Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> Help Fight Childhood Cancer, проект по подбору лекарств от нейробластомы (рак)
Rilian
Mar 8 2009, 00:08
Пост #1


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 328
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



IPB Image
IPB Image

Помоги в борьбе с детским раком / Help Fight Childhood Cancer

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid thumbsup.gifWorld Community Grid рада объявить о запуске проекта Help Fight Childhood Cancer под руководством Института по Исследованию Рака в Чибо (Япония), а также Университета Чиба (префектура Чиба, Япония). Миссия проекта - найти лекарства которые смогут заблокировать три вида белков обычно связываемых с развитием Нейробластомы (вид рака) - одного из видов плотных опухолей которые чаще всего развиваются у детей. Нахождение лекарств, блокирующих эти белки, позволит более эффективно лечить этот вид опухоли с помощью химиотерапии. Нейробластома проявляется чаще всего в раннем детстве и обычно ведет к смерти. Если проект будет удачным, он может привести к прорыву в исследованиях этой болезни, которая до сих пор не поддавалась ученым, и это позволит намного увеличить шансы на лечение нейробластомы.

В новой фазе проекта, запущеной в Августе 2010, исследуется 3 дополнительных цели
После этого ввиду успешност экспериментов добавлено еще 3 цели. Итого на апрель 2012 года рассчитано 8 целей, и еще 1 на очереди

Help Fight Childhood Cancer это двенадцатый проект в рамках World Community Grid и один из 7 (на момент запуска) которые сейчас активны. Для более детальной информации по остальным проектам, заходите на форум World Community Grid.

Часто задаваемые вопросы по проекту:

Что такое нейробластома?
Нейробластома - один из видов злокачественных опухолей и встречается обычно у младенцев и детей и очень редко у детей старше 10 лет. Клетки этой опухоли напоминают нервные клетки на ранних этапах их развития у плода. Одна треть нейробластом развивается в надпочечниках, другая треть - в брюшной полости по ходу нервных стволов вдоль позвоночника и остальные - в грудной полости и на шее. Некоторые нейробластомы возникают из спинного мозга. Иногда в связи с широким распространением опухоли на момент диагностики трудно установить точно место, откуда возникла опухоль. Не все опухоли нервной системы относятся к злокачественным. Нейробластома составляет 6-10% из всех детских раковых заболеваний и 15% от всех летальных исходов вызванных раком.

Что вызывает нейробластому?
Вероятность возникновения нейробластомы по всему миру почти одинаковая. Это дает возможность предположить, что факторы окружающей среды, например, ее загрязнение, не являются причиной развития этой опухоли. Многие исследователи полагают, что нейробластома возникает в том случае, когда нормальные эмбриональные нейробласты не созревают в нервные клетки или клетки коры надпочечников. Вместо этого, они продолжают расти и делиться. Большинство нейробластом не являются следствием наследуемых мутаций ДНК. Они вызваны мутациями, приобретенными в ранний период жизни ребенка. Эти мутации присутствуют в опухолевых клетках родителя ребенка и не передаются детям. Причины, вызывающие изменения ДНК, приводящие к возникновению нейробластом, не известны.

Какие потенциальные преимущества проекта Help Fight Childhood Cancer?
Институт по Исследованию Рака в Чибо, а также Университет Чиба (Япония) используют компьютерные ресурсы WCG для определения новых лекарственных кандидатов которые имеют нужную форму и химические характеристики для блокирования трех протеинов: TrkB, ALK и SCxx, которые часто встречаются, или ненормально мутируют, в агрессивно развивающихся нейробластомах. Блокирование этих протеинов, как считают ученые, позволит значительно повысить шансы на излечение с помощью химиотерапии.

Что именно считают рассчетные ядра проекта Help Fight Childhood Cancer?
Исследователи приготовили базу из 3 миллионов соединений - или потенциальных кандидатов для лекарства - и используют мощности добровольцев в WCG для симуляции лабораторных экспериментов, чтобы протестировать какие из этих соединений блокируют протеины TrkB, ALK и SCxx. Лучшие из моелкул будут выбраны и протестированы в лаборатории для подавления нейробластомы.

Какие преимущества получает проект от использования World Community Grid?
На своих мощностях исследователям для этого проекта понадобилось бы 8000 лет компьютерных рассчетов. С помощью мощностей участников WCG рассчеты могут быть проведены примерно за 2 года!

Что изображено на скринсейвере?
Программа симулирует лабораторное исследование, и проверяет, может ли данный лекарственный кандидат потенциально блокировать протеин, связанный с образованием рака. Форма в центре круга детей представляет собой белковую молекулу, которая является целью эксперимента в данном рабочем юните - белок TrkB, ALK, или SCxx. Когда рассчитывается возможная позиция (докинг двух молекул) лекарственного кандидата и одного из 3 белков, это место обозначается цветным шариком.

IPB Image
Скриншот графического клиента


Откуда взялись рисунки на сайте Help Fight Childhood Cancer project и в графическом клиенте?
Они были пожертвованы Ассоциацией Детского Рака Японии (Children's Cancer Association of Japan) - это единственная благотворительная организация в Японии которая поддерживает детей больных раком и их семьи. Организация была основана в 1968 году родителями которые потеряли своих детей, больных раком. Рисунки нарисованы детьми:

* "Лев"
IPB Image
* "Розовые семена"
IPB Image
* "Упражнения по радио"
IPB Image

График производительности проекта:
IPB Image

Це повідомлення відредагував Rilian: Apr 16 2012, 21:20
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
20 Сторінки V  1 2 3 > »   
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(1 - 14)
Rilian
Mar 8 2009, 16:00
Пост #2


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 328
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Итак, детективы на оф форуме откопали больше информации

https://secure.worldcommunitygrid.org/forum...ge=yes#lastpost

Итак, проект будет медико-биологическим! dance.gif bunny.gif

That's normal behaviour for AutoDock.

Autodock - thanks for the hint wink. Interesting target too..

TRKB was in all the WU's I've seen:

TRKB, a member of the insulin receptor subfamily of Tyr protein kinases, is a receptor for brain-derived neurotrophic factor (BDNF), neurotrophin-3 and neurotrophin-4/5 but not nerve growth factor (NGF). This Type I membrane protein is involved in the development and/or maintenance of the nervous system. This is a tyrosine-protein kinase receptor. Known substrates for the TRK receptors are SHC, PI-3 kinase, and PLC-gamma-1. Isoform TrkB is widely expressed, mainly in the nervous tissue. In the CNS, expression is observed in the cerebral cortex, hippocampus, thalamus, choroid plexus, granular layer of the cerebellum, brain stem, and spinal cord. In the peripheral nervous system, it is expressed in many cranial ganglia, the ophtalmic nerve, the vestibular system, multiple facial structures, the submaxillary glands, and dorsal root ganglia. Isoform TrkB-T1 is expressed in multiple tissues, mainly in brain, pancreas, kidney and heart. Isoform TrkB-T-Shc is predominantly expressed in brain. TRKB is subject to ligand-mediated auto-phosphorylation. The structure contains 2 immunoglobulin-like C2-type domains and 2 leucine-rich (LRR) repeats.

Эти белки, докинг которых будет изучаться, участвуют в создании нервных тканей


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Mar 13 2009, 18:20
Пост #3


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 328
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



проект по подбору лекарств от нейробластомы (рак)

запущен 5 минут назад!


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
Mar 14 2009, 00:33
Пост #4


oldfag
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 414
З нами з: 5-November 03
З: KieV
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



сколько времени и памяти на ВУ?


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Mar 14 2009, 00:49
Пост #5


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 328
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Приложение - autodock 6.18

Память - 75МБ на ВЮ

Примерно 3 часа на 2.0ГГц

Примерно боинк 20 очков в час на среднем компе

Избыточность - нулевая, каждая ВЮ выдается 1 раз


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
nikelong
Mar 14 2009, 01:05
Пост #6


Тера ранчер
**********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 12 443
З нами з: 19-March 05
Користувач №: 92
Стать: Чол




Итак люди, вот о чем проект:

Help Fight Childhood Cancer — новый проект объединения World Community Grid, которое поддержало инициативу японских ученых из Центра по исследованию рака Чиба (Chiba Cancer Center Research Institute) и Университета Чиба (Chiba University) по разработке нового лекарственного препарата от страшного детского заболевания — злокачественной опухоли-нейробластомы.

Нейробластома наиболее часто встречается у детей в раннем возрасте, являясь самой распространенной причиной гибели детей от злокачественных опухолей. Японские ученые идентифицировали три специфические белка, связанные с нейробластомой. Подготовлены 3 миллиона кандидатов лекарственных веществ, которые пройдут исследования виртуальным скринингом с помощью программы AutoDock. Те вещества, которые будут наиболее эффективно "выключать" или повреждать белки, станут основой новых препаратов. Если миссия проекта увенчается успехом — препараты появятся в онкоцентрах по всему миру, спасая детские жизни.

Всего планируется выпустить 9 миллионов блоков заданий, вычисление которых на одном компьютеры займет около 8 000 лет! Поэтому нужна помощь участников распределенных вычислений, чтобы уложиться в 1-2 года. Время, в данном случае, означает жизни, детские жизни… Кранчеры, к бою!


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Tamagoch
Mar 14 2009, 09:22
Пост #7


Мультікранчер
********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 1 737
З нами з: 27-September 03
З: Київ
Користувач №: 18
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
1xRadeon 5570 (idling) +Xcores BOINC&OGR-NG



надеюсь, картинка динамическая и можно будет следить за статусом отсюда:
IPB Image

upd by rilian: не, картинка это бэкграунд, и над ней будут выводиться человечки по достижении 10%, 20% итд

Це повідомлення відредагував Rilian: Mar 14 2009, 17:31


--------------------
Кор2дуо не мой, я просто разместил там BOINC :)
(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Mar 14 2009, 15:39
Пост #8


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 328
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Проект "Помоги в борьбе с детским раком" (Help Fight Childhood Cancer Project)

World Community Grid рада объявить о запуске проекта Help Fight Childhood Cancer Project под руководством Института по Исследованию Рака в Чибо (Япония), а также Университета Чиба (префектура Чиба, Япония). Миссия проекта - используя мощности участников World Community Grid, найти лекарства которые смогут заблокировать три вида белков обычно связываемых с развитием Нейробластомы (вид рака) - одного из видов плотных опухолей которые чаще всего развиваются у детей. Нахождение лекарств, блокирующих эти белки, позволит более эффективно лечить этот вид опухоли с помощью химиотерапии. Нейробластома проявляется чаще всего в раннем детстве и обычно ведет к смерти. Если проект будет удачным, он может привести к прорыву в исследованиях этой болезни, которая до сих пор не поддавалась ученым, и это позволит намного увеличить шансы на лечение нейробластомы. Для дополнительной информации, заходите на форум украинской команды распределенных вычислений, посвященный проекту Help Fight Childhood Cancer

Help Fight Childhood Cancer это двенадцатый проект в рамках WCG и один из 7 которые сейчас активны. Для более детальной информации по остальным проектам, заходите на форум World Community Grid.

Часто задаваемые вопросы по проекту:

Что такое нейробластома?
Нейробластома - один из видов злокачественных опухолей и встречается обычно у младенцев и детей и очень редко у детей старше 10 лет. Клетки этой опухоли напоминают нервные клетки на ранних этапах их развития у плода. Одна треть нейробластом развивается в надпочечниках, другая треть - в брюшной полости по ходу нервных стволов вдоль позвоночника и остальные - в грудной полости и на шее. Некоторые нейробластомы возникают из спинного мозга. Иногда в связи с широким распространением опухоли на момент диагностики трудно установить точно место, откуда возникла опухоль. Не все опухоли нервной системы относятся к злокачественным. Нейробластома составляет 6-10% из всех детских раковых заболеваний и 15% от всех летальных исходов вызванных раком.

Что вызывает нейробластому?
Вероятность возникновения нейробластомы по всему миру почти одинаковая. Это дает возможность предположить, что факторы окружающей среды, например, ее загрязнение, не являются причиной развития этой опухоли. Многие исследователи полагают, что нейробластома возникает в том случае, когда нормальные эмбриональные нейробласты не созревают в нервные клетки или клетки коры надпочечников. Вместо этого, они продолжают расти и делиться. Большинство нейробластом не являются следствием наследуемых мутаций ДНК. Они вызваны мутациями, приобретенными в ранний период жизни ребенка. Эти мутации присутствуют в опухолевых клетках родителя ребенка и не передаются детям. Причины, вызывающие изменения ДНК, приводящие к возникновению нейробластом, не известны.

Какие потенциальные преимущества проекта Help Fight Childhood Cancer?
Институт по Исследованию Рака в Чибо, а также Университет Чиба (Япония) используют компьютерные ресурсы WCG для определения новых лекарственных кандидатов которые имеют нужную форму и химические характеристики для блокирования трех протеинов: TrkB, ALK и SCxx, которые часто встречаются, или ненормально мутируют, в агрессивно развивающихся нейробластомах. Блокирование этих протеинов, как считают ученые, позволит значительно повысить шансы на излечение с помощью химиотерапии.

Что именно считают рассчетные ядра проекта Help Fight Childhood Cancer?
Исследователи приготовили базу из 3 миллионов соединений - или потенциальных кандидатов для лекарства - и используют мощности добровольцев в WCG для симуляции лабораторных экспериментов, чтобы протестировать какие из этих соединений блокируют протеины TrkB, ALK и SCxx. Лучшие из моелкул будут выбраны и протестированы в лаборатории для подавления нейробластомы.

Какие преимущества получает проект от использования World Community Grid?
На своих мощностях исследователям для этого проекта понадобилось бы 8000 лет компьютерных рассчетов. С помощью мощностей участников WCG рассчеты могут быть проведены примерно за 2 года!

Что изображено на скринсейвере?
Программа симулирует лабораторное исследование, и проверяет, может ли данный лекарственный кандидат потенциально блокировать протеин, связанный с образованием рака. Форма в центре круга детей представляет собой белковую молекулу, которая является целью эксперимента в данном рабочем юните - белок TrkB, ALK, или SCxx. Когда рассчитывается возможная позиция (докинг двух молекул) лекарственного кандидата и одного из 3 белков, это место обозначается цветным шариком.

Откуда взялись рисунки на сайте Help Fight Childhood Cancer project и в графическом клиенте?
Они были пожертвованы Ассоциацией Детского Рака Японии (Children's Cancer Association of Japan) - это единственная благотворительная организация в Японии которая поддерживает детей больных раком и их семьи. Организация была основана в 1968 году родителями которые потеряли своих детей, больных раком. Рисунки нарисованы детьми:

* "Лев"
IPB Image
* "Розовые семена"
IPB Image
* "Упражнения по радио"
IPB Image

Спасибо за участие в World Community Grid и вклад в передовые исследования на медико-биологическом фронте!

Для того чтобы принять участие в проекте, вам необходимо установить на свой компьютер клиент BOINC и подключить его к проекту World Community Grid. Для присоединения к команде Украины:
1. Зарегистрируйтесь на сайте проекта worldcommunitygrid.org
2. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
3. В BOINC менеджере перейдите в "Расширенный Вид" (Advanced View)
4. В BOINC менеджере Выберите Сервис -> Добавить Проект (Tools -> Attach to Project)
5. В открывшемся окне введите адрес проекта http://www.worldcommunitygrid.org/
6. Если что, в настройках фаервола разрешите любые соединения для BOINC
7. Введите логин и пароль такой же как при регистрации (в пункте 1)
8. Теперь на сайте проекта в настройках вашего профиля default укажите в каком проекте участвовать либо отметьте галочку "Участвовать во всех проектах" ("If there is no work available for my computer for the projects I have selected above, please send me work from another project."). В любом случае активные проекты можно выбирать в любое время!
9. Если вы регистрировались по ссылке из пункта 1, то вас должно автоматически присоединить к команде Ukraine. Если по какой-то причине вас не присоединило, зайдите на страницу команды UKRAINE и нажмите "Join Team" ("Вступить в команду")


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
nikelong
Mar 15 2009, 01:26
Пост #9


Тера ранчер
**********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 12 443
З нами з: 19-March 05
Користувач №: 92
Стать: Чол



Статья на сайте:
https://distributed.org.ua/index.php?go=Pages&in=view&id=178


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Mar 15 2009, 19:07
Пост #10


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 328
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Я уже получил бронзовую медальку IPB Image за 14 процессорных дней. rilian.gif

new_russian.gif


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Mar 16 2009, 01:40
Пост #11


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 328
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



IPB Image
Скриншот графического клиента


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Tamagoch
Mar 16 2009, 09:38
Пост #12


Мультікранчер
********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 1 737
З нами з: 27-September 03
З: Київ
Користувач №: 18
Стать: Чол
Free-DC_CPID
Парк машин:
1xRadeon 5570 (idling) +Xcores BOINC&OGR-NG



хоровод вокруг белка cool2.gif
есть информация о планируемой продолжительности проекта?


--------------------
Кор2дуо не мой, я просто разместил там BOINC :)
(Show/Hide)

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
nikelong
Mar 16 2009, 09:45
Пост #13


Тера ранчер
**********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 12 443
З нами з: 19-March 05
Користувач №: 92
Стать: Чол



Tamagoch,
Та выше ж писали.
Хотят обработать 9 млн соединений.
Ориентировочно - 2 года расчетов (!)


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Mar 16 2009, 11:18
Пост #14


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 328
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



из 9000000 заданий 40000 уже готовы smile.gif


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
cosmo_vk
Mar 17 2009, 12:11
Пост #15


kранчер
****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 86
З нами з: 19-September 08
З: Ковров
Користувач №: 828
Стать: НеСкажу
Парк машин:
всего по немногу



если такими же темпами как HCC и FightAIDS будут задания обрабатываться то может намного быстрее, чем год и тем более два.


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

20 Сторінки V  1 2 3 > » 
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 23rd August 2016 - 23:03

Rambler's Top100 Рейтинг@Mail.ru
Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.