Українська команда з розподілених обчислень

Проект "Poem@home"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт
Статистика по команде "Ukraine"
Статистика на фришниках
Статистика на фришниках по команде "Ukraine"

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 22.10.2007 Капитан - uNiUs
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boinc.fzk.de/poem/
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Описание проекта:
Моделирование струтуры белка, используется модифицированный метод молекулярной динамики с помощью стохастической оптимизации. Проект занимается поиском молекул, которые могут заблокировать хемокины (хемотаксические цитокины), что даст возможность блокировать различные процессы в организме на уровне клеточных рецепторов, например, остановить воспалительный процесс. Ведется совместная работа с проектами, посвященными малярии, онкологии, болезни Алцгеймера. В будущем планируется разработать метод моделирования белковых молекул, которые уже могут использовать фармацевты, врачи, ученые, а также детально изучить структуру мебранных белков.


Вопрос: "Действительно ли поект POEM@Home отличается от других проектов, изучающих белки?"

(Show/Hide)

"При моделировании Белка используются два подхода.
1) Вы изучаете/копируете из природы: Изучая новую последовательность, каждый пробует скопировать
структурные фрагменты известных белков и собирает из них хорошие структуры. Преимущества: Работает
для больших белков, дает превосходные структуры для высокого подобия последовательности. Недостатки:
не работает, когда нет никакого подобия последовательности (новые свертки), не работает, когда нет
никаких экспериментальных данных (трансмембранные белки, с которыми связано 40 % всех известных
наркотиков), отсутствие изучения кинетики.

2) Вы моделируете сворачивающийся процесс так, как это происходит в природе (Folding@Home) с
биофизической моделью. Это делается на основе молекулярной динамики (MD), методом последовательных
приближений с шагом по времени 10E-15 s/step. Поскольку длительность сворачивающегося процесса занимает
миллисекунды, нам необходимо просчитать большое количество шагов. Преимущества: полная информация о
динамике, времени сворачивания, высокая точность структуры. Недостатки: работа только для маленьких белков.

POEM пробует интерполировать между этими двумя подходами. Проект использует раздробленную модель для
свободной энергии белка , то есть - может работать для новых всерток и применений в нано-био-технологиях,
где отсутствуют опытных данных. В отличие от MD, проект использует термодинамическую гипотезу Anfinsons
(Нобелевская премия по Химии 1972), что белки в их биологически активном состоянии на конец существования
имеют минимальную свободную энергию. Процесс моделирования таким образом заменен процессом оптимизации,
который является в тысячи раз быстрее чем MD. Преимущества: Может просчитывать белки по крайней мере
среднего размера, получает картину сворачивания, работает для "новых сверток". Недостатки: все еще
ограниченный размер белков <100 аминокислот, все же не показывает реальную кинетическую картину.

POEM пробует бороться с этими недостатками. Организаторы надеются сделать успехи в следующих направлениях:
- белки "новых сверток" с низким подобием последовательности существующим белкам
- белки в нефизиологических средах (нами получен грант на организацию и внедрение только наиболее
биологически совместимых),
- понимание процесса сворачивания более сложных белков, которые не могут быть изучены методом
непосредственного кинетического моделирования
- межбелковые взаимодействия, где партнеры изменяют их внешний вид при соединении (процесс биологического сигнала)
- усовершенствование образцовых структур для трансмембранных белков

Вопрос: "Сворачивая новую последовательность, как ваш метод будет моделировать действие компаньонок
(не нашел другого значения слова chperones) ? Вы участвовали в каком-нибудь недавнем соревновании CASP?"

(Show/Hide)

Ответы:
"Первый вопрос: Компаньонки действуют (как считает большинство людей), понижая барьеры энергии
перехода furing(?) свертывания. POEM делает это в процессе моделирования любым временным увеличением
"температуры", делая возможным моделирование "туннельных" высоких уровней перехода энергии.

Под температурой здесь понимается не "температура системы", которая определена в показателях энтропии
модели, но "кинетическая температура", которая управляет тем, как долго может происходить моделирование.

Для "туннелирования" мы изобрели стохастический метод туннелирования (см. 1999 PRL),

Более детально - Optimization on the group HP

Ускоряя моделирование тысяч сверток (и используя другие "уловки"wink POEM - тв ысячи раз быстрее чем MD.

Вопрос о CASP: Да, мы участвовали в CASP7. POEM - базируется на методах физики, таким образом здесь
используется взаимодействия Кулона (O (N ** 2)) == EXPENSIVE. Поскольку мы не имели вычислительных
ресурсов, мы расчитывали только цели с менее чем 150 Аминокислотами.

POEM теперь не использует никакого моделирования соответствия. Следовательно мы свободный для шаблона
базовой модели. Для шаблона свободной модели, то есть "новые свертки" мы занимали 5-е место (приблизительно
280 групп). С POEM@HOUM мы надеемся собрать инфраструктуру способную участвовать по полной программе в CASP8."

Вопрос: Мы хотели бы знать о болезнях, которые Poem@Home мог помочь лечить?

(Show/Hide)

Есть два типа проектов:
1) Краткосрочная перспектива: Белки нашей группы определенно могут использоваться при изучении малярии
и речной(водной?) слепотой (river blindness), есть достаточно общие подход к лечению раку связанный с
метилизацией (methylisation ?) ДНК (в обоих случаях мы сотрудничаем с экспериментальными группами).
Мы только что получили финансирование для экспериментальной группы, имеющей дело с разработкой препарата,
который будет воздействовать на chemokines. Chemokines - белки, которые вовлечены в регулирование ячеек
иммунной системы (например участки возбуждения), и POEM@HOME поддержит этот проект, моделируя взаимодействия
chemokines с их рецепторами. Цель этого проекта состоит в том, чтобы развить молекулы, которые блокируют
эти участки и, таким образом, выключают функцию chemokine.

Мы также работаем, как и многие в мире, над бета-амилоидными скоплениями, которые очень важны для болезни
Альцгеймера и множества других дегенеративных болезней нервной системы. Я не могу быть уверенным, что
вычислительные методы принесут искоренение болезни Альцгеймера, но я думаю, что эти исследования - важная
часть для нашего фундаментального понимания. Другие, вышеописанные проекты, имеют к лечению болезней более
непосредственное отношение.

2) Долгосрочные перспективы: долгосрочная цель состоит в том, чтобы иметь лучшие методы предсказания структуры
белка, проверить их в CASP или других методах проверки правильности и затем: сделать их доступными биологам,
фармацевтам и врачам. Есть много белков в мембранах (50 % всех известных наркотикотиеов), но нет стандартных
методы для изучения структуры мембранных белков. Таким образом мы имеем приблизительно 40 000 структур для
белков вне мембран, но только 150 для белков в мембранах, и многие из них близко связаны. Если бы мы были в
состоянии использовать POEM@HOME, чтобы предсказать структуру мембранных белков, мы и другие люди могли
делать значительные успехи в лечении многих болезней, угрожающих человечеству. Наше содействие этому прежде
всего было бы развитием метода, а не определенной болезни."

Вопрос: Что Вы можете сказать на утверждение доктора Бейкера: Розетта использует физически
детальную модель всего атома, и была бесспорно лучшим методом до настоящего времени для новых всерток,
а также для того, чтобы проектировать новые белки.

(Show/Hide)

"Действительно Розетта использует силовую область(forcefield -?) всего атома , хотя эта силовая область, насколько
я знаю, не имел способности сворачивать белки расширенных конфигураций, подобно дорожки всертывания (?).

Я также согласен, что Розетта - один из лучших методов для предсказания новых сверток до настоящего времени,
но результат недавнего эксперимента CASP показал, что есть большая область для усовершенствования подобных
методов. Факт, что новые предсказания сверток являются очень трудными и что качество существующих предсказаний
далеко отстает от экспериментальных методов. Это не критика Розетты, но просто современное состояние данной области.
Теперь все доступные методы дают только иногда точные структуры, трудно предсказать заранее, когда такой успех
произойдет и размер белков, для которых демонстрировались такие успехи, остается ограниченным.

Рабочая гипотеза нашего подхода - то, что биофизическая силовая область, которая может свернуть много белков
совершенно случайных конструкций, является хорошим кандидатом для упорядоченных структур для предсказания
структуры белка. Такие методы, как первоначально полагали, вносили значительный вклад в предсказание структуры
белка в первых раундах CASP, но теперь полностью отстали от методов, базируемых на соответствия фрагментов.

Это - то, что мы теперь проверяем при нашем участии в CASP."

Ссылки по теме:

• боинк.ру
• настройка APP_INFO для POEM, Два GPU-задания одновременно

График ППД команды за последние 60 дней:



http://www.boinc-af.org/content/view/806/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Poemathome



http://www.irelandboinc.com/projects/40-pr...ts/102-poemhome

Це повідомлення відредагував x3mEn: May 23 2012, 21:17

Володимир,

Поставил Теслу поправил как сдесь app_info.xml file that I am using for NVIDIA on windows
http://www.overclock.net/t/1155850/poem-home-gpu-support/50


скачал 2 задания но нифига не считает.
смотрю в таскменеджере загружаются задания в память, и скидывется

есть только 2 предположения:

1.У меня Виндовс 7 х64

2.Остались (паралельно с Нвидии) драйвера от АТИ.
(хотя запустил игры - нормально грузит Теслу) т.ч. врядли

На GTX560@900 посчитало за 28 минут (загрузка 58 %), забирает полностью одно ядро. Если при этом запустить цпу задания - график загрузки гпу похож на гребенку. Поэтому, если есть АТИ, то лучше, по-моему, считать на ней

KING100N,

ну 28мин это отлично. т.к. у меня на 5850 считает 4 задания за 39мин

Так у тебя за 39 минут 4 задания, а на нвидиа - одно
Моя 5850 считает за 55 мин параллельно 4 штуки. У тебя цпу загружен? Какая частота гпу?

KING100N,

ЧАСТОТА 775 МГЦ
ЦПУ - нагружен около 35%

Win7 x64 . GTX480+Q9450.
4 завдання(4 потоки) за 42 хвилини.
Проц 100% загрузка. Відяха 92-96% загрузка.
Одне завдання за 24 хвилини.

Народ, кто может прокомментировать:



Я чёт не понял - как считается коллатц, если у меня нет ОпенЦЛ??? Или я совсем торможу?

Title File Size Version Date Posted
Catalyst Software Suite 101.5 MB 12.4 4/25/2012
Description:
Package contains the following graphics drivers and dependent/required software for the products specified in the current version's official release notes:
Display Driver
OpenCL Driver
AMD Integrated Driver
AMD HDMI Audio Driver
Catalyst Control Center

може Double Precision Floating Point Support потрібно?
http://www.geeks3d.com/20091014/radeon-hd-...-point-support/

Где-то подобное предположение высказывалось. Но я смотрю, что согласно статистике ВУпроп на 5750 ПОЕМ считается, а на 5770 нет. В то же время:



Готов выслушать ещё предположения!

ЗЫ. У кого какие карточки из 5ххх серии кранчат тут?

хоча тут
http://boinc.fzk.de/poem/top_hosts.php?sor...edit&offset=100
є таке
AMD ATI Radeon HD 5700 series (Juniper) (1024MB) driver: 1.4.1720
і завдання виконані 25 Jun 2012 | 3:39:03 UTC
повинно працювати.

Убил систему нах...
прочитал этот пост


Зашел на сайт АМД и запустил сетевую установку драйверов - таки да: система захотела обновить драйвера! Обновился не понятно до чего, пустил комп в ребут и ... после логина комп мгновенно уходит в хард ребут! Без БСОДа. Победил только сносом из безопасного режима БОИНКа. Снёс нафиг дрова 12.4, дрова снеслись криво, потому что в системе видна видеокарта, БОИНК видит её тоже, но теперь отказывается считать на видеокарте. Поставил дрова 11.2 11-12_xp32_dd_ccc_ocl и получил в логах
26.06.2012 18:55:36 | | ATI GPU 0: ATI Radeon HD 5700 series (Juniper) (CAL version 1.4.1646, 1024MB, 1011MB available, 2720 GFLOPS peak)
26.06.2012 18:55:36 | | App version needs OpenCL but GPU doesn't support it

У меня крыша едет...

Запустил на другом компе с такой же видеокартой. Вот что там в логах

26.06.2012 18:11:53 | | ATI GPU 0: Juniper (CAL version 1.4.1646, 1024MB, 991MB available, 2720 GFLOPS peak)
26.06.2012 18:11:53 | | OpenCL: ATI GPU 0: Juniper (driver version CAL 1.4.1646 (VM), device version OpenCL 1.1 AMD-APP (831.4), 1024MB, 991MB available)

11-12_vista64_win7_64_dd_ccc_ocl

Без комментариев потому что слов нету!

Привіт tiss,
як кранчер кранчеру моя порада така
залиши той комп на сьогодні, а то я так само майже спалив комп собі.
Один раз перевстановлював ОС разів так з 5 у день, і один раз так само якогось чорта БОІНК не розпізнавав ОпенЦЛ. Перевстановив ОС, дрова і т.д. все робив ТАК САМО як і завжди і все стало на місця. До цих пір не знаю шо я встановив не так в той раз.
Отже завтра просто перевстанови все
чистенько і обережно.
Сподіваюся шо це твій кранч-комп без купи програм і т.д.

Також, не знаю як у кого, але у мене Каталіст 1.4.1720
Також один раз по-ламерськи намагався розгоняти машину - все підряд, і якісь тупі значення ввів на вольти на мости та PCIE та все інше, також картка не розпізналася один з разів...

netphil, ну шо там?
Я сподіваюся ти не намагаєшся одночасно поставити ATI та nVidia на одну материнку. Я намагався на лінуксі один раз цілий тиждень і здався. x3mEn мав так на Віндовсі але там тре пропатчені дрова на нВідіа (шоб пахало без затички), також хтось казав шо проблеми несумісності бібліотек ОпенЦЛ від двох компаній, і якшо вони на одному компі то або одне не буде пахати, або жодне.
Про картки Тесла взагалі нічоґо не знаю - ніколи навіть вживу не бачив того звіра.

І на останок - я в перший раз завжди без app_info.xml спочатку пробую, а вже далі його вставляю. Це шоб переконатися шо все паше як треба, і усунути зайві фактори - шоб легше знайти шо не так якшо не буде пахати.

Саме головне не тиснути на бідний комп занадто агресивно

Всім Удачі, Спокою, Витримки

Все нормально працює без затички і патчити дрова не треба:

06/26/12 18:32:21 | | Starting BOINC client version 7.0.28 for windows_x86_64
06/26/12 18:32:21 | | NVIDIA GPU 0: GeForce GTX 460 (driver version 301.42, CUDA version 4.20, compute capability 2.1, 1024MB, 944MB available, 1008 GFLOPS peak)
06/26/12 18:32:21 | | NVIDIA GPU 1 (ignored by config): GeForce GTX 460 (driver version 301.42, CUDA version 4.20, compute capability 2.1, 1024MB, 906MB available, 1089 GFLOPS peak)
06/26/12 18:32:21 | | ATI GPU 0: ATI RV770 (CAL version 1.4.1589, 1024MB, 992MB available, 2720 GFLOPS peak)
06/26/12 18:32:21 | | OpenCL: NVIDIA GPU 0: GeForce GTX 460 (driver version 301.42, device version OpenCL 1.1 CUDA, 1024MB, 944MB available)
06/26/12 18:32:21 | | OpenCL: NVIDIA GPU 1 (not used): GeForce GTX 460 (driver version 301.42, device version OpenCL 1.1 CUDA, 1024MB, 906MB available)
06/26/12 18:32:21 | | OpenCL: ATI GPU 0: ATI RV770 (driver version CAL 1.4.1589, device version OpenCL 1.0 AMD-APP (851.4), 1024MB, 992MB available)

x3mEn,
Aaa - ну добре. Просто пам'ятаю шось таке. Мабуть хтось інший казав.

О. якшо більше ніж одна картка - то обов'язково у папці BOINC у файлі cc_config.xml поставити <use_all_gpus>1 (чи шось подібне, не пам'ятаю точно) шоб БОІНК використовував всі ГПУ ?