Simap, создаем базу данных сходств протеинов |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
Simap, создаем базу данных сходств протеинов |
Waldhausen |
Mar 3 2006, 17:54
Пост
#1
|
Соромлюсь щось писати Група: New Members Повідомлень: 5 З нами з: 3-March 06 Користувач №: 188 Стать: Чол |
Проект "Simap" ----------------------------------------------------------------------------------------------------------
---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Дата основания команды - 08.01.2006 Капитан - Andrey Fenchenko ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Для присоединения к команде Украины: 1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!) 2. Перейдите в "расширенный вид" 3. Выберите сервис ---> добавить проект 4. Введите адрес проекта http://boincsimap.org/boincsimap/ -- адрес недавно поменялся! 5. Введите свои регистрационные данные. 6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше. 7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты. ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Полезная информация: Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи: 1) пара e-mail/пароль 2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число. Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем! ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- О проекте: http://boincsimap.org/boincsimap/project.php SIMAP - база данных сходств протеинов. Она содержит почти все опубликованные протеиновые последовательности и постоянно обновляется. Протеиновые последовательности вычисляются с использованием алгоритма FASTA, который обеспечивает оптимальные скорость и чувствительность. SIMAP - единственный известный нам проект, совмещающий исчерпывающее покрытие в отношении всех известных протеинов и возможности инкрементального обновления. Для чего используется SIMAP? Огромное количество известных протеиновых последовательностей в публичных базах данных не позволит в ближайшем будущем экспериментально описать большинство из них. Тем не менее, протеины, полученные от общего предка, часто имеют те же функции (так называемые ортологи - orthologs). Таким образом оказывается возможным вывести функцию неохаракеризованного протеина из ортолога с известной функцией. Широко известные примеры - исследования генов и протеинов мыши. Их результаты оказались во многих случаях справедливыми и для человеческих генов и протеинов. Сходства протеинов предоставляют информацию о связях между протеинами и необходимы для предсказания ортологов. Существует множество биоинформационных методов, полагающихся на сходства протеинов. Наша база данных сходств протеинов предоставляет предварительно вычисленные данные о сходстве и представляет известное пространство протеинов. Это открывает абсолютно новые перспективы по сравнению с используемыми методами для повторного пересчёта такого рода данных. SIMAP регулярно обновляется. Матрица сходств расширяется по мере появления новых последовательностей. Использование SIMAP полностью бесплатно для образовательных целей и публичных исследований. Зачем нам нужны распределённые вычисления для SIMAP? Стоимость вычислений данных о сходствах протеиновых послеовательностей пропорциональна квадрату количества содержащихся последовательностей. Таким образом, вычислительные усилия для поддержания матрицы в актуальном состоянии постоянно растут. Наших внутренних ресурсов, годами выполняющих вычисления для SIMAP, больше не достаточно для отслеживания новых последовательностей. Вот почему мы реализовали SIMAP-клиента для платформы BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), основанного на алгоритме FASTA для обнаружения сходств последовательностей. Какие организации стоят за SIMAP? SIMAP - это совместный проект GSF Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге под Мюнхеном и Научного центра жизни и питания в Вайенстефане (Германия). Контактное лицо - Томас Раттай (Отдел геном-ориентированной биоинформатики, Технический Университет, Мюнхен). Перевёл Вит Сердаковский Translation by "witdba" from the Boinc-Simap forum. График ППД команды за последние 60 дней: (Show/Hide) 02.02.2009 CODE Project Rank Team Today Last Update Yesterday 2 Days Ago Average Last 7 days Last 28 Days RAC Total Credit 142 Ukraine 0 0 0 0 0 0 3,385 106 279,603 2.03.2009 CODE 140 Ukraine 0 0 628 0 90 628 7,664 126 287,642 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Статус сервера выдачи заданий: http://webclu.bio.wzw.tum.de/portal/web/simap/ http://www.boinc-af.org/content/view/111/219/ http://www.dp.by/wiki/Projects/Simapathome CODE http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Simap/en http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/113-simap https://distributed.ru/wiki/pro:simap |
Rilian |
Jun 8 2012, 22:27
Пост
#256
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 927 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
у меня на ноуте еще штук 40 недокранчено
-------------------- |
Andrey Fenchenko |
Jun 8 2012, 22:50
Пост
#257
|
кранчер з фермою Група: Trusted Members Повідомлень: 809 З нами з: 23-January 06 З: Київ Користувач №: 160 Стать: Чол Парк машин: Ryzen 5 1400, GTX1650S Run 24*7*365 & Phenom II X4 B50 24*7*365 & More other |
У меня на основном компе еще 267 заданий в работе.
Если бы не поломка материнки, то уже успел бы их обработать. -------------------- ==========
Правосудие по-Украински – это когда судят тех, кто прав… ========== (Show/Hide) |
Rilian |
Jun 9 2012, 12:26
Пост
#258
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 927 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Мне перепало еще 20 заданий.
Итого недосчитано 64 шт -------------------- |
Andrey Fenchenko |
Jun 9 2012, 12:36
Пост
#259
|
кранчер з фермою Група: Trusted Members Повідомлень: 809 З нами з: 23-January 06 З: Київ Користувач №: 160 Стать: Чол Парк машин: Ryzen 5 1400, GTX1650S Run 24*7*365 & Phenom II X4 B50 24*7*365 & More other |
Rilian,
У меня 81 задание осталось, до вечера отдам их. А есть смысл сейчас разрешать получение новых заданий? Будут они? -------------------- ==========
Правосудие по-Украински – это когда судят тех, кто прав… ========== (Show/Hide) |
Rilian |
Jun 9 2012, 12:42
Пост
#260
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 927 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Andrey Fenchenko, они выдаются если кто-то не успел досчитать до дедлайна
-------------------- |
re_SET |
Jun 9 2012, 12:51
Пост
#261
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 454 З нами з: 26-January 09 З: Волинська обл., смт. Любешів Користувач №: 911 Стать: Чол Парк машин: 1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz) |
Rilian, У меня 81 задание осталось, до вечера отдам их. А есть смысл сейчас разрешать получение новых заданий? Будут они? Новая пачка будет в начале следующего месяца. Сейчас досчитываем эту. -------------------- Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...
(Show/Hide) |
tiss |
Jul 2 2012, 10:32
Пост
#262
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 640 З нами з: 28-February 09 Користувач №: 952 Стать: Чол Free-DC_CPID |
Есть ВЮ!
-------------------- |
Володимир |
Jul 2 2012, 11:38
Пост
#263
|
кранчер з фермою Група: Trusted Members Повідомлень: 659 З нами з: 29-June 11 З: Хмельницький 2016 (Khmelnytsky) Користувач №: 1 830 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: i5-4200M @ 2.50GHz |
Так - вже другий день!
тільки зараз помітив - приєднуюся налітай -------------------- |
Rilian |
Jul 30 2012, 16:53
Пост
#264
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 927 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Workunits for August upcoming
The workunits for the about 480.000 new protein sequences (for the August release of SIMAP) will be available from Mon, Jul 30 (morning). We estimate that the August batch will need about one week of work. Best, Thomas 28 Jul 2012 -------------------- |
Death |
Jul 30 2012, 18:11
Пост
#265
|
<script ///> Група: Moderators Повідомлень: 6 371 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com |
о! поставлю пока судоку на паузу
-------------------- |
re_SET |
Jul 31 2012, 00:29
Пост
#266
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 454 З нами з: 26-January 09 З: Волинська обл., смт. Любешів Користувач №: 911 Стать: Чол Парк машин: 1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz) |
Переключился сюда
-------------------- Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...
(Show/Hide) |
Bel |
Aug 18 2012, 23:24
Пост
#267
|
Мега ранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 1 287 З нами з: 3-September 10 Користувач №: 1 476 Стать: Чол |
"Мы начинаем интеграцию новых метагеномов, таких как Человека проекта микробиомом в SIMAP. Это требует дополнительных расчетов SIMAP в течение двух последовательных шагов расчета метагеномов. Мы начнем с серии работ единиц, которые будут нужны около 2 недель, чтобы вычислить. Другие серии будет сопровождаться регулярными частями работу в сентябре.
SIMAP workunits экологической последовательности метагенома и характеризуется коротким средней длины последовательности. Таким образом, более последовательностей хранятся в каждой работе устройства. Это приводит к увеличению времени вычислений, и, следовательно, более высокие кредитов за единицу работы, чем обычно." ----------------------------- Новость за 14 августа. http://boincsimap.org/boincsimap/forum/vie...php?f=45&t=1135 Есть вю. Статус проекта - активный! |
corsar83 |
Oct 2 2012, 09:40
Пост
#268
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 426 З нами з: 28-January 10 Користувач №: 1 282 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: Pentium E6500 2,93Ghz, Phenom X6 1055T 2.8Ghz Gigabyte 5870OC(875/4800), Radeon 5750 |
Заданий немеряно
-------------------- |
re_SET |
Oct 2 2012, 10:40
Пост
#269
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 454 З нами з: 26-January 09 З: Волинська обл., смт. Любешів Користувач №: 911 Стать: Чол Парк машин: 1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz) |
В теме. Чего и вам желаю.
-------------------- Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...
(Show/Hide) |
re_SET |
Oct 23 2012, 20:11
Пост
#270
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 454 З нами з: 26-January 09 З: Волинська обл., смт. Любешів Користувач №: 911 Стать: Чол Парк машин: 1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz) |
Запрашиваю помощь 12 дней расчетов осталось! Помогите в этом проекте поднять команду
-------------------- Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...
(Show/Hide) |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 27th April 2024 - 12:35 |