Folding@home: помоги победить коронавирус Налаштування

[Arbalet]

Компания Folding@home объединяет исследователей по всему миру, которые работают над тем, чтобы лучше изучить коронавирус 2019-nCoV и ускорить научные усилия по разработке новых методов спасения людей. Установив предлагаемое программное обеспечение, каждый человек может пожертвовать неиспользованные вычислительные ресурсы своего компьютера консорциуму Folding@home, исследователи которого работают над улучшением понимания структур потенциальных мишеней для лекарств против 2019-nCoV, и помочь в разработке новых методов лечения.



Данные, которые пользователи таким образом помогут генерировать, будут быстро и открыто распространяться в рамках открытого научного сотрудничества нескольких лабораторий по всему миру, предоставляя исследователям новые инструменты для разработки жизненно важных лекарств.

2019-nCoV является близким родственником коронавируса SARS (SARS-CoV) и действует аналогичным образом. Для обоих коронавирусов первый этап заражения происходит в легких, когда белок на поверхности вируса связывается с белком-рецептором на клетке легкого. Этот вирусный белок называется шипом (отмечен красным цветом на изображении ниже), а рецептор – ангиотензинпревращающий фермент 2 (ACE2).


Иллюстрация, созданная Центрами по контролю и профилактике заболеваний США (CDC), показывает ультраструктурную морфологию коронавируса. Обратите внимание на шипы, расположенные на внешней поверхности вируса, которые придают ей вид короны, окружающей вирион.

Терапевтическое антитело представляет собой белок, который может блокировать связывание вирусного белка с рецептором и предотвратить заражение вирусом клетки легкого. Терапевтическое антитело уже было разработано для SARS-CoV, но для создания терапевтических антител или малых молекул против 2019-nCoV ученые должны лучше понять структуру белка вирусного шипа и механизм его связывания с рецептором ACE2, необходимым для проникновения вируса в клетки человека.

Белки все время движутся – они раскачиваются, складываются и разворачиваются, принимая различные формы. Поэтому необходимо изучить не одну форму вирусного шипа, а все возможные варианты с учетом колебания белка и складывания в альтернативные формы. Это позволит лучше понять, как шип взаимодействует с рецептором ACE2, и подобрать терапевтическое антитело. Уже существуют структуры вирусного шипа SARS-CoV, но они с низким разрешением, а формы шипа различаются у SARS-CoV и 2019-nCoV. У нас есть возможность оказать помощь в моделировании структуры белка-шипа 2019-nCoV и идентифицировать участки, на которые может быть нацелено терапевтическое антитело. Для этого нужно построить математические модели, но они требуют достаточной вычислительной мощности.

Каждый желающий может поучаствовать в работе, установив программу Folding@home и выбрав вкладку «Any Disease» (любое заболевание) – разработчики пока не сделали опцию для направления ресурсов конкретно на коронавирус, но обещают оповестить, когда реализуют эту функцию. Один белок 2019-nCoV, протеаза, кодируемая вирусной РНК, уже кристаллизован. И хотя интересующий белок-шип 2019-nCoV еще не расшифрован, можно использовать гомологичную структуру шипа SARS-CoV для идентификации мишеней терапевтических антител.

Аминат Аджиева, портал «Вечная молодость» <a href="http://vechnayamolodost.ru" target="_blank">http://vechnayamolodost.ru</a> по материалам FOLDING@HOME: FOLDING@HOME Takes Up The Fight Againist COVID-19/2019-NCOV.



Немножечко полезного FAQ от Cullorblind, чтобы повысить отдачу от железа:

Вижу в теме GTX 1070 на скринах , но с очень низким PPD как для GTX 1070, у которого PPD должен быть от 600к до 800к в зависимости от частоты чипа и задания.
Как будто не введён passkey, а если не введён - тогда не начисляется Quick Return Bonus, с которым PPD в зависимости от мощности железа и задания в 2-10 раз выше чем без passkey.

Поэтому, чтобы не профукивать PPD - и свой и команды - просьба в standalone-клиенте жамкнуть Configure, потом на вкладке Identity - на соответствующую ссылку для получения passkey на мыло, а потом из почты нужно скопипастить passkey в клиент в поля passkey и reenter.
Для новичков считающих с 0 заданий - после получения passkey и 10 посчитанных заданий PPD существенно вырастет, см. скрины.

Как установить небраузерный standalone-клиент:
https://forums.overclockers.ru/viewtopic.php?f=21&t=395883
https://foldingathome.org/support/faq/insta...guides/windows/



Последние дней 10 - сильная напряжёнка с генерацией новых заданий в связи с огромным наплывом и новых участников и переключением нескольких кластеров из майнинга, железо может простаивать до часа в попытках дождаться у серваков своей очереди на скачивание заданий.

Современные GPU имеют больше терафлопс и всегда приносят больший PPD на ватт по сравнению с CPU, условно 100 ватт на ничзкочастотном AMD 8 ядернике это 100к PPD, 100 ватт на GTX 1060 - это 500к PPD c passkey.
Поэтому оптимальные по энергоэффективности конфиги - срендне-малоядерный процессор от 3 ГГц и GPU на какой есть деньги, желательно Nvidia; AMD 5700 XТ считает только последнее 22 ядро, на Vega10 считает и 21 и 22 ядро, но на них чаще бывают ошибки с последними COVID-19 related проектами