Poem@home, Моделирование структуры белка |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
Poem@home, Моделирование структуры белка |
nikelong |
Dec 25 2007, 18:59
Пост
#1
|
Тера ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 11 909 З нами з: 19-March 05 Користувач №: 92 Стать: Чол |
Проект "Poem@home" ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Официальный сайт Статистика по команде "Ukraine" Статистика на фришниках Статистика на фришниках по команде "Ukraine" ТОП-20 участников: ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Дата основания команды - 22.10.2007 Капитан - uNiUs ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Для присоединения к команде Украины: 1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!) 2. Перейдите в "расширенный вид" 3. Выберите сервис ---> добавить проект 4. Введите адрес проекта http://boinc.fzk.de/poem/ 5. Введите свои регистрационные данные. 6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше. 7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты. ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Полезная информация: Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи: 1) пара e-mail/пароль 2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число. Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем! ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Описание проекта: Моделирование струтуры белка, используется модифицированный метод молекулярной динамики с помощью стохастической оптимизации. Проект занимается поиском молекул, которые могут заблокировать хемокины (хемотаксические цитокины), что даст возможность блокировать различные процессы в организме на уровне клеточных рецепторов, например, остановить воспалительный процесс. Ведется совместная работа с проектами, посвященными малярии, онкологии, болезни Алцгеймера. В будущем планируется разработать метод моделирования белковых молекул, которые уже могут использовать фармацевты, врачи, ученые, а также детально изучить структуру мебранных белков. Вопрос: "Действительно ли поект POEM@Home отличается от других проектов, изучающих белки?" (Show/Hide) Вопрос: "Сворачивая новую последовательность, как ваш метод будет моделировать действие компаньонок (не нашел другого значения слова chperones) ? Вы участвовали в каком-нибудь недавнем соревновании CASP?" (Show/Hide) Вопрос: Мы хотели бы знать о болезнях, которые Poem@Home мог помочь лечить? (Show/Hide) Вопрос: Что Вы можете сказать на утверждение доктора Бейкера: Розетта использует физически детальную модель всего атома, и была бесспорно лучшим методом до настоящего времени для новых всерток, а также для того, чтобы проектировать новые белки. (Show/Hide) Ссылки по теме:График ППД команды за последние 60 дней: (Show/Hide) http://www.boinc-af.org/content/view/806/219/ http://www.dp.by/wiki/Projects/Poemathome http://wiki.bc-team.org/index.php?title=POEM%40home/en http://www.irelandboinc.com/projects/40-pr...ts/102-poemhome Це повідомлення відредагував x3mEn: May 23 2012, 21:17 |
Rilian |
Jan 27 2009, 22:18
Пост
#16
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Jan 24 , 2009 - From 24.01 to 08.02 a Benefiz Crunching project will be held on our project. During this timeframe we wanted to crunch a project, which can be finished during the timeframe of the benefiz. More information about this project will be released on monday, so stay tuned. Workunits connected to this project will be running under the Peptide_ name. Although we were warned, we were overwhelmed by the support everybody is offering for the Benefiz-Crunching on our project. The shortage of workunits in the starting stages of the Benefiz Crunching should be over very soon as 80.000 workunits are in the generation queue at the moment. Thanks for your support! Уже несколько таких посчитал. На ВЮ на core 2 duo 2.1Ghz уходит до полутора часов -------------------- |
Rilian |
Jan 27 2009, 22:28
Пост
#17
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Подробнее о проекте 384
(кстати, на оф сайте оч интересная инфа о всех подпроектах - во первых есть рисунок белка, во вторых есть таблица по юзерам и командам кто предсказал лучшую структуру) Peptideanalysis 384 We have identified a few distinct protein sequences, which can enter a membrane and enriched them with some nearly similar sequences, which cannot. The main objective of the peptide jobs is to find structural insight as to why some peptides can permeate the membrane. The workunits processed here are therefore not usual folding attempts but rather fixed temperature thermodynamic simulations to elucidate the nature of the permeation ability. Изучаются белки которые могут проникать в мембраны клеток (например для доставки лекарств) а также немного измененные белки, которые не могут проникать сквозь мембрану. Цель этого подпроекта 384 - выяснить почему вторые не могут проникать в клетку и какие именно последовательности этому мешают http://boinc.fzk.de/poem/index.php?section...age&project=384 имхо проект = ФАХ2 -------------------- |
(_KoDAk_) |
Jan 27 2009, 23:08
Пост
#18
|
BOINC-guru Група: Trusted Members Повідомлень: 3 662 З нами з: 11-August 07 З: Kharkov Користувач №: 569 Стать: Чол Парк машин: E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям |
QUOTE есть рисунок белка это не рисунок, а полноценная 3D модель с Zoom и вращением да Poem изначально рулил и все больше и больше продолжает рулить да не зря ж сюда вгатили топовые команды стока мощностей и продолжают отжигать к тому же уних есть оптимистичный раздел: Results им осталось расширить количество платформ + х64 + CUDA ) QUOTE имхо проект = ФАХ2 ему бы такую спонсорскую поддержку а ну и формальность, что бы boincsynergy.com не считали его Beta Projects и я уже начинаю его ревновать к Розетте )))))) -------------------- - "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "
(Show/Hide) Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы. |
Tamagoch |
Feb 12 2009, 09:43
Пост
#19
|
Мультікранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 731 З нами з: 27-September 03 З: Бровари Користувач №: 18 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Xeon 2690v2 (6x quiet mode), AMD Ryzen 5 3600 (6x no-HT), Intel i5 3rd gen (4x), а також все інше під рукою |
ПОЕМ подтверждает теорию о том, что юзера дня дают чтобы вернуть человека в проект
позавчера переключил машину на магнетизм... -------------------- (Show/Hide) |
(_KoDAk_) |
Mar 10 2009, 12:25
Пост
#20
|
BOINC-guru Група: Trusted Members Повідомлень: 3 662 З нами з: 11-August 07 З: Kharkov Користувач №: 569 Стать: Чол Парк машин: E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям |
добавлен новый проект "Peptideanalysis 387"
We have identified a few distinct protein sequences, which can enter a membrane and enriched them with some nearly similar sequences, which cannot. The main objective of the peptide jobs is to find structural insight as to why some peptides can permeate the membrane. The workunits processed here are therefore not usual folding attempts but rather fixed temperature thermodynamic simulations to elucidate the nature of the permeation ability. To the right you will find the best energy structure (to date) of the first sequence. Below is a table of all the best energy structures and the people who have discovered them. This table will be updated once per day. To check out the other structures just click on the structure ID in the first column of the table. If you cannot see the Java applet on the right, please check your Java install. -------------------- - "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "
(Show/Hide) Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы. |
Arbalet |
May 15 2009, 18:12
Пост
#21
|
Штандартенкранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 2 647 З нами з: 16-August 05 Користувач №: 119 Стать: Чол Парк машин: FX-8320 + 1070Ti |
В проекте начато исследование системы секреции третьего типа у патогенных бактерий (Type III Secretion System Project, project 412). Эта система, подобно троянскому коню, позволяет бактериям заражать ежегодно сотни миллионов человек, вызывая тяжелые инфекционные заболевания.
Система секреции третьего типа (Type three secretion system, TTSS или T3SS) является одной из основных причин вирулентности таких бактерий как:
Особый интерес для исследователей из POEM@HOME представляет сигнал, запускающий механизм секреции белков третьего типа. Это ключевое событие в процессе инфицирования клетки и его нарушение (ингибирование) предположительно может лишить бактерии возможности заражать здоровые клетки. Характер сигнала секреции до настоящего времени неизвестен. Поэтому любое продвижение в данном направлении может стать основой для разработки антибиотиков нового типа, которые смогут значительно снижать вирулентность патогенных бактерий. В отличие от существующих антибиотиков, которые подавляют жизнеспособность размножающихся бактерий и вызывают массу побочных эффектов, новый тип препарата будет только ограничивать инфекционные возможности бактерий, не нанося непоправимого урона полезной микрофлоре человеческого организма. Патогенные бактерии, использующие систему секреции третьего типа — настоящий бич для развивающихся стран. Особенно часто от вызываемых ими инфекций страдают дети и люди с ослабленной иммунной системой, в частности, больные СПИДом. Постоянный рост резистентности (устойчивости) к антибиотикам бактерий вызывает острую необходимость в разработке новых методов борьбы с ними. Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) объявила кишечные инфекции одной из основных проблем в области глобального здравоохранения, и призывает к активным научным работам по данной проблематике. Будем надеяться, что результаты исследования системы секреции третьего типа, начатые проектом POEM@HOME, подарят нам надежду на появление новых антибиотиков. Интернет-журнал "Распределенные вычисления" -------------------- (Show/Hide) |
YuRi |
May 15 2009, 18:29
Пост
#22
|
BOINC-одессит Група: Trusted Members Повідомлень: 1 680 З нами з: 6-May 06 З: Odessa Користувач №: 211 Стать: Чол Парк машин: 25, від P-III/650 до C2D E4400@3GHz, переважна більшість Celeron 430@2.025GHz |
Патогенные бактерии, использующие систему секреции третьего типа — настоящий бич для развивающихся стран. Особенно часто от вызываемых ими инфекций страдают дети и люди с ослабленной иммунной системой, в частности, больные СПИДом. Постоянный рост резистентности (устойчивости) к антибиотикам бактерий вызывает острую необходимость в разработке новых методов борьбы с ними. Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) объявила кишечные инфекции одной из основных проблем в области глобального здравоохранения, и призывает к активным научным работам по данной проблематике. Будем надеяться, что результаты исследования системы секреции третьего типа, начатые проектом POEM@HOME, подарят нам надежду на появление новых антибиотиков. Блин, они что, действительно не понимают, что это замкнутый круг?Или они серьезно надеются побороть естественный отбор? Для борьбы с подобными "напастями" пока еще вполне достаточно привития народу элементарных гигиенических навыков. ИМХО в своей гонке за "новыми антибиотиками" они скорее добьются выведения таких штаммов бактерий, которым будет не страшен и ядренный взрыв. "Вот тогда мы похохочем" © -------------------- Гармонично недоразвитая личность
(Show/Hide) |
Death |
May 18 2009, 11:32
Пост
#23
|
<script ///> Група: Moderators Повідомлень: 6 371 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com |
YuRi, евгенику зобанели. социал-дарвинизм непопулярен.
что делать? -------------------- |
(_KoDAk_) |
May 22 2009, 11:37
Пост
#24
|
BOINC-guru Група: Trusted Members Повідомлень: 3 662 З нами з: 11-August 07 З: Kharkov Користувач №: 569 Стать: Чол Парк машин: E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям |
пофиксил инфу о команде
-------------------- - "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "
(Show/Hide) Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы. |
cosmo_vk |
Jun 25 2009, 07:22
Пост
#25
|
kранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 86 З нами з: 19-September 08 З: Ковров Користувач №: 828 Стать: НеСкажу Парк машин: всего по немногу |
чего-то команда Украины совсем не считает в проекте...
-------------------- |
(_KoDAk_) |
Jun 25 2009, 09:30
Пост
#26
|
BOINC-guru Група: Trusted Members Повідомлень: 3 662 З нами з: 11-August 07 З: Kharkov Користувач №: 569 Стать: Чол Парк машин: E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям |
та тяжелые времена ( + лето жара
+ ушли силы на наполнение таблички в подписи) (но эта работа почти выполнена на базовом этапе (по крайней меря для меня))) а теперь понемногу вернемся привычному ритму -------------------- - "ты говоришь так, будто тебя чай ваше не вставляет "
(Show/Hide) Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы. |
cosmo_vk |
Jun 25 2009, 10:59
Пост
#27
|
kранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 86 З нами з: 19-September 08 З: Ковров Користувач №: 828 Стать: НеСкажу Парк машин: всего по немногу |
у нас пока жары нету, так что щелкаем вушки как орехи.
Давайте начинайте считать, а то скоро вас догонят другие команды(типа University of British Columbia, они правда и нас(Russia) относительно скоро достанут). Так что усе на поднятие своего рейтинга! http://ru.boincstats.com/stats/overtake_st...ect=team&id=191 -------------------- |
Rilian |
May 21 2010, 09:51
Пост
#28
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 17 049 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
May 20 , 2010 -
After modeling the three helix bundle of Target 517 in Job CASP 439, CASP 440 relaxes the whole model now to pick out the energetically best. May 17 , 2010 - Also in 2010 POEM@HOME will participate in CASP 9. The first CASP workunits are from Target T517, where we try to fold a part of the protein (a three helix bundle) with POEM@HOME and merge it with another part created using homology information. The first week of CASP had only easy targets. The next weeks (especially June/July will bring more difficult targets according to the CASP commitee. CASP information link -------------------- |
corsar83 |
Jun 7 2010, 11:25
Пост
#29
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 426 З нами з: 28-January 10 Користувач №: 1 282 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750 |
June 02 , 2010 - CASP 9 T531 news, T540 and T544
The modeling of T531 can be considered a success. We found in total three dominant folds, which were all quite stable in the POEM forcefield, but only one had the disulfide bridges all developed. We will submit all three folds to CASP with the first one being the one with all disulfide brigdes developed - expect pictures on tuesday. Following will be a very short relaxation of T540 as job CASP442 and a longer relaxation of T544 as job 443. Job 445 will be a regular data job simulating the docking of Antithrombin with some protein ligands. May 28 , 2010 - CASP 9 T531 The results of the model for T517 look like a success. If our predictions are correct will only be known after CASP of course. The next job, which should go online today at night or early tomorrow will be the first real hard target T531. We generated models locally for this and they will now be relaxed in job CASP 441 to determine which is the most energetically feasible model. -------------------- |
Gelo |
Jun 8 2010, 21:02
Пост
#30
|
мрію про ферму... Група: Trusted Members Повідомлень: 204 З нами з: 17-July 09 З: Дніпропетровськ Користувач №: 1 114 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Microsoft Windows 7 Ultimate (64-bit), DualCore Intel Pentium E2160@ 3000 MHz, 2048 Гб - озу, ATI Radeon HD 5870(gpu 960Mhz), ATI Radeon HD 5770(gpu 960Mhz), 250 и 500 Гб винты. |
June 02 , 2010 - CASP 9 T531 resultpage
The modeling results of Target T531 are now visible on the resultpage . Thanks to everybody giving a helping hand here! -------------------- (Show/Hide) |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 27th September 2024 - 02:48 |