Distributed Computing team of Ukraine | Ukraine - Українська Команда Розподілених Обчислень | Ukraine - Украинская Команда Распределённых Вычислений - Новини (Архів)

https://distributed.org.ua/index.php?go=News&in=view&id=273		 Надрукувати

Эволюционная генетика freeware

Эволюционная генетика freeware


     Новое программное обеспечение MultiSeq позволяет эффективно анализировать и сопоставлять последовательности и структуральные данные из непрерывно растущей библиотеки белков и нуклеиновых кислот.


multiseq (c) www.scs.uiuc.edu      В программу MultiSeq можно вводить данные как о структуре соединений, так и о характеристиках последовательностей с неизвестной структурой, и, с помощью дополнительной информации, анализировать эволюционные изменения в системе. MultiSeq разработана университетом штата Иллинойс под руководством профессора Зайды Лютни-Шультен (Zaida Luthey-Schulten) в сотрудничестве со специалистами института Бекмана и Ресурса по макромолекулярному моделированию и биоинформатике Национальных институтов здравоохранения США.

     На настоящий момент более трех миллионов последовательностей и 35 тысяч структур белков и нуклеиновых кислот доступны для подробного изучения. Анализ этой информации с эволюционной точки зрения должен помочь ученым получить ответы не только на ряд фундаментальных научных вопросов, таких как вопрос о происхождении жизни, но и на некоторые более практичные вопросы, например, как развивается устойчивость к специфически воздействующим на рибосомы антибиотикам.

     MultiSeq является расширением программного продукта Multiple Alignment, являющегося частью программного обеспечения Visual Molecular Dynamics (VMD), предназначенного для визуализации и анализа симуляций молекулярной динамики. VMD разработана специалистами университета штата Иллинойс и распространяется бесплатно. Программа позволяет работать с большими трехмерными системами, содержащими более миллиона атомов. MultiSeq расширяет возможности VMD за счет вовлечения в процесс обработки информации эволюционных данных, содержащихся в молекулярных последовательностях.

     Например, MultiSeq может помочь ученым в изучении эволюции рибосом, ответственных за трансляцию – расшифровку генетической информации в клетках. Трансляция является ключевым механизмом продолжения жизни, а для биомолекул, входящих в состав рибосом, характерен наиболее прямой способ передачи из поколения в поколение.

     Для того чтобы выявить отличия в трансляции у представителей трех царств живого мира (растений, животных и микроорганизмов) необходимо, по крайней мере, сравнить три рибосомы. По словам профессора Лютни-Шультен, "в прошлом году мы не могли сравнить даже две рибосомы, теперь мы можем провести анализ и сравнение более чем двадцати".

     MultiSeq позволяет анализировать данные о последовательностях и структуре молекул с точки зрения эволюции, с использованием информатики для организации и поиска информации, методов визуализации для выявления корреляций, математики для формулирования статистических выводов и биологии для анализа химических и физических свойств при изменениях последовательности или структуры.

Источник: Интернет-журнал "Коммерческая биотехнология"




Arbalet | 23.09.2006 13:56