FightAIDS@home, поиск лекарств от ВИЧ и СПИДа Налаштування

[Rilian]

Проект занимается подбором лекарств от ВИЧ

* Официальный сайт
* Прогресс и статус исследований на официальном сайте

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid

Подробнее о научных методах в FightAIDS@Home:

Белки, как вы уже знаете, является строительным материалом для всех живых существ. Разнообразные формы белков принимают участие во всех процессах, происходящих в живых организмах. Белки являются длинными цепями меньших молекул - аминокислот.

Энзимы являются конкретными типами белков, которые ускоряют биохимические реакции.

Протеаза - энзим, который способен «вырезать» отдельный белок в некоторой точке аминокислотной цепи. Например, когда Вы едите пищу, которая также содержит белок, белковые молекулы режутся на меньшие аминокислотные молекулы протеазой в вашем желудке.

Ваш организм может затем использовать получившиеся аминокислоты, чтобы формировать белки, которые ему нужны для продолжения жизнедеятельности. Стоит отметить также, что только небольшой процент из всех белков в организме является протеазами, поэтому эти белки очень важны в своем функционировании для обеспечения жизненных процессов.

Ваш компьютер поможет нам имитировать процесс присоединения множества различных лиганд* к HIV-протеазе (HIV- Human Immunodeficiency Virus – вирус иммунодефицита человека), для этого используется компьютерная программы под названием AutoDock.

*Лиганды - (от лат . ligo - связываю), в комплексных соединениях молекулы или ионы, связанные с центральным атомом (комплексообразователем), напр. в соединении [Co(NH3)6]Cl3 центральный атом - Со, а лиганды - молекулы NH3.

Перспективные лиганды будут изучены более подробно учеными, и это должно привести нас к созданию лекарства для управления ВИЧ-инфекцией, и в конце концов, к предотвращению заболевания СПИДОМ.

Естественно, моделирование таких процессов – сложная в вычислительном отношении задача из-за большого разнообразия белковых структур и выделению из них тех, которые могут эффективно повлиять на вирус, поэтому в данном проекте также используются методы распределенных вычислений.

What is AIDS?
UNAIDS, the Joint United Nations Program on HIV/AIDS, estimated that in 2004 there were more than 40 million people around the world living with HIV, the Human Immunodeficiency Virus. The virus has affected the lives of men, women and children all over the world. Currently, there is no cure in sight, only treatment with a variety of drugs.

Prof. Arthur J. Olson's laboratory at The Scripps Research Institute (TSRI) is studying computational ways to design new anti-HIV drugs based on molecular structure. It has been demonstrated repeatedly that the function of a molecule — a substance made up of many atoms — is related to its three-dimensional shape. Olson's target is HIV protease ("pro-tee-ace"), a key molecular machine of the virus that when blocked stops the virus from maturing. These blockers, known as "protease inhibitors", are thus a way of avoiding the onset of AIDS and prolonging life. The Olson Laboratory is using computational methods to identify new candidate drugs that have the right shape and chemical characteristics to block HIV protease. This general approach is called "Structure-Based Drug Design", and according to the National Institutes of Health's National Institute of General Medical Sciences, it has already had a dramatic effect on the lives of people living with AIDS.

Even more challenging, HIV is a "sloppy copier," so it is constantly evolving new variants, some of which are resistant to current drugs. It is therefore vital that scientists continue their search for new and better drugs to combat this moving target.

Scientists are able to determine by experiment the shapes of a protein and of a drug separately, but not always for the two together. If scientists knew how a drug molecule fit inside the active site of its target protein, chemists could see how they could design even better drugs that would be more potent than existing drugs.

To address these challenges, World Community Grid's FightAIDS@Home project runs a software program called AutoDock developed in Prof. Olson's laboratory. AutoDock is a suite of tools that predicts how small molecules, such as drug candidates, might bind or "dock" to a receptor of known 3D structure. The very first version of AutoDock was written in the Olson Laboratory in 1990 by Dr. David S. Goodsell, since then, newer versions, developed by Dr. Garrett M. Morris, have been released which add new scientific understanding and strategies to AutoDock, making it computationally more robust, faster, and easier for other scientists to use. From the beginning of this project, World Community Grid has been running a pre-release version of AutoDock4. In August 2007, World Community Grid started running the new publicly available version 4 of AutoDock which is faster, more accurate, can handle flexible target molecules and thus can also be used for protein-protein docking analysis. AutoDock is used in the FightAIDS@Home project on World Community Grid to dock large numbers of different small molecules to HIV protease, so the best molecules can be found computationally, selected and tested in the laboratory for efficacy against the HIV virus. By joining forces together, The Scripps Research Institute, World Community Grid and its growing volunteer force can find better treatments much faster than ever before.

График проекта


Ссылки

ВИЧ 3D

Це повідомлення відредагував Rilian: Sep 8 2010, 11:49

[Bel]

Новость за 28 мая 2012:
Right now WU from batch 33,889 are being sent out.

Based on the turnaround time time that we have averaged this week, we should be able to get to the last batch (45,250) in about 710 days , which is around May 8, 2014.

***** 3 W.C.G. issues that will be affecting how quickly this experiment gets done are:

1. Helf Fight Childhood Cancer (HFCC) has about 70 days to go to finish. Once it is over some crunching power should free up to help FAAH.

2. Computing for Clean Water (C4CW) has about 129 days to go to finish. Once it is over some crunching power should free up to help FAAH.

3. Projects Say No to Schistosoma (SN2S) and Computing for Sustainable Water (CFSW) are currently on MEDIUM Feeder Priority . Once that priority goes to Normal, then it will reduce the free cruching popwer that FAAH benefits from.
------------------------------------------------
В общем готова к выдаче новая партия заданий для кранчеров. В этот раз ориентировочное время расчетов займет 710 дней Планируется привлечь мощности с таких проектов как HFCC(закончится через 70 дней), C4CW(закончится через 129 дней). Проектам SN2S и CFSW будет понижен приоритет к "нормальному".

[Rilian]

Bel, проектам понижается приоритет если сервера ученых не могут обрабатывать "нормальное" кол-во результатов - из-за ФАХа никто никаким другим проектам не понижает приоритеты - в ГРИДе все равноправны.

это не новость, а размышление участника с оф форума

[Rilian]

Right now WU from batch 34,207 are being sent out.

Based on the turnaround-time that we have averaged over the last 4 weeks, we should be able to get to the last batch (45,250) in about 660 days, which is around April 5, 2014 .

*** There are 4 issues on the Grid right now that will affect the speed of our project in the very near future. Some projects are ending soon, and some projects are not operating at full speed. ***

# 1 - Say No to Schistosoma (SN2S) is currently on HoLD status in the work unit Feeder.
# 2 - Computing for Sustainable Water (CFSW) is currenty on MEDIUM status in the work unit Feeder.
# 3 - About 62 days left to the finish of Help Fight Childhood Cancer (HFCC) per chart .
# 4 - About 98 days left to the finish of Computing for Clean Water (C4CW) per chart .

[Rilian]

Hi Everybody,

I just updated the % completion statistics for the FightAIDS@Home experiments. See:

http://fightaidsathome.scripps.edu/status



Thank you, herflick, for keeping track of these estimates and for sharing them with us. https://secure.worldcommunitygrid.org/forum...ad_thread,33167


Best wishes,
Alex L. Perryman, Ph.D.

Experiment 41: 8% Completed

[Rilian]

As of the July 23rd update on the FAAH website - Project 40 is officialy 100% complete. All results are back at Scripps Institute from WCG.

[Bel]

Среднее время выполнения всех заданий увеличилось на 20%!

[Rilian]

WEEKLY UPDATE - experiment 41 - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 35,500

Days Left - 599

End Date - April 24, 2014

[Rilian]

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 35,598

Days Left - 591

End Date - April 22, 2014

[Sonechko]

458 дні до Сапфіру... Якось туговато процес іде, завдання 6-12 год рахуються, з такими темпами 23 дні прийдеться пиляти цей проект...

[Rilian]

Project Status, as of September 17, 2012

Experiment 41: 16% Completed

http://fightaidsathome.scripps.edu/status

[Rilian]

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 35,690

Days Left - 591

End Date - May 8, 2014

[Rilian]

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 35,776

Days Left - 600

End Date - May 16, 2014

[rpisarev]

Интересно.

[Rilian]

WEEKLY UPDATE - based on work averaged over the last 8 weeks:

Current Batch - 35,863 (всего их 45,250)

Days Left - 614

End Date - June 6, 2014

[Sonechko]

2 роки Done, навіть трошки раніше запланованого, так що далі по проектам піду з усякими маляріями і шейстомами боротись)