Poem@home, Моделирование структуры белка Налаштування

[nikelong]

Проект "Poem@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт
Статистика по команде "Ukraine"
Статистика на фришниках
Статистика на фришниках по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 22.10.2007 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.fzk.de/poem/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Моделирование струтуры белка, используется модифицированный метод молекулярной динамики с помощью стохастической оптимизации. Проект занимается поиском молекул, которые могут заблокировать хемокины (хемотаксические цитокины), что даст возможность блокировать различные процессы в организме на уровне клеточных рецепторов, например, остановить воспалительный процесс. Ведется совместная работа с проектами, посвященными малярии, онкологии, болезни Алцгеймера. В будущем планируется разработать метод моделирования белковых молекул, которые уже могут использовать фармацевты, врачи, ученые, а также детально изучить структуру мебранных белков.


Вопрос: "Действительно ли поект POEM@Home отличается от других проектов, изучающих белки?"

(Show/Hide)

"При моделировании Белка используются два подхода.
1) Вы изучаете/копируете из природы: Изучая новую последовательность, каждый пробует скопировать
структурные фрагменты известных белков и собирает из них хорошие структуры. Преимущества: Работает
для больших белков, дает превосходные структуры для высокого подобия последовательности. Недостатки:
не работает, когда нет никакого подобия последовательности (новые свертки), не работает, когда нет
никаких экспериментальных данных (трансмембранные белки, с которыми связано 40 % всех известных
наркотиков), отсутствие изучения кинетики.

2) Вы моделируете сворачивающийся процесс так, как это происходит в природе (Folding@Home) с
биофизической моделью. Это делается на основе молекулярной динамики (MD), методом последовательных
приближений с шагом по времени 10E-15 s/step. Поскольку длительность сворачивающегося процесса занимает
миллисекунды, нам необходимо просчитать большое количество шагов. Преимущества: полная информация о
динамике, времени сворачивания, высокая точность структуры. Недостатки: работа только для маленьких белков.

POEM пробует интерполировать между этими двумя подходами. Проект использует раздробленную модель для
свободной энергии белка , то есть - может работать для новых всерток и применений в нано-био-технологиях,
где отсутствуют опытных данных. В отличие от MD, проект использует термодинамическую гипотезу Anfinsons
(Нобелевская премия по Химии 1972), что белки в их биологически активном состоянии на конец существования
имеют минимальную свободную энергию. Процесс моделирования таким образом заменен процессом оптимизации,
который является в тысячи раз быстрее чем MD. Преимущества: Может просчитывать белки по крайней мере
среднего размера, получает картину сворачивания, работает для "новых сверток". Недостатки: все еще
ограниченный размер белков <100 аминокислот, все же не показывает реальную кинетическую картину.

POEM пробует бороться с этими недостатками. Организаторы надеются сделать успехи в следующих направлениях:
- белки "новых сверток" с низким подобием последовательности существующим белкам
- белки в нефизиологических средах (нами получен грант на организацию и внедрение только наиболее
биологически совместимых),
- понимание процесса сворачивания более сложных белков, которые не могут быть изучены методом
непосредственного кинетического моделирования
- межбелковые взаимодействия, где партнеры изменяют их внешний вид при соединении (процесс биологического сигнала)
- усовершенствование образцовых структур для трансмембранных белков

Вопрос: "Сворачивая новую последовательность, как ваш метод будет моделировать действие компаньонок
(не нашел другого значения слова chperones) ? Вы участвовали в каком-нибудь недавнем соревновании CASP?"

(Show/Hide)

Ответы:
"Первый вопрос: Компаньонки действуют (как считает большинство людей), понижая барьеры энергии
перехода furing(?) свертывания. POEM делает это в процессе моделирования любым временным увеличением
"температуры", делая возможным моделирование "туннельных" высоких уровней перехода энергии.

Под температурой здесь понимается не "температура системы", которая определена в показателях энтропии
модели, но "кинетическая температура", которая управляет тем, как долго может происходить моделирование.

Для "туннелирования" мы изобрели стохастический метод туннелирования (см. 1999 PRL),

Более детально - Optimization on the group HP

Ускоряя моделирование тысяч сверток (и используя другие "уловки"wink POEM - тв ысячи раз быстрее чем MD.

Вопрос о CASP: Да, мы участвовали в CASP7. POEM - базируется на методах физики, таким образом здесь
используется взаимодействия Кулона (O (N ** 2)) == EXPENSIVE. Поскольку мы не имели вычислительных
ресурсов, мы расчитывали только цели с менее чем 150 Аминокислотами.

POEM теперь не использует никакого моделирования соответствия. Следовательно мы свободный для шаблона
базовой модели. Для шаблона свободной модели, то есть "новые свертки" мы занимали 5-е место (приблизительно
280 групп). С POEM@HOUM мы надеемся собрать инфраструктуру способную участвовать по полной программе в CASP8."

Вопрос: Мы хотели бы знать о болезнях, которые Poem@Home мог помочь лечить?

(Show/Hide)

Есть два типа проектов:
1) Краткосрочная перспектива: Белки нашей группы определенно могут использоваться при изучении малярии
и речной(водной?) слепотой (river blindness), есть достаточно общие подход к лечению раку связанный с
метилизацией (methylisation ?) ДНК (в обоих случаях мы сотрудничаем с экспериментальными группами).
Мы только что получили финансирование для экспериментальной группы, имеющей дело с разработкой препарата,
который будет воздействовать на chemokines. Chemokines - белки, которые вовлечены в регулирование ячеек
иммунной системы (например участки возбуждения), и POEM@HOME поддержит этот проект, моделируя взаимодействия
chemokines с их рецепторами. Цель этого проекта состоит в том, чтобы развить молекулы, которые блокируют
эти участки и, таким образом, выключают функцию chemokine.

Мы также работаем, как и многие в мире, над бета-амилоидными скоплениями, которые очень важны для болезни
Альцгеймера и множества других дегенеративных болезней нервной системы. Я не могу быть уверенным, что
вычислительные методы принесут искоренение болезни Альцгеймера, но я думаю, что эти исследования - важная
часть для нашего фундаментального понимания. Другие, вышеописанные проекты, имеют к лечению болезней более
непосредственное отношение.

2) Долгосрочные перспективы: долгосрочная цель состоит в том, чтобы иметь лучшие методы предсказания структуры
белка, проверить их в CASP или других методах проверки правильности и затем: сделать их доступными биологам,
фармацевтам и врачам. Есть много белков в мембранах (50 % всех известных наркотикотиеов), но нет стандартных
методы для изучения структуры мембранных белков. Таким образом мы имеем приблизительно 40 000 структур для
белков вне мембран, но только 150 для белков в мембранах, и многие из них близко связаны. Если бы мы были в
состоянии использовать POEM@HOME, чтобы предсказать структуру мембранных белков, мы и другие люди могли
делать значительные успехи в лечении многих болезней, угрожающих человечеству. Наше содействие этому прежде
всего было бы развитием метода, а не определенной болезни."

Вопрос: Что Вы можете сказать на утверждение доктора Бейкера: Розетта использует физически
детальную модель всего атома, и была бесспорно лучшим методом до настоящего времени для новых всерток,
а также для того, чтобы проектировать новые белки.

(Show/Hide)

"Действительно Розетта использует силовую область(forcefield -?) всего атома , хотя эта силовая область, насколько
я знаю, не имел способности сворачивать белки расширенных конфигураций, подобно дорожки всертывания (?).

Я также согласен, что Розетта - один из лучших методов для предсказания новых сверток до настоящего времени,
но результат недавнего эксперимента CASP показал, что есть большая область для усовершенствования подобных
методов. Факт, что новые предсказания сверток являются очень трудными и что качество существующих предсказаний
далеко отстает от экспериментальных методов. Это не критика Розетты, но просто современное состояние данной области.
Теперь все доступные методы дают только иногда точные структуры, трудно предсказать заранее, когда такой успех
произойдет и размер белков, для которых демонстрировались такие успехи, остается ограниченным.

Рабочая гипотеза нашего подхода - то, что биофизическая силовая область, которая может свернуть много белков
совершенно случайных конструкций, является хорошим кандидатом для упорядоченных структур для предсказания
структуры белка. Такие методы, как первоначально полагали, вносили значительный вклад в предсказание структуры
белка в первых раундах CASP, но теперь полностью отстали от методов, базируемых на соответствия фрагментов.

Это - то, что мы теперь проверяем при нашем участии в CASP."

Ссылки по теме:

• боинк.ру
• настройка APP_INFO для POEM, Два GPU-задания одновременно

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

http://www.boinc-af.org/content/view/806/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Poemathome

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=POEM%40home/en

http://www.irelandboinc.com/projects/40-pr...ts/102-poemhome

Це повідомлення відредагував x3mEn: May 23 2012, 21:17

[TyphooNick]

mysterix,
У меня 12.6 нормально идут.
Sonechko,
А який результат і за який час дає твій процесор?

Вобщем, парни, частично я избавился от ошибок, когда выставил время отключения HDD через более длительный период. Напомню, что на нем была папка с данными. Отработал ночь почти стабильно (4 ошибки). Переустановил программу, папку ProgramData также отправил на SSD. Пока полет нормальный. если будет стабильно работать, приступлю к разгону. Через пару дней пересяду на MSI R7950 Twin Frozr 3GD5/OC, тогда и займусь более детальным изучением всех вопросов, связанных с проектом.
Кроме того выяснил, что проект (только расчет заданий Poem@home в несколько потоков) очень чуствителен к разгону рафического процессора. Во всяком случае AMD. Но для изучения этого вопроса надо время.
Пока всем спасибо за участие.

[Death]

та да, венда щас отключает девайсы по одному когда экономит энергию. а как себя ведёт боинк при этом непонятно.

я сразу выставляю настройки винды на максимум перформанс а потом ещё проверяю для отдельных девайсов убрана ли галка Отключать это устройство.

[Sonechko]

TyphooNick,
Проц дає 5к+ у ВЦГ де я і кранчу, а тут відуха дає 100к+ в добу (75+ завдань) тому якось такі дані. А відуха у мене теж нормально лише на 910 працює по ядру, більше деколи зависає.

За скільки і де береш 7950? теж хочу таку собі прикупити

[TyphooNick]

Sonechko,
Беру на Rozetka.ua за 3175 грн.
MSI R7950 Twin Frozr 3GD5/OC (880/5000)
http://hard.rozetka.com.ua/r7950_twin_froz...gd5_oc/p203199/
Свою продаю, декілька сертифікатів подарункових від Rozetka.ua маю, докладу пару гривень.
Хороша карта, в оглядах її добряче заганяють - більше 35% Взагалі мені останніх роки три подобаються відеокарти MSI, особливо з системою охолодження Twin Frozr.
До речі, в мене все в нормі - вже 9 годин без єдиної помилки на 1020 MHz по ядру і 1230 mV напруги. Температура в максимумі 61 градус при 54% обертів вентиляторів. Теж MSI. Перевстановив і Boinc, і папку з даними на диск С. Запускав 6 потоків - повна стабільність... Зупинився на 4 завданнях (найоптимальніше співвідношення - час/очки). За добу теоретично повинна давати 420 тис. очок.

[netphil]

TyphooNick,
420 тис. очок - чето маловато.
у меня на калике 5850 -разогнаной до 860 без поднятия напруги = 429 000.

одновременно 5 заданий.

[KING100N]

Решил помочь команде прорваться в "десятку", но такое решение далось не просто...

vitalidze1, KING100N может перебросить все силы на поему? Это сейчас единственный проект где команда может показывать хороший результат. Просто интересно, что думаете по этому поводу..)

А разве сейчас она показывает плохой результат? Нас там и так немного, чтобы бросать

[mysterix]

на 5450 рахувати з її потужністю 200 Гфлопсів це ще той ізврат... Моя 5770 з 1300 навіть краща, хоча і шкода нею рахувати - зараз корпус гріє дуже тому поки процесором на домашньому працюю)

19 Ватт в максимальной нагрузке) Кто из процов сравнится на 200 гфлопс?)

[netphil]

Ну вот 1 в наших рядах с 7970 и .......ПРОБЛЕМА!

Целый ночь кранчил .....а очки нифифга не добавили.
Смотрю задания уходят, пишет принято а очков, не добавляет...
http://boinc.fzk.de/poem/results.php?useri...&state=0&appid=

Ошибок вроде нет за последние сутки....

[netphil]

переставил БОИНК на новый и вроде пошло считать и очки добавлять...
Но 8 заданий за 54 минуты считается...
долговато как то...ПРИ ЗАГРУЗКЕ (7970 - 955мгц) ГПУ = 67%
(и7-2600К - 4200мгц) ЦПУ = 47%

не знаю как дальше догрузить ГПУ ????

[mysterix]

а 16 заданий не улучшает ситуацию?

[netphil]

mysterix,
нет не улутшает
только время просчта до 1:58мин увеличивается

а загрузка ГПУ так и остается на 67%


<app_info>

<app>
<name>poemcl</name>
<user_friendly_name>POEM++ OpenCL</user_friendly_name>
</app>

<app>
<name>poempp</name>
<user_friendly_name>POEM++</user_friendly_name>
</app>

<file_info>
<name>poemcl_1.3_windows_intelx86__opencl_ati_100</name>
<executable/>
</file_info>

<file_info>
<name>poempp_0.8_windows_intelx86</name>
<executable/>
</file_info>

<app_version>
<app_name>poemcl</app_name>
<version_num>1</version_num>
<flops>167186362363.818660</flops>
<plan_class>opencl_ati_100</plan_class>
<avg_ncpus>0.1</avg_ncpus>
<max_ncpus>0.1</max_ncpus>
<coproc>
<type>ATI</type>
<count>0.0625</count>
</coproc>
<cmdline>p3</cmdline>
<file_ref>
<file_name>poemcl_1.3_windows_intelx86__opencl_ati_100</file_name>
<main_program/>
</file_ref>
</app_version>

<app_version>
<app_name>poempp</app_name>
<version_num>8</version_num>
<platform>windows_intelx86</platform>
<avg_ncpus>1</avg_ncpus>
<max_ncpus>1</max_ncpus>
<file_ref>
<file_name>poempp_0.8_windows_intelx86</file_name>
<main_program/>
</file_ref>
</app_version>

</app_info>

[Death]

<avg_ncpus>0.1</avg_ncpus>
<max_ncpus>0.1</max_ncpus>
<coproc>
<type>ATI</type>
<count>0.0625</count>

Это чё?

http://boinc.berkeley.edu/wiki/Anonymous_platform тут както не очень объяснили

[LSA]

В мене для 4 ядер 1 відяха, чотири потоки така конфігурація
<avg_ncpus>0.25</avg_ncpus>
<max_ncpus>0.25</max_ncpus>
<flops>2.1e10</flops>
<coproc>
<type>NVIDIA</type>
<count>0.25</count>
</coproc>
для 8-ми ядер і 8-ми потоків 0.25 замінити на 0.125.

[netphil]

Death,
Да я по разному експерементирую.....
сколько бы ни выставля заданий для ГПУ - пофиг 68-69% нагружен.
Только если менее 5 заданий ТО загрузка ГПу еще меньше

LSA,
Поставил так. один фиг. 68-69% нагружен ГПУ

[LSA]

и7-2600К HT включено?
Бо в мене на робочому компі (е5500 2,8G 2 ядра) схожа ситуація. Проц не справляється з 4-ма потоками. А в два потоки відяху на 60% грузить GTX460 v2.