Simap, создаем базу данных сходств протеинов |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
Simap, создаем базу данных сходств протеинов |
Waldhausen |
Mar 3 2006, 17:54
Пост
#1
|
Соромлюсь щось писати Група: New Members Повідомлень: 5 З нами з: 3-March 06 Користувач №: 188 Стать: Чол |
Проект "Simap" ----------------------------------------------------------------------------------------------------------
---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Дата основания команды - 08.01.2006 Капитан - Andrey Fenchenko ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Для присоединения к команде Украины: 1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!) 2. Перейдите в "расширенный вид" 3. Выберите сервис ---> добавить проект 4. Введите адрес проекта http://boincsimap.org/boincsimap/ -- адрес недавно поменялся! 5. Введите свои регистрационные данные. 6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше. 7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты. ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Полезная информация: Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи: 1) пара e-mail/пароль 2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число. Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем! ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- О проекте: http://boincsimap.org/boincsimap/project.php SIMAP - база данных сходств протеинов. Она содержит почти все опубликованные протеиновые последовательности и постоянно обновляется. Протеиновые последовательности вычисляются с использованием алгоритма FASTA, который обеспечивает оптимальные скорость и чувствительность. SIMAP - единственный известный нам проект, совмещающий исчерпывающее покрытие в отношении всех известных протеинов и возможности инкрементального обновления. Для чего используется SIMAP? Огромное количество известных протеиновых последовательностей в публичных базах данных не позволит в ближайшем будущем экспериментально описать большинство из них. Тем не менее, протеины, полученные от общего предка, часто имеют те же функции (так называемые ортологи - orthologs). Таким образом оказывается возможным вывести функцию неохаракеризованного протеина из ортолога с известной функцией. Широко известные примеры - исследования генов и протеинов мыши. Их результаты оказались во многих случаях справедливыми и для человеческих генов и протеинов. Сходства протеинов предоставляют информацию о связях между протеинами и необходимы для предсказания ортологов. Существует множество биоинформационных методов, полагающихся на сходства протеинов. Наша база данных сходств протеинов предоставляет предварительно вычисленные данные о сходстве и представляет известное пространство протеинов. Это открывает абсолютно новые перспективы по сравнению с используемыми методами для повторного пересчёта такого рода данных. SIMAP регулярно обновляется. Матрица сходств расширяется по мере появления новых последовательностей. Использование SIMAP полностью бесплатно для образовательных целей и публичных исследований. Зачем нам нужны распределённые вычисления для SIMAP? Стоимость вычислений данных о сходствах протеиновых послеовательностей пропорциональна квадрату количества содержащихся последовательностей. Таким образом, вычислительные усилия для поддержания матрицы в актуальном состоянии постоянно растут. Наших внутренних ресурсов, годами выполняющих вычисления для SIMAP, больше не достаточно для отслеживания новых последовательностей. Вот почему мы реализовали SIMAP-клиента для платформы BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), основанного на алгоритме FASTA для обнаружения сходств последовательностей. Какие организации стоят за SIMAP? SIMAP - это совместный проект GSF Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге под Мюнхеном и Научного центра жизни и питания в Вайенстефане (Германия). Контактное лицо - Томас Раттай (Отдел геном-ориентированной биоинформатики, Технический Университет, Мюнхен). Перевёл Вит Сердаковский Translation by "witdba" from the Boinc-Simap forum. График ППД команды за последние 60 дней: (Show/Hide) 02.02.2009 CODE Project Rank Team Today Last Update Yesterday 2 Days Ago Average Last 7 days Last 28 Days RAC Total Credit 142 Ukraine 0 0 0 0 0 0 3,385 106 279,603 2.03.2009 CODE 140 Ukraine 0 0 628 0 90 628 7,664 126 287,642 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Статус сервера выдачи заданий: http://webclu.bio.wzw.tum.de/portal/web/simap/ http://www.boinc-af.org/content/view/111/219/ http://www.dp.by/wiki/Projects/Simapathome CODE http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Simap/en http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/113-simap https://distributed.ru/wiki/pro:simap |
Arbalet |
Nov 6 2013, 00:13
Пост
#316
|
Штандартенкранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 2 647 З нами з: 16-August 05 Користувач №: 119 Стать: Чол Парк машин: FX-8320 + 1070Ti |
re_SET с набором 9 000 000 очков в SIMAP!!! Грандиозный результат!
-------------------- (Show/Hide) |
re_SET |
Nov 6 2013, 20:31
Пост
#317
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 454 З нами з: 26-January 09 З: Волинська обл., смт. Любешів Користувач №: 911 Стать: Чол Парк машин: 1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz) |
re_SET с набором 9 000 000 очков в SIMAP!!! Грандиозный результат! Спасибо И усмотрели же.... Догоняйте! -------------------- Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...
(Show/Hide) |
Rilian |
Nov 10 2013, 17:16
Пост
#318
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 925 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Набрал 2 миллиона. Пока что перехожу в ВЦГ, картографировать рак ... наверное до конца проекта
Тем временем в СИМАПе половина сентябрьской пачки уже посчитана http://boincsimap.org/boincsimap/batchmonitor.php -------------------- |
re_SET |
Nov 11 2013, 21:32
Пост
#319
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 454 З нами з: 26-January 09 З: Волинська обл., смт. Любешів Користувач №: 911 Стать: Чол Парк машин: 1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz) |
Набрал 2 миллиона. Пока что перехожу в ВЦГ, картографировать рак ... наверное до конца проекта Тем временем в СИМАПе половина сентябрьской пачки уже посчитана http://boincsimap.org/boincsimap/batchmonitor.php Тоже пока по бейджик в МСМ... -------------------- Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...
(Show/Hide) |
Arbalet |
Nov 11 2013, 22:55
Пост
#320
|
Штандартенкранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 2 647 З нами з: 16-August 05 Користувач №: 119 Стать: Чол Парк машин: FX-8320 + 1070Ti |
Тоже пока по бейджик в МСМ... Аналогично. Ох и просядем в Simap... -------------------- (Show/Hide) |
re_SET |
Nov 11 2013, 23:37
Пост
#321
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 454 З нами з: 26-January 09 З: Волинська обл., смт. Любешів Користувач №: 911 Стать: Чол Парк машин: 1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz) |
Тоже пока по бейджик в МСМ... Аналогично. Ох и просядем в Simap... Потом догоним. -------------------- Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...
(Show/Hide) |
gladiator_maximus |
Nov 26 2013, 16:09
Пост
#322
|
Все буде Україна! Група: Moderators Повідомлень: 1 010 З нами з: 29-January 10 З: 47°52'N,35°03'E Користувач №: 1 284 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: ЦП-AMD FX 8300 3.6 GHz, ГП-Radeon RX 480 4 Gb; ОЗУ- DDR3 24 GB (1600MHz); SSD Iridium 256 Gb; HDD- Toshiba 2Tb+4Tb; / Intel® Xeon® CPU E5-2640 2.80GHz/16Gb DDR3 1333/RX 480 8 Gb/SSD 120 Gb |
В пректе намечается переход на новый алгоритм и пересчёт старых данных.
Перевод (более-менее)... Да, мы собираемся пересчитать таблицы SIMAP используя неэвристический алгоритм Смита-Уотермана (Smith-Waterman). В данный момент мы разрабатываем новую версию приложения для этого. Несколько месяцев назад мы анонсировали общие параметры нового приложения, по которым будут создаваться и настраиваться приложения для ЦПУ и ГПУ. Параллельно мы разрабатываем приложения для ОС Android, дабы расширить спектр применимых устройств. Всё это является нашей текущей работой (в смысле, что не в свободное от основных дел время) и она движется хорошо. Мы надеемся начать бета-тестирование в начале следующего года. Пересчёт матриц подразумевает большой объём работы. Однако, мы предусматриваем некоторое ускорение расчётов за счёт оптимизации оборудования у нас. Общий объём работы будет определён после создания нового приложения. Пересчёт будет производиться в несколько этапов: белки из полностью распознанных геномов сначала, фрагменты природных последовательностей белков в конце. Это позволит нам поддерживать проект в работоспособном с точки зрения науки состоянии и актуальном состоянии. http://forum.boinc.ru/yaf_postsm59055findl....aspx#post59055 http://boincsimap.org/boincsimap/forum/vie...21&p=9192#p9192 http://nar.oxfordjournals.org/content/earl...nar.gkt970.long -------------------- |
Rilian |
Nov 26 2013, 16:11
Пост
#323
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 925 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
Звучит интересно!
Я подключу часть компов, хотя в данный момент мне очень интересно посчитать MCM ... -------------------- |
kornq |
Mar 3 2014, 16:09
Пост
#324
|
kранчер Група: Trusted Members Повідомлень: 107 З нами з: 10-April 09 З: Киев Користувач №: 991 Стать: Чол Парк машин: Intel E6700@3,00Ghz + ATI RADEON 5870 1GB |
Не знаю может вы уже в курсе на счет этого - http://www.samsung.com/at/microsite/powersleep/ ?
-------------------- Медали в WCG -
(Show/Hide) |
Rilian |
Mar 3 2014, 17:15
Пост
#325
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 925 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
хм, сразу не заметил что там про СИМАП -------------------- |
Vzik |
May 30 2014, 17:44
Пост
#326
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 377 З нами з: 26-April 13 З: Київ, Святошин Користувач №: 3 232 Стать: Чол Free-DC_CPID Парк машин: В більшості застарілий хлам, але ж з краплі починається море. Обчислюю тільки CPU проекти, бо немає гідних відеокарт. Потроху парк оновлюється, але не так швидко, важкі часи. |
Згідно сьогодняшній новині від проекту SIMAP проект буде працювати лише до кінця поточного року SIMAP will leave BOINC by end of 2014
-------------------- |
re_SET |
Jun 1 2014, 20:51
Пост
#327
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 454 З нами з: 26-January 09 З: Волинська обл., смт. Любешів Користувач №: 911 Стать: Чол Парк машин: 1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz) |
Згідно сьогодняшній новині від проекту SIMAP проект буде працювати лише до кінця поточного року SIMAP will leave BOINC by end of 2014 Тому пропоную нажати на проект, щоб зайняти достойне місце при закінченні! Завдання з'являються на початку місяця і рахуються тиждень чи два. Цей проект не дуже рахують, тому думаю, до кінця року можна бути в десятці! -------------------- Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...
(Show/Hide) |
Rilian |
Jun 2 2014, 08:24
Пост
#328
|
interstellar Група: Team member Повідомлень: 16 925 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера |
ОМГ!
ок я подключаюсь обратно -------------------- |
re_SET |
Jun 3 2014, 01:08
Пост
#329
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 454 З нами з: 26-January 09 З: Волинська обл., смт. Любешів Користувач №: 911 Стать: Чол Парк машин: 1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz) |
Нова пачка завдань буде 7-го числа!
-------------------- Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...
(Show/Hide) |
re_SET |
Jun 7 2014, 14:12
Пост
#330
|
кранчер зі стажем Група: Trusted Members Повідомлень: 454 З нами з: 26-January 09 З: Волинська обл., смт. Любешів Користувач №: 911 Стать: Чол Парк машин: 1х Athlon X2 BE2300 (2.2 Ghz) 1x C2D E8200 1x C2D E2180 (2.34 Ghz) 1x C2D E2160 1x C2D E5200 (2.9 Ghz) 9x C2D E6500 (Up 3.24 Ghz) 1x C2Q Q8300 (Up 3 Ghz) |
Є завдання!
В зв'язку з анонсованим завершенням підтримки проектом BOINC-платформи та переведенням його на розрахунок власними силами науковців (за допомогою ГПУ?) на початку 2015 року, пропоную максимально можливій кількості учасників долучитися до проекту, для того, щоб після його закінчення ми виявилися на достойному місці! Слава Україні! -------------------- Нельзя попасть в Рай одной религии, не попав при этом в Ад всех остальных...
(Show/Hide) |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 26th April 2024 - 05:40 |