Poem@home, Моделирование структуры белка |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
Poem@home, Моделирование структуры белка |
nikelong |
Dec 25 2007, 18:59
Пост
#1
|
Тера ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 11 909 З нами з: 19-March 05 Користувач №: 92 Стать: Чол |
Проект "Poem@home" ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Официальный сайт Статистика по команде "Ukraine" Статистика на фришниках Статистика на фришниках по команде "Ukraine" ТОП-20 участников: ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Дата основания команды - 22.10.2007 Капитан - uNiUs ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Для присоединения к команде Украины: 1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!) 2. Перейдите в "расширенный вид" 3. Выберите сервис ---> добавить проект 4. Введите адрес проекта http://boinc.fzk.de/poem/ 5. Введите свои регистрационные данные. 6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше. 7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты. ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Полезная информация: Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи: 1) пара e-mail/пароль 2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число. Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем! ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Описание проекта: Моделирование струтуры белка, используется модифицированный метод молекулярной динамики с помощью стохастической оптимизации. Проект занимается поиском молекул, которые могут заблокировать хемокины (хемотаксические цитокины), что даст возможность блокировать различные процессы в организме на уровне клеточных рецепторов, например, остановить воспалительный процесс. Ведется совместная работа с проектами, посвященными малярии, онкологии, болезни Алцгеймера. В будущем планируется разработать метод моделирования белковых молекул, которые уже могут использовать фармацевты, врачи, ученые, а также детально изучить структуру мебранных белков. Вопрос: "Действительно ли поект POEM@Home отличается от других проектов, изучающих белки?" (Show/Hide) Вопрос: "Сворачивая новую последовательность, как ваш метод будет моделировать действие компаньонок (не нашел другого значения слова chperones) ? Вы участвовали в каком-нибудь недавнем соревновании CASP?" (Show/Hide) Вопрос: Мы хотели бы знать о болезнях, которые Poem@Home мог помочь лечить? (Show/Hide) Вопрос: Что Вы можете сказать на утверждение доктора Бейкера: Розетта использует физически детальную модель всего атома, и была бесспорно лучшим методом до настоящего времени для новых всерток, а также для того, чтобы проектировать новые белки. (Show/Hide) Ссылки по теме:График ППД команды за последние 60 дней: (Show/Hide) http://www.boinc-af.org/content/view/806/219/ http://www.dp.by/wiki/Projects/Poemathome http://wiki.bc-team.org/index.php?title=POEM%40home/en http://www.irelandboinc.com/projects/40-pr...ts/102-poemhome Це повідомлення відредагував x3mEn: May 23 2012, 21:17 |
Rilian |
Jun 8 2010, 22:50
Пост
#31
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
интересно у кого точнее предсказание структуры на CASP9, у Поем или у Розетты?
-------------------- |
Death |
Jun 9 2010, 10:42
Пост
#32
|
<script ///> Група: Moderators Повідомлень: 6 371 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com |
сделай опорос ))
мы походу щитали за всех ))) -------------------- |
Rilian |
Jun 9 2010, 10:59
Пост
#33
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
сделай опорос )) мы походу щитали за всех ))) я имею ввиду, у кого из проектов оказался лучший алгоритм -------------------- |
Gelo |
Jun 9 2010, 13:19
Пост
#34
|
мрію про ферму... Група: Trusted Members Повідомлень: 204 З нами з: 17-July 09 З: Дніпропетровськ Користувач №: 1 114 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Microsoft Windows 7 Ultimate (64-bit), DualCore Intel Pentium E2160@ 3000 MHz, 2048 Гб - озу, ATI Radeon HD 5870(gpu 960Mhz), ATI Radeon HD 5770(gpu 960Mhz), 250 и 500 Гб винты. |
интересно у кого точнее предсказание структуры на CASP9, у Поем или у Розетты? думаю узнаем когда CASP9 завершится: QUOTE Timetable Registration for the experiment will start in the last week of March 2010. Testing of server connectivity ("dry run" for server predictors) will be conducted starting April 14. The first prediction targets will be released not earlier than May 3; the last prediction targets will be released not later than July 17; prediction season will end not later than July 31. Refinement experiment will end not later than August 20. Abstracts describing the methods tested in CASP9 will be collected in September. At the same time we will open registration for the meeting. The meeting will take place on December 5-9, and approximately one month before that groups with the most accurate and interesting predictions will receive invitations to give talks. -------------------- (Show/Hide) |
Gelo |
Jun 25 2010, 19:12
Пост
#35
|
мрію про ферму... Група: Trusted Members Повідомлень: 204 З нами з: 17-July 09 З: Дніпропетровськ Користувач №: 1 114 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Microsoft Windows 7 Ultimate (64-bit), DualCore Intel Pentium E2160@ 3000 MHz, 2048 Гб - озу, ATI Radeon HD 5870(gpu 960Mhz), ATI Radeon HD 5770(gpu 960Mhz), 250 и 500 Гб винты. |
June 25 , 2010 - CASP 9 T523 results available, POEM++
The official (preliminary) official PDB structure for Target T523 was released - we had achieved an excellent RMSD of 1.16 Angstroms. Check out a picture of the comparison on the Result page (at the bottom). Apart from that the new version of POEM called POEM++ is coming along. The first SIMD optimised release can be expected quite soon. Блин , кто знает английский переведите плиз, а то от машинного перевода можно мозг сломать -------------------- (Show/Hide) |
corsar83 |
Jun 25 2010, 19:20
Пост
#36
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 426 З нами з: 28-January 10 Користувач №: 1 282 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750 |
Хвалят отличные результаты CASP 9 T523. Картинку структуры можно увидеть на странице результатов. И клянутся, что скоро выйдет новая версия POEM. Вот так
-------------------- |
Gelo |
Jun 25 2010, 19:41
Пост
#37
|
мрію про ферму... Група: Trusted Members Повідомлень: 204 З нами з: 17-July 09 З: Дніпропетровськ Користувач №: 1 114 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Microsoft Windows 7 Ultimate (64-bit), DualCore Intel Pentium E2160@ 3000 MHz, 2048 Гб - озу, ATI Radeon HD 5870(gpu 960Mhz), ATI Radeon HD 5770(gpu 960Mhz), 250 и 500 Гб винты. |
-------------------- (Show/Hide) |
re_SET |
Jun 25 2010, 21:10
Пост
#38
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 454 З нами з: 26-January 09 З: Волинська обл., смт. Любешів Користувач №: 911 Стать: Чол Парк машин: 1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz) |
Хвалят отличные результаты CASP 9 T523. Картинку структуры можно увидеть на странице результатов. И клянутся, что скоро выйдет новая версия POEM. Вот так Жаль только, что пока НСС в приоритетах )) -------------------- Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...
(Show/Hide) |
Salmonella |
Jun 27 2010, 05:01
Пост
#39
|
кранчер-новачок Група: Trusted Members Повідомлень: 38 З нами з: 10-June 10 Користувач №: 1 414 Стать: Чол |
Хвалят отличные результаты CASP 9 T523. Картинку структуры можно увидеть на странице результатов. И клянутся, что скоро выйдет новая версия POEM. Вот так Новая версия ПОЭМ будет SIMD. Это может понравиться не всем. OpenCL задерживается на неопределённое время. Да, и в предыдущем CASP8, если я правильно понял, ПОЭМ был где-то во второй половине списка. Д. Бейкер, всё-равно, всех победил. В этот раз, видно, получше будет результат. |
ReMMeR |
Jul 7 2010, 10:21
Пост
#40
|
----===[ oO ]===---- Група: Team member Повідомлень: 2 910 З нами з: 20-October 05 З: Quake arena Користувач №: 135 Стать: Чол Free-DC_CPID |
Реквестирую создание коммандного аккаунта distributed.org.ua, и инструкцию в шапку как подрубиться по слабому ключу на коммандный аккаунт.
-------------------- (Show/Hide) |
Gelo |
Jul 23 2010, 23:47
Пост
#41
|
мрію про ферму... Група: Trusted Members Повідомлень: 204 З нами з: 17-July 09 З: Дніпропетровськ Користувач №: 1 114 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Microsoft Windows 7 Ultimate (64-bit), DualCore Intel Pentium E2160@ 3000 MHz, 2048 Гб - озу, ATI Radeon HD 5870(gpu 960Mhz), ATI Radeon HD 5770(gpu 960Mhz), 250 и 500 Гб винты. |
July 22 , 2010 - More CASP 9 results available
Some more experimental structures were released in the CASP9 benchmark. The results look very very promising. Head over to the resultpage to check them out. A big THANKS goes out to all you volunteers for making our current participation in CASP9 possible! -------------------- (Show/Hide) |
corsar83 |
Jul 31 2010, 17:27
Пост
#42
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 426 З нами з: 28-January 10 Користувач №: 1 282 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750 |
July 30 , 2010 - Last CASP targets
The last four CASP targets are on POEM@HOME. Three of those will be submitted tomorrow - the last one T643 will still run for a week, but not on the complete POEM@HOME resources. Together with our prediction protocol we will start a folding simulation for this job _from zero_ so without any knowledge about secondary structure and so on as job data_487. Thanks for making all this possible! -------------------- |
corsar83 |
Aug 11 2010, 15:17
Пост
#43
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 426 З нами з: 28-January 10 Користувач №: 1 282 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750 |
Aug 08 , 2010 - CASP over!
Finally the CASP protein structure assessment is over. Thanks to you we could process all HUMAN/SERVER targets in this year of CASP. Currently not all experimental structures are available for comparison with our prediction; we will keep you posted once they are. A big thanks again for making this huge effort and our participation possible! -------------------- |
corsar83 |
Aug 21 2010, 14:14
Пост
#44
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 426 З нами з: 28-January 10 Користувач №: 1 282 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750 |
Aug 19 , 2010 - Downtime on Monday
On Monday the 23rd we will have a longer downtime period starting from 9:00 am CEST. During this period we will install the new server daemons needed for our next generation POEM++. The website should only be down for a couple of minutes if everything goes alright. The BOINC infrastructure underneath and also the mysql server will be down a bit longer. Thanks for your help and sorry for the inconvenience. -------------------- |
Gelo |
Sep 7 2010, 19:18
Пост
#45
|
мрію про ферму... Група: Trusted Members Повідомлень: 204 З нами з: 17-July 09 З: Дніпропетровськ Користувач №: 1 114 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Microsoft Windows 7 Ultimate (64-bit), DualCore Intel Pentium E2160@ 3000 MHz, 2048 Гб - озу, ATI Radeon HD 5870(gpu 960Mhz), ATI Radeon HD 5770(gpu 960Mhz), 250 и 500 Гб винты. |
Sep 07 , 2010 - POEM++ CPU client release
English: The big moment has come. We plan to release the first CPU client of POEM++ on Thursday the 16th of September. On this day we will release the Linux 64BIT client, followed by the Windows 32BIT on Friday the 17th (if there are no major regressions found, which we will report on.) If this also goes well the Windows 64BIT and Linux 32BIT clients will follow the 27th and 28th. GPU applications are also in the pipeline, but we won't give any releasedate, until the CPU app is proven to work stable on POEM@HOME. Thanks for your enormous patience. -------------------- (Show/Hide) |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 27th September 2024 - 09:54 |