Українська команда з розподілених обчислень

Проект "Simap"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

• Официальный сайт
• Официальная статистика по команде "Ukraine"
• Позиция команды в рейтинге
• Статистика на фришниках
• Статистика на фришниках по команде "Ukraine"
• Статистика polarSETI по команде "Ukraine"
• Статус серверов проекта
• Статус подсчета блоков ВЮ (work units)

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 08.01.2006 Капитан - Andrey Fenchenko
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boincsimap.org/boincsimap/ -- адрес недавно поменялся!
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

О проекте:
http://boincsimap.org/boincsimap/project.php
SIMAP - база данных сходств протеинов. Она содержит почти все опубликованные протеиновые последовательности и постоянно обновляется. Протеиновые последовательности вычисляются с использованием алгоритма FASTA, который обеспечивает оптимальные скорость и чувствительность. SIMAP - единственный известный нам проект, совмещающий исчерпывающее покрытие в отношении всех известных протеинов и возможности инкрементального обновления.

Для чего используется SIMAP?
Огромное количество известных протеиновых последовательностей в публичных базах данных не позволит в ближайшем будущем экспериментально описать большинство из них. Тем не менее, протеины, полученные от общего предка, часто имеют те же функции (так называемые ортологи - orthologs). Таким образом оказывается возможным вывести функцию неохаракеризованного протеина из ортолога с известной функцией. Широко известные примеры - исследования генов и протеинов мыши. Их результаты оказались во многих случаях справедливыми и для человеческих генов и протеинов. Сходства протеинов предоставляют информацию о связях между протеинами и необходимы для предсказания ортологов. Существует множество биоинформационных методов, полагающихся на сходства протеинов. Наша база данных сходств протеинов предоставляет предварительно вычисленные данные о сходстве и представляет известное пространство протеинов. Это открывает абсолютно новые перспективы по сравнению с используемыми методами для повторного пересчёта такого рода данных. SIMAP регулярно обновляется. Матрица сходств расширяется по мере появления новых последовательностей. Использование SIMAP полностью бесплатно для образовательных целей и публичных исследований.

Зачем нам нужны распределённые вычисления для SIMAP?
Стоимость вычислений данных о сходствах протеиновых послеовательностей пропорциональна квадрату количества содержащихся последовательностей. Таким образом, вычислительные усилия для поддержания матрицы в актуальном состоянии постоянно растут. Наших внутренних ресурсов, годами выполняющих вычисления для SIMAP, больше не достаточно для отслеживания новых последовательностей. Вот почему мы реализовали SIMAP-клиента для платформы BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), основанного на алгоритме FASTA для обнаружения сходств последовательностей.

Какие организации стоят за SIMAP?
SIMAP - это совместный проект GSF Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге под Мюнхеном и Научного центра жизни и питания в Вайенстефане (Германия). Контактное лицо - Томас Раттай (Отдел геном-ориентированной биоинформатики, Технический Университет, Мюнхен).

Перевёл Вит Сердаковский
Translation by "witdba" from the Boinc-Simap forum.

График ППД команды за последние 60 дней:


02.02.2009


2.03.2009


----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



http://webclu.bio.wzw.tum.de/portal/web/simap/

http://www.boinc-af.org/content/view/111/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Simapathome



http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/113-simap

https://distributed.ru/wiki/pro:simap

Какие минуса? У меня как было пару-тройку часов назад 95 тыщ с хвостиком, столько и осталось. Может просто не заметил качель.

Короче, отставить паниковать, господа кранчеры! Это же немецкий проект, надежный как PzKpfw V, ферштейн?

Да у меня вчера тоже сняли 65к, хотя если смотреть на офсайте, все ровно. Сегодня уже все вернули. Так что скорее всего это обычная просадка в стате.

еще не досчитали пачку, скоро новая пойдет

Как видно по графику, вернули.

Мегараздача "метагеномных" юнитов продолжится до конца августа, да и в сентябре подобные задания ожидаются - в плановом порядке.

уже считаем первую пачку из трех

даааа....

считать и считать...
проект становится регулярным, а не эпизодическим - "спасибо" "метагеномам"

2010-09-05: SIMAP - New workunits in September
In September we will crunch three series of workunits: parts 5 and 6 of the large series containing sequences from new metagenomes imported in July/August. Thereafter approx. 300,000 workunits containing new regular sequences imported in August will be calculated. Finally, there will be the very last 500,000 workunits containing sequences from new metagenomes imported in July/August. Altogether we expect to have work for about 3 weeks in September.

да, плотно я на симапе сижу и буду сидеть до конца месяца видимо
кстати, владельцам АМД советую - мой 2.8 ГГц Х2 "делает" в симапе кор2дуо 3.0 ГГц

Помогу с СИМАПом в этом месяце

Внимание внимание! Аттэншин м просто АХТУНГ!

The renewed project will move to the new project URL

http://boincsimap.org/boincsimap

on Mon, Dec 6 approx. 6 p.m. UTC. Thereafter, new work will be available for about 2..3 months.

After the project has changed its URL, please disconnect and reconnect your boinc client to the new URL. Sorry for this - this URL change to the new (institution independent) domain will remain an once-in-the-lifetime event for BOINCSIMAP.

Best regards and thanks for your support
Thomas



пс: Нике. никогда не выделяй УРЛ кавычками. Моветон

Це повідомлення відредагував Rilian: Dec 6 2010, 15:16

это что, моя неподконтрольная ферма перестанет скоро считать симап?
а тут как раз метагеномы "нагадили" 1 млн. ВЮ ... и это только 1/7

Должны считаться, я так понял, там редирект сбацали, во всяком случае, у меня считает..

Парни! А Кто таки капитан в этом проекте?
Капитан, измените текущую цель команды в проекте, пожалуйста.

О, правильно, я уже месяц собираюсь написать, да все как=то влом... Рильян, измени до 25 места цель... До конца 2011 дойдем..