MolDynGrid, Virtual Laboratory |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
MolDynGrid, Virtual Laboratory |
Alien |
Jan 12 2010, 03:32
Пост
#1
|
Разработчик MolDynGrid Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb |
MolDynGrid Virtual Laboratory
QUOTE Віртуальна лабораторія MolDynGrid створена у вересні 2008 р. для вирішення задач в галузях структурної біології і біоінформатики, які потребують значних витрат машинного часу та оперують великими об'ємами інформації. Мета створення ВО полягає в розробці ефективної інфраструктури для проведення in silico розрахунків молекулярної динаміки (МД) біологічних макромолекул (білків, нуклеїнових кислот та їхніх комплексів) у водно-іонному оточенні в часовому інтервалі до 100 нс. MolDynGrid є частиною проекту розвитку Грід-сегменту Національної академії наук України з обчислювальними кластерами Київського національного університету імені Тараса Шевченка, Інститутів молекулярної біології і генетики (ІМБіГ), клітинної біології і генетичної інженерії (ІКБГІ), теоретичної фізики (ІТФ) та ін. Використання ресурсів ВО MolDynGrid є вільним та безкоштовним для зареєстрованих членів за умови дотримання правил користування. http://moldyngrid.org QUOTE публикации 2010 года: (Show/Hide) публикации 2009 года: (Show/Hide) (Show/Hide) -------------------- |
Sergyg |
Jan 22 2010, 21:41
Пост
#16
|
Гидробиолог Група: Trusted Members Повідомлень: 947 З нами з: 1-April 09 З: Dnipropetrovsk Користувач №: 980 Стать: Чол Парк машин: мозок - понад GPU, CPU та GPU+CPU |
(видео ролик - первый слайд презентации) Мы тоже мыслим онологично Вот интро: http://upload.com.ua/get/901331349/ только конечная цель там немного другая, хотя тоже сети. (этим вот и зарабатываю на кусочек хлеба, т.е. создание ролика, а не то, что там рекламирываеццо) ...и 1 неясность на ровном месте, но это уже не имеет значения... ещё раз прочитал то место, у вас все правильно, это я - читал ночью я вот как раз все время не понимал, почему в Folding@home такие мелкие молекулы считаются? как бы в жизни более актуальны более крупные и сложноустроенные. (как раз Rosetta@home работает с бОльшими, но, повторюсь, вроде как отдельные атомы там не видны, т.е. используются какие-то оптимизации для уменьшения детализации и соотв ускорения). А у вас таки очень немаленькие молекулы. Но я должен признаться, что курса молекулярной биологии у нас не было, да и цикл Креббса я мог держать в голове не более 1 недели. Т.е. ваши исследования мудрёны |
Alien |
Jan 22 2010, 22:10
Пост
#17
|
Разработчик MolDynGrid Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb |
(видео ролик - первый слайд презентации) Мы тоже мыслим онологично Вот интро: http://upload.com.ua/get/901331349/ только конечная цель там немного другая, хотя тоже сети. (этим вот и зарабатываю на кусочек хлеба, т.е. создание ролика, а не то, что там рекламирываеццо) симпотно, даже догадываюсь как и в чем было сделано =) я тоже планировал сперва подзарабатывать на визуализации научных результатов.. я вот как раз все время не понимал, почему в Folding@home такие мелкие молекулы считаются? как бы в жизни более актуальны более крупные и сложноустроенные. (как раз Rosetta@home работает с бОльшими, но, повторюсь, вроде как отдельные атомы там не видны, т.е. используются какие-то оптимизации для уменьшения детализации и соотв ускорения). А у вас таки очень немаленькие молекулы. Но я должен признаться, что курса молекулярной биологии у нас не было, и цикл Креббса я мог держать в голове не более 1 недели. Вот. все зависит от тематики отдела.. У Панды одни у нас другие, некоторые вообще занимаются мембранными белками, а это в несколько раз больше и медленнее считается... Насчет отдельных атомов, то ты несовсем правильно понял. Есть координаты ввиде цифр, которые идут на расчеты, а есть визуализация уже посчитанных результатов. Одни и теже координаты визуализировать можно по разному принципу, к примеру на атомарном уровне, по вандерваальсовским радиусам, по вторичной структуре.. Тоесть к расчетам это не имеет особо отношений. -------------------- |
Death |
Jan 22 2010, 23:40
Пост
#18
|
<script ///> Група: Moderators Повідомлень: 6 371 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com |
а архив.орг не помогает? что за платные статьи, просвети плз.
-------------------- |
Death |
Jan 23 2010, 00:01
Пост
#19
|
<script ///> Група: Moderators Повідомлень: 6 371 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com |
и да, на егее щас собирают доклады - вы что-нить послали?
-------------------- |
Alien |
Jan 23 2010, 00:28
Пост
#20
|
Разработчик MolDynGrid Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb |
мы пока не участники егее, для этого нужен жлайт, пока не сертифицированный.. Скоро обратимся в Польшу за помощью.
Их проект заканчивается через пару месяцев, скорее всего будут отчитываться те, кто участвовал и получал финансирование. а архив.орг не помогает? что за платные статьи, просвети плз. к примеру через сайнс директ, доступ к статьям физкем, компьютейшенал кемистри и т.д. -------------------- |
Death |
Jan 23 2010, 01:18
Пост
#21
|
<script ///> Група: Moderators Повідомлень: 6 371 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com |
ну я кол 4 пейперс не читал, мне лень, но если есть наработки почему бы не послать? они будут отбирать участников для орального доклада по присланным бумажным докладам. вроде так.
или послать нечего? -------------------- |
Alien |
Jan 23 2010, 13:28
Пост
#22
|
Разработчик MolDynGrid Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb |
Насчет егее доклада, я этой информацией не владею, но узнаю.
А что касается есть ли что предоставить, то есть и предоставляли и нас приглашали на выступление в Италию, 2009 год... Salnikov A.O. , Sliusar I.A., Sudakov O.O. , Savytskyi O.V., Kornelyuk O.I. "MolDynGrid Virtual Laboratory as a part of Ukrainian Academic Grid infrastructure" Proceedings of IEEE International Workshop on Intelligent Data Acquisition and Advanced Computing Systems: Technology and Applications. – 2009. –P.237-240. https://moldyngrid.org/forum/uploads/MDG/IDAACS_2009.rar https://moldyngrid.org/forum/uploads/MDG/ID...ynGrid_upd.pptx Salnikov A.O., Sliusar I.A., Sudakov O.O., Boyko Yu.V. and Kornelyuk O.I. IMPLEMENTING THE FILE STORAGE SYSTEM IN THE UKRAINIAN ACADEMIC GRID INFRASTRUCTURE 21st International CODATA Conference Scientific Information for Society - from Today to the Future, 2008 http://www.codata.org/08conf/abstracts/Sal...GE%20SYSTEM.htm https://moldyngrid.org/forum/uploads/MDG/CO...rid_Storage.ppt R. Nikolaenko, F. Tereschenko, A. Savitsky, A. Kornelyuk “Molecular dynamics simulation of human tyrosyl-tRNA synthetase and its mutant forms associated with Charcot-Marie-Tooth neuropathy.” Polish – Ukrainian research collaboration meeting, Warsaw, International Institute of Molecular and Cell Biology, May 14, 2009 Это тоже связано с MolDynGrid. Вот сейчас недавно наши приехали из Нидерландов, конференция связана с http://www.enmr.eu будем заключать с ними сотрудничество. Они очень заинтересовались нашей лабораторией, даже не подозревали, что такое может быть в нашей стране. Они только планируют сделать нечто подобное ввиде удобного веб-интерфейса под Грид инфраструктуру. -------------------- |
Alien |
Jan 24 2010, 02:27
Пост
#23
|
Разработчик MolDynGrid Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb |
Ну вот, сегодня исторический день для лаборатории MolDynGrid, первый зарубежный пользователь, из Нидерландов добавлен в состав нашей VO.
User's DN and CA:/O=dutchgrid/O=users/O=universiteit-utrecht/OU=chem/CN=Nuno Loureiro Ferreira осталось перевести портал на английский язык =) -------------------- |
nikelong |
Jan 24 2010, 12:47
Пост
#24
|
Тера ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 11 909 З нами з: 19-March 05 Користувач №: 92 Стать: Чол |
Поздравляю с расширением!
-------------------- |
Rilian |
Jan 24 2010, 13:15
Пост
#25
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Круто! Я рад что наша наука развивается
-------------------- |
Alien |
Jan 24 2010, 14:01
Пост
#26
|
Разработчик MolDynGrid Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb |
Спасибо, ребята... В честь этой новости выложу схему посещаемости к нам из мира, за последние 10 месяцев.
Это при том, что мы не рекламировали себя и не приглашали, особо. Хотели сперва все нормально доделать. Ukraine, Poland, United States, Netherlands, Italy, Norway, France, Romania, Russia, Finland -------------------- |
Rilian |
Jan 26 2010, 01:13
Пост
#27
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
У нас есть отделы которые занимаются в биохим военных областях, для многих пользователей безопасность к доступу важна. а что они считают если биологическое оружие запрещено?? -------------------- |
Alien |
Jan 26 2010, 01:27
Пост
#28
|
Разработчик MolDynGrid Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb |
а что они считают если биологическое оружие запрещено?? Это не обязательно оружие, но объект с повышенным уровнем доступа. В данном случае они у нас не считают и врядле связаны с теоретическими вычислениями..скорее экспериментаторы. Что касается вычислений, то при том же поиске лиганда, потенциального лекарственного препарата, таким же методом можно найти оружие массового поражения =) Если о добрых целях, то перед тем как утвердить лиганд на эксперимент с животными или людьми, нужно сперва проверить на безопасность, работая с человеческими белками. Практически невозможно перебрать все сегодня, поэтому и возникают побочные эффекты (если речь о драг дизайне, поиске ингибиторов). Возможно плохо объяснил последнюю часть, но я знаком с процессом поиска лекарственных препаратов, методом компьютерных вычислений..если будут вопросы - спрашивайте, постараюсь ответить. -------------------- |
Rilian |
Jan 26 2010, 01:31
Пост
#29
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
То есть военные также считают докинг (в своих добрых целях) ?
не понимаю что могут считать военные кроме оружия? не лекарство же от гриппа? -------------------- |
Tamagoch |
Jan 26 2010, 11:29
Пост
#30
|
Мультікранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 731 З нами з: 27-September 03 З: Бровари Користувач №: 18 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Xeon 2690v2 (6x quiet mode), AMD Ryzen 5 3600 (6x no-HT), Intel i5 3rd gen (4x), а також все інше під рукою |
позже можно будет переделать этот топик в интервью и на главную
-------------------- (Show/Hide) |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 27th September 2024 - 05:08 |