Simap, создаем базу данных сходств протеинов |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
Simap, создаем базу данных сходств протеинов |
Waldhausen |
Mar 3 2006, 17:54
Пост
#1
|
Соромлюсь щось писати Група: New Members Повідомлень: 5 З нами з: 3-March 06 Користувач №: 188 Стать: Чол |
Проект "Simap" ----------------------------------------------------------------------------------------------------------
---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Дата основания команды - 08.01.2006 Капитан - Andrey Fenchenko ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Для присоединения к команде Украины: 1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!) 2. Перейдите в "расширенный вид" 3. Выберите сервис ---> добавить проект 4. Введите адрес проекта http://boincsimap.org/boincsimap/ -- адрес недавно поменялся! 5. Введите свои регистрационные данные. 6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше. 7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты. ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Полезная информация: Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи: 1) пара e-mail/пароль 2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число. Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем! ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- О проекте: http://boincsimap.org/boincsimap/project.php SIMAP - база данных сходств протеинов. Она содержит почти все опубликованные протеиновые последовательности и постоянно обновляется. Протеиновые последовательности вычисляются с использованием алгоритма FASTA, который обеспечивает оптимальные скорость и чувствительность. SIMAP - единственный известный нам проект, совмещающий исчерпывающее покрытие в отношении всех известных протеинов и возможности инкрементального обновления. Для чего используется SIMAP? Огромное количество известных протеиновых последовательностей в публичных базах данных не позволит в ближайшем будущем экспериментально описать большинство из них. Тем не менее, протеины, полученные от общего предка, часто имеют те же функции (так называемые ортологи - orthologs). Таким образом оказывается возможным вывести функцию неохаракеризованного протеина из ортолога с известной функцией. Широко известные примеры - исследования генов и протеинов мыши. Их результаты оказались во многих случаях справедливыми и для человеческих генов и протеинов. Сходства протеинов предоставляют информацию о связях между протеинами и необходимы для предсказания ортологов. Существует множество биоинформационных методов, полагающихся на сходства протеинов. Наша база данных сходств протеинов предоставляет предварительно вычисленные данные о сходстве и представляет известное пространство протеинов. Это открывает абсолютно новые перспективы по сравнению с используемыми методами для повторного пересчёта такого рода данных. SIMAP регулярно обновляется. Матрица сходств расширяется по мере появления новых последовательностей. Использование SIMAP полностью бесплатно для образовательных целей и публичных исследований. Зачем нам нужны распределённые вычисления для SIMAP? Стоимость вычислений данных о сходствах протеиновых послеовательностей пропорциональна квадрату количества содержащихся последовательностей. Таким образом, вычислительные усилия для поддержания матрицы в актуальном состоянии постоянно растут. Наших внутренних ресурсов, годами выполняющих вычисления для SIMAP, больше не достаточно для отслеживания новых последовательностей. Вот почему мы реализовали SIMAP-клиента для платформы BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), основанного на алгоритме FASTA для обнаружения сходств последовательностей. Какие организации стоят за SIMAP? SIMAP - это совместный проект GSF Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге под Мюнхеном и Научного центра жизни и питания в Вайенстефане (Германия). Контактное лицо - Томас Раттай (Отдел геном-ориентированной биоинформатики, Технический Университет, Мюнхен). Перевёл Вит Сердаковский Translation by "witdba" from the Boinc-Simap forum. График ППД команды за последние 60 дней: (Show/Hide) 02.02.2009 CODE Project Rank Team Today Last Update Yesterday 2 Days Ago Average Last 7 days Last 28 Days RAC Total Credit 142 Ukraine 0 0 0 0 0 0 3,385 106 279,603 2.03.2009 CODE 140 Ukraine 0 0 628 0 90 628 7,664 126 287,642 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Статус сервера выдачи заданий: http://webclu.bio.wzw.tum.de/portal/web/simap/ http://www.boinc-af.org/content/view/111/219/ http://www.dp.by/wiki/Projects/Simapathome CODE http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Simap/en http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/113-simap https://distributed.ru/wiki/pro:simap |
varador |
Jun 1 2012, 20:47
Пост
#226
|
Varapredator Група: Trusted Members Повідомлень: 924 З нами з: 10-October 10 З: м.Чернівці Користувач №: 1 512 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Phenom II X6 1090Т : А4-3300 ; 8х5870;4Gb@1600 ; 1Tb, 640Gb |
все запустился, но вот беда - хотел погнать проц с 3,2 до 3,8 - 4,0 , повесил две видяхи на второй БП 850 Вт, чтоб разгрузить первый БП который питает систему +3 видяхи ,так тот на 850 вырубается и комп не проходит загрузку винды. Как такое может быть чтоб такой мощный БП не мог поднять только 2 х 5870? Что делать?
|
treestar |
Jun 1 2012, 21:05
Пост
#227
|
кранчер-новачок Група: Trusted Members Повідомлень: 56 З нами з: 20-February 11 З: Бердянск Користувач №: 1 647 Стать: Чол Парк машин: Phenom X6 1055T, 9600GT, Athlon X2 250 |
varador, Ему может мало нагрузки по 5 вольтам. Поєтому он и уходит в защиту. Такие умные блоки питания сейчас. Я это говорю, потому, что занимаюсь ремонтом компов.
plotnik, Я тоже седня только получил рассылку. ждал пол дня, пока фолдинг досчитается. Потом подключился к суперкомпу -------------------- |
plotnik |
Jun 1 2012, 21:08
Пост
#228
|
кранчер-новачок Група: Trusted Members Повідомлень: 41 З нами з: 7-January 11 З: UA-Berdyansk Користувач №: 1 575 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: AMD Athlon II X2 240/2 Gb RAM/ATI Radeon HD 2600 XT |
Rilian.Тут надо внести ясность:ввиду слабой конфигурации(особенно видео),я выбирал проекты под цпу,а недавно подгрузил колатц,так для меня вообще красота-считаю и цпу и гпу одновременно.Вот и нападало -космологи до 4,и эйнштейн до 8,небольшие.но все-таки,а на симап приоритет поставил повыше,так что,чем богаты-тем и рады
-------------------- Все человечество ищет братьев по разуму. И только наши люди-братьев по недоразумению.
(Show/Hide) |
varador |
Jun 1 2012, 21:42
Пост
#229
|
Varapredator Група: Trusted Members Повідомлень: 924 З нами з: 10-October 10 З: м.Чернівці Користувач №: 1 512 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Phenom II X6 1090Т : А4-3300 ; 8х5870;4Gb@1600 ; 1Tb, 640Gb |
treestar, а как тогда быть, что сделать чтоб можна было повесить на него две видяхи и он норм работал?
|
treestar |
Jun 2 2012, 06:49
Пост
#230
|
кранчер-новачок Група: Trusted Members Повідомлень: 56 З нами з: 20-February 11 З: Бердянск Користувач №: 1 647 Стать: Чол Парк машин: Phenom X6 1055T, 9600GT, Athlon X2 250 |
varador, надо мудрить какую-то нагрузку (с тех же лампочек автомобильных) на 5-ти вольтовый канал. По другому никак.
-------------------- |
serymba |
Jun 2 2012, 08:59
Пост
#231
|
мрію про ферму... Група: Trusted Members Повідомлень: 250 З нами з: 4-September 10 З: ZP-UA Користувач №: 1 477 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Core i5-2500,HD7870 |
varador, надо мудрить какую-то нагрузку (с тех же лампочек автомобильных) на 5-ти вольтовый канал. По другому никак. добавлю,надо не меньше 21Ват 12В(пробовал 10Ват нихрена 12В не поднялось) варадор а ты как второй запускаешь?(кинул от мамы проводок?) -------------------- хочу бути кранчером
|
varador |
Jun 2 2012, 10:01
Пост
#232
|
Varapredator Група: Trusted Members Повідомлень: 924 З нами з: 10-October 10 З: м.Чернівці Користувач №: 1 512 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Phenom II X6 1090Т : А4-3300 ; 8х5870;4Gb@1600 ; 1Tb, 640Gb |
serymba, есть специальный шлейф для двух БП, купил за 8 у.о. Уточните - доп.нагрузка нужна на канал 5 В ? Куда и что тогда тыкать?
|
treestar |
Jun 2 2012, 10:29
Пост
#233
|
кранчер-новачок Група: Trusted Members Повідомлень: 56 З нами з: 20-February 11 З: Бердянск Користувач №: 1 647 Стать: Чол Парк машин: Phenom X6 1055T, 9600GT, Athlon X2 250 |
varador, Да. Нагрузка нужна на 5-ти вольтовый канал.
-------------------- |
Rilian |
Jun 2 2012, 10:41
Пост
#234
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 927 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Заданий много, думаю на неделю хватит. Там еще не роздано пол миллиона
http://boincsimap.org/boincsimap/batchmonitor.php -------------------- |
serymba |
Jun 2 2012, 10:54
Пост
#235
|
мрію про ферму... Група: Trusted Members Повідомлень: 250 З нами з: 4-September 10 З: ZP-UA Користувач №: 1 477 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Core i5-2500,HD7870 |
serymba, есть специальный шлейф для двух БП, купил за 8 у.о. Уточните - доп.нагрузка нужна на канал 5 В ? Куда и что тогда тыкать? попробуй на него еще ченить повесить(ну может винт,привод) вобщем нада нагрузить 5В,он без нагрузки жить не может -------------------- хочу бути кранчером
|
varador |
Jun 2 2012, 10:57
Пост
#236
|
Varapredator Група: Trusted Members Повідомлень: 924 З нами з: 10-October 10 З: м.Чернівці Користувач №: 1 512 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Phenom II X6 1090Т : А4-3300 ; 8х5870;4Gb@1600 ; 1Tb, 640Gb |
treestar, ясно. Тогда конкретно чего и куда воткнуть для создания этой нагрузки?
serymba, где этот канал 5В, и как и чего к нему подключить? |
treestar |
Jun 2 2012, 11:07
Пост
#237
|
кранчер-новачок Група: Trusted Members Повідомлень: 56 З нами з: 20-February 11 З: Бердянск Користувач №: 1 647 Стать: Чол Парк машин: Phenom X6 1055T, 9600GT, Athlon X2 250 |
varador, 5-ти вольтовый канал - это красный провод на четырехконтактном разъеме. serymba правильно советует. Попробуй навешай на него винтов. Ну а так, надо между красным и черным проводом цеплять нагрузку.
-------------------- |
Rilian |
Jun 2 2012, 11:41
Пост
#238
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 927 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
посты отсюда будут перенесены в форум "Железо"
-------------------- |
varador |
Jun 2 2012, 12:23
Пост
#239
|
Varapredator Група: Trusted Members Повідомлень: 924 З нами з: 10-October 10 З: м.Чернівці Користувач №: 1 512 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Phenom II X6 1090Т : А4-3300 ; 8х5870;4Gb@1600 ; 1Tb, 640Gb |
Rilian, так же для дела хочу погнать проц на всю катушка, а БП не выдерживает, а второй "собака" никак норм пахать не хочет, вот и уточняю у знающих .
|
plotnik |
Jun 2 2012, 18:53
Пост
#240
|
кранчер-новачок Група: Trusted Members Повідомлень: 41 З нами з: 7-January 11 З: UA-Berdyansk Користувач №: 1 575 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: AMD Athlon II X2 240/2 Gb RAM/ATI Radeon HD 2600 XT |
Rilian, Ниччё не понятно-заданий не приходит,а то вчерашнее-то ли посчиталось,то ли нет.
Подправил клиента-нападало десяток,благо короткие-макс.52 минуты. Так что посчитаем! -------------------- Все человечество ищет братьев по разуму. И только наши люди-братьев по недоразумению.
(Show/Hide) |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 27th April 2024 - 09:19 |