Help Conquer Cancer, исследование структуры белков в раковых клетках Налаштування

[Rilian]

Читайте статьи о проекте на нашем сайте:
* Официальная статистика
* FAQ по проекту help conquer cancer
* Help Conquer Cancer
* Help Conquer Cancer - результаты проекта, январь 2008
* Help Conquer Cancer - результаты проекта, май 2008 (в переводе) :onpc:
* Help Conquer Cancer - результаты проекта, октябрь 2008 (в переводе) :onpc:
* Сайт Института Рака в Онтарио

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid

WCG запускает новый проект "Помоги Победить Рак", занимающийся улучшением результатов исследований белков методом рентгеновской кристаллографии. Это поможет не только записать части протеономы человека, но и улучшает понимание возникновения, развития и методы борьбы с раком. Проект спонсирует Институт Рака в Онтарио, Канада. Перейти на официальную страницу



Если Вы желаете помочь ученым в понимании такой сложной, многогранной и беспощадной болезни как Рак — присоединяйтесь к проекту распределенных вычислений "Help Conquer Cancer" (Помоги Победить Рак) основанный учеными из "Ontario Cancer Institute (OCI)" (Институт Рака в Онтарио), "Princess Margaret Hospital" (Госпиталь Принцессы Маргарет» и "University Health Network" (Университетская Сеть Здоровья).
Смысл помощи в том, чтобы предоставить ученым неиспользованное процессорное время вашего ПК для анализа фотографий белков сделанных методом "X-ray Crystallography" (Рентген кристаллография) с целью определения структуры этих белков и в дальнейшем понимания их роли в инициировании, течении и лечении Рака.

Миссия
Миссия проекта ПОМОГИ ПОБЕДИТЬ РАК состоит в том, чтобы улучшить результаты рентгеновской кристаллографии, которая помогает исследователям не только описать неизвестные структуры протеономы человека, но и большим образом понять как образуется рак, как он развивается, и как на него можно повлиять.

Важность проекта
Для того чтобы существенным образом повлиять на понимание рака и на его лечение, нужно не только открыть новые терапевтические подходы нацеленные на исследование метастаз (процесс распространения рака на другие органы тела), но и найти некие маркеры или структурные метки, с помощью которых можно было бы провести раннюю диагностику

Во время изучения многих форм рака, исследователи смогли сделать некоторые открытия даже имея ограниченное представление об участвующих в образовании рака белках. Однако, чтобы глубже понять и найти более эффективные способы лечения, необходимо исследовать все вовлеченные в процесс белки, их структуру и функции, чем и занимается данный проект. В основном это белки, характерные для раковых клеток, а также белки которые в них подавляются. Также исследуются белки которые были модифицированы и изменили свою структуру под воздействием рака.

С помощью рентгеновской кристаллографии исследователи смогут получить более точные данные о структуре этих белков. Это должно привести к более глубокому пониманию функций ракообразующих белков, и позволит найти потенциальные лекарства от смертельной болезни.

С начала проекта обрабатывалось 85 млн изображений.
По данным на 30 июня 2010, в данной фазе проекта обрабатывается более 115 млн изображений, каждое из них - на 2 разных компьютерах. Итого в проекте - 230 млн заданий.
По уточненным данным на 20 октября 2010, в данной фазе проекта обрабатывается более 105 млн изображений, каждое из них - на 2 разных компьютерах. Итого в проекте - 210 млн заданий.

Более 560 (на 1 января 2011) человек из украинской команды распределенных вычислений отдают свободные мощности своих компьютеров на эти исследования.

(Show/Hide)

Help Conquer Cancer project announcement:

World Community Grid takes great pleasure in announcing its newest research project: Help Conquer Cancer, sponsored by the Ontario Cancer Institute in Canada. The mission of Help Conquer Cancer is to improve the results of protein X-ray crystallography, which helps researchers not only annotate parts of the human proteome, but importantly improves their understanding of cancer initiation, progression, and treatment. For more information about this research project, click here. For additional announcement information about this project, please click here.

Help Conquer Cancer runs only on the BOINC client. For more information about BOINC see the last article in this newsletter.

Other Research Projects:

The Help Conquer Cancer project is the fifth research project that is currently active on World Community Grid. The other four projects include: Human Proteome Folding - Phase II, FightAIDS@Home, Discovering Dengue Drugs - Together, and AfricanClimate@Home. We hope that you are participating in one or more of these projects. For more information about all five projects, please click here.

Time to Go BOINC!

In the October 2007 newsletter, World Community Grid announced that it was migrating entirely to BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), a software platform for volunteer computing and desktop grid computing. The move is being made to provide a better experience for all our members.

This is a reminder to all users of the United Devices client that you must migrate to the BOINC client before it sunsets in 2008 by visiting the website and downloading and installing the BOINC client. The BOINC installer will detect if a computer is running the UD client and if it is found, will help you uninstall it. Details on downloading and installing the BOINC agent for Windows may be found here.

To determine whether you are currently on the BOINC or UD client, double click on the World Community Grid icon in your system tray. If you are running the BOINC client, you will see "BOINC Client" at the top of the information panel. If you are running the United Devices client it will say United Devices in the lower right hand corner.

More details about the migration are available in the member news forum.

Are you active?

As we start this new project, the World Community Grid team wants to make sure that everyone who has signed up is actively contributing. To check out if you are actively contributing, sign in on the website and go to My Grid. In the middle of that page you will see a field for "Last Results Returned". If the last time you returned a result was more than 30 days ago, you are probably not active. The easiest way to become active again is to check that the software is installed and running properly.

To see if the software is installed, check for the World Community Grid logo in your system tray. Here is an example of what the logo looks like in the system tray:

Double-clicking on the logo will bring up the client. If the client does not appear to be running correctly (i.e., the numbers for Task Run Time or Elapsed Time are not increasing, examples below), please use the Contact Us feature on the bottom of most pages of the World Community Grid website, and a World Community Grid team member will help you to figure out how to become active again.

If the World Community Grid logo is not in your system tray, you will need to install the software. For instructions, click here. If you have any questions about this, please ask in the forums or send an email via Contact Us.

------------------------------

Для большей скорости (прирост 40%) используйте 64-битную ОС!

график проекта


видео о проекте


Це повідомлення відредагував Rilian: Jan 6 2011, 09:26

[Brodyaga]

http://anvictory.org/blog/2012/02/15/teori...a-priroda-raka/

ИМХО, ерунда.

[Rilian]

http://anvictory.org/blog/2012/02/15/teori...a-priroda-raka/

ИМХО, ерунда.

+1

кстати эта статья обсуждалась активно (в оригинале на англ) в конце 2011 на оф форуме ВЦГ

[tribal]

что-то слишком много болезней-заговоров: СПИД, рак... как по мне для поддержания страха населения планеты хватило бы одной неизлечимой болезни... но как вегда истина окажется где-то рядом, и тот же рак окажется, например, одной из утечек военных разработок или еще что нибуть по умодробительнее и невероятнее

[gladiator_maximus]

http://www.winalite-sibir.ru/info/238/

[Sonechko]

и тот же рак окажется, например, одной из утечек военных разработок

СНІД може і виявитись, хоча це вроді через те що нігери мавпочок у африці шпілили чи одне-одного, та то таке, а от саме рак описав ще Гіпократ, тому це важко назвати військовою розробкою, хіба може змінили щось, добавили, але хіба хтось правду скаже. Ті само віруси грипу скоріш за все роблять щороку компанії що роблять антивірус) тому не вірити у теорії заговорів це сильно вузько мислити=) В цьому ти правий звичайно)

[Rilian]

Почти миллион триста тысяч граждан государств Евросоюза умрут от различных раковых заболеваний в 2012 году.

Тем не менее, уровень смертности от онкологии в Европе продолжит снижаться. Такой прогноз сделала группа ученых из Италии и Швейцарии на основании статистических данных о смертности от рака в ЕС в период с 1970 по 2007 год и информации Еврокомиссии о предполагаемых темпах роста населения европейских стран. Их работаопубликована 29 февраля в журнале Annals of Oncology.

В этом году, предсказывают авторы исследования, в ЕС от рака скончаются 717 тысяч 398 мужчин и 565 тысяч 703 женщины.

Хотя абсолютные цифры смертности выше, чем пять лет тому назад, что связано с общим процессом старения населения, отмечают авторы работы, в сравнении с показателями 2007 года ожидается снижение уровня смертности среди мужчин на 10 процентов, а среди женщин - на 7 процентов.

Мужчины на 20 процентов реже будут умирать от рака желудка, на 11 процентов реже - от лейкемии, на 10 процентов - от рака легких и простаты и на 7 процентов - от рака прямой кишки. Что касается женщин, то здесь ожидается 23-процентное снижение смертности от рака желудка, 12-процентное - от лейкемии, 11-процентное - от рака матки и прямой кишки и 9-процентное - от рака молочных желез.

Наиболее благоприятная ситуация по раку груди прогнозируется для молодых женщин - авторы исследования ожидают, что в 2012 году смертность от этого заболевания среди этой группы населения сократится на 17 процентов. Такой прогноз ученые распространяют на все страны ЕС, кроме Польши.

В то же время авторы исследования не прогнозируют снижения смертности от рака поджелудочной железы и ожидают семипроцентного роста смертности среди женщин от рака легких. В особенности это касается Великобритании и Польши, где показатели смертности от рака легких и так самые высокие в Европе - 21,4 и 16,9 на сто тысяч женщин соответственно. В Испании, где женщины реже всех европеек умирают от рака легких, этот показатель составляет 6,8.

Британские эксперты, на которых ссылается Daily Mail, предполагают, что столь высокая распространенность рака легких среди британок (более 39 тысяч случаев диагностируется в Великобритании ежегодно) связана с рекламной политикой табачных компаний сразу после Второй Мировой войны, сделавших тогда женщин главным объектом рекламы сигарет.

[Rilian]

Среди тех, кто пожелал Чавесу скорейшего выздоровления, были и власти США, хотя сам Чавес подозревает Вашингтон в причастности к череде раковых заболеваний у лидеров стран Латинской Америки, включая и себя. По его мнению, "кому-то удалось выработать метод целенаправленного заражения раковыми болезнями", а "известно об этом станет только лет через 50 или даже позже". Однако, как подчеркнул сам президент, конкретных обвинений он не выдвигает, лишь высказывает свое мнение по поводу "очень странных фактов, которые трудно объяснить".

http://korrespondent.net/world/1324917-ugo...arit-kak-kondor

[amdk8]

Судя по картинке, проект близок к завершению (выполнено 99%). Хотел бы спросить у знатоков, какова вероятность того, что подкинут ещё заданий?
В прошлом году говорили о 210-230 млн заданий, теперь их уже 250 млн...

[Rilian]

Судя по картинке, проект близок к завершению (выполнено 99%). Хотел бы спросить у знатоков, какова вероятность того, что подкинут ещё заданий?
В прошлом году говорили о 210-230 млн заданий, теперь их уже 250 млн...

"скоро" будут новые задания для 2 фазы (этой) либо вынесут в 3 фазу

задания будут выполняться как на процах, так и на видеокартах

[MAGADAN]

Тыкните пальцем где можно точно посмотреть общее количество заданий , сделано заданий , осталось заданий --- по HCC
В процентом соотношении оно не интересно , лучше в количественном

[MAGADAN]

13 Mar 2012


The Help Conquer Cancer Project Publishes Paper in Journal of Physics

Category: Help Conquer Cancer
Tags: Project Update , Research Papers

Summary
The Help Conquer Cancer (HCC) project researchers have published a paper describing their efforts in re-implementing their algorithms to take advantage of Graphics Processing Unit (GPU) hardware present in many of today's computer's. If the algorithms lend themselves to use a GPU implementation, this can dramatically increase their performance. Their work has led to the testing of a beta release of HCC using GPU hardware on World Community Grid. This paper discusses their experiences.


Paper Title:

"High-throughput protein crystallization on the World Community Grid and the GPU"

Abstract:

We have developed CPU and GPU versions of an automated image analysis and classification system for protein crystallization trial images from the Hauptman Woodward Institute's High-Throughput Screening lab. The analysis step computes 12,375 numerical features per image. Using these features, we have trained a classifier that distinguishes 11 different crystallization outcomes, recognizing 80% of all crystals, 94% of clear drops, 94% of precipitates. The computing requirements for this analysis system are large. The complete HWI archive of 120 million images is being processed by the donated CPU cycles on World Community Grid, with a GPU phase launching in early 2012. The main computational burden of the analysis is the measure of textural (GLCM) features within the image at multiple neighbourhoods, distances, and at multiple greyscale intensity resolutions. CPU runtime averages 4,092 seconds (single threaded) on an Intel Xeon, but only 65 seconds on an NVIDIA Tesla C2050. We report on the process of adapting the C++ code to OpenCL, optimized for multiple platforms.

Access to Paper:

To view the paper, please click here.

Класно наверно комуто будет на видяхах посчитать

[Rilian]

https://secure.worldcommunitygrid.org/about...o?articleId=195

MAGADAN, обогнал )

[MAGADAN]

https://secure.worldcommunitygrid.org/about...o?articleId=195

MAGADAN, обогнал )

ЁЁЁЁЁ Я КРУТ я обогнал RILIAN-a

[Brodyaga]

Появились бета-задания для видеокарт.

[corsar83]

Ест 15% проца. На двухядернике считало 2 задания водички, и одну эту бетку, на 7750 5750 (ошибочка ) заняло 6 минут 42 секунды, причём первую и последнюю минуту прогресс выполнения не двигался с места.