Tanpaku, Японский проект изучения белков Налаштування

[nikelong]

Проект "TANPAKU"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

• Официальный сайт
• Официальная статистика по команде "Ukraine"
• Статус серверов проекта

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 17.10.2006 Капитан - AVGRID
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://issofty17.is.noda.tus.ac.jp/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Раздел у нас на сайте

О проекте:
"TANPAKU" - проект, который ставит своей целью «предсказание структуры белков», используя метод распределенных вычислений. Этот проект развивается при совместном сотрудничестве Yamato lab.(подразделение биологических наук и технологий) и Takeda lab.(подразделение информационных исследований в Токийском Научном Университете.
По своим целям схож с Rosetta@home.

Цель проекта: расчет третичной структуры белка, опираясь только на его аминокислотную последовательность.
Суть: белок в растворе самостоятельно принимает третичную форму. Третичная форма всегда такова, чтобы свободная энергия системы "раствор-белок" была наименьшаяя. Если мы сможем очень точно высчитывать энергию системы, то мы сможем и предсказать структуру.
Минималный период, когда происходит значимое взаимодействие между молекулами (квант) это 10 в минус 15 степени секунд. Даже если взять структуру очень простого белка, состоящего из 30ч, молекул, тогда в расчетах надо учитывать еще 7600 молекул воды, окружающие молекулу белка.
А белок сворачивается в третичную форму за время, от 0,0001 до 1 сек. Вот эту цепочку возможных взаиможействий между атомами и нужно расчитать, где цель это минимальная свободная энергия системы.
Метод броуновсго движения (MD), применяемы в проекте, позволяет использовать в расчетах только атомы белка, с той же достоверностью результатов.

Ссылки:

• Постер о проекте (на японском )
• Страница с достигнутыми результатами проекта
• Публикации
• List of Proteins and Nucleic Acids
• Какие-то ролики с уже "намоделироваными" структурами
• Wikipedia

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

http://www.boinc-af.org/content/view/209/278/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Tanpaku

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Tanpaku/en

http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/117-tanpaku

http://www.boinc.ru/Doc/Tanpaku/About.htm

Це повідомлення відредагував nikelong: Aug 30 2010, 00:04