Docking@home, Изучаем механизм взаемодействия лиганда с белком Налаштування

[nikelong]

Проект "Docking@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

• Официальный сайт
• Официальная статистика по команде "Ukraine"
• Статистика на фришниках
• Статистика на фришниках по команде "Ukraine"
  
• Статус серверов проекта

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
ТОП-20 участников:



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 30.06.2008 Капитан - (_KoDAk_)
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://docking.cis.udel.edu/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------


О проекте:
Docking@home - совместный проект, который стремится решить проблемы как информатики, так и биологической науки. С точки зрения биологической науки, целью проекта является дальнейшее расширение знаний об атомных деталях взаимодействий лиганда белка и, изучая это, возможные поиски и открытие новых фармацевтических препаратов. С точки зрения информатики, этот проект стремится расширить круг добровольных вычислений, чтобы помочь адаптивному моделированию мультимасштабных приложений: различные модели, которые представляют природные явления с различным уровнем точности и требований к ресурсам, будут выбраны для выполнения, основанного на результатах, разработанных пока для характеристик комплекса лиганда белка. Docking@home вовлекает сотрудничество среди Университета Техаса - Эль-Пасо, Научно-исследовательский институт Scripps (TSRI), и Университет Калифорнии - Беркли и включен BOINC. Docking@home - часть проекта DAPLDS (или Динамически Адаптивный проект Системы Стыковки Лиганда белка) и поддержан Национальным Фондом Науки (национальный научный фонд).



Docking@Home привлекает к сотрудничеству Университет Техаса – Эль-Пасо, Научно-исследовательский институт Scripps (TSRI), и Университет Калифорнии – Беркли и использует для вычислений программное обеспечение с открытым исходным кодом – BOINC. Docking@Home – часть проекта DAPLDS (Dynamically Adaptive Protein-Ligand Docking System project или Динамически Адаптивный проект Системы Взаимодействия Белок-Лиганд) и поддержан Национальным Научным Фондом США (National Science Foundation).

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



http://www.boinc-af.org/content/view/245/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Dockingathome

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Docking%40home/en

http://www.polarseti.ru/page.php?23

https://distributed.ru/wiki/pro:docking

Це повідомлення відредагував nikelong: Sep 18 2010, 19:59

[corsar83]

Lentgh of cross-docking workunits
June 29, 2010 21:39 EST

The current workunits are cross-docking ligands with different protein conformations. Each workunit should last between 4 and 6 hours.


Текущие задания являются кросс-докинг лигандов с различными конформациями белка. Каждый из них должен считаться от 4 до 6 часов.

[ReMMeR]

Реквестирую создание коммандного аккаунта distributed.org.ua, и инструкцию в шапку как подрубиться по слабому ключу на коммандный аккаунт.

[corsar83]

Начали считать другой какой-то комплекс. По времени считает столько же, а начисляют не 138, а 102 очка. Зажлобились чото

[corsar83]

Чо за задания понеслись по 30 секунд и 102 бала. Глюк какойто чоли.

[corsar83]

Best ligand structures displayed
October 13, 2010 4:09 EST

Now our feature showcasing the best ligand conformations per complex is operational again!! You can see the most recent best results from here. Comunity->Best Results

[corsar83]

Maintenance work in server room
October 29, 2010 2:11 EST

During the first 2 weeks of November, there will be renovations in the server room where D@H is located, therefore we might experience some discontinuity in the job's production and validation. We will try to keep you informed before any major time down. Thanks for your patience!!

[Rilian]

Want to read more about D@H results?
March 29, 2011 8:48 EST

Downlad this paper to read more about results you help us to achive with D@H. Thanks!

[Rilian]

2011-10-02: The cross-docking simulations of our set of HIV complexes is almost done. This will allow us to start the statical analysis ofthe data collected with your help while starting a new set of cross-docking for a new protein, the trypsin.

[Rilian]

Nov 10, 2011 13:00 EST

The Docking@Home team is pleased to release the fourth Docking@Home newsletter to our volunteers. Enjoy the reading!

[Bel]

Голландцы склепали дрим тим. Сливают по 2.5 млн/день. Вот только как можно было умудрится за месяц привлечь 300 с лишним активных кранчеров в этот проект? Ботнетом балуются что ли..?
http://ru.boincstats.com/stats/user_stats....ti=46&co=&date=

[niggativ86]

Голландцы склепали дрим тим. Сливают по 2.5 млн/день. Вот только как можно было умудрится за месяц привлечь 300 с лишним активных кранчеров в этот проект? Ботнетом балуются что ли..?
http://ru.boincstats.com/stats/user_stats....ti=46&co=&date=

Кажись с WCG перешли сюда

[nikelong]

Bel,
Дык это ж Dutch Power Cows ! Это они и придумали "педали". Еще с динозаврских времен конца 90-х ...

[D@rs]

Скажіть, будь ласка, в мене Boinc налаштований на кілька проектів. Останнім часом не рахує нічого, окрім Docking-гу. Але кожне завдання має обраховуватися приблизно по 2:30-2:40 години, а потім чарівним чином завдання розтягуються до 24-х годин. При цьому вже за період ~10 днів не нараховано жодного балу. (CPU: AMD Phenom II x4 970 (3.5 GHz), працює цілодобово)

[Rilian]

D@rs, странно, http://docking.cis.udel.edu/community/resu...21088&offset=20 я не вижу завершенных заданий у тебя

если хочешь включи team viewer, пришли мне в личку номер и пароль сессии, я посмотрю что творится

[Bel]

D@rs, не хочу мешать выбирать проекты самостоятельно, тем более у нас каждый кранчит что хочет, но относительно Докинга могу сказать, что проект уже не вызывает доверия, как ранее. Скоро уже будет год, как не обновлялась инфа по результатам проекта. Что сейчас моделируют, какие цели далее? Непонятно. Тем более для таких масштабов моделирования докинга белка, мощности проекта все равно очень мало. Нужно хотя бы раз в 10 больше, на временной отрезок как миниму год. Поэтому предлагаю перевести ресурсы на проект World Community Grid, который проверенный временем и фин. вливаниями IBM , или FightMalaria@Home(недавно запустили, сам кранчу и агитирую за него). Есть проекты еще Poem@home, Simap, Rosetta@Home которые тоже проверенные.