Human Proteonome Folding, Phase 2, рассчет структуры белков в человеческом теле Налаштування

[Rilian]

Human Proteome Folding Project
Phase 2

Официальные результаты проекта
Активные эксперименты
Human Microbiome Project - официальный сайт

http://homepages.nyu.edu/~rb133/wcg/thread_2010_03_10.html

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid

Proteins are essential to living beings. Just about everything in the human body involves or is made out of proteins.

What are proteins?
Proteins are large molecules that are made of long chains of smaller molecules called amino acids. While there are only 20 different kinds of amino acids that make up all proteins, sometimes hundreds of them make up a single protein.

Adding to the complexity, proteins typically do not stay as long chains. As soon as the chain of amino acids is built, the chain folds and tangles up into a more compact and particular shape that lets it conduct specific and necessary functions within the human body.

Proteins fold because the different amino acids like to stick to each other following certain rules. Imagine that amino acids are pop-beads of 20 different colors. The pop-beads are sticky, but sticky in such a way that only certain combinations of colors can stick together. This makes the amino acid chains fold in a particular way that creates proteins that are useful to the human body. Human cells have mechanisms to help the proteins fold properly and, equally important, mechanisms to get rid of improperly folded proteins.

How do proteins relate to human genes?
The collection of all of the human genes is known as "the human genome." Depending on how the genes are counted, there are over 30,000 genes in the human genome. Each gene, which is a section of a long chain known as DNA, dictates how to build the chain of amino acids for one of the 30,000 proteins. In recent years, scientists were able to map the sequence for each human gene. This means that we now know the sequence of amino acids in all of the human proteins. Thus, the human genome is directly related to the "human proteome," the collection of all human proteins.

The protein mystery
While researchers have learned a great deal about the human proteome, the functions of most of the proteins remain a mystery. The genes do not reveal exactly how the proteins will fold into their final shape, which is critical because that determines what a protein can do and what other proteins it can connect to or interact with.

Proteins are like puzzle pieces. For example, muscle proteins connect to each other to form a muscle fiber. They join together in a specific manner because of their shape, as well as other factors relating to the shape.

Everything that goes on in cells and in the body is very specifically controlled by the shape of the proteins that do or do not let proteins interlock with other proteins. For example, the proteins of a virus or bacteria may have particular shapes that enable it to break through the cell membrane, allowing it to infect the cell.

The Human Proteome Folding Project
Знания структуры белков позволит ученым понять как белки выполняют свои биологические функции, а также как болезни блокируют белки от выполнения необходимых функций для поддержания здоровых клеток

The Human Proteome Folding Project will combine the power of millions of computers in a grid to help scientists understand how human proteins fold. The work to be done in this monumental task is shared across this grid, so that results can be achieved far sooner than would be possible with conventional supercomputers. With a greater understanding of protein structure, scientists can learn how diseases work and ultimately find cures for them.

When your grid agent is running, it is folding an amino acid chain in various ways and evaluating how well each folding follows the specific rules of how specific amino acids stick together or not. As computers try millions of ways to fold the chains, they attempt to fold the protein in the same way that it actually folds in the human body. The best shapes identified for each protein are returned to the scientists for further study.



-----

Оказывается тут тоже юзается розетта

(Show/Hide)

График проекта


Це повідомлення відредагував Rilian: Feb 4 2011, 00:23

[nikelong]

Росетта следит за тобой!

ЗЫ: ты когда себе табличку поправишь?

[(_KoDAk_)]

[Rilian]

надо бы перевести шапку...

Кратко: проект с помощью алгоритмов проекта Rosetta рассчитывает более точные структуры (чем есть сейчас в базах ученых) белков в человеческом теле, и их патогенов. Довольно важная вещь

[Rilian]

Насчитал 100 процессорных дней в проекте

Это составило 372 ВЮ, дало 40000 БОИНК-очков а также Золотую Медаль Human Proteome Folding 2

[Rilian]

Richard Bonneau, head scientist of the Human Proteome Folding Project, was active in the original development of Rosetta at David Baker's laboratory while obtaining his PhD.[72] More information on the relationship between the HPF1, HPF2 and Rosetta@home can be found on Richard Bonneau's website http://homepages.nyu.edu/~rb133/wcg/rbonneau_posts.html

[Rilian]

Рассчитал 500 протеинов за 142 процессорных дня

[Rilian]

Объявляется мини-соревнование - кто быстрее подсчитает 1000 ВЮ проекта. Победитель получает приз зрительских симпатий

Участники заездасчета:
rilian
Vzhik

[nikelong]

http://www.yeastrc.org/pdr/pages/search/ad...dSearchForm.jsp

http://www.boinc-af.org/content/view/543/287/

http://www.boinc-af.org/content/view/668/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Humanproteomefoldingproject

[Rilian]

Объявляется мини-соревнование - кто быстрее подсчитает 1000 ВЮ проекта. Победитель получает приз зрительских симпатий

Участники заездасчета:
rilian
Vzhik

Vzhik получает зрительские симпатии за то что первее покранчил 1000 ВЮ!

[cosmo_vk]

кстати не у кого не возникало проблем с расчетом заданий?
А то у меня уже несколько раз было: задание вроде и считается судя по загрузке проца, но прогресс стоит на месте. Лечится только перезапуском боинка.

[Rilian]

Не, но у меня на висте проблемы именно с HPFP2...

[Rilian]

Hello,

It's been some time since we last updated you on what we're doing. I hope you'll all forgive me. With so much data and analysis to attend to, I've been pretty busy. A couple of months ago, when I started in the Bonneau lab, a lot of time was spent learning the basics of the project. Things are running smoothly now and there will be more time for updates and interesting research!

March Status Update

I hope you all enjoy the Cytoscape network. Thanks again.
--
Patrick Winters
Bonneau Lab

Привет,

Прошло уже некоторое время с тех пор как мы последний раз сообщали о текущем состоянии проекта. Надеюсь вы меня простите. С таким огромным количеством данных для анализа, я был очеть занят. Пару месяцев назад, когда я пришел в лабораторию Бонно, было потрачено очень много времени на изучение самого проекта. Но все идет отлично, и теперь будет больше времени для обновлений и интересных исследований!

Результаты проекта, Март 2009, перевод Google Translate

Надеюсь вам понравится сеть Cytoscape. Спасибо.



Патрик Винтерс
лаборатория Бонно (штат Южная Каролина, США)

[cosmo_vk]

А все-таки тормозятся вычисления, теперь уже такой глюк дома проявился.

второе задание сверху с временем расчета 19:33:22, за такое время у меня 5-6 заданий обычно пролетает, а тут одно столько считает.

[Rilian]

у меня на 2-гигагерцовых ксеонах бывает считает и по 20 часов...