Ускоритель Nextengine, по производительности равен 550 процессорам Intel Xeon, работающим на Налаштування

[nikelong]

Компания Active Motif выпустила ускоритель NextEngine, рассчитанный на работу в составе решений TimeLogic, предназначенных для секвенирования в биоинформатике (секвенирование — определение первичной аминокислотной или нуклеотидной последовательности биополимеров: ДНК и РНК).

В основе NextEngine — сочетание программируемых матриц (FPGA) Xilinx и шины PCI Express, позволяющее максимально ускорить работу алгоритмов, реализованных в пакете GeneDetective, поиск последовательностей по алгоритмам BLAST и Смита-Уотермана, и скрытых моделей Маркова.

«Многие команды, ведущие исследования в области генома и генетики имеют доступ к недорогим системам, но ограниченные вычислительные ресурсы могут остановить анализ данных», — пояснил Джо Фернандез (Joe Fernandez), главный исполнительный директор Active Motif. По его словам, NextEngine превосходит предшествующую модель ускорителя в 3-20 раз.

Категоризация миллионов новых последовательностей с использованием известных протеиновых семейств является задачей, требующей большой тщательности, скрупулезности. Ускоритель NextEngine многократно повышает скорость сравнения при поиске скрытых марковских моделей — статистических моделей, имитирующих работу процесса, похожего на марковский процесс. По сравнению с программным решением, выполняемым средствами ядра Xeon, работающего на частоте 2,66 Ггц, ускоритель NextEngine обеспечивает выигрыш в 550 раз.