 Simap, создаем базу данных сходств протеинов |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
| Waldhausen |
  Mar 3 2006, 17:54
Пост
#1
|
 Соромлюсь щось писати  Група: New Members Повідомлень: 5 З нами з: 3-March 06 Користувач №: 188 Стать: Чол  |
 Проект "Simap" ----------------------------------------------------------------------------------------------------------
 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Дата основания команды - 08.01.2006 Капитан - Andrey Fenchenko ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Для присоединения к команде Украины: 1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!) 2. Перейдите в "расширенный вид" 3. Выберите сервис ---> добавить проект 4. Введите адрес проекта http://boincsimap.org/boincsimap/ -- адрес недавно поменялся! 5. Введите свои регистрационные данные. 6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше. 7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты. ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Полезная информация: Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи: 1) пара e-mail/пароль 2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число. Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем! ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- О проекте: http://boincsimap.org/boincsimap/project.php SIMAP - база данных сходств протеинов. Она содержит почти все опубликованные протеиновые последовательности и постоянно обновляется. Протеиновые последовательности вычисляются с использованием алгоритма FASTA, который обеспечивает оптимальные скорость и чувствительность. SIMAP - единственный известный нам проект, совмещающий исчерпывающее покрытие в отношении всех известных протеинов и возможности инкрементального обновления. Для чего используется SIMAP? Огромное количество известных протеиновых последовательностей в публичных базах данных не позволит в ближайшем будущем экспериментально описать большинство из них. Тем не менее, протеины, полученные от общего предка, часто имеют те же функции (так называемые ортологи - orthologs). Таким образом оказывается возможным вывести функцию неохаракеризованного протеина из ортолога с известной функцией. Широко известные примеры - исследования генов и протеинов мыши. Их результаты оказались во многих случаях справедливыми и для человеческих генов и протеинов. Сходства протеинов предоставляют информацию о связях между протеинами и необходимы для предсказания ортологов. Существует множество биоинформационных методов, полагающихся на сходства протеинов. Наша база данных сходств протеинов предоставляет предварительно вычисленные данные о сходстве и представляет известное пространство протеинов. Это открывает абсолютно новые перспективы по сравнению с используемыми методами для повторного пересчёта такого рода данных. SIMAP регулярно обновляется. Матрица сходств расширяется по мере появления новых последовательностей. Использование SIMAP полностью бесплатно для образовательных целей и публичных исследований. Зачем нам нужны распределённые вычисления для SIMAP? Стоимость вычислений данных о сходствах протеиновых послеовательностей пропорциональна квадрату количества содержащихся последовательностей. Таким образом, вычислительные усилия для поддержания матрицы в актуальном состоянии постоянно растут. Наших внутренних ресурсов, годами выполняющих вычисления для SIMAP, больше не достаточно для отслеживания новых последовательностей. Вот почему мы реализовали SIMAP-клиента для платформы BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), основанного на алгоритме FASTA для обнаружения сходств последовательностей. Какие организации стоят за SIMAP? SIMAP - это совместный проект GSF Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге под Мюнхеном и Научного центра жизни и питания в Вайенстефане (Германия). Контактное лицо - Томас Раттай (Отдел геном-ориентированной биоинформатики, Технический Университет, Мюнхен). Перевёл Вит Сердаковский Translation by "witdba" from the Boinc-Simap forum. График ППД команды за последние 60 дней: (Show/Hide) 02.02.2009 CODE Project Rank Team Today Last Update Yesterday 2 Days Ago Average Last 7 days Last 28 Days RAC Total Credit 142 Ukraine 0 0 0 0 0 0 3,385 106 279,603 2.03.2009 CODE 140 Ukraine 0 0 628 0 90 628 7,664 126 287,642 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Статус сервера выдачи заданий:  http://webclu.bio.wzw.tum.de/portal/web/simap/ http://www.boinc-af.org/content/view/111/219/ http://www.dp.by/wiki/Projects/Simapathome CODE http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Simap/en http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/113-simap https://distributed.ru/wiki/pro:simap |
   |
 
|
|
  |
Відповідей(150 - 164)
| Arbalet |
May 1 2010, 00:04
Пост
#151
|
 Штандартенкранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 2 647 З нами з: 16-August 05 Користувач №: 119 Стать: Чол Парк машин: FX-8320 + 1070Ti |
Пошла раздача заданий
-------------------- (Show/Hide) |
|
|
|
| mzhelo |
Jun 1 2010, 23:04
Пост
#152
|
 кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 284 З нами з: 15-April 09 З: Днепропетровск Користувач №: 997 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Intel(R) Celeron(R) CPU 2.66GHz; Intel(R) Core2 Duo 6320 CPU 1.86GH; Intel(R) Core(TM) i7 CPU 930 @ 2.80GHz + GTX275; Intel(R) Core(TM) i5 CPU U 520 @ 1.07GHz |
Подключайтесь, есть задания.
--------------------  (Show/Hide) |
|
|
|
| Arbalet |
Jun 2 2010, 21:45
Пост
#153
|
|
Штандартенкранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 2 647 З нами з: 16-August 05 Користувач №: 119 Стать: Чол Парк машин: FX-8320 + 1070Ti |
Как-то не слишком много заданий нынче раздают на одну машину.
-------------------- (Show/Hide) |
|
|
|
| re_SET |
Jun 2 2010, 22:04
Пост
#154
|
 кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 454 З нами з: 26-January 09 З: Волинська обл., смт. Любешів Користувач №: 911 Стать: Чол Парк машин: 1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz) |
(Arbalet @ Jun 2 2010, 22:45)  Как-то не слишком много заданий нынче раздают на одну машину. Ну почему же, как всегда, 30 заданий на ядро закачивает... -------------------- Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...
           (Show/Hide) |
|
|
|
| Arbalet |
Jun 2 2010, 22:26
Пост
#155
|
|
Штандартенкранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 2 647 З нами з: 16-August 05 Користувач №: 119 Стать: Чол Парк машин: FX-8320 + 1070Ti |
(re_SET @ Jun 2 2010, 23:04) Ну почему же, как всегда, 30 заданий на ядро закачивает... Ага, потихоньку выправилось, а было: 02.06.2010 18:23:01 boincsimap Message from server: (reached daily quota of 22 tasks) -------------------- (Show/Hide) |
|
|
|
| re_SET |
Jul 1 2010, 21:28
Пост
#156
|
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 454 З нами з: 26-January 09 З: Волинська обл., смт. Любешів Користувач №: 911 Стать: Чол Парк машин: 1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz) |
Подключаемся, есть задания!
 -------------------- Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...
(Show/Hide) |
|
|
|
| Tamagoch |
Jul 4 2010, 11:44
Пост
#157
|
 Мультікранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 731 З нами з: 27-September 03 З: Бровари Користувач №: 18 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Xeon 2690v2 (6x quiet mode), AMD Ryzen 5 3600 (6x no-HT), Intel i5 3rd gen (4x), а також все інше під рукою |
похоже, на этот раз заданий будет очень много
запущено исследование каких-то "метагеномов", на данный момент считаются только 2 стадии из 10-ти помогайте!  -------------------- (Show/Hide) |
|
|
|
| ReMMeR |
Jul 7 2010, 10:22
Пост
#158
|
 ----===[ oO ]===---- Група: Team member Повідомлень: 2 910 З нами з: 20-October 05 З: Quake arena Користувач №: 135 Стать: Чол Free-DC_CPID |
Реквестирую создание коммандного аккаунта distributed.org.ua, и инструкцию в шапку как подрубиться по слабому ключу на коммандный аккаунт.
-------------------- (Show/Hide) |
|
|
|
| re_SET |
Jul 10 2010, 01:40
Пост
#159
|
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 454 З нами з: 26-January 09 З: Волинська обл., смт. Любешів Користувач №: 911 Стать: Чол Парк машин: 1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz) |
К концу пачки будет на 48 месте!
-------------------- Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...
(Show/Hide) |
|
|
|
| re_SET |
Jul 11 2010, 12:12
Пост
#160
|
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 454 З нами з: 26-January 09 З: Волинська обл., смт. Любешів Користувач №: 911 Стать: Чол Парк машин: 1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz) |
Итак, я нас всех поздравляю. Вчера утром вышли на 50-е командное место, а сегодня - мы уже на 48-м!
 В основном благодаря Tamagoch, который выдает 50% командного ППД!  .Предлагаю накинуться всем и разобрать пачку до конца. заданий немного осталось уже. -------------------- Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...
(Show/Hide) |
|
|
|
| Arbalet |
Jul 27 2010, 22:59
Пост
#161
|
|
Штандартенкранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 2 647 З нами з: 16-August 05 Користувач №: 119 Стать: Чол Парк машин: FX-8320 + 1070Ti |
Да когда уже эта мегапачка то кончится?!
 -------------------- (Show/Hide) |
|
|
|
| Zmey |
Jul 27 2010, 23:14
Пост
#162
|
 Соромлюсь щось писати Група: New Members Повідомлень: 9 З нами з: 26-July 10 Користувач №: 1 443 Стать: Чол Парк машин: core2duo (2330@2800) |
 а что случилось ? почему минуса ? |
|
|
|
| ReMMeR |
Jul 27 2010, 23:20
Пост
#163
|
|
----===[ oO ]===---- Група: Team member Повідомлень: 2 910 З нами з: 20-October 05 З: Quake arena Користувач №: 135 Стать: Чол Free-DC_CPID |
минус 50к у меня.
 -------------------- (Show/Hide) |
|
|
|
| Zmey |
Jul 27 2010, 23:29
Пост
#164
|
|
Соромлюсь щось писати Група: New Members Повідомлень: 9 З нами з: 26-July 10 Користувач №: 1 443 Стать: Чол Парк машин: core2duo (2330@2800) |
после такого руки опускаются
кто ваще будет считать  |
|
|
|
| Rilian |
Jul 27 2010, 23:47
Пост
#165
|
 interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 927 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Думаю какие-то проблемы с базой из-за большой пачки ВЮ. Не помню чтобы раньше в СИМАПе такое было, поэтому не могу сказать доначислят очки или нет
-------------------- |
|
|
|
|
|
|
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:
|
Lo-Fi Версія | Поточний час: 27th April 2024 - 11:35 |