Українська команда з розподілених обчислень

Проект "Rosetta@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт

Официальная статистика по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 12.04.2006 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.bakerlab.org/rosetta
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
BOINC 6 Versions Change Log
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Если у вас есть желание помочь команде, посчитать на командный аккаунт, можно использовать так называемый "слабый ключ аккаунта" (weak account key) который позволяет коннектиться к проекту не вводя пароли. Все очки будут присваиваться командному юзеру distributed.org.ua

Чтобы подключиться:
0) установите BOINC
1) создайте файл account_boinc.bakerlab.org_rosetta.xml в папке \data\
2) в файл поместите текст

3) перезагрузите BOINC
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Цель проекта - решение одной из самых больших проблем в молекулярной биологии - вычисление 3-х мерной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Благодаря недавно завершенному проекту "Геном человека" известны аминокислотные последовательности всех белков в человеческом организме. Исследования по данному проекту также помогут в проектировании новых, не существующих белков. В случае успешного решения данных проблем мы сможем бороться с такими болезнями как рак, малярия, болезнь Альцгеймера, сибирская язва и другими генетическими и вирусными заболеваниями.[/quote]
взято отсюда

PROMO VIDEO new!

Для большей научной пользы выставьте время рассчета ВЮ - 1 день.
Для этого:
1. зайдите в Ваши настройки на сайте, http://boinc.bakerlab.org/rosetta/prefs.php?subset=project
2. выберите Target CPU run time = 1 day
3. нажмите Update
4. откройте БОИНК менеджер
5. если у вас сокращенный вид, нажмите Advanced View
6. выберите первую вкладку
7. выберите проект Розетта и нажмите кнопку "Обновить" сверху слева
8. Готово! Теперь каждая молекула будет "предсказываться" 1 день вместо 3 часов (по умолчанию)

Статья в журнале LiveScience.com
Мини FAQ
Исследование болезней
Что мы хотим знать о проекте Rosetta@Home ?
Rosetta@Home FAQ
Описание структур и методов моделирования белков
Сравнение биомедицинских проектов распределенных вычислений

Реферат по Росетте

Инструкция по подключению на FreeBSD, боинк брать на оф сайте

График ППД команды за последние 60 дней:




Марка по теме проекта:



----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



Це повідомлення відредагував Rilian: May 10 2011, 13:12

проект участвует в BOINC Pentathlon 2012 с 5 по 10 мая.

Все очки полученные с 5 по 10 мая включительно идут в зачет

если у вас есть возможность, приготовьте мега-слив

Rosetta@Home: Project News Apr 27, 2012

2012-04-27: Rosetta@Home software updated to version 3.30. Addresses issues with Cartesian Relax and the modeling of disulfides in the hybrid protocol for comparative modeling.

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_old_potd.php

Feb 03, 2012
Predictor of the day: Congratulations to ramok (Team Ukraine) for predicting the lowest energy structure for workunit ProteinG_abinitio_SAVE_ALL_OUT_design_relax_g009_007_25077_0 !

Mar 30, 2010
Predictor of the day: Congratulations to Real_penguine (Team Ukraine) for predicting the lowest energy structure for workunit lrmix_seq_score12_mix_rlbn_1faa__18593_0 !

Mar 08, 2010
Predictor of the day: Congratulations to Piligrimus (Team Ukraine) for predicting the lowest energy structure for workunit lr_mix_sc12_icoor_run01_A_rlbd_1h75___16605_0 !

Dec 29, 2009
Predictor of the day: Congratulations to abishai (Team Ukraine) for predicting the lowest energy structure for workunit resa_sel_core_1.5_low200_beta_low200_nostart_hb_t374___16310_0 !

Nov 27, 2009
Predictor of the day: Congratulations to Administrator (Team Ukraine) for predicting the lowest energy structure for workunit lr5_dun08_it02_B_rlbd_1o5u_SAVE_ALL_OUT__15457_0 !

Nov 04, 2009
Predictor of the day: Congratulations to giggs (Team Ukraine) for predicting the lowest energy structure for workunit lr5_combine_smooth_torsion_it02_A_rlbn_1poh_SAVE_ALL_OUT__14883_0 !

Sep 12, 2009
Predictor of the day: Congratulations to smudgy (Team Ukraine) for predicting the lowest energy structure for workunit lr8_newhb_run02_rlbd_1a19__14605_0 !

Jul 11, 2009
Predictor of the day: Congratulations to uNiUs (Team Ukraine) for predicting the lowest energy structure for workunit lr5_D_rama_map_iter05_notsq_rlbn_2vik_SAVE_ALL_OUT_NATIVE_NOCON_12680_0 !

Jul 14, 2008
Predictor of the day: Congratulations to Admin (Team Ukraine) for predicting the lowest energy structure for workunit FR_298_relax_3292_0 !

Apr 10, 2007
Predictor of the day: Congratulations to Toxa (Team Ukraine) for predicting the lowest energy structure for workunit BENCH_02JUMPING_SAVE_ALL_OUT_1iibA_NATIVE_PAIRS_SEQSEP5_TRUESS_OEG_filters_1567_0 !

Dec 25, 2006
Predictor of the day: Congratulations to Alexey (Team Ukraine) for predicting the lowest energy structure for workunit s014__BOINC_ABRELAX_SAVE_ALL_OUT_hom007__1410_0.clean.sc !

Rosetta@Home: Project News Apr 29, 2012

2012-04-29: Journal post from David Baker
I have just been told the very good news that Rosetta@home will be the first project of the BOINC pentathlon, and would like to thank all of the participating teams. I also just learned from the discussion thread that Rosetta@home will be the project of the month for BOINC synergy-this is more excellent news!!Your increased contributions to rosetta@home could not come at a better time! We've been testing our improved structure prediction methodology in a recently started challenge called CAMEO. For most of the targets, the Rosetta@home models are extremely good, but for a minority of targets the predictions are not good at all. We've now tracked down the source of these failures and it is what we are calling "workunit starvation"; in the limited amount of time the Rosetta server has to produce models (2-3 days) in these cases very few models were made-this happens because many targets are being run on the server so that only a fraction of your cpu power is focused on any one target. while we are working to fix this internally, by far the best solution is to have more total CPU throughput so each target gets more models. You can follow how we are doing at http://www.cameo3d.org/. You will see that Robetta is one of the few servers whose name is not kept secret-this is because Rosetta is a public project. Our server receives targets from CAMEO and soon CASP, sends the required calculations out to your computers through Rosetta@home, and then processes the returned results and submits the lowest energy models. We are excited that the workunit starvation problem may go away through your increased efforts for Rosetta@home. Thanks!!!

ітак, Розетта участвует одновременно в двух соревнованіях по моделірованію белков!

http://www.cameo3d.org/modeling/index.html

Pentathlon рулит

Rilian, думаешь с 10-го числа такой пик будет на графике команды в WCG?

Кстати поднялись на 40 место http://boincstats.com/stats/team_stats.php...rosetta&st=0#40

новости из журнала Девида Бейкера

Many common materials such as silk and wool are made out of regular repeating arrays of proteins, and symmetric protein arrays make up the coats of viruses and many other assemblies inside cells. The ability to robustly design self assembling materials made out of proteins would have huge numbers of applications-the naturally occurring assemblies are useful, but imagine if we could make custom materials for 21st century problems. In this weeks Science magazine, we describe the use of Rosetta to design self assembling protein nano structures with very high accuracy. We are now attempting to create many different types of symmetric materials, and you will be seeing more symmetric calculations on your rosetta@home screen server. Thank you for making possible this completely new approach to nanotechnology!

Кусок поста из форума TSC! Russia... обсуждение CASP 10.

Так CASP10 закончился? Начался нормальный просчет новых молекул, а не чемпионат, кто быстрее предскажет уже известное?
Мне сейчас идут в основном требующие мало памяти задания типа "Tc734_ab_relax_cst_t000___dekim_08_08". Что это приблизительно может считаться?

Еще не закончился, но подоходит к концу. Крайний срок сдачи последних предсказаний - 18 августа:
http://predictioncenter.org/casp10/targetlist.cgi (кстати по этой ссылке - по тем белкам у которых срок сдачи прошел в последнем столбце можно найти ссылки на подробную информацию с описанием что это был за белок)
А в R@H по-моему уже дейсвительно считать CASP перестали, тем что осталось robetta сервера занимаются + ручная обработка.

Небольшая статистика с CASP10.
Все на соревнование было выставлено 114 белков с полностью неизвестной структурой(+43 цели, где нужно было работать по частично известным данным). По ним получено 65000 предсказаний - каждая команда может несколько(если правильно помню 5) лучших своих моделей прислать по каждой цели.
Причем не совсем правильно говорить, что это еще раз перемалывают "старое и известное". Особенность CASP в том, что считаются белки стуктура которых была опеределена (экспериментально) совсем недавно(от дней до 1-2 года) и еще нигде не была опубликована. Т.е. в отличии от обычных "тренировок" и тестирований алгоритмов поиск идет полностью в слепую(двойной слепой метод). А оценивает все это независимая(от участников) команда. Что позволит достоверно сказать кто есть ху? На данный момент. Так что это не просто "чемпионат", а и метод оценки эффективности работы разных научных групп. Который может влиять в т.ч. на распределие грантов, пожертвований и т.д. в т.ч. поддержку РВ в у тех групп, которые РВ используют (а то каждый хвалит себя конечно в первую очередь, а как не будучи специалистом понять, где серьезная и эффективная наука, а где больше пиара? например Бейкер заявляет, что по их собственной оценке за последние 2 года они продвинулись в качестве моделирования больше, чем за предыдущие 6 лет - посмотрим как это отразится на результатах независимой проверки)
Кстати проме собственно предсказания структуры там есть и другие категории "соревнования", например поиск активных центров белка (так же только по линейной аминокислотной формуле)

Да, отыскал результаты с предыдущего CASP9( http://predictioncenter.org/casp9/groups_analysis.cgi )
В категории скоростной(результат возвращался в среднем через 2.4 суток после получения задания при предельно допустимых 3) автоматизированный поиск структуры Розетта тогда заняла 11е место (из 79 участвовавших команд).
В открытой смешанной категории (как полность автоматизированный так и машина+человек на кот. дается гораздо больше времени) лаба бейкер заняла
36е (полный авто) и 29е (с участием человека) места из 174 участвовавших групп
Для сравнения например POEM занял тогда 119/174 место (и в условных попугаях результаты где-то в 3 раза слабее/хуже чем у лабы Бейкера).
F@H как понимаю вообще не участвовал.

Так что осенью(когда будут подведены результаты CASP10) посмотрим кто как продвинулся за прошедшие 2 года.

Очень познавательно!!!

А кто занял 1 место? на чем они считают и если у них такие крутые алгоритмы, то почему все их не используют ?

Rilian, я сам в этом разбираюсь на уровне раздупления новостей и прочей информации.
Пока что соревнование идет. Нужно ждать новостей на форуме розетты, через какое то время.
Кстати POEM@Home тоже принимает участие в этом году. Правда только на цпу, поэтому может и не смогут обработать большой объем информации.

WCG HPF - це по суті і є Rosetta@Home, але Rosetta@Home - дослідницький проект, у якого дві мети: дослідження обчислювальних методів та винайдення нових структур.
Тому Rosetta@Home
1) має код клієнта менш оптимізований під нові процесори та відеокарти ніж інші проекти
2) має наукову перевагу над іншими проектами розподілених обчислень бо вдосконалює свої методи, що дозволяє rosetta@home показувати непогані результати у CASP (серед дослідницьких проектів).

Both Phase I and Phase II of the Human Proteome Folding Project (HPF), a subproject of World Community Grid, have used the Rosetta program to make structural and functional annotations of various genomes. Although he now uses it to create databases for biologists, Richard Bonneau, head scientist of the Human Proteome Folding Project, was active in the original development of Rosetta at David Baker's laboratory while obtaining his PhD. http://en.wikipedia.org/wiki/Rosetta@home

Новичок, не знаю как это сделать. Был перерыв 3 года. До этого в команде не состоял.

привет

в каком проекте?

Rosetta. Только хотел подключиться к Rosetta@home, но получилось mini.