Simap, создаем базу данных сходств протеинов Налаштування

[Waldhausen]

Проект "Simap"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

• Официальный сайт
• Официальная статистика по команде "Ukraine"
• Позиция команды в рейтинге
• Статистика на фришниках
• Статистика на фришниках по команде "Ukraine"
• Статистика polarSETI по команде "Ukraine"
• Статус серверов проекта
• Статус подсчета блоков ВЮ (work units)

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 08.01.2006 Капитан - Andrey Fenchenko
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boincsimap.org/boincsimap/ -- адрес недавно поменялся!
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

О проекте:
http://boincsimap.org/boincsimap/project.php
SIMAP - база данных сходств протеинов. Она содержит почти все опубликованные протеиновые последовательности и постоянно обновляется. Протеиновые последовательности вычисляются с использованием алгоритма FASTA, который обеспечивает оптимальные скорость и чувствительность. SIMAP - единственный известный нам проект, совмещающий исчерпывающее покрытие в отношении всех известных протеинов и возможности инкрементального обновления.

Для чего используется SIMAP?
Огромное количество известных протеиновых последовательностей в публичных базах данных не позволит в ближайшем будущем экспериментально описать большинство из них. Тем не менее, протеины, полученные от общего предка, часто имеют те же функции (так называемые ортологи - orthologs). Таким образом оказывается возможным вывести функцию неохаракеризованного протеина из ортолога с известной функцией. Широко известные примеры - исследования генов и протеинов мыши. Их результаты оказались во многих случаях справедливыми и для человеческих генов и протеинов. Сходства протеинов предоставляют информацию о связях между протеинами и необходимы для предсказания ортологов. Существует множество биоинформационных методов, полагающихся на сходства протеинов. Наша база данных сходств протеинов предоставляет предварительно вычисленные данные о сходстве и представляет известное пространство протеинов. Это открывает абсолютно новые перспективы по сравнению с используемыми методами для повторного пересчёта такого рода данных. SIMAP регулярно обновляется. Матрица сходств расширяется по мере появления новых последовательностей. Использование SIMAP полностью бесплатно для образовательных целей и публичных исследований.

Зачем нам нужны распределённые вычисления для SIMAP?
Стоимость вычислений данных о сходствах протеиновых послеовательностей пропорциональна квадрату количества содержащихся последовательностей. Таким образом, вычислительные усилия для поддержания матрицы в актуальном состоянии постоянно растут. Наших внутренних ресурсов, годами выполняющих вычисления для SIMAP, больше не достаточно для отслеживания новых последовательностей. Вот почему мы реализовали SIMAP-клиента для платформы BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), основанного на алгоритме FASTA для обнаружения сходств последовательностей.

Какие организации стоят за SIMAP?
SIMAP - это совместный проект GSF Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге под Мюнхеном и Научного центра жизни и питания в Вайенстефане (Германия). Контактное лицо - Томас Раттай (Отдел геном-ориентированной биоинформатики, Технический Университет, Мюнхен).

Перевёл Вит Сердаковский
Translation by "witdba" from the Boinc-Simap forum.

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

02.02.2009

CODE

Project Rank Team Today Last Update Yesterday 2 Days Ago Average Last 7 days Last 28 Days RAC Total Credit
142 Ukraine 0 0 0 0 0 0 3,385 106 279,603

2.03.2009

CODE

140    Ukraine    0    0    628    0    90    628    7,664    126    287,642

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



http://webclu.bio.wzw.tum.de/portal/web/simap/

http://www.boinc-af.org/content/view/111/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Simapathome

CODE

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Simap/en

http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/113-simap

https://distributed.ru/wiki/pro:simap

[varador]

все запустился, но вот беда - хотел погнать проц с 3,2 до 3,8 - 4,0 , повесил две видяхи на второй БП 850 Вт, чтоб разгрузить первый БП который питает систему +3 видяхи ,так тот на 850 вырубается и комп не проходит загрузку винды. Как такое может быть чтоб такой мощный БП не мог поднять только 2 х 5870? Что делать?

[treestar]

varador, Ему может мало нагрузки по 5 вольтам. Поєтому он и уходит в защиту. Такие умные блоки питания сейчас. Я это говорю, потому, что занимаюсь ремонтом компов.

plotnik, Я тоже седня только получил рассылку. ждал пол дня, пока фолдинг досчитается. Потом подключился к суперкомпу

[plotnik]

Rilian.Тут надо внести ясность:ввиду слабой конфигурации(особенно видео),я выбирал проекты под цпу,а недавно подгрузил колатц,так для меня вообще красота-считаю и цпу и гпу одновременно.Вот и нападало -космологи до 4,и эйнштейн до 8,небольшие.но все-таки,а на симап приоритет поставил повыше,так что,чем богаты-тем и рады

[varador]

treestar, а как тогда быть, что сделать чтоб можна было повесить на него две видяхи и он норм работал?

[treestar]

varador, надо мудрить какую-то нагрузку (с тех же лампочек автомобильных) на 5-ти вольтовый канал. По другому никак.

[serymba]

varador, надо мудрить какую-то нагрузку (с тех же лампочек автомобильных) на 5-ти вольтовый канал. По другому никак.

добавлю,надо не меньше 21Ват 12В(пробовал 10Ват нихрена 12В не поднялось)
варадор а ты как второй запускаешь?(кинул от мамы проводок?)

[varador]

serymba, есть специальный шлейф для двух БП, купил за 8 у.о. Уточните - доп.нагрузка нужна на канал 5 В ? Куда и что тогда тыкать?

[treestar]

varador, Да. Нагрузка нужна на 5-ти вольтовый канал.

[Rilian]

Заданий много, думаю на неделю хватит. Там еще не роздано пол миллиона

http://boincsimap.org/boincsimap/batchmonitor.php

[serymba]

serymba, есть специальный шлейф для двух БП, купил за 8 у.о. Уточните - доп.нагрузка нужна на канал 5 В ? Куда и что тогда тыкать?

попробуй на него еще ченить повесить(ну может винт,привод)
вобщем нада нагрузить 5В,он без нагрузки жить не может

[varador]

treestar, ясно. Тогда конкретно чего и куда воткнуть для создания этой нагрузки?

serymba, где этот канал 5В, и как и чего к нему подключить?

[treestar]

varador, 5-ти вольтовый канал - это красный провод на четырехконтактном разъеме. serymba правильно советует. Попробуй навешай на него винтов. Ну а так, надо между красным и черным проводом цеплять нагрузку.

[Rilian]

посты отсюда будут перенесены в форум "Железо"

[varador]

Rilian, так же для дела хочу погнать проц на всю катушка, а БП не выдерживает, а второй "собака" никак норм пахать не хочет, вот и уточняю у знающих .

[plotnik]

Rilian, Ниччё не понятно-заданий не приходит,а то вчерашнее-то ли посчиталось,то ли нет.
Подправил клиента-нападало десяток,благо короткие-макс.52 минуты.
Так что посчитаем!