Poem@home, Моделирование структуры белка Налаштування

[DonDrakon]

Закінчились завдання і для CPU і для GPU.

[Arbalet]

Открытое тестирование нового GPU-клиента

Организаторы проекта POEM@Home c радостью объявили о начале тестирование новой версии GPU-клиента на их тестовом сервере. Появление нового клиента стало возможным благодаря Владимиру Танковичу, одному из участников проекта, который и предложил свою помощь в улучшении эффективности кода клиента, написанного с помощью OpenCL. В результате производительность GPU-клиента с новым силовым полем выросла в разы, если судить по результатам прогонов на небольшом тестовом GPU-кластере.



Улучшенное силовое поле в новом клиенте обеспечивает намного более точное описание атомных взаимодействий в белках, а также - между белком и растворителем вокруг него. Кроме того, новые вычислительные алгоритмы показывают гораздо лучшую эффективность. Так, клиент на видеокарте AMD Radeon R290X выдает в 13 раз большую производительность, чем на процессоре AMD Opteron 6380. Не менее важным новшеством является использование новых алгоритмов Монте-Карло для параллельных вычислений.

С помощью этих новых инструментов исследователи собираются сместить исследовательский акцент проекта POEM@Home с вопроса "В какие структуры сворачиваются белки?» на вопрос "Как белки сворачиваются в эти структуры?". В фокусе внимания исследователей не только процесс сворачивания белков в нативные структуры для выполнения заложенных в них функций, но и временные интервалы этих процессов. Кроме того, нативные структуры должны быть достаточно стабильными, но также обеспечивать необходимую гибкость, чтобы белок мог выполнять свою функцию. Этим аспектам и будут посвящены будущие исследования организаторов проекта, в том числе с помощью нового GPU-приложения.

Новое силовое поле GCN, оптимизированное для архитектуры графических процессоров AMD, также неплохо работает на оборудовании NVIDIA Maxwell. Старая версия аппаратного обеспечения OpenCL 1.1 для NVIDIA и AMD также поддерживается, но менее эффективна по сравнению с новой версией. Хотя владельцы старых видеокарт также могут присоединиться к тестированию нового GPU-клиента, им рекомендуется все же рассмотреть вопрос об участии в других BOINC-проектах, где эта помощь будет более востребована. Другие производители GPU, например Intel, не поддерживаются.

Тестирование нового GPU-клиента будет развернуто в ограниченном виде на специально выделенном тестовом сервере. Для «отлова» ускользнувших от внимания на этапе внутреннего тестирования технических ошибок будет также задействована помощь участников проекта – владельцев самых разнообразных видеокарт. Чем шире будет диапазон вовлеченных в тестирование поддерживаемых видеокарт, тем более устойчивым выйдет в итоге готовый к штатному использованию программный клиент.

Чтобы присоединиться к тестированию нового GPU-клиента в вашем BOINC-менеджере нужно добавить тестовый проект по данному URL - http://int-boinctest.int.kit.edu/poem/
Тестовый сервер не указан в перечне официально поддерживаемых проектов BOINC.

Следует обратить внимание, что:
- результаты работы на тестовом сервере не будет использоваться для научных публикаций;
- кредиты за тестовые задания не будут начисляться в статистике BOINC;
- тестовый сервер приложений может привести к сбою системы, так что не забудьте сохранить все важные данные заранее;
- наилучшим будет выполнить несколько тестовых заданий на вашей видеокарте и сразу же закончить участие в тестировании.

Подготовлено по материалам офсайта POEM@Home

[vadik_ua]

Даешь OpenCL в массы

Карта за $400 на ровне с опертронами за $13.000

[Death]

http://int-boinctest.int.kit.edu/poem/team...y.php?teamid=39

[Sergyg]

Не удалось создать учётную запись

[CrazyBigCat]

Даешь OpenCL в массы

Карта за $400 на ровне с опертронами за $13.000

По ПОПУГАЯМ - согласен. Но по конечным результатам, не всегда - F@H в пример... основные результаты процессорные, ГПУ - черновые расчеты...

[Arbalet]

Ура, запустили новый ГПУ-клиент!

Релиз POEM ++ 2.17 OpenCL

В проекте POEM@Home штатно запустили новое GPU-приложение для видеокарт ATI, для которого недавно создавали даже целый тестовый проект. Благодарят за неоценимую помощь Владимира Танковича.

Одновременно с релизом, запущен обсчет трех новых типов задач под новый GPU-клиент. Также обновили ЦПУ-приложение.

Те, кто пользовался конфигом под несколько потоков на видеокартах ATI, могут столкнуться с проблемами, которые сейчас решаются. Пока рекомендуют считать одним потоком, если задания валятся с ошибками.

[dimus8210]

Завдань для відеокарт на сервері 18619

[Arbalet]

Увеличили кредиты для ГПУ-заданий 1vii и 2f21, т.к. время просчета заданий возросло в связи с изменениями конформационных связей в моделируемой системе.

[vadik_ua]

Увеличили кредиты для ГПУ-заданий 1vii и 2f21, т.к. время просчета заданий возросло в связи с изменениями конформационных связей в моделируемой системе.

А я сидів думав, чому завдання раніше рахувалися за 30 хвилин, тепер 1,5 години. Вот оно шо, Михалыч

[fram]

Особенно занятно получилось, когда оказалось, что OpenCL приложения POEM@HOME рассчитывают не структуру белка, а какие-то структуры для лучшей работы OLED экранов, например. Хоть признались, в конце концов. Это касается только части старых заданий группы gpucrystal. В них рассчитывалась конфигурация органических молекул (в частности, полициклических ароматических углеводородов).

В догонку

[vadik_ua]

Судячи з повідомлення на сайті проекту, він добігає кінця. Дораховуються фінальні завдання, протягом 2-х місяців буде зупинений сервак. Сайт і форум обіцяють підтримувати ще деякий час. Переходжу зі своєю відеокартою на folding@home

[dimus8210]

Судячи з повідомлення на сайті проекту, він добігає кінця. Дораховуються фінальні завдання, протягом 2-х місяців буде зупинений сервак. Сайт і форум обіцяють підтримувати ще деякий час. Переходжу зі своєю відеокартою на folding@home

Судячи з написаного у проекта достатньо своїх потужностей завдяки оптимізації кода що зробив Володимир Танкович
Код їх додатка SIMONA відкритий і доступний для використання всіма охочими
Можемо тільки побажати проекту POEM без HOME подальших успіхів і за їх рекомендацією підтримати інші проекти РВ