Distributed Computing team of Ukraine | Ukraine - Українська Команда Розподілених Обчислень | Ukraine - Украинская Команда Распределённых Вычислений - Описи проектів

https://distributed.org.ua/index.php?go=Pages&in=view&id=47		 Распечатать

Проект 2143



Проект 2143

оригинал описания p2143
версія українською

Альдозоредуктаза (с) изображение www.rcsb.org      Для расчета электростатики в молекулярной динамике белков существуют методы RF и PME, которые дают возможность избежать вычислений электростатических сил между каждой парой атомов в системе. Это важно для проекта 2143, родственному проекту 2142, у которого в системе содержится слишком много атомов (более 80000), чтобы рассчитать все спаренные силы. Поэтому необходимо обратиться к приближенным методам, выбрав между RF и PME.

     Однако, на практике выбор между "правильными" методами оборачивается "религиозными войнами", не приводящими ни к чему хорошему. Поэтому для исследования кинетики процесса выбраны оба метода. Со временем Boxer Group из Стенфорда будет иметь экспериментальные данные электрических полей человеческой альдозоредуктазы и мы будем располагать траекториями, которые помогут сравнить адекатность RF и PME.

     Задания для этого проекта разработаны так, чтобы занимать приблизительно одинаковое время с заданиями проекта 2142, так мы сможем сравнить их точность с вычислительной ресурсоемкостью.

     Из-за очень большого размера системы (альдозоредуктаза имеет 316 остатков, кофактор, ингибитор, 80000 атомов воды) эти симуляции занимают много памяти, поэтому будут ограничены той частью клиентов, которые разрешают использование 200 Мб оперативной памяти и больше (эта величина изменилась до 100 Мб с 22.09.2006).

     Перевод - Yura_H, редакция и размещение - Arbalet




| 21.01.2007 17:14