FightMalaria@Home |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
FightMalaria@Home |
nikelong |
Jul 28 2011, 17:21
Пост
#1
|
Тера ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 11 909 З нами з: 19-March 05 Користувач №: 92 Стать: Чол |
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Дата основания команды - 19 Июля 2012 Капитан - Rilian -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- Для присоединения к команде Украины: 1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!) 2. Перейдите в "расширенный вид" 3. Выберите сервис ---> добавить проект 4. Введите адрес проекта http://boinc.ucd.ie/fmah/ 5. Введите свои регистрационные данные. 6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше. 7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты. -------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- О проекте: FightMalaria@Home Цель: Открытие новых соединений для противомалярийных препаратов. К сведению: Каждые 45 секунд от малярии, в мире умирает один ребенок. Это заболевание наиболее распространено в бедных странах, где оно заражает 216 миллионов людей и убивает 650 тысяч каждый год, в основном африканских детей в возрасте до 5 лет. Малярия и дальше продолжает развивать устойчивость к доступным медикаментам. Поэтому нам нужно срочное открытие новых препаратов, для замены существующих. Важно, что эти новые лекарства должны быть ориентированы на новые белки у паразита. Проект FightMalaria@Home направлен на поиск новых соединений. Возможности: Геном малярии был упорядочен, в следствии чего была выявлена протеома. Экспрессия белка была подтверждена на различных этапах жизненного цикла этой структуры. Многочисленные кристаллические структуры целевых белков также доступны, а остаток был смоделирован, используя доступные структурные шаблоны. Большие научно-исследовательские организации GSK, Novartis уже опробовали миллионы соединений и обнаружили около 19 000 хитов(кандидатов), которые выглядят многообещающе в перспективности лечения малярии. Но они не знают, какой целевой белок ингибирует эти соединения. Изучение и разработка новых лекарств будут существенно ускоренны, зная целевой белок для каждого из этих хитов. Проблема: Мы планируем закрепить каждую из 18924 хитов в структуры каждой из 5363 белков малярийного паразита. Вычислительная мощность, необходима огромная. Решение: Мы стремимся использовать добровольно пожертвованные вычислительные мощности персональных компьютеров в мире. Большинство компьютеров используют только малую часть доступной мощности процессора для ежедневной работы. Мы запустили сервер BOINC, который позволяет распределять задания между волонтерами. Обработка заданий будет осуществляться в фоновом режиме. При подключении 1000 компьютеров таким образом, мы сможем достичь мощности эквивалентной суперкомпьютерам. Различия между проектами GO Fight Against Malaria(WCG) и FightMalaria@Home Проект GO Fight Against Malaria во главе с Алексом Перрименом(Alex Perryman) из института Скриппса, направлен на поиск новых низкомолекулярных ингибиторов известных белковых соединений. Их замысел состоит в том, чтобы сосредоточиться на мутациях, которые были уже найдены в установленных соединениях для препаратов от малярии. Для этого проекта GFAM необходимо закрепить миллионы мелких молекул в нескольких белковых структурах рецептора. Мы делаем нечто совсем другое. Мы берем небольшие составные хиты соединения, которые уже были найдены и которые могут убить малярию, и пытаемся выяснить, с какими белками эти соединения нужно связывать. Крупные фармацевтические компании обработали более 3 млн. соединений и обнаружили 18924(хитов) которые эффективны против малярии. Но выяснить, где эти соединения связываются с паразитом или как они работают, будет сложно. Мы надеемся сделать это, состыковывая каждый хит(18924) с каждой структурой белка(5363). Главное преимущество, которое мы имеем перед проекту GFAM, состоит в том, что мы ЗНАЕМ, что соединения которые мы используем, уже работают против малярии. Если мы выясним, какой белок они подавляют, то это откроет целую область исследований: - что белок делает (биохимия)? - на что это похоже (кристаллография рентгена)? - мы можем найти лучшие ингибиторы (лекарственная химия)? - или одного лидерство достаточно, что бы вылечить болезнь(клиническая фармакология)? Основным недостатком является то, что мы никогда не сможем охватить весь протеом. Некоторые белки естественно не упорядочены и останутся непрозрачными к кристаллографии или моделированию. Но мы постараемся сделать лучшую попытку. У нас уже есть структуры(рентгеновские или моделированные) для 1426 из 5363 белков (26%), и мы будем продолжать делать моделирования более сложных белков. Если бы мы пробовали это только с одной частью соединений(1426), то мы имели бы шансы на успех 1:4. Но поскольку мы попробуем это почти 19 000 раз, у нас должны быть довольно хорошие шансы на успех. Я был бы рад, если бы нам удалось найти хотя бы одну новую цель в борьбе с малярией, так как это может быть Ахиллесова пята для болезни и путем её излечения. Новые препараты, разработанные из этого проекта открытой науки, будут направлены на новые цели, для того что бы у паразита не было возможности адаптироваться к препаратам. Как и все лекарства, они также в конечном счете потерпят неудачу, но по крайней мере мы попытаемся найти новые препараты быстрее, чем паразит сможет развить сопротивление. Борьба продолжается... Промежуточные результаты (Show/Hide) -------------------- |
tiss |
Jan 9 2013, 20:43
Пост
#46
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 640 З нами з: 28-February 09 Користувач №: 952 Стать: Чол Free-DC_CPID |
у мну выхлоп где-то тыщ 20 в день. больше вряд ли выжму
-------------------- |
tiss |
Jan 10 2013, 10:31
Пост
#47
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 640 З нами з: 28-February 09 Користувач №: 952 Стать: Чол Free-DC_CPID |
Чёт у них пломалось
10.01.2013 10:31:26 | fightmalaria@home | update requested by user 10.01.2013 10:31:30 | fightmalaria@home | Fetching scheduler list 10.01.2013 10:31:45 | fightmalaria@home | Master file download succeeded 10.01.2013 10:31:50 | fightmalaria@home | Sending scheduler request: Requested by user. 10.01.2013 10:31:50 | fightmalaria@home | Reporting 600 completed tasks, requesting new tasks for CPU Куча заданий вывалилась с ошибкой. До этого была одна ошибка на 10 тыщ заданий -------------------- |
Bel |
Jan 20 2013, 23:43
Пост
#48
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 287 З нами з: 3-September 10 Користувач №: 1 476 Стать: Чол |
Новая команда в проекте - CHARITY TEAM CONTEST.
http://boinc.ucd.ie/fmah/forum_thread.php?id=69 http://boincstats.com/ru/stats/136/user/list/0/0/229/0 Аж приятно смотреть на эту вакханалию =) Заданий выгребли кучу, готовых к отправке штут 50 крутится в среднем каждую секунду. Боюсь на ночь остнусь на сухпайке. |
tiss |
Jan 25 2013, 16:46
Пост
#49
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 640 З нами з: 28-February 09 Користувач №: 952 Стать: Чол Free-DC_CPID |
Таааак... Перед выходными у ЛХЦ задания кончились. Ну теперь вся моща сюда переключится!
-------------------- |
Bel |
Jan 25 2013, 17:18
Пост
#50
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 287 З нами з: 3-September 10 Користувач №: 1 476 Стать: Чол |
Таааак... Перед выходными у ЛХЦ задания кончились. Ну теперь вся моща сюда переключится! Тисс, переключайся на вцг или симап. Все задания выгребли CHARITY TEAM CONTEST, которые собрали тучу кранчеров под свое знамя. А сервер пока не такой мощный, что б генерить на такое кол-во народу достаточно заданий. Уже день 5-ый на симапе сижу, а с малярии штук 10 за день только выхватываю... |
tiss |
Jan 25 2013, 20:10
Пост
#51
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 640 З нами з: 28-February 09 Користувач №: 952 Стать: Чол Free-DC_CPID |
Таааак... Перед выходными у ЛХЦ задания кончились. Ну теперь вся моща сюда переключится! Тисс, переключайся на вцг или симап. Все задания выгребли CHARITY TEAM CONTEST, которые собрали тучу кранчеров под свое знамя. А сервер пока не такой мощный, что б генерить на такое кол-во народу достаточно заданий. Уже день 5-ый на симапе сижу, а с малярии штук 10 за день только выхватываю... Ша! Я уже в топ 100 вошел. В процессе (2120) тасков Лучшие участники 18 tiss 12,624 318,801 Ukraine 2 Jan 2013 | 20:34:32 UTC -------------------- |
Bel |
Jan 26 2013, 15:51
Пост
#52
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 287 З нами з: 3-September 10 Користувач №: 1 476 Стать: Чол |
За неделю кпд поднялся с 300,000 до 530,000 обрабатываемых заданий в день!
|
Bel |
Feb 3 2013, 15:28
Пост
#53
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 287 З нами з: 3-September 10 Користувач №: 1 476 Стать: Чол |
CHARITY TEAM CONTEST 2013 by Project FightMalaria@Home is finished now.
Жаль, что всего на две недели... зато есть куча вью. Налетай! |
Bel |
Mar 13 2013, 15:35
Пост
#54
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 287 З нами з: 3-September 10 Користувач №: 1 476 Стать: Чол |
Hi Guys,
We've decided to change the planned experiments. We now have the results required for paper 1 and are close to finishing the results for paper 2. Unfortunately we are lagging behind fmah with the actual analysis of results as there is a phenomenal amount of data. We are currently docking some high quality protein models against the MMV dataset. After that we will be docking molecules from chembl assays. We haven't fully decided what we will be docking after that. We have a few choices but we need to prioritize the most important ones. I'll keep you posted. Thanks for your help! Kevin |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 26th September 2024 - 15:27 |