Rosetta@home, проектирование новых белков Налаштування

[Asket]

Rilian, понял, спасибо.

[Arbalet]

Изложили краткие результаты эксперимента CASP11, считают его успешным, благодарят участников за неоценимую помощь в исследованиях и поздравляют с Новым Годом.

[Arbalet]

Поделились видео с выступлением Дэвида Бейкера (руководитель проекта) на съезде Американской ассоциации содействия развитию науки (American Association for the Advancement of Science - AAAS), где он рассказывает об исследованиях в своей лаборатории и в проекте.

[Arbalet]

А вы вообще в курсе, что в Rosetta@home достигли больших результатов в проектировании белковых структур? Говорят чуть ли не о революции в фолдинге белков! Обложка журнала Science во весь разворот посвящена этому событию Надо переводом заняться

[Rilian]

Не в курсе) Присылай ссылки на любом языке!

[langolierra]

Пишуть, що программа достатньо точно обчислює лише малі білки у яких менше 100 амінокислот в ланцюжку. З більшими не все так просто і засновник, наскільки я зрозумів, сумнівається чи взагалі можливо . http://www.sciencemag.org/news/2016/07/pro...s-and-materials

[gladiator_maximus]

Роль Розетты в борьбе с коронавирусом

Вот эта статья

[ale4316]

Задания по короновирусу составляют процентов 70-80 от общих заданий. Памяти берет около 1,5 гиг на задание.

[dimus8210]

Задания по короновирусу составляют процентов 70-80 от общих заданий. Памяти берет около 1,5 гиг на задание.

не звернув увагу що мізків жере 1.5Гб, в результаті повісило систему наглухо вижравши всі 16Гб при 16 потоках, довелось виставити 50% цп. на 2-х xeon 2680 боюсь запускати бо озу 12Гб, будуть ядра простоювати. треба розкошелитись хоча б на 32Гб, блін

[Arbalet]

Задания по короновирусу составляют процентов 70-80 от общих заданий. Памяти берет около 1,5 гиг на задание.

Переключаю ЦПУ на Розетку, все равно F@h какие-то левые проекты в основном гонит на проце.

[5erg]

Задания по короновирусу составляют процентов 70-80 от общих заданий. Памяти берет около 1,5 гиг на задание.

не звернув увагу що мізків жере 1.5Гб, в результаті повісило систему наглухо вижравши всі 16Гб при 16 потоках, довелось виставити 50% цп. на 2-х xeon 2680 боюсь запускати бо озу 12Гб, будуть ядра простоювати. треба розкошелитись хоча б на 32Гб, блін

Давай я с оперативкой помогу? drop_table_password в телеге

[Arbalet]

Розетта здорового человека:

(Show/Hide)

[gladiator_maximus]

В связи с недавней вспышкой COVID-19 R@h использовался для прогнозирования структуры белков, важных для заболевания, а также для производства новых стабильных мини-белков, которые можно использовать в качестве потенциальной терапии и диагностики, таких как показанный выше, который связан с частью белка шипа COVID-19.

Чтобы помочь нашим исследованиям, мы рады объявить о новом обновлении приложения, и благодаря помощи сообщества разработчиков Arm, включая Рекса Сент-Джона, Дмитрия Москальчука, Дэвида Тишлера, Ллойда Уоттса и Сахаджарупа, мы рады также включить платформу Linux-ARM. В этом обновлении мы продолжим делать белковые связующие для COVID-19 и связанных с ними задания с использованием новейшего источника Rosetta.

Спасибо волонтерам R@h за постоянную поддержку этого проекта. Часы вашего процессора используются не только для точного моделирования структур важных белков, но и для разработки новых. Давайте объединимся и сразимся с COVID-19!



Основным способом взаимодействия белков друг с другом является прилипание друг к другу. Как вы могли видеть из графического приложения R@h, белки бывают разных форм и размеров. По этой причине большинство белков не прилипают случайным образом друг к другу, а скорее прилипают очень специфично к горстке других белков. Например, вирусный спайковый белок COVID-19 прилипает к человеческому белку ACE2, благодаря которому вирус попадает в клетку.

IPD усердно работает над улучшением способности создавать такие связывающие взаимодействия. Этот процесс начинается с создания набора каркасных белков, которые не имеют иной цели, кроме точного сворачивания в атомную структуру. Эти строительные леса затем закрепляются на целевом белке, представляющем интерес, и их поверхности предназначены для идеального дополнения цели. Наконец, проекты оцениваются, фильтруются и тестируются на связывание в лаборатории.

Теперь мы будем использовать R@h, чтобы выполнить этап проектирования поверхности. Стыковка и фильтрация выполняются быстро, но на самом деле разработка белка происходит медленно. Мы будем использовать огромное количество вычислительной мощности, доступной на R@h, для выборки каждой аминокислоты в каждой позиции на границе раздела. Затем мы выберем лучшие комбинации аминокислот с использованием имитации отжига и Монте-Карло. Выборка является ключевой для этого процесса, и поэтому мы обращаемся к R@h.

Итак, присоединяйтесь к нам в ближайшие недели, когда мы создадим связующие вещества для COVID-19 и родственных белков. Мы все еще будем делать предсказание структуры и проектирование скаффолдов, поскольку они также крайне важны для белковой науки. Но обратите внимание на случаи разработки интерфейса, потому что кто-то может разрабатывать следующее лекарство от COVID-19.

И, надеюсь, вы останетесь, как только пандемия закончится. Мы можем создавать такие связующие только потому, что много лет работали над этой проблемой. Впрочем, впереди еще долгий путь. Совершенствование науки требует времени и вычислений, поэтому мы надеемся, что вы присоединитесь к нам в этой увлекательной поездке.

- Брайан Ковентри

[dimus8210]

вже деякі завдання з'їдають по 2.3Гб оп

[Dmitro]

Были всякие Годзилы в команде, но и Титаны заглядывают.

Лям в сутки

https://boinc.bakerlab.org/rosetta/show_use...p?userid=191322
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/team_mem...y=expavg_credit

Це повідомлення відредагував Dmitro: Apr 24 2020, 21:59