Simap, создаем базу данных сходств протеинов Налаштування

[Waldhausen]

Проект "Simap"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

• Официальный сайт
• Официальная статистика по команде "Ukraine"
• Позиция команды в рейтинге
• Статистика на фришниках
• Статистика на фришниках по команде "Ukraine"
• Статистика polarSETI по команде "Ukraine"
• Статус серверов проекта
• Статус подсчета блоков ВЮ (work units)

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 08.01.2006 Капитан - Andrey Fenchenko
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boincsimap.org/boincsimap/ -- адрес недавно поменялся!
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

О проекте:
http://boincsimap.org/boincsimap/project.php
SIMAP - база данных сходств протеинов. Она содержит почти все опубликованные протеиновые последовательности и постоянно обновляется. Протеиновые последовательности вычисляются с использованием алгоритма FASTA, который обеспечивает оптимальные скорость и чувствительность. SIMAP - единственный известный нам проект, совмещающий исчерпывающее покрытие в отношении всех известных протеинов и возможности инкрементального обновления.

Для чего используется SIMAP?
Огромное количество известных протеиновых последовательностей в публичных базах данных не позволит в ближайшем будущем экспериментально описать большинство из них. Тем не менее, протеины, полученные от общего предка, часто имеют те же функции (так называемые ортологи - orthologs). Таким образом оказывается возможным вывести функцию неохаракеризованного протеина из ортолога с известной функцией. Широко известные примеры - исследования генов и протеинов мыши. Их результаты оказались во многих случаях справедливыми и для человеческих генов и протеинов. Сходства протеинов предоставляют информацию о связях между протеинами и необходимы для предсказания ортологов. Существует множество биоинформационных методов, полагающихся на сходства протеинов. Наша база данных сходств протеинов предоставляет предварительно вычисленные данные о сходстве и представляет известное пространство протеинов. Это открывает абсолютно новые перспективы по сравнению с используемыми методами для повторного пересчёта такого рода данных. SIMAP регулярно обновляется. Матрица сходств расширяется по мере появления новых последовательностей. Использование SIMAP полностью бесплатно для образовательных целей и публичных исследований.

Зачем нам нужны распределённые вычисления для SIMAP?
Стоимость вычислений данных о сходствах протеиновых послеовательностей пропорциональна квадрату количества содержащихся последовательностей. Таким образом, вычислительные усилия для поддержания матрицы в актуальном состоянии постоянно растут. Наших внутренних ресурсов, годами выполняющих вычисления для SIMAP, больше не достаточно для отслеживания новых последовательностей. Вот почему мы реализовали SIMAP-клиента для платформы BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), основанного на алгоритме FASTA для обнаружения сходств последовательностей.

Какие организации стоят за SIMAP?
SIMAP - это совместный проект GSF Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге под Мюнхеном и Научного центра жизни и питания в Вайенстефане (Германия). Контактное лицо - Томас Раттай (Отдел геном-ориентированной биоинформатики, Технический Университет, Мюнхен).

Перевёл Вит Сердаковский
Translation by "witdba" from the Boinc-Simap forum.

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

02.02.2009

CODE

Project Rank Team Today Last Update Yesterday 2 Days Ago Average Last 7 days Last 28 Days RAC Total Credit
142 Ukraine 0 0 0 0 0 0 3,385 106 279,603

2.03.2009

CODE

140    Ukraine    0    0    628    0    90    628    7,664    126    287,642

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



http://webclu.bio.wzw.tum.de/portal/web/simap/

http://www.boinc-af.org/content/view/111/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Simapathome

CODE

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Simap/en

http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/113-simap

https://distributed.ru/wiki/pro:simap

[Rilian]

Мы вышли на 21 место в мире!

Надеюсь гдето через месяц выйдем в топ-20!

http://boincsimap.org/boincsimap/top_teams...redit&offset=20

[Rilian]

В этом месяце осталось заданий на 3 дня

http://boincsimap.org/boincsimap/

а до выхода на 20 место нам осталось 0.5М очков

[tiss]

Не. Притормозил получение новых заданий. Челлендж в праймгриде!

[Rilian]

В этом месяце осталось тасков на пару часов!

[Rilian]

Будет дофига заданий, по рассчетам на 3 месяца! Реорганизовывается крупная база данных сходств белков

During the last week we have imported more than 5.5 million new proteins into SIMAP. This was due to a major change in the structure of the NCBI RefSeq database, which is covered by SIMAP.

The workunits for these many new protein sequences will be available from Sun, Sep 1. Due to the unusually many new proteins we expect about three months of continuous work for SIMAP.

Best,
Thomas

[Rilian]

Project status:
preparing new work
Scheduled start: Sun, Sep 1 (18:00:00)

планируют вечером начать выдавать задания!

[Rilian]

Я набрал 1 миллион очков

[Dromage]

Мої поздоровлення!

[Rilian]

По состоянию на сейчас, посчитано 18 из 270 TFLOPs из сентябрьской пачки заданий

http://boincsimap.org/boincsimap/batchmonitor.php

Ориентировочное время завершения 180 дней

В то время как в симап добавляется какая-то крупная база, в октябре будут обычные задания для обновления текущей базы

[Rilian]

Планируют выпустить клиент под Android

http://boincsimap.org/boincsimap/forum/vie....php?f=5&t=1244

[Rilian]

Мы с re_SET-ом вошли в топ-20 проекта по скорости http://boincsimap.org/boincsimap/top_users.php

[re_SET]

Мы с re_SET-ом вошли в топ-20 проекта по скорости http://boincsimap.org/boincsimap/top_users.php

О... А я и не заметил... Круть!!

[Arbalet]

Отжал 500К у проекта!

[Rilian]

Классно мы разогнались, и вышли сейчас на 9 место в мире по сливам

http://stat.polarseti.ru/index.php?t=11&p=42&sort=month

[Arbalet]

Наша текущая цель в проекте - выйти в топ-20 команд!

На страничке команды в проекте надо бы поменять текущую цель, ибо мы уже 18-е по насчитанным очкам.