Help Conquer Cancer, исследование структуры белков в раковых клетках Налаштування

[Rilian]

Читайте статьи о проекте на нашем сайте:
* Официальная статистика
* FAQ по проекту help conquer cancer
* Help Conquer Cancer
* Help Conquer Cancer - результаты проекта, январь 2008
* Help Conquer Cancer - результаты проекта, май 2008 (в переводе) :onpc:
* Help Conquer Cancer - результаты проекта, октябрь 2008 (в переводе) :onpc:
* Сайт Института Рака в Онтарио

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid

WCG запускает новый проект "Помоги Победить Рак", занимающийся улучшением результатов исследований белков методом рентгеновской кристаллографии. Это поможет не только записать части протеономы человека, но и улучшает понимание возникновения, развития и методы борьбы с раком. Проект спонсирует Институт Рака в Онтарио, Канада. Перейти на официальную страницу



Если Вы желаете помочь ученым в понимании такой сложной, многогранной и беспощадной болезни как Рак — присоединяйтесь к проекту распределенных вычислений "Help Conquer Cancer" (Помоги Победить Рак) основанный учеными из "Ontario Cancer Institute (OCI)" (Институт Рака в Онтарио), "Princess Margaret Hospital" (Госпиталь Принцессы Маргарет» и "University Health Network" (Университетская Сеть Здоровья).
Смысл помощи в том, чтобы предоставить ученым неиспользованное процессорное время вашего ПК для анализа фотографий белков сделанных методом "X-ray Crystallography" (Рентген кристаллография) с целью определения структуры этих белков и в дальнейшем понимания их роли в инициировании, течении и лечении Рака.

Миссия
Миссия проекта ПОМОГИ ПОБЕДИТЬ РАК состоит в том, чтобы улучшить результаты рентгеновской кристаллографии, которая помогает исследователям не только описать неизвестные структуры протеономы человека, но и большим образом понять как образуется рак, как он развивается, и как на него можно повлиять.

Важность проекта
Для того чтобы существенным образом повлиять на понимание рака и на его лечение, нужно не только открыть новые терапевтические подходы нацеленные на исследование метастаз (процесс распространения рака на другие органы тела), но и найти некие маркеры или структурные метки, с помощью которых можно было бы провести раннюю диагностику

Во время изучения многих форм рака, исследователи смогли сделать некоторые открытия даже имея ограниченное представление об участвующих в образовании рака белках. Однако, чтобы глубже понять и найти более эффективные способы лечения, необходимо исследовать все вовлеченные в процесс белки, их структуру и функции, чем и занимается данный проект. В основном это белки, характерные для раковых клеток, а также белки которые в них подавляются. Также исследуются белки которые были модифицированы и изменили свою структуру под воздействием рака.

С помощью рентгеновской кристаллографии исследователи смогут получить более точные данные о структуре этих белков. Это должно привести к более глубокому пониманию функций ракообразующих белков, и позволит найти потенциальные лекарства от смертельной болезни.

С начала проекта обрабатывалось 85 млн изображений.
По данным на 30 июня 2010, в данной фазе проекта обрабатывается более 115 млн изображений, каждое из них - на 2 разных компьютерах. Итого в проекте - 230 млн заданий.
По уточненным данным на 20 октября 2010, в данной фазе проекта обрабатывается более 105 млн изображений, каждое из них - на 2 разных компьютерах. Итого в проекте - 210 млн заданий.

Более 560 (на 1 января 2011) человек из украинской команды распределенных вычислений отдают свободные мощности своих компьютеров на эти исследования.

(Show/Hide)

Help Conquer Cancer project announcement:

World Community Grid takes great pleasure in announcing its newest research project: Help Conquer Cancer, sponsored by the Ontario Cancer Institute in Canada. The mission of Help Conquer Cancer is to improve the results of protein X-ray crystallography, which helps researchers not only annotate parts of the human proteome, but importantly improves their understanding of cancer initiation, progression, and treatment. For more information about this research project, click here. For additional announcement information about this project, please click here.

Help Conquer Cancer runs only on the BOINC client. For more information about BOINC see the last article in this newsletter.

Other Research Projects:

The Help Conquer Cancer project is the fifth research project that is currently active on World Community Grid. The other four projects include: Human Proteome Folding - Phase II, FightAIDS@Home, Discovering Dengue Drugs - Together, and AfricanClimate@Home. We hope that you are participating in one or more of these projects. For more information about all five projects, please click here.

Time to Go BOINC!

In the October 2007 newsletter, World Community Grid announced that it was migrating entirely to BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), a software platform for volunteer computing and desktop grid computing. The move is being made to provide a better experience for all our members.

This is a reminder to all users of the United Devices client that you must migrate to the BOINC client before it sunsets in 2008 by visiting the website and downloading and installing the BOINC client. The BOINC installer will detect if a computer is running the UD client and if it is found, will help you uninstall it. Details on downloading and installing the BOINC agent for Windows may be found here.

To determine whether you are currently on the BOINC or UD client, double click on the World Community Grid icon in your system tray. If you are running the BOINC client, you will see "BOINC Client" at the top of the information panel. If you are running the United Devices client it will say United Devices in the lower right hand corner.

More details about the migration are available in the member news forum.

Are you active?

As we start this new project, the World Community Grid team wants to make sure that everyone who has signed up is actively contributing. To check out if you are actively contributing, sign in on the website and go to My Grid. In the middle of that page you will see a field for "Last Results Returned". If the last time you returned a result was more than 30 days ago, you are probably not active. The easiest way to become active again is to check that the software is installed and running properly.

To see if the software is installed, check for the World Community Grid logo in your system tray. Here is an example of what the logo looks like in the system tray:

Double-clicking on the logo will bring up the client. If the client does not appear to be running correctly (i.e., the numbers for Task Run Time or Elapsed Time are not increasing, examples below), please use the Contact Us feature on the bottom of most pages of the World Community Grid website, and a World Community Grid team member will help you to figure out how to become active again.

If the World Community Grid logo is not in your system tray, you will need to install the software. For instructions, click here. If you have any questions about this, please ask in the forums or send an email via Contact Us.

------------------------------

Для большей скорости (прирост 40%) используйте 64-битную ОС!

график проекта


видео о проекте


Це повідомлення відредагував Rilian: Jan 6 2011, 09:26

[Rilian]

уже приходит по 2 картинки в 1 таске

[MAGADAN]

уже приходит по 2 картинки в 1 таске

И как ты это узнал ?
Просто по времени выполнения задания ?

[Rilian]

уже приходит по 2 картинки в 1 таске

И как ты это узнал ?
Просто по времени выполнения задания ?

время увеличилось в 2 раза

вот лог таска:

<core_client_version>6.12.33</core_client_version>
<![CDATA[
<stderr_txt>
Number of Images defined in image list is 2
Starting analysis of X0930077221215200611091857.jp2...
In ExtractGlcmFeatures: End of 0 iteration of outer loop.
In ExtractGlcmFeatures: End of 1 iteration of outer loop.
...
In ExtractGlcmFeatures: End of 23 iteration of outer loop.
In ExtractGlcmFeatures: End of 24 iteration of outer loop.
Total time for X0930077221215200611091857.jp2: 12783 seconds
Finished Image #0, pctComplete = 0.500000
Starting analysis of X0930077220260200611091913.jp2...
In ExtractGlcmFeatures: End of 0 iteration of outer loop.
In ExtractGlcmFeatures: End of 1 iteration of outer loop.
...
In ExtractGlcmFeatures: End of 23 iteration of outer loop.
In ExtractGlcmFeatures: End of 24 iteration of outer loop.
Total time for X0930077220260200611091913.jp2: 11117 seconds
Finished Image #1, pctComplete = 1.000000
09:43:31 (13245): called boinc_finish

</stderr_txt>
]]>

[Rilian]

могут быть перебои в выдаче HCC заданий

Low Work for Help Conquer Cancer ( Nov 20, 2012 )
Greetings all,

We are currently running low on work for Help Conquer Cancer. At the moment of posting this we have about 1 hour of work left to send on the grid. We are running through many work units per day as you may already know and we are working with the researchers to get more work units onto the grid as soon as possible.

Normally we would slow a project down to help keep the project running on the grid. But this solution will not work since it is our only GPU project. So, to keep things fair between CPU and GPU we have decided to keep the weight normal until we run out of work.

This is not the end of the project, we are low on work from the researchers.

Thank you for your participation and patience as we get more work for Help Conquer Cancer. Please let me know if you have any questions.

-Uplinger

[drorion]

могут быть перебои в выдаче HCC заданий

Хм, токо решил свою карту переключить с биткоинов сюда.
Для линукса GPU задния дают?

Пишет что
Срд 28 Ноя 2012 20:18:44 World Community Grid Requesting new tasks for GPU
Срд 28 Ноя 2012 20:18:50 World Community Grid Scheduler request completed: got 0 new tasks
Срд 28 Ноя 2012 20:18:50 World Community Grid Message from server: No tasks sent
Срд 28 Ноя 2012 20:18:50 World Community Grid Message from server: No tasks are available for Help Fight Childhood Cancer
Срд 28 Ноя 2012 20:18:50 World Community Grid Message from server: No tasks are available for Help Conquer Cancer

Это или из-за линукса или из-за перебоев в заданиях.

[KING100N]

могут быть перебои в выдаче HCC заданий

Хм, токо решил свою карту переключить с биткоинов сюда.
Для линукса GPU задния дают?

Пишет что
Срд 28 Ноя 2012 20:18:44 World Community Grid Requesting new tasks for GPU
Срд 28 Ноя 2012 20:18:50 World Community Grid Scheduler request completed: got 0 new tasks
Срд 28 Ноя 2012 20:18:50 World Community Grid Message from server: No tasks sent
Срд 28 Ноя 2012 20:18:50 World Community Grid Message from server: No tasks are available for Help Fight Childhood Cancer
Срд 28 Ноя 2012 20:18:50 World Community Grid Message from server: No tasks are available for Help Conquer Cancer

Это или из-за линукса или из-за перебоев в заданиях.

Это из-за линукса

[drorion]

Это из-за линукса

Эх, прощай топ10

[Brodyaga]

Это из-за линукса

Эх, прощай топ10

Не паникуй раньше времени, под линукс тоже заданий хватает.

[MAGADAN]

Уже осталось 48 дней
Есть предпосылки что еще появяться задания ?
Неужели победим эту заразу !

[mysterix]

да, процент завершения проекта соответствует степени побеждённости заразы)
P.S. Тут щяс одно задание на половине зациклилось с увеличивающимся временем расчёта и простоем ГПУ. Прервал.

[MAGADAN]

Лучше бы я не спрашивал за эти дни.
Тока стоило спросить как они добавляют задания.
Ладно один раз случайность, но второй раз это уже закономерность.

[Rilian]

MAGADAN, дело в том что проект ХЦЦ собирает базу закономерностей в кристаллографических фотках белков в раковых клетках. Чем больше заданий проанализировано, тем точнее вероятность определения разных видов рака

В будущем собираются построить грубо говоря машину в которую заливается кровь/биомасса. Машина любым из способов отсеивает белки на разные компоненты, делает фотки, и ваыводит результат если найдено что-то опасное

Так что то что есть новые задания - это хорошо

[mysterix]

а где смотреть?

[MAGADAN]

а где смотреть?

Вот тут

[mysterix]

я там ничё не понял