Poem@home, Моделирование структуры белка Налаштування

[Rilian]

Jan 24 , 2009 -
From 24.01 to 08.02 a Benefiz Crunching project will be held on our project. During this timeframe we wanted to crunch a project, which can be finished during the timeframe of the benefiz. More information about this project will be released on monday, so stay tuned. Workunits connected to this project will be running under the Peptide_ name.
Although we were warned, we were overwhelmed by the support everybody is offering for the Benefiz-Crunching on our project. The shortage of workunits in the starting stages of the Benefiz Crunching should be over very soon as 80.000 workunits are in the generation queue at the moment. Thanks for your support!

Уже несколько таких посчитал.

На ВЮ на core 2 duo 2.1Ghz уходит до полутора часов

[Rilian]

Подробнее о проекте 384

(кстати, на оф сайте оч интересная инфа о всех подпроектах - во первых есть рисунок белка, во вторых есть таблица по юзерам и командам кто предсказал лучшую структуру)

Peptideanalysis 384

We have identified a few distinct protein sequences, which can enter a membrane and enriched them with some nearly similar sequences, which cannot. The main objective of the peptide jobs is to find structural insight as to why some peptides can permeate the membrane. The workunits processed here are therefore not usual folding attempts but rather fixed temperature thermodynamic simulations to elucidate the nature of the permeation ability.

Изучаются белки которые могут проникать в мембраны клеток (например для доставки лекарств) а также немного измененные белки, которые не могут проникать сквозь мембрану. Цель этого подпроекта 384 - выяснить почему вторые не могут проникать в клетку и какие именно последовательности этому мешают

http://boinc.fzk.de/poem/index.php?section...age&project=384

имхо проект = ФАХ2

[(_KoDAk_)]

есть рисунок белка

это не рисунок, а полноценная 3D модель с Zoom и вращением
да Poem изначально рулил и все больше и больше продолжает рулить

да не зря ж сюда вгатили топовые команды стока мощностей и продолжают отжигать

к тому же уних есть оптимистичный раздел: Results

им осталось расширить количество платформ + х64 + CUDA )

имхо проект = ФАХ2

ему бы такую спонсорскую поддержку

а ну и формальность, что бы boincsynergy.com не считали его Beta Projects


и я уже начинаю его ревновать к Розетте ))))))

[Tamagoch]

ПОЕМ подтверждает теорию о том, что юзера дня дают чтобы вернуть человека в проект
позавчера переключил машину на магнетизм...

[(_KoDAk_)]

добавлен новый проект "Peptideanalysis 387"

We have identified a few distinct protein sequences, which can enter a membrane and enriched them with some nearly similar sequences, which cannot. The main objective of the peptide jobs is to find structural insight as to why some peptides can permeate the membrane. The workunits processed here are therefore not usual folding attempts but rather fixed temperature thermodynamic simulations to elucidate the nature of the permeation ability.

To the right you will find the best energy structure (to date) of the first sequence. Below is a table of all the best energy structures and the people who have discovered them. This table will be updated once per day. To check out the other structures just click on the structure ID in the first column of the table. If you cannot see the Java applet on the right, please check your Java install.

[Arbalet]

В проекте начато исследование системы секреции третьего типа у патогенных бактерий (Type III Secretion System Project, project 412). Эта система, подобно троянскому коню, позволяет бактериям заражать ежегодно сотни миллионов человек, вызывая тяжелые инфекционные заболевания.

Система секреции третьего типа (Type three secretion system, TTSS или T3SS) является одной из основных причин вирулентности таких бактерий как:

• Шигеллы (Shigella) — попадают в организм человека с пищей и вызывают, в частности, бактериальную дизентерию (Shigella dysenteriae) — тяжелую кишечную инфекцию. Ежегодно от шигеллы страдает свыше 165 млн. человек, из которых более 1 млн. погибают.
• Кишечные палочки (E. coli) вызывают пищевые отравления и расстройства кишечника. Только один вид E. coli заражает каждый год 200 млн. людей (380 тысяч случаев смерти), преимущественно в развивающихся странах.
• Сальмонеллы (Salmonella) — возбудители брюшного тифа и паратифа, на долю которых приходится 30 млн. заболеваний и 250 тысяч смертей ежегодно.
• Чумная палочка (Yersinia pestis) — инфекционный агент, вызывающий чуму, например, такую, от которой в 1300-х годах в Европе погибло 30% населения.
• Синегнойная палочка (Pseudomonas aeruginosa) — "больничная" инфекция, поражающая людей с ослабленным иммунитетом; очень опасный возбудитель, устойчивый к антибиотикам.
• Хламидии (Chlamydia) — возбудители большого числа венерических заболеваний, а также основная причина инфекционной слепоты во всем мире.

Система секреции третьего типа — биомолекулярная "машина", которая внедряет содействующие заражению специфические белки (так называемые эффекторы) в клетки организма. Например, сальмонеллы с помощью системы секреции третьего типа изменяют структуру мембраны эпителиальных клеток и легко проникают в них.

Особый интерес для исследователей из POEM@HOME представляет сигнал, запускающий механизм секреции белков третьего типа. Это ключевое событие в процессе инфицирования клетки и его нарушение (ингибирование) предположительно может лишить бактерии возможности заражать здоровые клетки. Характер сигнала секреции до настоящего времени неизвестен. Поэтому любое продвижение в данном направлении может стать основой для разработки антибиотиков нового типа, которые смогут значительно снижать вирулентность патогенных бактерий. В отличие от существующих антибиотиков, которые подавляют жизнеспособность размножающихся бактерий и вызывают массу побочных эффектов, новый тип препарата будет только ограничивать инфекционные возможности бактерий, не нанося непоправимого урона полезной микрофлоре человеческого организма.

Патогенные бактерии, использующие систему секреции третьего типа — настоящий бич для развивающихся стран. Особенно часто от вызываемых ими инфекций страдают дети и люди с ослабленной иммунной системой, в частности, больные СПИДом. Постоянный рост резистентности (устойчивости) к антибиотикам бактерий вызывает острую необходимость в разработке новых методов борьбы с ними. Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) объявила кишечные инфекции одной из основных проблем в области глобального здравоохранения, и призывает к активным научным работам по данной проблематике. Будем надеяться, что результаты исследования системы секреции третьего типа, начатые проектом POEM@HOME, подарят нам надежду на появление новых антибиотиков.

Интернет-журнал "Распределенные вычисления"

[YuRi]

Патогенные бактерии, использующие систему секреции третьего типа — настоящий бич для развивающихся стран. Особенно часто от вызываемых ими инфекций страдают дети и люди с ослабленной иммунной системой, в частности, больные СПИДом. Постоянный рост резистентности (устойчивости) к антибиотикам бактерий вызывает острую необходимость в разработке новых методов борьбы с ними. Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) объявила кишечные инфекции одной из основных проблем в области глобального здравоохранения, и призывает к активным научным работам по данной проблематике. Будем надеяться, что результаты исследования системы секреции третьего типа, начатые проектом POEM@HOME, подарят нам надежду на появление новых антибиотиков.

Блин, они что, действительно не понимают, что это замкнутый круг?
Или они серьезно надеются побороть естественный отбор?
Для борьбы с подобными "напастями" пока еще вполне достаточно привития народу элементарных гигиенических навыков.
ИМХО в своей гонке за "новыми антибиотиками" они скорее добьются выведения таких штаммов бактерий, которым будет не страшен и ядренный взрыв.
"Вот тогда мы похохочем" ©

[Death]

YuRi, евгенику зобанели. социал-дарвинизм непопулярен.

что делать?

[(_KoDAk_)]

пофиксил инфу о команде

[cosmo_vk]

чего-то команда Украины совсем не считает в проекте...

[(_KoDAk_)]

та тяжелые времена ( + лето жара
+ ушли силы на наполнение таблички в подписи) (но эта работа почти выполнена на базовом этапе (по крайней меря для меня)))
а теперь понемногу вернемся привычному ритму

[cosmo_vk]

у нас пока жары нету, так что щелкаем вушки как орехи.

Давайте начинайте считать, а то скоро вас догонят другие команды(типа University of British Columbia, они правда и нас(Russia) относительно скоро достанут). Так что усе на поднятие своего рейтинга!

http://ru.boincstats.com/stats/overtake_st...ect=team&id=191

[Rilian]

May 20 , 2010 -

After modeling the three helix bundle of Target 517 in Job CASP 439, CASP 440 relaxes the whole model now to pick out the energetically best.

May 17 , 2010 -

Also in 2010 POEM@HOME will participate in CASP 9. The first CASP workunits are from Target T517, where we try to fold a part of the protein (a three helix bundle) with POEM@HOME and merge it with another part created using homology information. The first week of CASP had only easy targets. The next weeks (especially June/July will bring more difficult targets according to the CASP commitee. CASP information link

[corsar83]

June 02 , 2010 - CASP 9 T531 news, T540 and T544

The modeling of T531 can be considered a success. We found in total three dominant folds, which were all quite stable in the POEM forcefield, but only one had the disulfide bridges all developed. We will submit all three folds to CASP with the first one being the one with all disulfide brigdes developed - expect pictures on tuesday. Following will be a very short relaxation of T540 as job CASP442 and a longer relaxation of T544 as job 443. Job 445 will be a regular data job simulating the docking of Antithrombin with some protein ligands.

May 28 , 2010 - CASP 9 T531

The results of the model for T517 look like a success. If our predictions are correct will only be known after CASP of course. The next job, which should go online today at night or early tomorrow will be the first real hard target T531. We generated models locally for this and they will now be relaxed in job CASP 441 to determine which is the most energetically feasible model.

[Gelo]

June 02 , 2010 - CASP 9 T531 resultpage

The modeling results of Target T531 are now visible on the resultpage . Thanks to everybody giving a helping hand here!