Help Conquer Cancer, исследование структуры белков в раковых клетках Налаштування

[Rilian]

Читайте статьи о проекте на нашем сайте:
* Официальная статистика
* FAQ по проекту help conquer cancer
* Help Conquer Cancer
* Help Conquer Cancer - результаты проекта, январь 2008
* Help Conquer Cancer - результаты проекта, май 2008 (в переводе) :onpc:
* Help Conquer Cancer - результаты проекта, октябрь 2008 (в переводе) :onpc:
* Сайт Института Рака в Онтарио

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid

WCG запускает новый проект "Помоги Победить Рак", занимающийся улучшением результатов исследований белков методом рентгеновской кристаллографии. Это поможет не только записать части протеономы человека, но и улучшает понимание возникновения, развития и методы борьбы с раком. Проект спонсирует Институт Рака в Онтарио, Канада. Перейти на официальную страницу



Если Вы желаете помочь ученым в понимании такой сложной, многогранной и беспощадной болезни как Рак — присоединяйтесь к проекту распределенных вычислений "Help Conquer Cancer" (Помоги Победить Рак) основанный учеными из "Ontario Cancer Institute (OCI)" (Институт Рака в Онтарио), "Princess Margaret Hospital" (Госпиталь Принцессы Маргарет» и "University Health Network" (Университетская Сеть Здоровья).
Смысл помощи в том, чтобы предоставить ученым неиспользованное процессорное время вашего ПК для анализа фотографий белков сделанных методом "X-ray Crystallography" (Рентген кристаллография) с целью определения структуры этих белков и в дальнейшем понимания их роли в инициировании, течении и лечении Рака.

Миссия
Миссия проекта ПОМОГИ ПОБЕДИТЬ РАК состоит в том, чтобы улучшить результаты рентгеновской кристаллографии, которая помогает исследователям не только описать неизвестные структуры протеономы человека, но и большим образом понять как образуется рак, как он развивается, и как на него можно повлиять.

Важность проекта
Для того чтобы существенным образом повлиять на понимание рака и на его лечение, нужно не только открыть новые терапевтические подходы нацеленные на исследование метастаз (процесс распространения рака на другие органы тела), но и найти некие маркеры или структурные метки, с помощью которых можно было бы провести раннюю диагностику

Во время изучения многих форм рака, исследователи смогли сделать некоторые открытия даже имея ограниченное представление об участвующих в образовании рака белках. Однако, чтобы глубже понять и найти более эффективные способы лечения, необходимо исследовать все вовлеченные в процесс белки, их структуру и функции, чем и занимается данный проект. В основном это белки, характерные для раковых клеток, а также белки которые в них подавляются. Также исследуются белки которые были модифицированы и изменили свою структуру под воздействием рака.

С помощью рентгеновской кристаллографии исследователи смогут получить более точные данные о структуре этих белков. Это должно привести к более глубокому пониманию функций ракообразующих белков, и позволит найти потенциальные лекарства от смертельной болезни.

С начала проекта обрабатывалось 85 млн изображений.
По данным на 30 июня 2010, в данной фазе проекта обрабатывается более 115 млн изображений, каждое из них - на 2 разных компьютерах. Итого в проекте - 230 млн заданий.
По уточненным данным на 20 октября 2010, в данной фазе проекта обрабатывается более 105 млн изображений, каждое из них - на 2 разных компьютерах. Итого в проекте - 210 млн заданий.

Более 560 (на 1 января 2011) человек из украинской команды распределенных вычислений отдают свободные мощности своих компьютеров на эти исследования.

(Show/Hide)

Help Conquer Cancer project announcement:

World Community Grid takes great pleasure in announcing its newest research project: Help Conquer Cancer, sponsored by the Ontario Cancer Institute in Canada. The mission of Help Conquer Cancer is to improve the results of protein X-ray crystallography, which helps researchers not only annotate parts of the human proteome, but importantly improves their understanding of cancer initiation, progression, and treatment. For more information about this research project, click here. For additional announcement information about this project, please click here.

Help Conquer Cancer runs only on the BOINC client. For more information about BOINC see the last article in this newsletter.

Other Research Projects:

The Help Conquer Cancer project is the fifth research project that is currently active on World Community Grid. The other four projects include: Human Proteome Folding - Phase II, FightAIDS@Home, Discovering Dengue Drugs - Together, and AfricanClimate@Home. We hope that you are participating in one or more of these projects. For more information about all five projects, please click here.

Time to Go BOINC!

In the October 2007 newsletter, World Community Grid announced that it was migrating entirely to BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), a software platform for volunteer computing and desktop grid computing. The move is being made to provide a better experience for all our members.

This is a reminder to all users of the United Devices client that you must migrate to the BOINC client before it sunsets in 2008 by visiting the website and downloading and installing the BOINC client. The BOINC installer will detect if a computer is running the UD client and if it is found, will help you uninstall it. Details on downloading and installing the BOINC agent for Windows may be found here.

To determine whether you are currently on the BOINC or UD client, double click on the World Community Grid icon in your system tray. If you are running the BOINC client, you will see "BOINC Client" at the top of the information panel. If you are running the United Devices client it will say United Devices in the lower right hand corner.

More details about the migration are available in the member news forum.

Are you active?

As we start this new project, the World Community Grid team wants to make sure that everyone who has signed up is actively contributing. To check out if you are actively contributing, sign in on the website and go to My Grid. In the middle of that page you will see a field for "Last Results Returned". If the last time you returned a result was more than 30 days ago, you are probably not active. The easiest way to become active again is to check that the software is installed and running properly.

To see if the software is installed, check for the World Community Grid logo in your system tray. Here is an example of what the logo looks like in the system tray:

Double-clicking on the logo will bring up the client. If the client does not appear to be running correctly (i.e., the numbers for Task Run Time or Elapsed Time are not increasing, examples below), please use the Contact Us feature on the bottom of most pages of the World Community Grid website, and a World Community Grid team member will help you to figure out how to become active again.

If the World Community Grid logo is not in your system tray, you will need to install the software. For instructions, click here. If you have any questions about this, please ask in the forums or send an email via Contact Us.

------------------------------

Для большей скорости (прирост 40%) используйте 64-битную ОС!

график проекта


видео о проекте


Це повідомлення відредагував Rilian: Jan 6 2011, 09:26

[Rilian]

Всім привіт, не так давно приєднався до вас)) скажіть скільки ще залишилось до кінця проекту?

Вітаємо!

Я особисто вважаю, враховующи вищезгадані новини та дані по кількості воркюнітів що база кристалів білків буде істотно доповнена новими, як раз під запуск ГПУ клієнта. Тобто роботи висточить і на 2012. Будемо рахувати всілякі різні білкові структури та допомагати покращувати цей детектор раку (це мета проекти - створити детектор для точного аналізу та знаходження властивостей ракових білків серед тих, що аналізуються)

[Brodyaga]

Немного изменилось имя заданий. Раньше оно начиналось с X, теперь с M (например, сейчас поймал задание M0000003180989201011040957). Что-то изменилось в самих заданиях?

[Rilian]

как размышляют в этом топике , изменение связано с более легким опредлением задания

C0000000010296200808270950_ 1
X0900056071228200509021957_ 2
M0000003030649201011160928_ 1
M0000003030394201011160932_ 0
M0000003030490201011160930_ 0
M0000003840955201107131151_ 1
C0000000011241200808270748_ 0

итд

[Rilian]

Какова причина рака? Если на пальцах - это неконтролируемое деление (пролиферация) клеток определенного органа. За миллионы лет эволюции у нас выработались сложнейшие механизмы управления пролиферацией клеток в нашем организме. Скорость деления, интенсивность, направленность - все это регулируется стимуляторами и ингибиторами пролиферации.

До недавних пор чуть ли не единственным способом хоть как-то приостановить развитие опухоли было использование неспецифичной химиотерапии, которая уничтожала вообще почти все делящиеся клетки организма. Сильнейшие побочные реакции, токсичность препаратов, невозможность победить болезнь на последних стадиях - все это принципиальные и неустранимые недостатки такой терапии.

Но наука с медициной не стоит на месте. В последние годы завершились клинические испытания уникальных препаратов - селективных ингибиторов протеинкиназ. В клетке есть рецепторы, активация которых приводит к запуску пролиферации. В обычном состоянии баланс между делением и смертью (апоптозом) клеток строго соблюдается, но раковые опухоли сбрасывают с себя оковы контроля и сверхактивация этих рецепторов приводит к неподвластному организму разрастанию ткани.

Долго пытались подобрать ключик к этим рецепторам и наконец-то сумели найти молекулы, избирательно блокирующие только их и только в опухоли. Применение этих препаратов сейчас демонстрирует "эффект Лазаря" - неоперабельные больные на последних стадиях с метастазами во всем теле буквально за считанные дни выздоравливают и уходят домой, список видов опухолей расширяется с каждым днем и медики считают, что через 10 лет неспецифическая химиотерапия для большинства опухолей уйдет в прошлое. Правда, стоимость курса Гефитиниба на сегодняшний день для, к примеру, рака легкого составляет примерно 500 тысяч рублей.

К чему этот пост? Да просто в новый перечень жизненно необходимых и важнейших лекарственных препаратов на 2012 год вошли эти самые селективные ингибиторы протеинкиназ! Это означает, что обеспечение больных этими препаратами будет осуществляться за счет бюджета.
Арбидола, к слову, я там не нашел.

[london2004]

Новые задания по HCC имеют большую производительность на Линуксе 64-бита?
Имеет смысл грузить лив-СД с линью на машинки?

[KING100N]

Новые задания по HCC имеют большую производительность на Линуксе 64-бита?
Имеет смысл грузить лив-СД с линью на машинки?

Так и у старых прирост во времени счета есть. На выходных пробовал live с флешки - время сократилось с 1ч 25мин до 1 с копейками

[cosmo_vk]

добавил еще одну машинку: пока дощелкивает задания по HFCC, но скоро переключиться и начнем допиливать HCC уже

[Rilian]

When I was seventeen, it was a very good year. Actually, that’s a flat out lie. When I was seventeen I was probably wallowing in self-important despair so trivial that now, years later, I can’t even remember if I was wallowing or not. The point I’m getting at here is that I wasn’t doing anything productive, much less anything that could save countless lives and contribute to a field of science that is more important now than it has ever been. That’s what Angela Zhang was doing, and now, she’s $100,000 the richer for it. Also, she can say she’s created a nanoparticle, one that kills cancer, for what that’s worth (Spoiler: It’s worth a lot).

The $100,000 Zhang earned comes with first prize in the Siemens Competition in Math, Science & Technology. Her project, “Design of Image-guided, Photo-thermal Controlled Drug Releasing Multifunctional Nanosystem for the Treatment of Cancer Stem Cells,” was apparently as complex, thorough, and revolutionary as it sounds.

The nanoparticle Zhang created is already being referred to as something of a “swiss army knife” in the area of cancer treatment. That’s not to say it’s dull and rusty because I you didn’t take care of it when I was you were out camping, but rather that it has a whole bunch of useful applications. The nanoparticle is delivered to tumors via the drug salinomycin where it kills cancer cells and deposits gold and iron-oxide materials to help with MRI imaging.

Not only is this impressive in its own right, but let me remind you this girl is 17. She’s got a lot of time ahead of her. She spent about 1,000 hours developing this particle since 2009 (when she must have been 15) and she wants to continue to study chemical engineering, biomedial engineering, or physics. She hopes to someday be a research professor. Thank god, because if she said she wanted to be a poet, we might have a problem on our hands.

If she’s accomplished this by 17, there’s virtually no doubt we’ll see some further innovations coming from Zhang in the future. In the meantime, just take a moment to think about what you’ve done with your life. But only a moment; any longer than that and it starts to get depressing.

(via Geek)

а какие проекты были в школе у Вас?

[cosmo_vk]

чего-то из-за новых проектов скорость HCC заметно упала. Так что до нового года возможно не успеем усе задания обработать.
у меня скорость пока чуть поболее 500 результатов в сутки.

[Finansist]

Ребят, у меня штук 50 заданий висит со статусом: "Ожидается подтверждение о приеме данных".

Значит ли это, что у них на серваке траблы?

Или что-то не правильно с моим клиентом?

UPD: Все ок. просто иногда нуно нажимать кнопку "Обновить" в клиенте и сразу все уходит )

[cosmo_vk]

просто минимальный кворум у заданий 2. то есть одно задание считают два компа, кто-то может это делать быстро, а кто-то нет.
Сейчас у меня в "ожидании" более 300 заданий висит. Не парьтесь, все засчитается.

[Death]

Finansist, ищи на форуме cc_config.xml и читай

[Finansist]

Finansist, ищи на форуме cc_config.xml и читай

Спс. Все ок. Отправляется со временем само.

http://www.worldcommunitygrid.org/team/cha...hallengeId=4400
А вот так мы и выиграли Челендж.
Даже не напрягаясь, можно сказать. )

[Rilian]

Известные украинские боксеры, братья Виталий и Владимир Кличко стали участниками известного берлинского телемарафона Еin Herz fur Kinder (Сердце детям), в ходе которого 18 декабря было собрано почти 14 млн евро на неотложные нужды детей по всему миру.




Как сообщает пресс-служба Фонда Братьев Кличко, значительная часть собранных средств пойдет на лечение украинских онкобольных детей.

Пожертвования, сделанные во время обсуждения украинского вопроса в телемарафоне, пойдут, прежде всего, на развитие и помощь детским отделением Центральной районной больнице поселка городского типа Навродичи (Полесье, 3-я Зона Отчуждения) и Института нейрохирургии им. акад. А.П. Ромоданова, где лечатся онкобольные дети. Владимир Кличко вместе с продюсером и съемочной группой Еin Herz fur Kinder посетил его в августе этого года в рамках подготовки к телемарафону.

[Salmonella]

Американцы вкладывают 35 миллионов в т.н. Аdvanced Protein Crystallization Facility (APCF), который заработает в 2014 году.
Если коротко: завод для кристаллографии белков - в n-раз быстрее, робототехника всех мастей для очистки и подготовки белков, ПО и прочая.
http://www.anl.gov/Media_Center/News/2011/news110830.html