Poem@home, Моделирование структуры белка Налаштування

[nikelong]

Проект "Poem@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт
Статистика по команде "Ukraine"
Статистика на фришниках
Статистика на фришниках по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 22.10.2007 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.fzk.de/poem/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Моделирование струтуры белка, используется модифицированный метод молекулярной динамики с помощью стохастической оптимизации. Проект занимается поиском молекул, которые могут заблокировать хемокины (хемотаксические цитокины), что даст возможность блокировать различные процессы в организме на уровне клеточных рецепторов, например, остановить воспалительный процесс. Ведется совместная работа с проектами, посвященными малярии, онкологии, болезни Алцгеймера. В будущем планируется разработать метод моделирования белковых молекул, которые уже могут использовать фармацевты, врачи, ученые, а также детально изучить структуру мебранных белков.


Вопрос: "Действительно ли поект POEM@Home отличается от других проектов, изучающих белки?"

(Show/Hide)

"При моделировании Белка используются два подхода.
1) Вы изучаете/копируете из природы: Изучая новую последовательность, каждый пробует скопировать
структурные фрагменты известных белков и собирает из них хорошие структуры. Преимущества: Работает
для больших белков, дает превосходные структуры для высокого подобия последовательности. Недостатки:
не работает, когда нет никакого подобия последовательности (новые свертки), не работает, когда нет
никаких экспериментальных данных (трансмембранные белки, с которыми связано 40 % всех известных
наркотиков), отсутствие изучения кинетики.

2) Вы моделируете сворачивающийся процесс так, как это происходит в природе (Folding@Home) с
биофизической моделью. Это делается на основе молекулярной динамики (MD), методом последовательных
приближений с шагом по времени 10E-15 s/step. Поскольку длительность сворачивающегося процесса занимает
миллисекунды, нам необходимо просчитать большое количество шагов. Преимущества: полная информация о
динамике, времени сворачивания, высокая точность структуры. Недостатки: работа только для маленьких белков.

POEM пробует интерполировать между этими двумя подходами. Проект использует раздробленную модель для
свободной энергии белка , то есть - может работать для новых всерток и применений в нано-био-технологиях,
где отсутствуют опытных данных. В отличие от MD, проект использует термодинамическую гипотезу Anfinsons
(Нобелевская премия по Химии 1972), что белки в их биологически активном состоянии на конец существования
имеют минимальную свободную энергию. Процесс моделирования таким образом заменен процессом оптимизации,
который является в тысячи раз быстрее чем MD. Преимущества: Может просчитывать белки по крайней мере
среднего размера, получает картину сворачивания, работает для "новых сверток". Недостатки: все еще
ограниченный размер белков <100 аминокислот, все же не показывает реальную кинетическую картину.

POEM пробует бороться с этими недостатками. Организаторы надеются сделать успехи в следующих направлениях:
- белки "новых сверток" с низким подобием последовательности существующим белкам
- белки в нефизиологических средах (нами получен грант на организацию и внедрение только наиболее
биологически совместимых),
- понимание процесса сворачивания более сложных белков, которые не могут быть изучены методом
непосредственного кинетического моделирования
- межбелковые взаимодействия, где партнеры изменяют их внешний вид при соединении (процесс биологического сигнала)
- усовершенствование образцовых структур для трансмембранных белков

Вопрос: "Сворачивая новую последовательность, как ваш метод будет моделировать действие компаньонок
(не нашел другого значения слова chperones) ? Вы участвовали в каком-нибудь недавнем соревновании CASP?"

(Show/Hide)

Ответы:
"Первый вопрос: Компаньонки действуют (как считает большинство людей), понижая барьеры энергии
перехода furing(?) свертывания. POEM делает это в процессе моделирования любым временным увеличением
"температуры", делая возможным моделирование "туннельных" высоких уровней перехода энергии.

Под температурой здесь понимается не "температура системы", которая определена в показателях энтропии
модели, но "кинетическая температура", которая управляет тем, как долго может происходить моделирование.

Для "туннелирования" мы изобрели стохастический метод туннелирования (см. 1999 PRL),

Более детально - Optimization on the group HP

Ускоряя моделирование тысяч сверток (и используя другие "уловки"wink POEM - тв ысячи раз быстрее чем MD.

Вопрос о CASP: Да, мы участвовали в CASP7. POEM - базируется на методах физики, таким образом здесь
используется взаимодействия Кулона (O (N ** 2)) == EXPENSIVE. Поскольку мы не имели вычислительных
ресурсов, мы расчитывали только цели с менее чем 150 Аминокислотами.

POEM теперь не использует никакого моделирования соответствия. Следовательно мы свободный для шаблона
базовой модели. Для шаблона свободной модели, то есть "новые свертки" мы занимали 5-е место (приблизительно
280 групп). С POEM@HOUM мы надеемся собрать инфраструктуру способную участвовать по полной программе в CASP8."

Вопрос: Мы хотели бы знать о болезнях, которые Poem@Home мог помочь лечить?

(Show/Hide)

Есть два типа проектов:
1) Краткосрочная перспектива: Белки нашей группы определенно могут использоваться при изучении малярии
и речной(водной?) слепотой (river blindness), есть достаточно общие подход к лечению раку связанный с
метилизацией (methylisation ?) ДНК (в обоих случаях мы сотрудничаем с экспериментальными группами).
Мы только что получили финансирование для экспериментальной группы, имеющей дело с разработкой препарата,
который будет воздействовать на chemokines. Chemokines - белки, которые вовлечены в регулирование ячеек
иммунной системы (например участки возбуждения), и POEM@HOME поддержит этот проект, моделируя взаимодействия
chemokines с их рецепторами. Цель этого проекта состоит в том, чтобы развить молекулы, которые блокируют
эти участки и, таким образом, выключают функцию chemokine.

Мы также работаем, как и многие в мире, над бета-амилоидными скоплениями, которые очень важны для болезни
Альцгеймера и множества других дегенеративных болезней нервной системы. Я не могу быть уверенным, что
вычислительные методы принесут искоренение болезни Альцгеймера, но я думаю, что эти исследования - важная
часть для нашего фундаментального понимания. Другие, вышеописанные проекты, имеют к лечению болезней более
непосредственное отношение.

2) Долгосрочные перспективы: долгосрочная цель состоит в том, чтобы иметь лучшие методы предсказания структуры
белка, проверить их в CASP или других методах проверки правильности и затем: сделать их доступными биологам,
фармацевтам и врачам. Есть много белков в мембранах (50 % всех известных наркотикотиеов), но нет стандартных
методы для изучения структуры мембранных белков. Таким образом мы имеем приблизительно 40 000 структур для
белков вне мембран, но только 150 для белков в мембранах, и многие из них близко связаны. Если бы мы были в
состоянии использовать POEM@HOME, чтобы предсказать структуру мембранных белков, мы и другие люди могли
делать значительные успехи в лечении многих болезней, угрожающих человечеству. Наше содействие этому прежде
всего было бы развитием метода, а не определенной болезни."

Вопрос: Что Вы можете сказать на утверждение доктора Бейкера: Розетта использует физически
детальную модель всего атома, и была бесспорно лучшим методом до настоящего времени для новых всерток,
а также для того, чтобы проектировать новые белки.

(Show/Hide)

"Действительно Розетта использует силовую область(forcefield -?) всего атома , хотя эта силовая область, насколько
я знаю, не имел способности сворачивать белки расширенных конфигураций, подобно дорожки всертывания (?).

Я также согласен, что Розетта - один из лучших методов для предсказания новых сверток до настоящего времени,
но результат недавнего эксперимента CASP показал, что есть большая область для усовершенствования подобных
методов. Факт, что новые предсказания сверток являются очень трудными и что качество существующих предсказаний
далеко отстает от экспериментальных методов. Это не критика Розетты, но просто современное состояние данной области.
Теперь все доступные методы дают только иногда точные структуры, трудно предсказать заранее, когда такой успех
произойдет и размер белков, для которых демонстрировались такие успехи, остается ограниченным.

Рабочая гипотеза нашего подхода - то, что биофизическая силовая область, которая может свернуть много белков
совершенно случайных конструкций, является хорошим кандидатом для упорядоченных структур для предсказания
структуры белка. Такие методы, как первоначально полагали, вносили значительный вклад в предсказание структуры
белка в первых раундах CASP, но теперь полностью отстали от методов, базируемых на соответствия фрагментов.

Это - то, что мы теперь проверяем при нашем участии в CASP."

Ссылки по теме:

• боинк.ру
• настройка APP_INFO для POEM, Два GPU-задания одновременно

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

http://www.boinc-af.org/content/view/806/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Poemathome

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=POEM%40home/en

http://www.irelandboinc.com/projects/40-pr...ts/102-poemhome

Це повідомлення відредагував x3mEn: May 23 2012, 21:17

[Володимир]

УВАГА УВАГА

Вчора і сьодні випустили нові застосунки на АТІ - вер. 1.2
На АТІ працює майже так само як і раніше.

А тепер саме головне
Є працюючі застосунки на нВідіа як під Вєнду так і під лінукс!

Ці застосунки працюють набагато краще ніж під АТІ.
1) Так - так само як і раніше вони забирають майже 1 ядро ЦПУ, але мабуть це й необхідно для таких біологічних завдань (ГПУгрід наприклад так само вимачає ЦПУ)

Тепер гарні новини
2) застосунок більше НЕ забиває/бронірує невикористані потужності ЦПУ (як це робилося раніше і зараз під АТІ). Тобто тепер ганяючи ці завдання і додатково інші завдання - використання ЦПУ може бути 100% (а не так як раніше і зараз під АТІ - лише 65-80% - а решта висить ніким і нічим не використана)
3) більш-менш загалом грубо кажучи картки нВідіа часто краще підходять для завдань біохімії (згадаємо ГПУГрід та Фолдінг) -
Ось результат
моя трошки хвора GTX560Ті з'їла одне завання за десь 14хв:45сек

Очків дають стільки само - 2925

Отже налітай

Д.Р. далі спробую кілька завдань підряд (зараз навантаження приблизно 75%).

[KING100N]

Володимир,
Хочешь сказать, на одно задание на нВидиа у тебя уходит 15 минут при 75%-ой загрузке гпу? Сколько при этом боинк выделяет процессора?

[Володимир]

89% здається(так показує завдання, коли рахується). Навантаження ГПУ коливалося між 70% та 77% (задвання рахувалися від, грубо, 15хв до 17хв), бо я паралельно рахував 4 завдання WCG на 4-ядерному і5. Разом це все 1ГПУ ПОЕМ + 4ЦПУ ВЦГ = 100% навантаження ЦПУ (за системним монітором).
Тобто я поки НЕ звільняв ядро/а ЦПУ для цього. І все-одно результат чудовий


Я зараз зупинив, дораховую МілкіВей завдання шо були у кеш.

Потім знов почну ПОЕМ - поекспериментую із настройками і т.д. і відпишуся.

Але поки скажу шо паше застосунок так як потрібно, ну нормально і набагато краще ніж під АТІ.
Але напевно шо для кращого результату тре буде звільняти одне ядро ЦПУ.

[LSA]

після челенжу подивлюсь...
а поки 22/06/2012 14:56:57 | Poem@Home | Scheduler request completed: got 0 new tasks
XP 32 bit.

[tiss]

Народ, в какую сторону копать:

22.06.2012 16:03:04 | Poem@Home | Sending scheduler request: To fetch work.
22.06.2012 16:03:04 | Poem@Home | Requesting new tasks for ATI
22.06.2012 16:03:06 | Poem@Home | Scheduler request completed: got 0 new tasks
22.06.2012 16:03:06 | Poem@Home | No tasks sent

Кеш пустой, коллатц задания получает (и считает) если ему разрешить

ОС ХР х32, АТИ 5770, драйвера 12.4

[Володимир]

У мене видає якшо кеш у 10 виставити, і вибрати всі наявні завдання ГПУ (у твому випадку Коллатц) і призупинити їх.
Коротше вони дуже обережно спочатку видають по трохи, а через день-два обчислення тільки їх завдань починають видавати на всю катушку.

Тобто якшо у тебе є ГПУ завданння, призупини їх, вистав додатковий кеш у 10 а мінімальний кеш може бути 0.
І клацай на "оновити проект" як слабий на голову - у мене так видає.

[netphil]

Володимир,
Привет. Принесли потестить Теслу С2050....
дак она токо под линуксом задания есть?

[Володимир]

Привіт netphil,
Про теслу не знаю
про вінду теж не знаю , у мене тіки лінукс (але на форумі кажуть шо під вінду теж видає, тільки трохи якось занадто обережно)

[Володимир]

Термінове Оновлення
тіки-шо вони поміняли версію застосунків на нову - 1.3
Бо 1.2 мала глюки із чекпоінтами, і якшо завдання зупинити і потім запустити - то вилітали одраз у помилки.
То версія 1.3 вроді це справила.

Ті шо рахують без app_info.xml - то повинно само завантажити нову версію.
Ті хто рахують через app_info.xml - я не знаю чи будуть видавати завдання на версії старіші за 1.3
Якшо ні - і більше не має у вас завдань у кеш - то робіть наступне.

Закрийте боінк і вийдіть повністю.
завантажте з сайту останню версію застосунку (1.3),
поставте у папку проекту (на лінуксі не забудьте у режимі root змінити властивості застосунку на "виконувати файл як застосунок"(launch file as application) ),
поміняйте у app_info.xml назву відповідно (ОБЕРЕЖНО - у двох місцях нагорі й долі!)
також УВАГА - якшо у вас була там купа файлів/завдань під старішу версію, вони всі будуть автоматом видалені при запуску боінк - тому робіть це тільки коли у вас в кеші зовсім не залишилось завдань


Також додатково - якшо ви рахуєте завдання після цього всього і вам висвічується якись скажений час обробки (залишилося до кінця) - як у мене наприклад у 52години, то зробіть так.

Закрийте й вийдіть з боінку.
Зайдіть у папку БОІНК, відкрийте текстом файл client_state.xml (або шось таке), Ctrl-F poem - і там у секції проекту poem є таке <duration_correction_factor> (таке є під кожний проект - тому знайдіть саме секцію проекту poem) і поставте шось таке 0.005
записати, вийти, запустити боінк, зробити запит проекту Poem

[LSA]

Спробував на х64 Win7. З н-го разу отримав завдання. Почало рахувати, і скинуло частоту відяхи в 400МГц. (робоча 700). пограюсь після челенжу.
06/22/12 18:41:57 | Poem@Home | Starting task poempp_gpucrystal_1340143971_1079997800_0 using poemcl version 103 (opencl_nvidia_100) in slot 6

[tiss]

У мене видає якшо кеш у 10 виставити, і вибрати всі наявні завдання ГПУ (у твому випадку Коллатц) і призупинити їх.
Коротше вони дуже обережно спочатку видають по трохи, а через день-два обчислення тільки їх завдань починають видавати на всю катушку.

Читай внимательно:

Кеш пустой

В том то и проблема, что при пустом кеше задания не падают! И не понятно почему

(Show/Hide)

22.06.2012 20:31:57 | | Starting BOINC client version 7.0.27 for windows_intelx86
22.06.2012 20:31:57 | | log flags: file_xfer, sched_ops, task
22.06.2012 20:31:57 | | Libraries: libcurl/7.25.0 OpenSSL/1.0.1 zlib/1.2.6
22.06.2012 20:31:57 | | Data directory: C:\Documents and Settings\All Users\Application Data\BOINC
22.06.2012 20:31:57 | | Processor: 2 GenuineIntel Intel® Pentium® D CPU 3.20GHz [Family 15 Model 6 Stepping 5]
22.06.2012 20:31:57 | | Processor: 2.00 MB cache
22.06.2012 20:31:57 | | Processor features: fpu vme de pse tsc msr pae mce cx8 apic sep mtrr pge mca cmov pat pse36 clflush dts acpi mmx fxsr sse sse2 ss htt tm pni cx16 nx lm pbe
22.06.2012 20:31:57 | | OS: Microsoft Windows XP: Professional x86 Edition, Service Pack 2, (05.01.2600.00)
22.06.2012 20:31:57 | | Memory: 2.00 GB physical, 3.35 GB virtual
22.06.2012 20:31:57 | | Disk: 125.00 GB total, 110.19 GB free
22.06.2012 20:31:57 | | Local time is UTC +3 hours
22.06.2012 20:31:57 | | ATI GPU 0: ATI Radeon HD 5700 series (Juniper) (CAL version 1.4.1646, 1024MB, 1011MB available, 2720 GFLOPS peak)
22.06.2012 20:31:57 | | Config: report completed tasks immediately
22.06.2012 20:31:57 | | Config: GUI RPC allowed from:
22.06.2012 20:31:57 | rosetta@home | URL http://boinc.bakerlab.org/rosetta/; Computer ID 1537588; resource share 100
22.06.2012 20:31:57 | Poem@Home | URL http://boinc.fzk.de/poem/; Computer ID 126909; resource share 100
22.06.2012 20:31:57 | Collatz Conjecture | URL http://boinc.thesonntags.com/collatz/; Computer ID 103574; resource share 100
22.06.2012 20:31:57 | boincsimap | URL http://boincsimap.org/boincsimap/; Computer ID 221150; resource share 100
22.06.2012 20:31:57 | Pirates@Home | URL http://pirates.spy-hill.net/; Computer ID 70755; resource share 100
22.06.2012 20:31:57 | Virtual Prairie | URL http://vcsc.cs.uh.edu/virtual-prairie/; Computer ID 27268; resource share 100
22.06.2012 20:31:57 | WUProp@Home | URL http://wuprop.boinc-af.org/; Computer ID 9767; resource share 100
22.06.2012 20:31:57 | Enigma@Home | URL http://www.enigmaathome.net/; Computer ID 37055; resource share 100
22.06.2012 20:31:57 | Magnetism at home | URL http://www.fti.dn.ua/magnetism/; Computer ID 17850; resource share 100
22.06.2012 20:31:57 | PrimeGrid | URL http://www.primegrid.com/; Computer ID 164462; resource share 100
22.06.2012 20:31:57 | World Community Grid | URL http://www.worldcommunitygrid.org/; Computer ID 2015159; resource share 100
22.06.2012 20:31:57 | | General prefs: from http://bam.boincstats.com/ (last modified 22-Jun-2012 13:11:44)
22.06.2012 20:31:57 | | Computer location: home
22.06.2012 20:31:57 | | General prefs: no separate prefs for home; using your defaults
22.06.2012 20:31:57 | | Reading preferences override file
22.06.2012 20:31:57 | | Preferences:
22.06.2012 20:31:57 | | max memory usage when active: 1023.20MB
22.06.2012 20:31:57 | | max memory usage when idle: 1534.79MB
22.06.2012 20:31:57 | | max disk usage: 10.00GB
22.06.2012 20:31:57 | | max CPUs used: 1
22.06.2012 20:31:57 | | don't compute while active
22.06.2012 20:31:57 | | don't use GPU while active
22.06.2012 20:31:57 | | (to change preferences, visit the web site of an attached project, or select Preferences in the Manager)
22.06.2012 20:31:57 | | Using proxy info from GUI
22.06.2012 20:31:58 | | Running CPU benchmarks
22.06.2012 20:31:58 | | Suspending computation - CPU benchmarks in progress
22.06.2012 20:32:27 | | Using proxy info from GUI
22.06.2012 20:32:30 | | Benchmark results:
22.06.2012 20:32:30 | | Number of CPUs: 1
22.06.2012 20:32:30 | | 1621 floating point MIPS (Whetstone) per CPU
22.06.2012 20:32:30 | | 2503 integer MIPS (Dhrystone) per CPU
22.06.2012 20:33:13 | WUProp@Home | Restarting task wu_v3_1340211602_66969_0 using data_collect_v3 version 335 (nci) in slot 1
22.06.2012 20:33:23 | Poem@Home | Sending scheduler request: To fetch work.
22.06.2012 20:33:23 | Poem@Home | Requesting new tasks for ATI
22.06.2012 20:33:26 | Poem@Home | Scheduler request completed: got 0 new tasks
22.06.2012 20:33:26 | Poem@Home | No tasks sent

И вот коллатц как работает

22.06.2012 20:36:55 | Collatz Conjecture | work fetch resumed by user
22.06.2012 20:37:37 | Collatz Conjecture | update requested by user
22.06.2012 20:37:39 | Collatz Conjecture | Sending scheduler request: Requested by user.
22.06.2012 20:37:39 | Collatz Conjecture | Requesting new tasks for ATI
22.06.2012 20:37:44 | Collatz Conjecture | Scheduler request completed: got 10 new tasks

[Володимир]

Хммм, може ше наладиться якось, бо вони тільки сьогодні все обновили і купа людей ломанулася вантажити...
У мене так бувало із ним колись, але я просто натискав запитати нові завдання багато разів і воно починало мені по одному завданню так видавати...

Вибачай, більше не знаю як допомогти ше шось інше зробити

[Володимир]

netphil KING100N Woldemar Olesk Manunia
Чому не рахуєте? Шо сталося?

Вже навіть нВідіа застосунок є, але тепер нас можуть обійти команди які ми недавно самі обійшли

Якшо не отримуєте завдання то я вже описав шо можна зробити

У мене видає якшо кеш у 10 виставити, і вибрати всі наявні завдання ГПУ (у твому випадку Коллатц) і призупинити їх.
Коротше вони дуже обережно спочатку видають по трохи, а через день-два обчислення тільки їх завдань починають видавати на всю катушку.

Також додатково - якшо ви рахуєте завдання після цього всього і вам висвічується якись скажений час обробки (залишилося до кінця) - як у мене наприклад у 52години, то зробіть так.

Закрийте й вийдіть з боінку.
Зайдіть у папку БОІНК, відкрийте текстом файл client_state.xml (або шось таке), Ctrl-F poem - і там у секції проекту poem є таке <duration_correction_factor> (таке є під кожний проект - тому знайдіть саме секцію проекту poem) і поставте шось таке 0.005
записати, вийти, запустити боінк, зробити запит проекту Poem

^^^ Це зменшує передбачений час на завдання до хвилин, шоб проект думав шо ви можете їх швидко рахувати.

І клацай на "оновити проект" як слабий на голову - у мене так видає.

Завдань у них є ціла купа http://boinc.fzk.de/poem/server_status.php

[KING100N]

Володимир,
так челлендж в праймгриде, АТИшка пока отдыхает на столе

[LSA]

http://www.overclock.net/t/1155850/poem-home-gpu-support/50
тут є app_info для NVIDIA.