Help Fight Childhood Cancer, проект по подбору лекарств от нейробластомы (рак) Налаштування

[Rilian]

Помоги в борьбе с детским раком / Help Fight Childhood Cancer

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid

• Help Fight Childhood Cancer - статья у нас на сайте
• Статистика по команде "Ukraine"
• Топ-50 участников команды
• Общая статистика проекта
• обзор проекта на английском
• Официальный сайт Университета Чиба (новости на сайте)
• Видео, составленное командой NMG-NETWORK

World Community Grid рада объявить о запуске проекта Help Fight Childhood Cancer под руководством Института по Исследованию Рака в Чибо (Япония), а также Университета Чиба (префектура Чиба, Япония). Миссия проекта - найти лекарства которые смогут заблокировать три вида белков обычно связываемых с развитием Нейробластомы (вид рака) - одного из видов плотных опухолей которые чаще всего развиваются у детей. Нахождение лекарств, блокирующих эти белки, позволит более эффективно лечить этот вид опухоли с помощью химиотерапии. Нейробластома проявляется чаще всего в раннем детстве и обычно ведет к смерти. Если проект будет удачным, он может привести к прорыву в исследованиях этой болезни, которая до сих пор не поддавалась ученым, и это позволит намного увеличить шансы на лечение нейробластомы.

В новой фазе проекта, запущеной в Августе 2010, исследуется 3 дополнительных цели
После этого ввиду успешност экспериментов добавлено еще 3 цели. Итого на апрель 2012 года рассчитано 8 целей, и еще 1 на очереди

Help Fight Childhood Cancer это двенадцатый проект в рамках World Community Grid и один из 7 (на момент запуска) которые сейчас активны. Для более детальной информации по остальным проектам, заходите на форум World Community Grid.

Часто задаваемые вопросы по проекту:

Что такое нейробластома?
Нейробластома - один из видов злокачественных опухолей и встречается обычно у младенцев и детей и очень редко у детей старше 10 лет. Клетки этой опухоли напоминают нервные клетки на ранних этапах их развития у плода. Одна треть нейробластом развивается в надпочечниках, другая треть - в брюшной полости по ходу нервных стволов вдоль позвоночника и остальные - в грудной полости и на шее. Некоторые нейробластомы возникают из спинного мозга. Иногда в связи с широким распространением опухоли на момент диагностики трудно установить точно место, откуда возникла опухоль. Не все опухоли нервной системы относятся к злокачественным. Нейробластома составляет 6-10% из всех детских раковых заболеваний и 15% от всех летальных исходов вызванных раком.

Что вызывает нейробластому?
Вероятность возникновения нейробластомы по всему миру почти одинаковая. Это дает возможность предположить, что факторы окружающей среды, например, ее загрязнение, не являются причиной развития этой опухоли. Многие исследователи полагают, что нейробластома возникает в том случае, когда нормальные эмбриональные нейробласты не созревают в нервные клетки или клетки коры надпочечников. Вместо этого, они продолжают расти и делиться. Большинство нейробластом не являются следствием наследуемых мутаций ДНК. Они вызваны мутациями, приобретенными в ранний период жизни ребенка. Эти мутации присутствуют в опухолевых клетках родителя ребенка и не передаются детям. Причины, вызывающие изменения ДНК, приводящие к возникновению нейробластом, не известны.

Какие потенциальные преимущества проекта Help Fight Childhood Cancer?
Институт по Исследованию Рака в Чибо, а также Университет Чиба (Япония) используют компьютерные ресурсы WCG для определения новых лекарственных кандидатов которые имеют нужную форму и химические характеристики для блокирования трех протеинов: TrkB, ALK и SCxx, которые часто встречаются, или ненормально мутируют, в агрессивно развивающихся нейробластомах. Блокирование этих протеинов, как считают ученые, позволит значительно повысить шансы на излечение с помощью химиотерапии.

Что именно считают рассчетные ядра проекта Help Fight Childhood Cancer?
Исследователи приготовили базу из 3 миллионов соединений - или потенциальных кандидатов для лекарства - и используют мощности добровольцев в WCG для симуляции лабораторных экспериментов, чтобы протестировать какие из этих соединений блокируют протеины TrkB, ALK и SCxx. Лучшие из моелкул будут выбраны и протестированы в лаборатории для подавления нейробластомы.

Какие преимущества получает проект от использования World Community Grid?
На своих мощностях исследователям для этого проекта понадобилось бы 8000 лет компьютерных рассчетов. С помощью мощностей участников WCG рассчеты могут быть проведены примерно за 2 года!

Что изображено на скринсейвере?
Программа симулирует лабораторное исследование, и проверяет, может ли данный лекарственный кандидат потенциально блокировать протеин, связанный с образованием рака. Форма в центре круга детей представляет собой белковую молекулу, которая является целью эксперимента в данном рабочем юните - белок TrkB, ALK, или SCxx. Когда рассчитывается возможная позиция (докинг двух молекул) лекарственного кандидата и одного из 3 белков, это место обозначается цветным шариком.

Скриншот графического клиента

Откуда взялись рисунки на сайте Help Fight Childhood Cancer project и в графическом клиенте?
Они были пожертвованы Ассоциацией Детского Рака Японии (Children's Cancer Association of Japan) - это единственная благотворительная организация в Японии которая поддерживает детей больных раком и их семьи. Организация была основана в 1968 году родителями которые потеряли своих детей, больных раком. Рисунки нарисованы детьми:

* "Лев"

* "Розовые семена"

* "Упражнения по радио"


График производительности проекта:


Це повідомлення відредагував Rilian: Apr 16 2012, 21:20

[Rilian]

Итак, детективы на оф форуме откопали больше информации

https://secure.worldcommunitygrid.org/forum...ge=yes#lastpost

Итак, проект будет медико-биологическим!

That's normal behaviour for AutoDock.

Autodock - thanks for the hint wink. Interesting target too..

TRKB was in all the WU's I've seen:

TRKB, a member of the insulin receptor subfamily of Tyr protein kinases, is a receptor for brain-derived neurotrophic factor (BDNF), neurotrophin-3 and neurotrophin-4/5 but not nerve growth factor (NGF). This Type I membrane protein is involved in the development and/or maintenance of the nervous system. This is a tyrosine-protein kinase receptor. Known substrates for the TRK receptors are SHC, PI-3 kinase, and PLC-gamma-1. Isoform TrkB is widely expressed, mainly in the nervous tissue. In the CNS, expression is observed in the cerebral cortex, hippocampus, thalamus, choroid plexus, granular layer of the cerebellum, brain stem, and spinal cord. In the peripheral nervous system, it is expressed in many cranial ganglia, the ophtalmic nerve, the vestibular system, multiple facial structures, the submaxillary glands, and dorsal root ganglia. Isoform TrkB-T1 is expressed in multiple tissues, mainly in brain, pancreas, kidney and heart. Isoform TrkB-T-Shc is predominantly expressed in brain. TRKB is subject to ligand-mediated auto-phosphorylation. The structure contains 2 immunoglobulin-like C2-type domains and 2 leucine-rich (LRR) repeats.

Эти белки, докинг которых будет изучаться, участвуют в создании нервных тканей

[Rilian]

проект по подбору лекарств от нейробластомы (рак)

запущен 5 минут назад!

[Death]

сколько времени и памяти на ВУ?

[Rilian]

Приложение - autodock 6.18

Память - 75МБ на ВЮ

Примерно 3 часа на 2.0ГГц

Примерно боинк 20 очков в час на среднем компе

Избыточность - нулевая, каждая ВЮ выдается 1 раз

[nikelong]

Итак люди, вот о чем проект:

Help Fight Childhood Cancer — новый проект объединения World Community Grid, которое поддержало инициативу японских ученых из Центра по исследованию рака Чиба (Chiba Cancer Center Research Institute) и Университета Чиба (Chiba University) по разработке нового лекарственного препарата от страшного детского заболевания — злокачественной опухоли-нейробластомы.

Нейробластома наиболее часто встречается у детей в раннем возрасте, являясь самой распространенной причиной гибели детей от злокачественных опухолей. Японские ученые идентифицировали три специфические белка, связанные с нейробластомой. Подготовлены 3 миллиона кандидатов лекарственных веществ, которые пройдут исследования виртуальным скринингом с помощью программы AutoDock. Те вещества, которые будут наиболее эффективно "выключать" или повреждать белки, станут основой новых препаратов. Если миссия проекта увенчается успехом — препараты появятся в онкоцентрах по всему миру, спасая детские жизни.

Всего планируется выпустить 9 миллионов блоков заданий, вычисление которых на одном компьютеры займет около 8 000 лет! Поэтому нужна помощь участников распределенных вычислений, чтобы уложиться в 1-2 года. Время, в данном случае, означает жизни, детские жизни… Кранчеры, к бою!

[Tamagoch]

надеюсь, картинка динамическая и можно будет следить за статусом отсюда:


upd by rilian: не, картинка это бэкграунд, и над ней будут выводиться человечки по достижении 10%, 20% итд

Це повідомлення відредагував Rilian: Mar 14 2009, 17:31

[Rilian]

Проект "Помоги в борьбе с детским раком" (Help Fight Childhood Cancer Project)

World Community Grid рада объявить о запуске проекта Help Fight Childhood Cancer Project под руководством Института по Исследованию Рака в Чибо (Япония), а также Университета Чиба (префектура Чиба, Япония). Миссия проекта - используя мощности участников World Community Grid, найти лекарства которые смогут заблокировать три вида белков обычно связываемых с развитием Нейробластомы (вид рака) - одного из видов плотных опухолей которые чаще всего развиваются у детей. Нахождение лекарств, блокирующих эти белки, позволит более эффективно лечить этот вид опухоли с помощью химиотерапии. Нейробластома проявляется чаще всего в раннем детстве и обычно ведет к смерти. Если проект будет удачным, он может привести к прорыву в исследованиях этой болезни, которая до сих пор не поддавалась ученым, и это позволит намного увеличить шансы на лечение нейробластомы. Для дополнительной информации, заходите на форум украинской команды распределенных вычислений, посвященный проекту Help Fight Childhood Cancer

Help Fight Childhood Cancer это двенадцатый проект в рамках WCG и один из 7 которые сейчас активны. Для более детальной информации по остальным проектам, заходите на форум World Community Grid.

Часто задаваемые вопросы по проекту:

Что такое нейробластома?
Нейробластома - один из видов злокачественных опухолей и встречается обычно у младенцев и детей и очень редко у детей старше 10 лет. Клетки этой опухоли напоминают нервные клетки на ранних этапах их развития у плода. Одна треть нейробластом развивается в надпочечниках, другая треть - в брюшной полости по ходу нервных стволов вдоль позвоночника и остальные - в грудной полости и на шее. Некоторые нейробластомы возникают из спинного мозга. Иногда в связи с широким распространением опухоли на момент диагностики трудно установить точно место, откуда возникла опухоль. Не все опухоли нервной системы относятся к злокачественным. Нейробластома составляет 6-10% из всех детских раковых заболеваний и 15% от всех летальных исходов вызванных раком.

Что вызывает нейробластому?
Вероятность возникновения нейробластомы по всему миру почти одинаковая. Это дает возможность предположить, что факторы окружающей среды, например, ее загрязнение, не являются причиной развития этой опухоли. Многие исследователи полагают, что нейробластома возникает в том случае, когда нормальные эмбриональные нейробласты не созревают в нервные клетки или клетки коры надпочечников. Вместо этого, они продолжают расти и делиться. Большинство нейробластом не являются следствием наследуемых мутаций ДНК. Они вызваны мутациями, приобретенными в ранний период жизни ребенка. Эти мутации присутствуют в опухолевых клетках родителя ребенка и не передаются детям. Причины, вызывающие изменения ДНК, приводящие к возникновению нейробластом, не известны.

Какие потенциальные преимущества проекта Help Fight Childhood Cancer?
Институт по Исследованию Рака в Чибо, а также Университет Чиба (Япония) используют компьютерные ресурсы WCG для определения новых лекарственных кандидатов которые имеют нужную форму и химические характеристики для блокирования трех протеинов: TrkB, ALK и SCxx, которые часто встречаются, или ненормально мутируют, в агрессивно развивающихся нейробластомах. Блокирование этих протеинов, как считают ученые, позволит значительно повысить шансы на излечение с помощью химиотерапии.

Что именно считают рассчетные ядра проекта Help Fight Childhood Cancer?
Исследователи приготовили базу из 3 миллионов соединений - или потенциальных кандидатов для лекарства - и используют мощности добровольцев в WCG для симуляции лабораторных экспериментов, чтобы протестировать какие из этих соединений блокируют протеины TrkB, ALK и SCxx. Лучшие из моелкул будут выбраны и протестированы в лаборатории для подавления нейробластомы.

Какие преимущества получает проект от использования World Community Grid?
На своих мощностях исследователям для этого проекта понадобилось бы 8000 лет компьютерных рассчетов. С помощью мощностей участников WCG рассчеты могут быть проведены примерно за 2 года!

Что изображено на скринсейвере?
Программа симулирует лабораторное исследование, и проверяет, может ли данный лекарственный кандидат потенциально блокировать протеин, связанный с образованием рака. Форма в центре круга детей представляет собой белковую молекулу, которая является целью эксперимента в данном рабочем юните - белок TrkB, ALK, или SCxx. Когда рассчитывается возможная позиция (докинг двух молекул) лекарственного кандидата и одного из 3 белков, это место обозначается цветным шариком.

Откуда взялись рисунки на сайте Help Fight Childhood Cancer project и в графическом клиенте?
Они были пожертвованы Ассоциацией Детского Рака Японии (Children's Cancer Association of Japan) - это единственная благотворительная организация в Японии которая поддерживает детей больных раком и их семьи. Организация была основана в 1968 году родителями которые потеряли своих детей, больных раком. Рисунки нарисованы детьми:

* "Лев"

* "Розовые семена"

* "Упражнения по радио"


Спасибо за участие в World Community Grid и вклад в передовые исследования на медико-биологическом фронте!

Для того чтобы принять участие в проекте, вам необходимо установить на свой компьютер клиент BOINC и подключить его к проекту World Community Grid. Для присоединения к команде Украины:
1. Зарегистрируйтесь на сайте проекта worldcommunitygrid.org
2. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
3. В BOINC менеджере перейдите в "Расширенный Вид" (Advanced View)
4. В BOINC менеджере Выберите Сервис -> Добавить Проект (Tools -> Attach to Project)
5. В открывшемся окне введите адрес проекта http://www.worldcommunitygrid.org/
6. Если что, в настройках фаервола разрешите любые соединения для BOINC
7. Введите логин и пароль такой же как при регистрации (в пункте 1)
8. Теперь на сайте проекта в настройках вашего профиля default укажите в каком проекте участвовать либо отметьте галочку "Участвовать во всех проектах" ("If there is no work available for my computer for the projects I have selected above, please send me work from another project."). В любом случае активные проекты можно выбирать в любое время!
9. Если вы регистрировались по ссылке из пункта 1, то вас должно автоматически присоединить к команде Ukraine. Если по какой-то причине вас не присоединило, зайдите на страницу команды UKRAINE и нажмите "Join Team" ("Вступить в команду")

[nikelong]

Статья на сайте:
https://distributed.org.ua/index.php?go=Pages&in=view&id=178

[Rilian]

Я уже получил бронзовую медальку за 14 процессорных дней.

[Rilian]

Скриншот графического клиента

[Tamagoch]

хоровод вокруг белка
есть информация о планируемой продолжительности проекта?

[nikelong]

Tamagoch,
Та выше ж писали.
Хотят обработать 9 млн соединений.
Ориентировочно - 2 года расчетов (!)

[Rilian]

из 9000000 заданий 40000 уже готовы

[cosmo_vk]

если такими же темпами как HCC и FightAIDS будут задания обрабатываться то может намного быстрее, чем год и тем более два.