FightAIDS@home, поиск лекарств от ВИЧ и СПИДа Налаштування

[Rilian]

Проект занимается подбором лекарств от ВИЧ

* Официальный сайт
* Прогресс и статус исследований на официальном сайте

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid

Подробнее о научных методах в FightAIDS@Home:

Белки, как вы уже знаете, является строительным материалом для всех живых существ. Разнообразные формы белков принимают участие во всех процессах, происходящих в живых организмах. Белки являются длинными цепями меньших молекул - аминокислот.

Энзимы являются конкретными типами белков, которые ускоряют биохимические реакции.

Протеаза - энзим, который способен «вырезать» отдельный белок в некоторой точке аминокислотной цепи. Например, когда Вы едите пищу, которая также содержит белок, белковые молекулы режутся на меньшие аминокислотные молекулы протеазой в вашем желудке.

Ваш организм может затем использовать получившиеся аминокислоты, чтобы формировать белки, которые ему нужны для продолжения жизнедеятельности. Стоит отметить также, что только небольшой процент из всех белков в организме является протеазами, поэтому эти белки очень важны в своем функционировании для обеспечения жизненных процессов.

Ваш компьютер поможет нам имитировать процесс присоединения множества различных лиганд* к HIV-протеазе (HIV- Human Immunodeficiency Virus – вирус иммунодефицита человека), для этого используется компьютерная программы под названием AutoDock.

*Лиганды - (от лат . ligo - связываю), в комплексных соединениях молекулы или ионы, связанные с центральным атомом (комплексообразователем), напр. в соединении [Co(NH3)6]Cl3 центральный атом - Со, а лиганды - молекулы NH3.

Перспективные лиганды будут изучены более подробно учеными, и это должно привести нас к созданию лекарства для управления ВИЧ-инфекцией, и в конце концов, к предотвращению заболевания СПИДОМ.

Естественно, моделирование таких процессов – сложная в вычислительном отношении задача из-за большого разнообразия белковых структур и выделению из них тех, которые могут эффективно повлиять на вирус, поэтому в данном проекте также используются методы распределенных вычислений.

What is AIDS?
UNAIDS, the Joint United Nations Program on HIV/AIDS, estimated that in 2004 there were more than 40 million people around the world living with HIV, the Human Immunodeficiency Virus. The virus has affected the lives of men, women and children all over the world. Currently, there is no cure in sight, only treatment with a variety of drugs.

Prof. Arthur J. Olson's laboratory at The Scripps Research Institute (TSRI) is studying computational ways to design new anti-HIV drugs based on molecular structure. It has been demonstrated repeatedly that the function of a molecule — a substance made up of many atoms — is related to its three-dimensional shape. Olson's target is HIV protease ("pro-tee-ace"), a key molecular machine of the virus that when blocked stops the virus from maturing. These blockers, known as "protease inhibitors", are thus a way of avoiding the onset of AIDS and prolonging life. The Olson Laboratory is using computational methods to identify new candidate drugs that have the right shape and chemical characteristics to block HIV protease. This general approach is called "Structure-Based Drug Design", and according to the National Institutes of Health's National Institute of General Medical Sciences, it has already had a dramatic effect on the lives of people living with AIDS.

Even more challenging, HIV is a "sloppy copier," so it is constantly evolving new variants, some of which are resistant to current drugs. It is therefore vital that scientists continue their search for new and better drugs to combat this moving target.

Scientists are able to determine by experiment the shapes of a protein and of a drug separately, but not always for the two together. If scientists knew how a drug molecule fit inside the active site of its target protein, chemists could see how they could design even better drugs that would be more potent than existing drugs.

To address these challenges, World Community Grid's FightAIDS@Home project runs a software program called AutoDock developed in Prof. Olson's laboratory. AutoDock is a suite of tools that predicts how small molecules, such as drug candidates, might bind or "dock" to a receptor of known 3D structure. The very first version of AutoDock was written in the Olson Laboratory in 1990 by Dr. David S. Goodsell, since then, newer versions, developed by Dr. Garrett M. Morris, have been released which add new scientific understanding and strategies to AutoDock, making it computationally more robust, faster, and easier for other scientists to use. From the beginning of this project, World Community Grid has been running a pre-release version of AutoDock4. In August 2007, World Community Grid started running the new publicly available version 4 of AutoDock which is faster, more accurate, can handle flexible target molecules and thus can also be used for protein-protein docking analysis. AutoDock is used in the FightAIDS@Home project on World Community Grid to dock large numbers of different small molecules to HIV protease, so the best molecules can be found computationally, selected and tested in the laboratory for efficacy against the HIV virus. By joining forces together, The Scripps Research Institute, World Community Grid and its growing volunteer force can find better treatments much faster than ever before.

График проекта


Ссылки

ВИЧ 3D

Це повідомлення відредагував Rilian: Sep 8 2010, 11:49

[Rilian]

Project Status, as of December 9, 2010

http://fightaidsathome.scripps.edu/status

Experiment 35: 0% Completed

Experiment 35 involves screening the full NCI library of ~ 316,000 compounds against the active site of 8 different versions of HIV protease. Thus, this experiment is similar to Exp. 32, but a different library of compounds is being screened, and one new target has been added. All but two of these target conformations were generated by Dr. Alex L. Perryman's Molecular Dynamics (MD) simulations of 5 different variants of HIV protease. These 8 targets include 2 snapshots of the V82F/I84V mutant from ALP's 2004 paper in Protein Science. These 2 snapshots of a multi-drug-resistant "superbug" have semi-open conformations of the flaps, which makes these models good targets for the "eye site" that is located between the tip of a semi-open flap and the top of the wall of the active site. The 3rd target is the equilibration MD (EqMD) output for 1HSI.pdb, which is a semi-open conformation of HIV-2 protease. HIV-2 is the group of strains of HIV that are most common in Africa. We'll be targeting the "eye site" of 1HSI, as well. The 4th target is the EqMD output from 1MSN.pdb, which was created using a different crystal structure of the V82F/I84V superbug. This model has a closed conformation of the flaps, which means that we'll be targeting the floor of the active site. The 5th target also has a closed conformation of the flaps, but this EqMD output is from 2R5P.pdb, which is the wild type HIV-1c protease. HIV-1c is the group of strains of HIV that are most commonly found in Asia. The 6th target has semi-open flaps, and it is the EqMD output from 1TW7.pdb, which is a superbug with the mutations L10I/D25N/M36V/M46L/I54V/I62V/L63P/A71V/V82A/I84V/L90M. We'll be targeting the eye site of this superbug, too.

The 7th target is a crystal structure of the wild type HIV protease with 5-nitroindole bound in the eye site. This new crystal structure from Prof. C. David Stout's lab was presented in the Supporting Information for our recent article in Chemical Biology and Drug Design, vol. 75: 257-268 (March 2010). This new research article of ours was recently discussed in a press release on Science Daily and in a news story on KPBS-FM. This paper was recently listed as one of the "most read papers" from Chemical Biology and Drug Design this year! I deleted the 5-nitroindole fragment from this structure before generating the AutoDock input file for this target. We'll be screening new fragments against this crystal structure's eye site, as well.

The 8th target has never been used on FightAIDS@Home before. It is a brand new crystal structure from Assoc. Prof. C. David Stout's lab of the chimeric "FIV 6s98S" protease, which was developed by our collaborators Ying-Chuan Lin, Prof. Bruce E. Torbett, and Prof. John H. Elder. A paper on this new crystal structure of FIV 6s98S protease is currently being peer-reviewed. This protease enzyme is "chimeric," because it contains 5 residues from HIV protease that were substituted into the corresponding positions in FIV protease. The 6th residue was also substituted from HIV protease, but it changed into a different residue during serial passage experiments (i.e., during directed evolution studies performed with the presence of different HIV protease drugs). This 6s98S FIV protease has HIV-like drug sensitivity profiles and is a new model system for multi-drug-resistant HIV protease.


This experiment involves faah17,565 - faah20,092.

These calculations began 11/26/2010.

Experiment 34: 83% Completed

[corsar83]

Project Status, as of January 17, 2011

Experiment 35: 28% Completed
This experiment involves faah17,565 - faah20,092. These calculations began 11/26/2010.


Experiment 34: 100% Completed

[corsar83]

Project Status, as of February 11, 2011

Experiment 35: 46% Completed

[corsar83]

Project Status, as of March 9, 2011

Experiment 35: 63% Completed

[corsar83]

Project Status, as of April 5, 2011

Experiment 35: 86% Completed

Experiment 36: 0% Completed
This experiment involves faah20,093 - faah22,620. These calculations will begin soon.

[Rilian]

Project Status, as of April 5, 2011

Experiment 36: 0% Completed

Experiment 36 involves screening the full NCI library of ~ 316,000 compounds against the two allosteric sites on the surface of HIV protease. This experiment is similar to Exp. 31, but a different library of compounds is being screened, and in this experiment we are only docking compounds against the two allosteric-fragment-bound crystal structures from our recent article in Chemical Biology and Drug Design, vol. 75: 257-268 (March 2010).

In addition, in this experiment we are investigating four slightly different docking protocols, to both advance the methods we use for drug discovery and to increase our probability of finding new "hits" against HIV protease. Since two different allosteric-fragment-induced structures are being used with four slightly different protocols, this experiment is composed of 8 parts, as follows:

1a) The crystal structure bound to allosteric fragment "1f1" is being screened using an "expanded grid box" that includes the 1f1 allosteric site, the 4d9 allosteric site (in the non-induced conformation = a decoy site), and several other decoy sites. The docking calculations will end according to the number of generations each compound explores in the genetic algorithm (that is, all 316,000 compounds will experience the same number of generations as they explore the target).
1b) The crystal structure bound to allosteric fragment "4d9" is being screened using an "expanded grid box" that includes the 4d9 allosteric site, the 1f1 allosteric site (in the non-induced conformation = a decoy site), and several other decoy sites. The docking calculations will end according to the number of generations each compound explores in the genetic algorithm (that is, all 316,000 ligands will experience the same number of generations as they explore the target).

2a) The crystal structure bound to allosteric fragment "1f1" is being screened using an "expanded grid box" that includes the 1f1 allosteric site, the 4d9 allosteric site (in the non-induced conformation), and several other decoy sites. The docking calculations will end according to the number of energy evaluations each ligand explores in the genetic algorithm (that is, all 316,000 compounds will experience the same number of energy evaluations as they explore the target).
2b) The crystal structure bound to allosteric fragment "4d9" is being screened using an "expanded grid box" that includes the 4d9 allosteric site, the 1f1 allosteric site (in the non-induced conformation), and several other decoy sites. The docking calculations will end according to the number of energy evaluations each compound explores in the genetic algorithm (that is, all 316,000 ligands will experience the same number of energy evaluations as they explore the target).

3a) The crystal structure bound to allosteric fragment "1f1" is being screened using a "focused grid box" that only includes the 1f1 allosteric site (that is, no decoy sites were included in the grid box that the compounds are allowed to explore). The docking calculations will end according to the number of energy evaluations each ligand explores in the genetic algorithm (that is, all 316,000 compounds will experience the same number of energy evaluations as they explore the target).
3b) The crystal structure bound to allosteric fragment "4d9" is being screened using a "focused grid box" that only includes the 4d9 allosteric site (that is, no decoy sites were included in the grid box that the compounds are allowed to explore). The docking calculations will end according to the number of energy evaluations each compound explores in the genetic algorithm (that is, all 316,000 ligands will experience the same number of energy evaluations as they explore the target).

4a) The crystal structure bound to allosteric fragment "1f1" is being screened using a "focused grid box" that only includes the 1f1 allosteric site (that is, no decoy sites were included in the grid box that the compounds are allowed to explore). The docking calculations will end according to the number of generations each ligand explores in the genetic algorithm (that is, all 316,000 compounds will experience the same number of generations as they explore the target).
4b) The crystal structure bound to allosteric fragment "4d9" is being screened using a "focused grid box" that only includes the 4d9 allosteric site (that is, no decoy sites were included in the grid box that the compounds are allowed to explore). The docking calculations will end according to the number of generations each ligand explores in the genetic algorithm (that is, all 316,000 ligands will experience the same number of generations as they explore the target).


This experiment involves faah20,093 - faah22,620.

[Rilian]

В пятницу, 13 мая, на Михайловской площади состоится акция Имена, посвященная Всемирному дню памяти людей, умерших от СПИДа, сообщили Корреспондент.net в фонде Елены Пинчук АНТИСПИД.

Во время акции территория площади будет покрыта мемориальным полотном (квилтом), общей площадью больше 300 м², собственноручно созданным ВИЧ-инфицированными людьми из всех областей Украины. "На этом полотне будут вышиты тысячи имен украинцев, которые умерли от СПИДа. Этот квилт - символ скорби и большой трагедии последствий эпидемии СПИДа, которая забрала жизнь почти 21 000 украинцев", - сообщили в АНТИСПИД.

Всего акции, посвященные Всемирному дню памяти людей, умерших от СПИДа состоятся в 42 городах Украины. Каждый город представит свой квилт и вспомнит тех, чьи жизни унесла эпидемия ВИЧ/СПИДа.

В акции примут участие известные украинцы, среди которых: Лилия Подкопаева, Валид Арфуш, Игорь Слисаренко, Григорий Чапкис, Денис Силантьев, Маричка Падалко, Василий Бондарчук, Lilu, Ирена Карпа и другие.

В 11.30 начнется зачитывание имен людей, чьи жизни унесла эпидемия СПИДа. На протяжении часа известные украинцы без остановки будут зачитывать имена с трибуны на площади.

Ежегодно в каждое третье воскресенье мая отмечается Всемирный день памяти людей, умерших от СПИДа. За 24 года существования эпидемии ВИЧ / СПИДа в Украине почти 21 тысяча молодых украинцев умерла от этой болезни. Каждый день от СПИДа умирает восемь человек.

Международное движение Имена было основано в 1987 году в США. Активист Клив Джонс для того чтобы выразить боль утраты и возмущение бездействием властей, сшил полотно (квилт) в память о друге, который умер от СПИДа. Его скорбь была столь велика, что он ежедневно укрывался этим одеялом, которое напоминало ему о близком человеке. Сегодня эта инициатива распространилась по всему миру. Международный СПИД-мемориал квилт, насчитывающий 5683 секции памятных полотен, на которых можно увидеть 82 тысячи имен людей, умерших от СПИДа, стал главным символом движения Имена.

"Многоцветная мозаика Квилт лучше любых слов доказывает, что СПИД может коснуться каждого, в независимости от возраста, пола, национальности и образа жизни", - сообщили Корреспондент.net во Всеукраинской сети людней, живущих с ВИЧ.

[Rilian]

Американские ученые из Орегонского института вакцинной и генной терапии создали экспериментальную вакцину, которая впервые дала возможность полностью очистить кровь подопытных обезьян от вируса, вызывающего заболевание, сходное со СПИДом, сообщает научный журнал Nature.

Создатели вакцины полагают, что испытания аналога этой вакцины с участием людей могут начаться через три года.

Ученые привили созданную ими вакцину 24 здоровым макакам-резусам, которых затем заразили вирусом иммунодефицита обезьян. Ученые считают, что именно от него произошел вирус иммунодефицита человека (ВИЧ), вызывающий СПИД.

В результате действия вакцины у 13 обезьян размножение вируса было остановлено, так что даже самые чувствительные тесты не смогли обнаружить его в крови. У 12 обезьян защитный эффект сохранился спустя год после того, как они были привиты. "Мы считаем, что вакцина даст возможность держать вирус под полным контролем или вообще очиститься от него", - заявил руководитель исследования, профессор Луис Пикер.

Также ученый отметил, что следующим шагом станет испытания вакцины на людях. По его оценкам, испытания на людях можно будет начать через три года.

Основой новой вакцины стал широко распространенный вид вируса - цитомегаловирус. При помощи генной инженерии он был изменен таким образом, что стал вырабатывать так называемые Е-клетки памяти, которые побуждают иммунную систему уничтожать вирус иммунодефицита. Поскольку цитомегаловирус, попав в организм человека, остается в нем навсегда, действие вакцины, как надеются ученые, будет постоянным.

[corsar83]

Project Status, as of May 11, 2011

Experiment 35: 100% Completed

Experiment 36: 19% Completed

[Rilian]

Президент Украины Виктор Янукович проигнорирует Генассамблею ООН по СПИДу, которая начинается 8 июня в Нью-Йорке, сообщает Deutsche Welle.

В этом году ООН выдвигает новую программы максимум для мировой общественности в борьбе со СПИДом: "Ноль новых случаев инфицирования ВИЧ, ноль смертей, связанных со СПИДом, и ноль дискриминации".

Эта амбициозная цель будет записана в новой декларации ООН, которую в Нью-Йорке планирует принять Генассамблея.
Однако, как отмечает издание, Украине еще далеко до таких показателей. В Украине 1% населения болеет СПИДом.

По данным международных организаций, ежедневно в Украине 87 человек инфицируется ВИЧ и около 50 умирает от заболеваний, вызванных ВИЧ. "33 страны мира, включая африканские, где эпидемия гораздо серьезнее, достигли того, чтобы новых случаев инфицирования стало на 25% меньше. Тем временем в Украине мы все еще наблюдает рост инфицирования", - констатирует координатор UNAIDS в Украине Ани Шакаришвили.

[corsar83]

Project Status, as of June 7, 2011
Experiment 36: 78% Completed
Experiment 37: 0% Completed


This experiment involves faah22,630 - faah25,671.

These calculations will begin soon.

[Rilian]

Таблетки от СПИДа

Крупномасштабные клинические исследования в экваториальной Африке впервые показали, что ежедневный прием определенных лекарств способен предотвратить заражение вирусом иммунодефицита человека (ВИЧ) при гетеросексуальных контактах.

Исследования проводились в Кении, Уганде и Ботсване Центром контроля и профилактики заболеваний США, а также университетом штата Вашингтон. В результате оказалось, что риск заражения ВИЧ значительно снижался при ежедневном приеме комбинации двух антиретровирусных препаратов - эмтрицитабина и тенофовира (FTC-TDF).

Вместе с тем ученые отмечают, что применение этого метода профилактики ВИЧ может выработать у вируса устойчивость к лекарствам, могут появиться вирусы-мутанты, которые найдут обходные пути.

[Rilian]

А.Д.Пыжова. Возникновение СПИДа.

[corsar83]

Project Status, as of July 21, 2011

Experiment 36: 100% Completed

Experiment 37: 12% Completed
This experiment involves faah22,630 - faah26,178.

[corsar83]

Project Status, as of August 10, 2011

Experiment 37: 23% Completed