Help Conquer Cancer, исследование структуры белков в раковых клетках Налаштування

[Rilian]

Читайте статьи о проекте на нашем сайте:
* Официальная статистика
* FAQ по проекту help conquer cancer
* Help Conquer Cancer
* Help Conquer Cancer - результаты проекта, январь 2008
* Help Conquer Cancer - результаты проекта, май 2008 (в переводе) :onpc:
* Help Conquer Cancer - результаты проекта, октябрь 2008 (в переводе) :onpc:
* Сайт Института Рака в Онтарио

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid

WCG запускает новый проект "Помоги Победить Рак", занимающийся улучшением результатов исследований белков методом рентгеновской кристаллографии. Это поможет не только записать части протеономы человека, но и улучшает понимание возникновения, развития и методы борьбы с раком. Проект спонсирует Институт Рака в Онтарио, Канада. Перейти на официальную страницу



Если Вы желаете помочь ученым в понимании такой сложной, многогранной и беспощадной болезни как Рак — присоединяйтесь к проекту распределенных вычислений "Help Conquer Cancer" (Помоги Победить Рак) основанный учеными из "Ontario Cancer Institute (OCI)" (Институт Рака в Онтарио), "Princess Margaret Hospital" (Госпиталь Принцессы Маргарет» и "University Health Network" (Университетская Сеть Здоровья).
Смысл помощи в том, чтобы предоставить ученым неиспользованное процессорное время вашего ПК для анализа фотографий белков сделанных методом "X-ray Crystallography" (Рентген кристаллография) с целью определения структуры этих белков и в дальнейшем понимания их роли в инициировании, течении и лечении Рака.

Миссия
Миссия проекта ПОМОГИ ПОБЕДИТЬ РАК состоит в том, чтобы улучшить результаты рентгеновской кристаллографии, которая помогает исследователям не только описать неизвестные структуры протеономы человека, но и большим образом понять как образуется рак, как он развивается, и как на него можно повлиять.

Важность проекта
Для того чтобы существенным образом повлиять на понимание рака и на его лечение, нужно не только открыть новые терапевтические подходы нацеленные на исследование метастаз (процесс распространения рака на другие органы тела), но и найти некие маркеры или структурные метки, с помощью которых можно было бы провести раннюю диагностику

Во время изучения многих форм рака, исследователи смогли сделать некоторые открытия даже имея ограниченное представление об участвующих в образовании рака белках. Однако, чтобы глубже понять и найти более эффективные способы лечения, необходимо исследовать все вовлеченные в процесс белки, их структуру и функции, чем и занимается данный проект. В основном это белки, характерные для раковых клеток, а также белки которые в них подавляются. Также исследуются белки которые были модифицированы и изменили свою структуру под воздействием рака.

С помощью рентгеновской кристаллографии исследователи смогут получить более точные данные о структуре этих белков. Это должно привести к более глубокому пониманию функций ракообразующих белков, и позволит найти потенциальные лекарства от смертельной болезни.

С начала проекта обрабатывалось 85 млн изображений.
По данным на 30 июня 2010, в данной фазе проекта обрабатывается более 115 млн изображений, каждое из них - на 2 разных компьютерах. Итого в проекте - 230 млн заданий.
По уточненным данным на 20 октября 2010, в данной фазе проекта обрабатывается более 105 млн изображений, каждое из них - на 2 разных компьютерах. Итого в проекте - 210 млн заданий.

Более 560 (на 1 января 2011) человек из украинской команды распределенных вычислений отдают свободные мощности своих компьютеров на эти исследования.

(Show/Hide)

Help Conquer Cancer project announcement:

World Community Grid takes great pleasure in announcing its newest research project: Help Conquer Cancer, sponsored by the Ontario Cancer Institute in Canada. The mission of Help Conquer Cancer is to improve the results of protein X-ray crystallography, which helps researchers not only annotate parts of the human proteome, but importantly improves their understanding of cancer initiation, progression, and treatment. For more information about this research project, click here. For additional announcement information about this project, please click here.

Help Conquer Cancer runs only on the BOINC client. For more information about BOINC see the last article in this newsletter.

Other Research Projects:

The Help Conquer Cancer project is the fifth research project that is currently active on World Community Grid. The other four projects include: Human Proteome Folding - Phase II, FightAIDS@Home, Discovering Dengue Drugs - Together, and AfricanClimate@Home. We hope that you are participating in one or more of these projects. For more information about all five projects, please click here.

Time to Go BOINC!

In the October 2007 newsletter, World Community Grid announced that it was migrating entirely to BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), a software platform for volunteer computing and desktop grid computing. The move is being made to provide a better experience for all our members.

This is a reminder to all users of the United Devices client that you must migrate to the BOINC client before it sunsets in 2008 by visiting the website and downloading and installing the BOINC client. The BOINC installer will detect if a computer is running the UD client and if it is found, will help you uninstall it. Details on downloading and installing the BOINC agent for Windows may be found here.

To determine whether you are currently on the BOINC or UD client, double click on the World Community Grid icon in your system tray. If you are running the BOINC client, you will see "BOINC Client" at the top of the information panel. If you are running the United Devices client it will say United Devices in the lower right hand corner.

More details about the migration are available in the member news forum.

Are you active?

As we start this new project, the World Community Grid team wants to make sure that everyone who has signed up is actively contributing. To check out if you are actively contributing, sign in on the website and go to My Grid. In the middle of that page you will see a field for "Last Results Returned". If the last time you returned a result was more than 30 days ago, you are probably not active. The easiest way to become active again is to check that the software is installed and running properly.

To see if the software is installed, check for the World Community Grid logo in your system tray. Here is an example of what the logo looks like in the system tray:

Double-clicking on the logo will bring up the client. If the client does not appear to be running correctly (i.e., the numbers for Task Run Time or Elapsed Time are not increasing, examples below), please use the Contact Us feature on the bottom of most pages of the World Community Grid website, and a World Community Grid team member will help you to figure out how to become active again.

If the World Community Grid logo is not in your system tray, you will need to install the software. For instructions, click here. If you have any questions about this, please ask in the forums or send an email via Contact Us.

------------------------------

Для большей скорости (прирост 40%) используйте 64-битную ОС!

график проекта


видео о проекте


Це повідомлення відредагував Rilian: Jan 6 2011, 09:26

[Rilian]

Rom3,

http://www.worldcommunitygrid.org/stat/vie...o?userName=Rom3

вот твоя самая актуальная статистика.

на других сайтах:
http://boincstats.com/en/stats/-1/user/det...4cf0fbe0d4cc6ec

http://stat.polarseti.ru/index.php?cpid=5f...4cf0fbe0d4cc6ec

http://stats.free-dc.org/stats.php?page=us...4cf0fbe0d4cc6ec

Пытаюсь посмотреть команду Украины по этому адресу:
http://wuprop.boinc-af.org/team_members.ph...credit&offset=0

WUProp это просто другой проект РВ

[tiss]

Всем привет.
Подскажите, как просмотреть свою позицию в команде Украины.
Мой логин - Rom3,

Трям. 327 место в ВЦГ у тебя.

[Rom3]

Всем спасибо за помощь.

[Rilian]

Американский подросток разработал методику диагностики рака поджелудочной железы на ранних стадиях развития опухолевого процесса.

Как сообщает Boston Herald, 15-летний Джэк Эндрэка (Jack Andraka) стал победителем конкурса научных достижений школьников Intel ISEF.

Школьник из Краунсвилля, штат Мэриленд, разработал тест-полоски, аналогичные используемым для глюкометров, и простой датчик. Устройство определяет наличие белка мезотелина, секретируемого злокачественными клетками мезотелиом, а также аденокарцином поджелудочной железы и яичников. В качестве исследуемого материала может использоваться как кровь, так и моча.

Испытания показали, что точность диагностической методики превышает 90 процентов. Новый метод оказался в сто раз более чувствительным, чем тесты, применяющиеся в настоящее время. Кроме того, длительность и стоимость диагностики злокачественных опухолей сократились в десятки раз.

За свою разработку Эндрэк был удостоен премии Гордона Мура, который является основателем и почетным председателем совета директоров компании Intel. В качестве награды подросток получил 75 тысяч долларов.

Как сообщается, в настоящее время американский школьник получает патент на свою разработку. По словам Эндрэка, к нему уже обратились представители двух биотехнологических компаний, заинтересовавшихся новой диагностической методикой.

[Rilian]

Пытаясь найти лекарство от рака ученые протестировали восемь миллионов соединений

В поисках вещества, способного ингибировать P-гликопротеин - белок, препятствующий действию химиотерапии на раковые клетки, ученые из Южного методистского университета (Southern Methodist University) с помощью компьютерного моделирования протестировали восемь миллионов соединений, говорится в сообщении на сайте вуза.

Результаты работы группы ученых под руководством Джона Вайса (John Wise) опубликованы в журнале Biochemistry.

Р-гликопроетин, или мультирезистентный белок 1 (multidrug resistance protein 1) - мембранный белок, который обеспечивает перенос многих веществ, в том числе липидов, пептидов и стероидов через мембрану клетки. Еще одной функцией белка является удаление токсинов из клетки.

При химиотерапии белок распознает противоопухолевые препараты как токсины и выводит их из раковых клеток, поэтому в ряде случаев такое лечение неэффективно. Чтобы этого избежать, требуется на время ингибировать P-гликопротеин - тогда противоопухолевый препарат сможет остаться в раковой клетке и разрушить ее. В поисках вещества-ингибитора Вайс с коллегами создали трехмерную модель Р-гликопротеина.

При помощи 3D-моделирования ученые наблюдали, каким образом белок реагирует на изменение окружения или температуры и как взаимодействует с другими веществами. Все вычисления проводились на университетском суперкомпьютере.

С августа 2009 года ученые при помощи компьютерного моделирования проверили восемь миллионов веществ - потенциальных ингибиторов мультирезистентного белка, потратив на это 10,5 миллионов часов. Из восьми миллионов они отобрали 200 соединений, которые, согласно результатам моделирования, могут быть ингибиторами целевого белка.

Из этих 200 ученые выбрали 30 препаратов, подходящих для использования в качестве лекарственных средств - остальные оказались либо слишком токсичными, либо имели недостаточную растворимость или же слишком быстро выводились из организма. Эти 30 соединений они планируют проверить в ходе лабораторного эксперимента.

[Rilian]

HCC June 2012 update

Hello World Community Grid members,

I am happy to announce the June 2012 update to the Help Conquer Cancer project. We are focused on the GPU beta right now, and working to make it ready for production, and consistent across the wide range of supported cards.

http://www.cs.utoronto.ca/~juris/WCG/UPDATE-JUN2012.pdf

In addition to the launch of the HCC/GPU beta, the update describes two new categories of protein crystallization experiments we have started processing on the WCGrid: crystal optimization experiments, and membrane protein crystallization screens. As with the globular protein crystallization screens we have processed since the beginning, these experiments come from the Hauptman-Woodward Medical Research Institute. One clever aspect of these experiments is that HWI crystallographers designed them to re-use much of the existing high-throughput pipeline, up to and including processing on the World Community Grid under the HCC project.

Work units from these two sources are being folded into the regular HCC stream. They only constitute a small fraction of the all HCC units processed these last few months, but if you have been contributing to HCC, you have probably already processed one or two.

Thank you to all World Community Grid members for your CPU and now GPU cycles!

Christian A. Cumbaa
Research Associate, Ontario Cancer Institute

Если кратко - скоро будет ГПУ, а также начаты 2 новых эксперимента crystal optimization experiments , and membrane protein crystallization screens

[Rilian]

Help Conquer Cancer live webcast!

Dr. Igor Jurisica, Senior Scientist at the Ontario Cancer Institute, will be conducting a live webcast to discuss the Help Conquer Cancer project and how the project will ultimately help researchers who work on finding cures for cancers.

The webcast will take place on August 22, 2012, starting promptly at 12:00PM Eastern Time (USA), which is 16:00 Coordinated Universal Time (UTC). Please join a few minutes early, as it does take a few minutes to log into the webcast.

You will be able to access the webcast by clicking here.

You may check ahead of time to determine if your browser can support the webcast by clicking here.

[Bel]

Среднее время выполнения всех заданий увеличилось на 20%!

[Rilian]

В возрасте 48 лет от рака умерла сестра знаменитого голливудского актера Сильвестра Сталлоне Тони Энн Филити (Toni Ann Filiti).

О ее смерти сообщает сегодня американская газета New York Daily News со ссылкой на мать Сильвестра и Тони Жаклин Сталлоне.

По словам Жаклин, ее дочь скончалась в воскресенье утром от рака легких с метастазами в головной мозг. Она рассказала, что Тони давно принимала сильные обезболивающие, чтобы облегчить страдания.

[Rilian]

Quick update. We have completed an alpha test of some server logic and the version of the GPU application that the researchers have approved. We are ready to conduct a beta test but the work this week on the filesystem issue has taken our time this week and we have not been able to get the next beta started. We should be able to move forward with this soon.


скоро будет бета тест. альфа тест прошел хорошо внутри ВЦГ. если бета тест пройдет успешно, ГПУ-ядро будет выпущено для всех и проект ускорится

[Rilian]

Глава американской инвестиционной компании Berkshire Hathaway Inc., один из самых богатых людей в мире Уоррен Баффет прошел курс лечения от рака, сообщает в воскресенье агентство Ассошиэйтед Пресс.

"Это великий день для меня. Сегодня у меня был 44-й и последний сеанс лучевой терапии", - заявил Баффет.

В апреле 82-летний Уоррен Баффет заявил, что болен раком простаты, который был выявлен у него в начальной стадии. Он отметил, что состояние его здоровья "ни в коей степени не представляет угрозы для жизни".

[Rilian]

Summary
On August 22, 2012, Dr. Igor Jurisica provided an update on the Help Conquer Cancer project via live webcast.

Dr. Igor Jurisica, Senior Scientist at the Ontario Cancer Institute, conducted a live webcast where he provided an informative update on the Help Conquer Cancer project. Dr. Jurisica discussed the technical methods used for the project, as well as the role the project plays in the long process of understanding how certain proteins are involved in cancers.

You may view the presentation, as well as the related question and answer session, here:

Webcast and Question & Answer session replay - Viktors Berstis and Dr. Jurisica:



На этом скринкасте рассказывается практическо полностью о том как работает проект!!

[Rilian]

официально, бета тест прошел успешно и HCC на GPU (скоро) запускается

https://secure.worldcommunitygrid.org/forum...ffset,50#394941

[StanislavZ]

официально, бета тест прошел успешно и HCC на GPU (скоро) запускается

https://secure.worldcommunitygrid.org/forum...ffset,50#394941

Круто! Пора видяху покупать! Кто даст ссылку на рейтинг полезности видюх?

[re_SET]

официально, бета тест прошел успешно и HCC на GPU (скоро) запускается

https://secure.worldcommunitygrid.org/forum...ffset,50#394941

Круто! Пора видяху покупать! Кто даст ссылку на рейтинг полезности видюх?

Мне едет это чудо... в пятницу буду пробовать ставить..