Биологический проект Налаштування

[Alien]

Как насчет сделать клиенты для громакса\намда с практическим применением в НИИ академии наук Украины?

[Death]

надо делать свой DDOS@Home

[Khvastov Maxim]

Можно сделать проект на AI тематику - Имитационное моделирование, с шахматами и библиотекаршами нейросетями и интеллектуальными агентами

[Alien]

я имею ввиду по направлению биологии...

[Death]

ап.

Рильян, сколько по времени займёт засетапать боинковый сервак?

Alien, ты решил ЧТО будешь считать и чем?

[Alien]

да собственно давно решил..мне нужно знать какие технические ограничения будут.. одна задача\ядро-два или одну задачу можно будет распаралелить на тысячи юзеров? Нужно будет попробовать практически в громаксе..
если только на одно ядро, то тогда настроим моделлер, для моделирования ансамблей... Сделаем крутой проект... К примеру сегодня мы генерируем 500 моделей, а благодаря тысячам ядер мона сделать в десятки тыщ раз больше...Это колоссальная статистика... будет прорывом..
С громаксом сложнее, ему важны минимальные задержки между юзерами.. но стоит попробовать...

Даю тестовый файл для громакса https://moldyngrid.org/forum/uploads/MDG/linker_md.tpr
1- нужно заинсталлить громакс ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-4.0.7.tar.gz ( есть и для виндовс версии http://www.gromacs.org/index.php?title=Dow...on_Instructions )
2- я уже писал как выглядит команда..

2.1- ПП GROMACS, запуск самой МД, программой mdrun
выглядит это так

CODE

mdrun_mpi -s linker_md.tpr -g linker_md.log -o linker_md.trr -x linker_md.xtc -e linker_md.edr -c linker_md.gro -cpo linker_md.cpt -v  -nice 0

для самого этапа динамики входящий только один файл linker_md.tpr, он вмещает в себя все необходимое. Остальные файлы это выходящие..
данная задача не должна требовать более 300 мб озу на ядро. Настроена для 20 нс динамики вроде..

[Algon]

Не знаю как насчет Linux, но в инструкции по установке на Windows x64 разобраться очень непросто: http://machine-phase.blogspot.com/2009/04/...dows-vista.html

К тому-же, насколько я понял, там описывается установка более ранних версий, или это не имеет особого значения?
Если не очень сложно, просмотрите пожалуйста инструкцию, все ли подойдет для этой задачи?

Если там все нормально, попробую просчитать тестовую задачу на QX или Xeon-кластере.

[Alien]

вот еще один пример для инсталляции http://www.gromacs.org/index.php?title=Dow...ghlight=Windows
по идее разницы не должно быть, хоть я лично и не пробовал.

Здесь еще есть отдельная версия для виндовс http://www.gromacs.org/index.php?title=Dow...686//MS_Windows
http://www.gromacs.org/@api/deki/files/85/...ver2008Port.zip

[Algon]

Пакет для HPC 2008 (gromacs-4.0.2-MSHPCServer2008Port.zip) не запускается на CCS 2003 (выдает error#3920 - endpoint not match)

Пакет для Win32 (gromacs_win32.zip) говорит, что несоответствуют версии задачи и громакса:

Reading file linker_md.tpr, VERSION 4.0.4 (single precision)
Fatal error: reading tpx file (linker_md.tpr) version 58 with version 24 program

Чуть позже попробую по инструкции отсюда: http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-use...ber/044792.html но там описывается установка Gromacs-4.0.5, так что скорее всего снова получим несоответствие версий.

[Alien]

эээ..ок ща переделаю на 407
не думал что будет настолько принципиально...

[Alien]

заменил файлик полученный в 407 https://moldyngrid.org/forum/uploads/MDG/linker_md.tpr

[Algon]

Установил Cygwin, сконфигурировал и скомпилировал FFTW 3.2.2. Сейчас компилируется Gromacs 4.0.7, уже примерно 2 часа на QX9650, сколько еще понадобится времени - непонятно. По результатам отпишусь.

Инструкция http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-use...ber/044792.html содержит ошибки, кое-что исправил, сейчас выдается только Warning по поводу отсутствия каких-то статических линков. Если все пройдет нормально, сделаю нормальную инструкцию по установке на Windows.

В таком виде как сейчас, все это долго, сложно и требует от пользователя неплохой подготовки в использовании компьютеров и базовой подготовки в программировании.

UPD: Все скомпилировалось без ошибок, запустил расчет. Что-то делает:


Занято 1 ядро и около 15 метров памяти. Понравилась строка "Loaded with Money"

UPD2: Не сразу заметил, что прогресс показывает в самом верху. Сейчас "step 14600, will finish Wed Nov 17 11:24:58 2010" то есть общее прогнозируемое время выполнения задачи почти 6 месяцев. Ничего себе...

[Alien]

круто, умничка что разобрался!
можно скомпилировать с mpi для параллелизации. хз как оно на винде..
Ждемс туториала по установке для виндовс.
пол года..ммм .. У меня тогда стояло 1000 нс, можно сократить, если хочешь, до 1 нс (нужно мне будет переделать проект).

теперь вопрос, можно ли эту одну задачу распараллелить между кранчерами? Или только в предалах одного ПК\сервера?

[Algon]

можно скомпилировать с mpi для параллелизации. хз как оно на винде..

А вот здесь можно подробнее? Я вроде как в общих чертах разобрался с этим Cygwin и нарыл кучу материала по нему. Теоретически он позволяет компилить под Windows любые исходники для Linux (кроме разве что уж совсем специфических). Но имеет и свои недостатки, например жесткую привязку к машине и учетке пользователя. Нужно разбираться дальше, скорее всего этого можно избежать.

Ждемс туториала по установке для виндовс.

Ок, до понедельника сделаю.

пол года..ммм .. У меня тогда стояло 1000 нс, можно сократить, если хочешь, до 1 нс (нужно мне будет переделать проект).

Если получится скомпилировать с MPI, есть идея как пихнуть все это на наш кластер. Там такая задача посчиталась бы примерно за 20-30 часов.

теперь вопрос, можно ли эту одну задачу распараллелить между кранчерами? Или только в предалах одного ПК\сервера?

Пока ответить затрудняюсь, нужно попробовать с MPI на отдельной машине, на кластере и гриде. Сейчас у меня маловато данных для выводов.

Встречный вопрос: можно ли по этой задаче как-то проверить промежуточные результаты, чтобы убедиться, что все работает как нужно? Или действительно лучше будет просчитать короткую задачу?
В настоящий момент Step 247600

[Alien]

уточню как делают с мпи.
а что у вас за кластер и организация. если не секрет?
Визуальные результаты проверить можно...
Для этого достаточно файла *.xtc и https://moldyngrid.org/forum/uploads/MDG/linker_pdb2gmx.gro
В программе VMD открывается сперва *.gro а потом созданный при расчете *.xtc и смотришь динамику...
для анализа траекторий достаточно
*.tpr и *.xtc

[Algon]

По поводу нашей организации отвечу в ЛС.
Если такой вариант: я останавливаю задачу (кстати как ее правильно останавливать? я этого пока не нашел) и отправляю вам эти файлы? Если все Ок, работаем дальше, если что-то не так - разбираемся и исправляем.