<coproc>
<type>ATI</type>
<count>0.5</count>
</coproc>
<cmdline>p3</cmdline>
<file_ref>
<file_name>poemcl_0.1_windows_intelx86__opencl_ati_100</file_name>
<main_program/>
</file_ref>
</app_version>

<app_version>
<app_name>poempp</app_name>
<version_num>8</version_num>
<platform>windows_intelx86</platform>
<avg_ncpus>1</avg_ncpus>
<max_ncpus>1</max_ncpus>
<file_ref>
<file_name>poempp_0.8_windows_intelx86</file_name>
<main_program/>
</file_ref>
</app_version>

</app_info>



И при этом 2 потока ГПУ + 8 потоков ЦПУ
А мне нужно ЦПУ 4 задания + 4 ГПУ ОДНОВРЕМЕННО !

Есть идеи?

[Володимир]

На ГПУ - перше шо тре мінняти це оце
<type>ATI</type>
<count>0.25</count>

Я тобі кажу шо використання ЦПУ ігноруються цим застосунком. Вони зробили так бо не думали шо люди будуть апп_інфо користуватись...

У мене теж 8ядерник, я розумію шо не на всі 100% використовується ЦПУ.

Я б на твому місці дав 4 завданя ГПУ і одне на ЦПУ.
У настройках боінку просто постав використовувати менше ядер (спробуй 25% чи 37.5%) - так ГПУ буде пахати, а кількість ЦПУ завдань буде мінятися в залежності від цієї настройки. (так легше управляти ніж з app_info мучитися).

[netphil]

Все разобрался:

http://i25.fastpic.ru/big/2012/0613/d9/eec...df04fd0a2d9.jpg

Загрузил ВСЕ 8 ядер ЦПУ (загрузка 100%) + 4 задания ГПУ (загрузка 86-89%)

Правда как я понял все равно грузятся ядра и заданиями для ГПУ и ЦПУ неравномерно....т.к. когда использовал ТОЛЬКО ГПУ то задание для ГПУ считалось 38.50мин, сейчас 44мин

Пока так побудет посмотрим....

[Death]

судя по картинке у тебя каждое гпу задание отжирает 0.5 ядра

может стоит на цпу дать 6 задач и 2 оставить под видео?

[Володимир]

Но от дивися, в ідеалі повинно бути так
Скіки завдань ГПУ треба? 4 . Отже 1/4=0.25
отже
<type>ATI</type>
<count>0.25</count>

Тепер на ці завдання ГПУ скільки видалити ЦПУ? Ну давай по ядру на завдання.
Отже
<avg_ncpus>1</avg_ncpus>
<max_ncpus>4</max_ncpus>
одне ядро на завдання, і разом 4 ядра на 4 завдання.

Йдемо далі.
Ти хочеш ше 4 завдання на ЦПУ
там так само, ядро за завданна, а разом 4
<avg_ncpus>1</avg_ncpus>
<max_ncpus>4</max_ncpus>

АЛЕ - застосунок на завдання ГПУ зробили так галімо, шо насправді замість тих цифр шо ти пишеш, воно проігнорує і візьме по трошки з кожного ядра ЦПУ шо в тебе є (шо тупо). Потім ці завдання ГПУ тіпа забронірують все ззалишкове/невикористане ЦПУ і ні собі не будуть використовувати ні іншим задагам не дадуть.
А коли ти додатково до завдань ГПУ будеш додавати ше інші завдання ЦПУ - то АБО не всі завдання ГПУ запустяться, АБО вони почнуть тормозити - НАВІТЬ якшо ти дивишся у адміністраторі системи, і бачиш невикористані потужності (ну так криво зробили).

ТОМУ
Я думаю шо додатково до твоїх 4х завдань ГПУ, ти мочеш додати лише 1 або аж 2 завдання на ЦПУ і все (і то погне все повільніше рахувати).

Якшо ти хочеш поміняти кількість завдань а ЦПУ - міняй тільки у тій секції app_info

<app_version>
<app_name>poempp</app_name>
<version_num>8</version_num>
<platform>windows_intelx86</platform>
<avg_ncpus>1</avg_ncpus>
<max_ncpus>1 або 2 або 4</max_ncpus>
<file_ref>
<file_name>poempp_0.8_windows_intelx86</file_name>
<main_program/>
</file_ref>
</app_version>

АЛЕ так як проектом це було зроблено криво,
то можна управляти вже герез астройки самого БОІНКу.
От і спробуй там в кінці-кінців поміняти % використання ЦПУ (перше - там де пише шо на багатоядерних системах використовувати ХХХ відсотків ядер).
поміняй на 12.5% 25% 37.5% 50% 67.5% 75% і подивися як це впливає на кількість завдань ЦПУ. ПО ідеї всі завдання ГПУ повинні рахуватися, а кількість завдань ЦПУ буде падати, із зниженням відсотку.

[Володимир]

Все разобрался:

http://i25.fastpic.ru/big/2012/0613/d9/eec...df04fd0a2d9.jpg

Загрузил ВСЕ 8 ядер ЦПУ (загрузка 100%) + 4 задания ГПУ (загрузка 86-89%)

Правда как я понял все равно грузятся ядра и заданиями для ГПУ и ЦПУ неравномерно....т.к. когда использовал ТОЛЬКО ГПУ то задание для ГПУ считалось 38.50мин, сейчас 44мин

Пока так побудет посмотрим....

Я поки писав ти розібрався
То шо в тебе пішло завантаження майже на 100% це для мене приємний сюрприз.
Хм - а якшо зменшити до 4х завдань ЦПУ - може зменшиться час назад до ~39хв ?

Д.Р. а на малюнку у тебе паше 6ЦПУ + 4 ГПУ

[netphil]

Death,
А смысл? ГПУ вроде как все равно считает быстрей,..
я ЦПУ нагрузил т.к. он практически простаивал...а електроенергия все равно расходуется. пускай думаю трудится тоже.

Володимир,
ДА я тоже посмотрел, но пока это оптимальный вариант...
6 заданий для ЦПУ + 4 ГПУ.
бывает падает нагрузка на ГПУ до 65% но кратковременно а потом снова стабильно 83-86%.
http://i25.fastpic.ru/big/2012/0613/95/7d8...2b2b6072d95.png

[Володимир]

Чудово!

У мене такий самий експеримент нажаль пройшов дуже плачевно
на 8150 та 7870
при запусканні додаткових ЦПУ завдань, час обробки ГПУ завдань піднімається суттєво.

Отже тільки ГПУ для мене

[Володимир]

Для порівняння та інфи у мене так
5 завдань ГПУ - у мене отимальний варіант
отже:
-Тільки 5 завдань ГПУ = 54хв50сек (грубо 55хв = 5 завдань = 2 925*5 = 14 625 оч)
-5 завдань ГПУ + 1 ЦПУ = 62хв на ГПУ завдання
-5 завдань ГПУ + 2 ЦПУ = 68хв на ГПУ завдання

Далі набагато гірше...

Я думаю це у мене так із 2-х причин (грубо кажучи у загальних рисах)
1) Буль 5180 хоча й розігнаний до 4,5Ггц йому напевно не достає охолодження, шо впливає на стабільність і т.д. (і за численними тестами він в розігнаному стані десь посередині і5 та і7 )
2) АМД ХД 7870 ОС - там нижче обчислювальна спроможність Подвійної Точності - отже це впливає на швидкість, незалежно від того, скільки ЦПУ підкидати до нього.