Help Fight Childhood Cancer, проект по подбору лекарств от нейробластомы (рак) Налаштування

[Rilian]

Помоги в борьбе с детским раком / Help Fight Childhood Cancer

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid

• Help Fight Childhood Cancer - статья у нас на сайте
• Статистика по команде "Ukraine"
• Топ-50 участников команды
• Общая статистика проекта
• обзор проекта на английском
• Официальный сайт Университета Чиба (новости на сайте)
• Видео, составленное командой NMG-NETWORK

World Community Grid рада объявить о запуске проекта Help Fight Childhood Cancer под руководством Института по Исследованию Рака в Чибо (Япония), а также Университета Чиба (префектура Чиба, Япония). Миссия проекта - найти лекарства которые смогут заблокировать три вида белков обычно связываемых с развитием Нейробластомы (вид рака) - одного из видов плотных опухолей которые чаще всего развиваются у детей. Нахождение лекарств, блокирующих эти белки, позволит более эффективно лечить этот вид опухоли с помощью химиотерапии. Нейробластома проявляется чаще всего в раннем детстве и обычно ведет к смерти. Если проект будет удачным, он может привести к прорыву в исследованиях этой болезни, которая до сих пор не поддавалась ученым, и это позволит намного увеличить шансы на лечение нейробластомы.

В новой фазе проекта, запущеной в Августе 2010, исследуется 3 дополнительных цели
После этого ввиду успешност экспериментов добавлено еще 3 цели. Итого на апрель 2012 года рассчитано 8 целей, и еще 1 на очереди

Help Fight Childhood Cancer это двенадцатый проект в рамках World Community Grid и один из 7 (на момент запуска) которые сейчас активны. Для более детальной информации по остальным проектам, заходите на форум World Community Grid.

Часто задаваемые вопросы по проекту:

Что такое нейробластома?
Нейробластома - один из видов злокачественных опухолей и встречается обычно у младенцев и детей и очень редко у детей старше 10 лет. Клетки этой опухоли напоминают нервные клетки на ранних этапах их развития у плода. Одна треть нейробластом развивается в надпочечниках, другая треть - в брюшной полости по ходу нервных стволов вдоль позвоночника и остальные - в грудной полости и на шее. Некоторые нейробластомы возникают из спинного мозга. Иногда в связи с широким распространением опухоли на момент диагностики трудно установить точно место, откуда возникла опухоль. Не все опухоли нервной системы относятся к злокачественным. Нейробластома составляет 6-10% из всех детских раковых заболеваний и 15% от всех летальных исходов вызванных раком.

Что вызывает нейробластому?
Вероятность возникновения нейробластомы по всему миру почти одинаковая. Это дает возможность предположить, что факторы окружающей среды, например, ее загрязнение, не являются причиной развития этой опухоли. Многие исследователи полагают, что нейробластома возникает в том случае, когда нормальные эмбриональные нейробласты не созревают в нервные клетки или клетки коры надпочечников. Вместо этого, они продолжают расти и делиться. Большинство нейробластом не являются следствием наследуемых мутаций ДНК. Они вызваны мутациями, приобретенными в ранний период жизни ребенка. Эти мутации присутствуют в опухолевых клетках родителя ребенка и не передаются детям. Причины, вызывающие изменения ДНК, приводящие к возникновению нейробластом, не известны.

Какие потенциальные преимущества проекта Help Fight Childhood Cancer?
Институт по Исследованию Рака в Чибо, а также Университет Чиба (Япония) используют компьютерные ресурсы WCG для определения новых лекарственных кандидатов которые имеют нужную форму и химические характеристики для блокирования трех протеинов: TrkB, ALK и SCxx, которые часто встречаются, или ненормально мутируют, в агрессивно развивающихся нейробластомах. Блокирование этих протеинов, как считают ученые, позволит значительно повысить шансы на излечение с помощью химиотерапии.

Что именно считают рассчетные ядра проекта Help Fight Childhood Cancer?
Исследователи приготовили базу из 3 миллионов соединений - или потенциальных кандидатов для лекарства - и используют мощности добровольцев в WCG для симуляции лабораторных экспериментов, чтобы протестировать какие из этих соединений блокируют протеины TrkB, ALK и SCxx. Лучшие из моелкул будут выбраны и протестированы в лаборатории для подавления нейробластомы.

Какие преимущества получает проект от использования World Community Grid?
На своих мощностях исследователям для этого проекта понадобилось бы 8000 лет компьютерных рассчетов. С помощью мощностей участников WCG рассчеты могут быть проведены примерно за 2 года!

Что изображено на скринсейвере?
Программа симулирует лабораторное исследование, и проверяет, может ли данный лекарственный кандидат потенциально блокировать протеин, связанный с образованием рака. Форма в центре круга детей представляет собой белковую молекулу, которая является целью эксперимента в данном рабочем юните - белок TrkB, ALK, или SCxx. Когда рассчитывается возможная позиция (докинг двух молекул) лекарственного кандидата и одного из 3 белков, это место обозначается цветным шариком.

Скриншот графического клиента

Откуда взялись рисунки на сайте Help Fight Childhood Cancer project и в графическом клиенте?
Они были пожертвованы Ассоциацией Детского Рака Японии (Children's Cancer Association of Japan) - это единственная благотворительная организация в Японии которая поддерживает детей больных раком и их семьи. Организация была основана в 1968 году родителями которые потеряли своих детей, больных раком. Рисунки нарисованы детьми:

* "Лев"

* "Розовые семена"

* "Упражнения по радио"


График производительности проекта:


Це повідомлення відредагував Rilian: Apr 16 2012, 21:20

[Rilian]

Present plots suggest about April 29 +/- 2 days for the last *original* WU to go out (present mean 7 day is 74,661 results). When winding down target 3, it took 22 days until validations completely ended after that, but after the 11th day, dailies really became repair/no reply/too late trickles.

[Rilian]

выдаются L4 0045xxxx

еще 2.5 месяцев рассчетов!

[Rilian]

Выдаются L4 0052хххх

[tiss]

02/17/11 18:28:30 World Community Grid Message from server: No work can be sent for the applications you have selected
02/17/11 18:28:30 World Community Grid Message from server: No work is available for Help Fight Childhood Cancer
02/17/11 18:28:30 World Community Grid Message from server: No work is available for Discovering Dengue Drugs - Together - Phase 2
02/17/11 18:28:30 World Community Grid Message from server: No work is available for Discovering Dengue Drugs - Together - Phase 2 (Type A)
02/17/11 18:28:30 World Community Grid Message from server: You have selected to receive work from other applications if no work is available for the applications you selected
02/17/11 18:28:30 World Community Grid Message from server: Sending work from other applications

[Death]

все ушли играть в Jeopardy )))))))) ИНФА 100%

[Rilian]

какой-то глюк в начислении очков, уже на протяжении дня



рекомендую "спортсменам" воспользоваться, и заодно ускорить проект

[Rilian]

посчитано 40,111,655 заданий

необходимо 45,270,000 заданий

в день 80, 000

итого еще 60-70 дней до окончания

[Rilian]

посчитано 40,690,462 заданий - 88.05%

необходимо 45,270,000 заданий

в день 79, 000

То есть 4 579 538 / 79 000 = 58

итого еще 58 дней до окончания

все сюда!

[Rilian]

http://www.m.chiba-u.ac.jp/class/bioinfor/...fcc_e/news.html

2011.03.09

We have done more than 76% calculation of this project (T1, S1, S2, N1, L3, L4).

We are now preparing the toxicity check experiment for the drug candidates (T1; 7 compounds, S1; 3 compounds).

These experiments are covered with the prize money which IBM Watoson Computer won by an American popularity TV program “Jeopardy”.

Thank you.

[Rilian]

https://secure.worldcommunitygrid.org/forum...page,yes#317106

примерно 40 дней до конца проекта!



ps: набрал 8 процессорных лет

[Rilian]

We checked with the research team and Dr. Nakagawara's and Dr. Tamura reported that they were ok. They reported that their lab sustained some damage but that damage probably would not affect this project.

bbover3
World Community Grid Admin

После землетрясения, с проектом и лабораторией все ок (есть мелкие повреждения но на проект это не повлияет)

[Rilian]

Уже раздается L4_0144xxxx, а это значит что половина последнего таргета, L4, пройдена!

[Allineer]

поздравьте мну с первой лычкой!

[Rilian]

поздравьте мну с первой лычкой!

поздравляю!
успеешь 5 лет откранчить до завершения этой фазы?

[Allineer]

шанс есть
с проекта все-равно не слезу пока не закончится.