Simap, создаем базу данных сходств протеинов Налаштування

[Waldhausen]

Проект "Simap"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

• Официальный сайт
• Официальная статистика по команде "Ukraine"
• Позиция команды в рейтинге
• Статистика на фришниках
• Статистика на фришниках по команде "Ukraine"
• Статистика polarSETI по команде "Ukraine"
• Статус серверов проекта
• Статус подсчета блоков ВЮ (work units)

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 08.01.2006 Капитан - Andrey Fenchenko
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boincsimap.org/boincsimap/ -- адрес недавно поменялся!
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

О проекте:
http://boincsimap.org/boincsimap/project.php
SIMAP - база данных сходств протеинов. Она содержит почти все опубликованные протеиновые последовательности и постоянно обновляется. Протеиновые последовательности вычисляются с использованием алгоритма FASTA, который обеспечивает оптимальные скорость и чувствительность. SIMAP - единственный известный нам проект, совмещающий исчерпывающее покрытие в отношении всех известных протеинов и возможности инкрементального обновления.

Для чего используется SIMAP?
Огромное количество известных протеиновых последовательностей в публичных базах данных не позволит в ближайшем будущем экспериментально описать большинство из них. Тем не менее, протеины, полученные от общего предка, часто имеют те же функции (так называемые ортологи - orthologs). Таким образом оказывается возможным вывести функцию неохаракеризованного протеина из ортолога с известной функцией. Широко известные примеры - исследования генов и протеинов мыши. Их результаты оказались во многих случаях справедливыми и для человеческих генов и протеинов. Сходства протеинов предоставляют информацию о связях между протеинами и необходимы для предсказания ортологов. Существует множество биоинформационных методов, полагающихся на сходства протеинов. Наша база данных сходств протеинов предоставляет предварительно вычисленные данные о сходстве и представляет известное пространство протеинов. Это открывает абсолютно новые перспективы по сравнению с используемыми методами для повторного пересчёта такого рода данных. SIMAP регулярно обновляется. Матрица сходств расширяется по мере появления новых последовательностей. Использование SIMAP полностью бесплатно для образовательных целей и публичных исследований.

Зачем нам нужны распределённые вычисления для SIMAP?
Стоимость вычислений данных о сходствах протеиновых послеовательностей пропорциональна квадрату количества содержащихся последовательностей. Таким образом, вычислительные усилия для поддержания матрицы в актуальном состоянии постоянно растут. Наших внутренних ресурсов, годами выполняющих вычисления для SIMAP, больше не достаточно для отслеживания новых последовательностей. Вот почему мы реализовали SIMAP-клиента для платформы BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), основанного на алгоритме FASTA для обнаружения сходств последовательностей.

Какие организации стоят за SIMAP?
SIMAP - это совместный проект GSF Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге под Мюнхеном и Научного центра жизни и питания в Вайенстефане (Германия). Контактное лицо - Томас Раттай (Отдел геном-ориентированной биоинформатики, Технический Университет, Мюнхен).

Перевёл Вит Сердаковский
Translation by "witdba" from the Boinc-Simap forum.

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

02.02.2009

CODE

Project Rank Team Today Last Update Yesterday 2 Days Ago Average Last 7 days Last 28 Days RAC Total Credit
142 Ukraine 0 0 0 0 0 0 3,385 106 279,603

2.03.2009

CODE

140    Ukraine    0    0    628    0    90    628    7,664    126    287,642

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



http://webclu.bio.wzw.tum.de/portal/web/simap/

http://www.boinc-af.org/content/view/111/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Simapathome

CODE

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Simap/en

http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/113-simap

https://distributed.ru/wiki/pro:simap

[Tamagoch]

Rilian,
как их загрузить по 30?
я в последнюю раздачу пытался, почему-то сервак зажал юниты, вообще как-то вяло выдавал
а когда я уехал на день, так вообще проект мимо меня прошел...

[Rilian]

ставь кэш на 2 дня, и приоритет симапа 1000. Постепенно наберет полный кэш

[Death]

я буду полюбому.

комп дома сделал, правда 75 градусов сцуко.....

[Rilian]

уже трое...

[ReMMeR]

У меня Симап всегда на прием стоит.

[Burzum]

До змагання в праймгріді залишилось ще достатньо часу, можна порахувати сімап. Роздають нову пачку, таримось!

упд. Мені вдалось зловити лише 1 завдання.. (( Хтось зміг більше качнути?

упд2. Нєфть пашла!!

[Tamagoch]

туговато.... никак не могу кэши наполнить, боялся, что снова проспал.... приехал только недавно
одна машина через час останется без работы, если ничего не будет

[Tamagoch]

заданий что ли больше, чем обычно... до сих пор кэши заполнены - успеть бы до челленджа в прайме

[Death]

до 11 числа успеем.

[Rilian]

Блин, я пока перевел все на IBERCIVIS. Догоню в Июле

[Tamagoch]

все, задания кончились
досчитываем кэши и атакуем следующий проект на очереди

кажется эта пачка заданий была самой большой...

[Death]

Weekly Rank Change : +7
Monthly Rank Change : +7

Opportunities
Rank Team Score Average Daily Gain Days to Overtake
106 Mesa State College 463,007 497 4,275 3.36
104 teamboinc 468,367 0 4,771 4.14
105 SwissTeam.NET 466,542 1,296 3,475 5.15
103 bahndamm.net-simap_club 471,134 562 4,210 5.35
102 Tempus 484,752 45 4,726 7.64
101 FadBeens 493,592 417 4,355 10.32

у меня кеша ещё на два дня. ну может лут ещё какой попадётся..

[re_SET]

Все! У меня кеш на двух машинах полностью досчитался!

[Tamagoch]

не понял... это что, в этом месяце всего 5 тыщ юнитов и уже все расхватали??? ((

[Death]

RESULTS Approximate #
in database 24,630
unsent 0
in progress 23,665

шото я провтыкал