Simap, создаем базу данных сходств протеинов

Waldhausen	Mar 3 2006, 17:54 Пост #1
Соромлюсь щось писати Група: New Members Повідомлень: 5 З нами з: 3-March 06 Користувач №: 188 Стать: Чол	Проект "Simap" ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Официальный сайт Официальная статистика по команде "Ukraine" Позиция команды в рейтинге Статистика на фришниках Статистика на фришниках по команде "Ukraine" Статистика polarSETI по команде "Ukraine" Статус серверов проекта Статус подсчета блоков ВЮ (work units) ТОП-20 участников: ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Дата основания команды - 08.01.2006 Капитан - Andrey Fenchenko ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Для присоединения к команде Украины: 1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!) 2. Перейдите в "расширенный вид" 3. Выберите сервис ---> добавить проект 4. Введите адрес проекта http://boincsimap.org/boincsimap/ -- адрес недавно поменялся! 5. Введите свои регистрационные данные. 6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше. 7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты. ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Полезная информация: Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи: 1) пара e-mail/пароль 2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число. Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем! ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- О проекте: http://boincsimap.org/boincsimap/project.php SIMAP - база данных сходств протеинов. Она содержит почти все опубликованные протеиновые последовательности и постоянно обновляется. Протеиновые последовательности вычисляются с использованием алгоритма FASTA, который обеспечивает оптимальные скорость и чувствительность. SIMAP - единственный известный нам проект, совмещающий исчерпывающее покрытие в отношении всех известных протеинов и возможности инкрементального обновления. Для чего используется SIMAP? Огромное количество известных протеиновых последовательностей в публичных базах данных не позволит в ближайшем будущем экспериментально описать большинство из них. Тем не менее, протеины, полученные от общего предка, часто имеют те же функции (так называемые ортологи - orthologs). Таким образом оказывается возможным вывести функцию неохаракеризованного протеина из ортолога с известной функцией. Широко известные примеры - исследования генов и протеинов мыши. Их результаты оказались во многих случаях справедливыми и для человеческих генов и протеинов. Сходства протеинов предоставляют информацию о связях между протеинами и необходимы для предсказания ортологов. Существует множество биоинформационных методов, полагающихся на сходства протеинов. Наша база данных сходств протеинов предоставляет предварительно вычисленные данные о сходстве и представляет известное пространство протеинов. Это открывает абсолютно новые перспективы по сравнению с используемыми методами для повторного пересчёта такого рода данных. SIMAP регулярно обновляется. Матрица сходств расширяется по мере появления новых последовательностей. Использование SIMAP полностью бесплатно для образовательных целей и публичных исследований. Зачем нам нужны распределённые вычисления для SIMAP? Стоимость вычислений данных о сходствах протеиновых послеовательностей пропорциональна квадрату количества содержащихся последовательностей. Таким образом, вычислительные усилия для поддержания матрицы в актуальном состоянии постоянно растут. Наших внутренних ресурсов, годами выполняющих вычисления для SIMAP, больше не достаточно для отслеживания новых последовательностей. Вот почему мы реализовали SIMAP-клиента для платформы BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), основанного на алгоритме FASTA для обнаружения сходств последовательностей. Какие организации стоят за SIMAP? SIMAP - это совместный проект GSF Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге под Мюнхеном и Научного центра жизни и питания в Вайенстефане (Германия). Контактное лицо - Томас Раттай (Отдел геном-ориентированной биоинформатики, Технический Университет, Мюнхен). Перевёл Вит Сердаковский Translation by "witdba" from the Boinc-Simap forum. График ППД команды за последние 60 дней: (Show/Hide) 02.02.2009 CODE Project Rank Team Today Last Update Yesterday 2 Days Ago Average Last 7 days Last 28 Days RAC Total Credit 142 Ukraine 0 0 0 0 0 0 3,385 106 279,603 2.03.2009 CODE 140 Ukraine 0 0 628 0 90 628 7,664 126 287,642 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Статус сервера выдачи заданий: http://webclu.bio.wzw.tum.de/portal/web/simap/ http://www.boinc-af.org/content/view/111/219/ http://www.dp.by/wiki/Projects/Simapathome CODE http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Simap/en http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/113-simap https://distributed.ru/wiki/pro:simap

Відповідей(180 - 194)

Rilian

Dec 27 2010, 00:36

Пост #181

interstellar

Група: Team member
Повідомлень: 16 927
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера

Изменил на 25

--------------------

(Show/Hide)

загальна статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

re_SET	Jan 13 2011, 13:44 Пост #182
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 454 З нами з: 26-January 09 З: Волинська обл., смт. Любешів Користувач №: 911 Стать: Чол Парк машин: 1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz)	Народ!! Помогите кто-нибудь! Заданий накидало - жуть! А нас тут мало (( -------------------- Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных... (Show/Hide)

Death	Jan 13 2011, 18:03 Пост #183
<script ///> Група: Moderators Повідомлень: 6 371 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com	я 100% тут -------------------- wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27

SlavaAltus	Jan 13 2011, 18:07 Пост #184
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 389 З нами з: 9-February 10 З: Украина, Киев Користувач №: 1 302 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: 8-10 cores 24/7 (up to 30-40 cores some times)	Подключил и себе его... -------------------- (Show/Hide) Водку на работе пить не дают!, дома не дают драть обои... чё за фигня ваще((.. ?!

Tamagoch	Jan 13 2011, 18:41 Пост #185
Мультікранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 731 З нами з: 27-September 03 З: Бровари Користувач №: 18 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Xeon 2690v2 (6x quiet mode), AMD Ryzen 5 3600 (6x no-HT), Intel i5 3rd gen (4x), а також все інше під рукою	моя ферма кажется сдохла... пока подключил все что есть + феном на 6 ядер, больше нету -------------------- (Show/Hide)

re_SET	Jan 13 2011, 20:39 Пост #186
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 454 З нами з: 26-January 09 З: Волинська обл., смт. Любешів Користувач №: 911 Стать: Чол Парк машин: 1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz)	(Tamagoch @ Jan 13 2011, 18:41) моя ферма кажется сдохла... пока подключил все что есть + феном на 6 ядер, больше нету Спасибо, Дима! -------------------- Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных... (Show/Hide)

Death	Jan 14 2011, 11:55 Пост #187
<script ///> Група: Moderators Повідомлень: 6 371 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com	какой до конца 2011? месяц. Opportunities Rank Team Score Average Daily Gain Days to Overtake 28 The Final Front Ear 7,139,569 18,324 15,169 5.03 27 Team-SciFi 7,300,905 9,599 23,894 9.95 26 The Knights Who Say Ni! 7,544,864 12,440 21,053 22.88 25 CANAL@Boinc 7,836,129 11,090 22,402 34.50 24 BAVARIA-UNITED 7,995,751 24,137 9,355 99.68 а если поднажать то и быстрее. -------------------- wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27

SlavaAltus	Jan 14 2011, 12:07 Пост #188
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 389 З нами з: 9-February 10 З: Украина, Киев Користувач №: 1 302 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: 8-10 cores 24/7 (up to 30-40 cores some times)	Подключил 3 ядра, вечером перекину сюда ещё 8-мь -------------------- (Show/Hide) Водку на работе пить не дают!, дома не дают драть обои... чё за фигня ваще((.. ?!

re_SET	Jan 17 2011, 22:47 Пост #189
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 454 З нами з: 26-January 09 З: Волинська обл., смт. Любешів Користувач №: 911 Стать: Чол Парк машин: 1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz)	Итак, 28-е место по очкам, с чем нас всех и поздравляю По серднесуточным сливам уже 15-е! Жаль на одном кваде инет ушел (( -------------------- Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных... (Show/Hide)

SlavaAltus	Jan 18 2011, 11:32 Пост #190
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 389 З нами з: 9-February 10 З: Украина, Киев Користувач №: 1 302 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: 8-10 cores 24/7 (up to 30-40 cores some times)	Считаю 14-ю ядрами + время от времени ещё 8 включаю (сейчас от большого тазика инет отвалился) -------------------- (Show/Hide) Водку на работе пить не дают!, дома не дают драть обои... чё за фигня ваще((.. ?!

mzhelo	Jan 18 2011, 12:07 Пост #191
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 284 З нами з: 15-April 09 З: Днепропетровск Користувач №: 997 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Intel(R) Celeron(R) CPU 2.66GHz; Intel(R) Core2 Duo 6320 CPU 1.86GH; Intel(R) Core(TM) i7 CPU 930 @ 2.80GHz + GTX275; Intel(R) Core(TM) i5 CPU U 520 @ 1.07GHz	Подскажите, если кто знает, будет ли прирост ППД в этом проекте за счет перехода с 32-х биного линукса на 64-х битный? -------------------- (Show/Hide)

re_SET	Jan 18 2011, 23:17 Пост #192
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 454 З нами з: 26-January 09 З: Волинська обл., смт. Любешів Користувач №: 911 Стать: Чол Парк машин: 1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz)	(mzhelo @ Jan 18 2011, 12:07) Подскажите, если кто знает, будет ли прирост ППД в этом проекте за счет перехода с 32-х биного линукса на 64-х битный? Не скажу... У меня виндовые клиенты Знаю только что на АМД-шных процыках щустрее бегает ))) -------------------- Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных... (Show/Hide)

SlavaAltus	Jan 19 2011, 13:17 Пост #193
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 389 З нами з: 9-February 10 З: Украина, Киев Користувач №: 1 302 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: 8-10 cores 24/7 (up to 30-40 cores some times)	За 5ть дней вошёл в топ 20-ку в комманде -------------------- (Show/Hide) Водку на работе пить не дают!, дома не дают драть обои... чё за фигня ваще((.. ?!

re_SET	Jan 19 2011, 13:40 Пост #194
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 454 З нами з: 26-January 09 З: Волинська обл., смт. Любешів Користувач №: 911 Стать: Чол Парк машин: 1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz)	(Buck @ Jan 19 2011, 13:17) За 5ть дней вошёл в топ 20-ку в комманде -------------------- Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных... (Show/Hide)

Rilian

Jan 22 2011, 11:47

Пост #195

interstellar

Група: Team member
Повідомлень: 16 927
З нами з: 22-February 06
З: Торонто
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера

Project status: running
Hosts active: 12,209
Work distributed: 40 %
Remaining: 62 days

--------------------

(Show/Hide)

загальна статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

« Попередня тема · Медико-біологічні (завершені проекти) · Наступна тема »

2 Користувачів переглядають дану тему (2 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)

0 Користувачів:

Українська команда з розподілених обчислень