FightMalaria@Home Налаштування

[nikelong]

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

• Официальный сайт
• Сайт проекта в BOINC
• Официальная статистика по команде "Ukraine"
  
• Статистика на фришниках
• Статистика на фришниках команды Украина
  
• Официальный форум
• Новости по проекту

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 19 Июля 2012 Капитан - Rilian
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.ucd.ie/fmah/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
О проекте: FightMalaria@Home
Цель:
Открытие новых соединений для противомалярийных препаратов.

К сведению:
Каждые 45 секунд от малярии, в мире умирает один ребенок. Это заболевание наиболее распространено в бедных странах, где оно заражает 216 миллионов людей и убивает 650 тысяч каждый год, в основном африканских детей в возрасте до 5 лет. Малярия и дальше продолжает развивать устойчивость к доступным медикаментам. Поэтому нам нужно срочное открытие новых препаратов, для замены существующих. Важно, что эти новые лекарства должны быть ориентированы на новые белки у паразита. Проект FightMalaria@Home направлен на поиск новых соединений.

Возможности:
Геном малярии был упорядочен, в следствии чего была выявлена протеома. Экспрессия белка была подтверждена на различных этапах жизненного цикла этой структуры. Многочисленные кристаллические структуры целевых белков также доступны, а остаток был смоделирован, используя доступные структурные шаблоны. Большие научно-исследовательские организации GSK, Novartis уже опробовали миллионы соединений и обнаружили около 19 000 хитов(кандидатов), которые выглядят многообещающе в перспективности лечения малярии. Но они не знают, какой целевой белок ингибирует эти соединения.
Изучение и разработка новых лекарств будут существенно ускоренны, зная целевой белок для каждого из этих хитов.

Проблема:
Мы планируем закрепить каждую из 18924 хитов в структуры каждой из 5363 белков малярийного паразита. Вычислительная мощность, необходима огромная.

Решение:
Мы стремимся использовать добровольно пожертвованные вычислительные мощности персональных компьютеров в мире. Большинство компьютеров используют только малую часть доступной мощности процессора для ежедневной работы. Мы запустили сервер BOINC, который позволяет распределять задания между волонтерами. Обработка заданий будет осуществляться в фоновом режиме. При подключении 1000 компьютеров таким образом, мы сможем достичь мощности эквивалентной суперкомпьютерам.

Различия между проектами GO Fight Against Malaria(WCG) и FightMalaria@Home

Проект GO Fight Against Malaria во главе с Алексом Перрименом(Alex Perryman) из института Скриппса, направлен на поиск новых низкомолекулярных ингибиторов известных белковых соединений. Их замысел состоит в том, чтобы сосредоточиться на мутациях, которые были уже найдены в установленных соединениях для препаратов от малярии. Для этого проекта GFAM необходимо закрепить миллионы мелких молекул в нескольких белковых структурах рецептора.

Мы делаем нечто совсем другое. Мы берем небольшие составные хиты соединения, которые уже были найдены и которые могут убить малярию, и пытаемся выяснить, с какими белками эти соединения нужно связывать. Крупные фармацевтические компании обработали более 3 млн. соединений и обнаружили 18924(хитов) которые эффективны против малярии. Но выяснить, где эти соединения связываются с паразитом или как они работают, будет сложно. Мы надеемся сделать это, состыковывая каждый хит(18924) с каждой структурой белка(5363).

Главное преимущество, которое мы имеем перед проекту GFAM, состоит в том, что мы ЗНАЕМ, что соединения которые мы используем, уже работают против малярии. Если мы выясним, какой белок они подавляют, то это откроет целую область исследований:
- что белок делает (биохимия)?
- на что это похоже (кристаллография рентгена)?
- мы можем найти лучшие ингибиторы (лекарственная химия)?
- или одного лидерство достаточно, что бы вылечить болезнь(клиническая фармакология)?

Основным недостатком является то, что мы никогда не сможем охватить весь протеом. Некоторые белки естественно не упорядочены и останутся непрозрачными к кристаллографии или моделированию. Но мы постараемся сделать лучшую попытку. У нас уже есть структуры(рентгеновские или моделированные) для 1426 из 5363 белков (26%), и мы будем продолжать делать моделирования более сложных белков. Если бы мы пробовали это только с одной частью соединений(1426), то мы имели бы шансы на успех 1:4. Но поскольку мы попробуем это почти 19 000 раз, у нас должны быть довольно хорошие шансы на успех.

Я был бы рад, если бы нам удалось найти хотя бы одну новую цель в борьбе с малярией, так как это может быть Ахиллесова пята для болезни и путем её излечения. Новые препараты, разработанные из этого проекта открытой науки, будут направлены на новые цели, для того что бы у паразита не было возможности адаптироваться к препаратам. Как и все лекарства, они также в конечном счете потерпят неудачу, но по крайней мере мы попытаемся найти новые препараты быстрее, чем паразит сможет развить сопротивление. Борьба продолжается...

Промежуточные результаты

(Show/Hide)

We have collected the experiments into groups, each aimed at a separate paper to be submitted to an open-access journal in the near future.
A - Docking of MalariaBox compounds against the P. fal. proteome (MMV_400) - Exp=A,Ap,1p,2p,4p,6p
B - Using vHTS to find the malarial targets of repurposed drugs (NPC) - Exp=8p-11p
C - FightMalaria@Home – using vHTS to find targets for hit compounds (MMV_full) - Exp=B,Bp,3p,5p,7p,12p-15p
D - FightMalaria@Home update – the effect of flexible active sites on vHTS (all) - Exp=16p-44p
E - Using BOINC to identify novel antimalarial compounds (ZINC, CycloPs) - Exp=45p-47p

Progress report - over 20 million results so far:
A - 61% - 1,328,976 results
B - 60% - 9,002,545 results
C - 7% - 10,111,084 results
D - 0%
E - 0%

20,442,605 results in total!

Progress has slowed as we're now docking larger molecules with more rotatable bonds. (2 Oct 2012)
-
This is lower than previous % completions as we've added 950 models (18% of the proteome) to the list of receptors we're searching against. We now cover 44% of the proteome in 3D, which is quite substantial. (30 Nov 2012)