Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> Перевод, Nutritious Rice For The World - About The Project, http://www.worldcommunitygrid.org/projects_showcase/rice/viewRiceAbout
Algon
Jan 5 2009, 20:48
Пост #1


Ambulance
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 899
З нами з: 11-November 08
З: Бердянск, СИЗО ГУВД :)
Користувач №: 862
Стать: Чол
Парк машин:
QX9650, Q8400S, Q8200S, Q6600, E6750, E4500, Xeon 5110, X2 5600+, M540, M420.



http://www.worldcommunitygrid.org/projects...iewRiceAbout.do

About the Project

Marker assisted breeding

Traditional methods of making better rice hybrids have depended upon combining strains with favorable traits. The limitation of this process is that the strains need to have an observable trait (also known as a phenotype) for this to occur. Different versions of genes don't always have an obvious phenotype and many potentially favorable combinations can be missed.

Marker assisted breeding uses recently obtained rice DNA sequences to circumvent this problem. Because the DNA sequence of the gene of interest is now known, breeders can always identify which version is present in a rice strain even if the phenotype is subtle or hidden.

The Rice Genome

Now that the entire rice genome has been sequenced, the question shifts to identifying genes that are involved in increased yield, disease resistance and nutritional value. This problem is made more difficult because very few cereal plants have been sequenced, and therefore, many of the rice genes do not resemble any genes of known function.

Protein Structure Prediction

Genes act through the proteins that they encode. Proteins are molecules that fold into a specific shape, or atomic structure. This structure often gives insight about its function. Experimentally determining protein structure is very laborious — it can take years for a single protein. Fortunately, accurate predictions of protein structures can be made from the DNA of genes using computer simulations. The Computational Biology Research Group at the University of Washington has developed Protinfo, which can produce protein structures at a fraction of the cost and time.

Protinfo & World Community Grid

Protinfo is being used to create three-dimensional models of the tens of thousands of rice proteins. These models are then used to predict the function of each protein and to understand the role of the gene that encodes it. The models, and any analysis resulting from examining them, will be housed at the Bioverse database and webserver, which is a comprehensive framework to relate molecules such as proteins and DNA to an organism's pathways and systems.

Volunteers' computers on World Community Grid will run the Protinfo software to create models of all proteins encoded by the rice genome whose structure can be predicted reliably. These models will be analyzed to choose the best ones. From the resulting structures, prediction tools will determine the function of each protein and the role of the gene that encodes it. Using the power of Protinfo, World Community Grid will initially examine over 10,000 genes, and produce 100,000 models per gene. Generating these one billion models on the 320 CPU cluster at the Computational Biology Research Group would take about 30 years to accomplish. Using World Community Grid, this task will take only about a year.

This knowledge will hopefully lead to the development of improved hybrids of rice strains with higher yield, greater disease and pest resistance, and a full range of bioavailable nutrients. This knowledge can also be extended to other food crops such as wheat and maize.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Общий перевод:

Cелекция с помощью маркеров

Традиционные методы создания лучших гибридов риса заключаются в скрещивании сортов с необходимыми свойствами. Существенный недостаток этого процесса – это то, что у исходных сортов для достижения благоприятного результата должны быть хорошо выраженные особенности (также известные как фенотип). У различных генов фенотип не всегда очевиден, и многие из потенциально благоприятных комбинаций могут быть пропущены.

Чтобы обойти эту проблему, при селекции с помощью маркеров используются недавно полученные последовательности ДНК риса. Поскольку ДНК-последовательности полезных генов риса теперь известны, селекционеры могут всегда идентифицировать, какое свойство точно присутствует в сорте риса, даже если фенотип едва различим или скрыт.

Геном Риса

В настоящее время, когда весь геном риса упорядочен, приоритеты изменились в сторону определения генов, которые отвечают за увеличение урожая, сопротивление болезням и пищевую ценность. Эта проблема является более сложной, поскольку только немногие сорта зерновых были исследованы и классифицированы, а функции многих генов риса остаются неизвестны.

Моделирование структуры белка

Гены воздействуют на белки посредством кодирования. Белки – это молекулы, которые сворачиваются в определенную форму, имеют определенное атомарное строение. Эта структура часто дает представление об исполняемых функциях. Экспериментальное определение структуры белка является очень трудоемким — могут потребоваться годы для исследования одного типа белка. К счастью, точные предсказания структуры белка могут быть сделаны исходя из информации, заключенной в ДНК генов, при помощи компьютерного моделирования. Вычислительная Исследовательская группа Биологии Вашингтонского университета разработала программный комплекс Protinfo, который может моделировать структуру белка, существенно снижая стоимость и затрачиваемое время.

Protinfo и World Community Grid

Protinfo используется для создания трехмерных моделей десятков тысяч белков риса. Эти модели будут использованы для предсказания функций каждого белка и понимания роли гена, его кодирующего. Модели, а также любые полученные в процессе исследований результаты, будут размещены в базе данных Bioverse и на web-сервере. Это позволит создать единую систему, связывающую молекулы, такие, как белки и ДНК, с метаболизмом и системами организма растения.

Компьютеры добровольцев из World Community Grid будут использовать программное обеспечение Protinfo для создания моделей всех белков, закодированных геномом риса, структура которых может быть предсказана достоверно. Созданные модели будут проанализированы, из них будут отобраны наиболее перспективные. Специальные инструменты определят в полученных структурах функцию каждого белка и роль каждого гена, его кодирующего. Используя мощь World Community Grid, с помощью Protinfo первоначально будет исследовано более 10 000 генов и создано 100 000 моделей на каждый ген. Производство этого миллиарда моделей на кластере из 320 процессоров Центра Вычислительной Исследовательской группы Биологии заняло бы порядка 30 лет. В рамках World Community Grid эта задача займет всего около года.

Мы надеемся, что эти знания приведут к появлению улучшенных гибридов сортов риса с более высоким урожаем, большей устойчивостью к болезням и сопротивляемостью вредителям, а также обладающих полным набором питательных веществ. Эти знания также могут быть применены при исследованиях других зерновых культур, например таких, как пшеница и кукуруза.

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

Перевод по абзацам:

About the Project

Marker assisted breeding

Traditional methods of making better rice hybrids have depended upon combining strains with favorable traits. The limitation of this process is that the strains need to have an observable trait (also known as a phenotype) for this to occur. Different versions of genes don't always have an obvious phenotype and many potentially favorable combinations can be missed.

О Проекте

Cелекция с помощью маркеров

Традиционные методы создания лучших гибридов риса заключаются в скрещивании сортов с необходимыми свойствами. Существенный недостаток этого процесса – это то, что у исходных сортов для достижения благоприятного результата должны быть хорошо выраженные особенности (также известные как фенотип). У различных генов фенотип не всегда очевиден, и многие из потенциально благоприятных комбинаций могут быть пропущены.

Marker assisted breeding uses recently obtained rice DNA sequences to circumvent this problem. Because the DNA sequence of the gene of interest is now known, breeders can always identify which version is present in a rice strain even if the phenotype is subtle or hidden.
Marker assisted breeding использует недавно полученные последовательности ДНК риса, чтобы обойти эту проблему. Поскольку ДНК-последовательности полезных генов риса теперь известны, селекционеры могут всегда идентифицировать, какое свойство присутствует в сорте риса, даже если фенотип едва различим или скрыт.

The Rice Genome

Now that the entire rice genome has been sequenced, the question shifts to identifying genes that are involved in increased yield, disease resistance and nutritional value. This problem is made more difficult because very few cereal plants have been sequenced, and therefore, many of the rice genes do not resemble any genes of known function.

Геном Риса

В настоящее время, когда весь геном риса упорядочен, приоритеты изменились в сторону определения генов, которые отвечают за увеличение урожая, сопротивление болезням и пищевую ценность. Эта проблема является более сложной, поскольку только немногие сорта зерновых были исследованы и классифицированы, а функции многих генов риса неизвестны.

Protein Structure Prediction

Genes act through the proteins that they encode. Proteins are molecules that fold into a specific shape, or atomic structure. This structure often gives insight about its function. Experimentally determining protein structure is very laborious — it can take years for a single protein. Fortunately, accurate predictions of protein structures can be made from the DNA of genes using computer simulations. The Computational Biology Research Group at the University of Washington has developed Protinfo, which can produce protein structures at a fraction of the cost and time.

Моделирование структуры белка

Гены воздействуют на белки посредством кодирования. Белки – это молекулы, которые сворачиваются в определенную форму, имеют определенное атомарное строение. Эта структура часто дает представление об исполняемых функциях. Экспериментальное определение структуры белка является очень трудоемким — могут потребоваться годы для исследования одного типа белка. К счастью, точные предсказания структуры белка могут быть сделаны исходя из информации, заключенной в ДНК генов, при помощи компьютерного моделирования. Вычислительная Исследовательская группа Биологии Вашингтонского университета разработала Protinfo, который может моделировать структуру белка, существенно снижая стоимость и затрачиваемое время.

Protinfo & World Community Grid

Protinfo is being used to create three-dimensional models of the tens of thousands of rice proteins. These models are then used to predict the function of each protein and to understand the role of the gene that encodes it. The models, and any analysis resulting from examining them, will be housed at the Bioverse database and webserver, which is a comprehensive framework to relate molecules such as proteins and DNA to an organism's pathways and systems.

Protinfo & World Community Grid

Protinfo используется для создания трехмерных моделей десятков тысяч белков риса. Эти модели будут использованы для предсказания функций каждого белка и понимания роли гена, его кодирующего. Модели, а также любые полученные в процессе исследований результаты, будут размещены в базе данных Bioverse и на web-сервере. Это позволит создать единую систему, связывающую молекулы, такие, как белки и ДНК, с метаболизмом и системами организма.

Volunteers' computers on World Community Grid will run the Protinfo software to create models of all proteins encoded by the rice genome whose structure can be predicted reliably. These models will be analyzed to choose the best ones. From the resulting structures, prediction tools will determine the function of each protein and the role of the gene that encodes it. Using the power of Protinfo, World Community Grid will initially examine over 10,000 genes, and produce 100,000 models per gene. Generating these one billion models on the 320 CPU cluster at the Computational Biology Research Group would take about 30 years to accomplish. Using World Community Grid, this task will take only about a year.

Компьютеры добровольцев из World Community Grid будут использовать программное обеспечение Protinfo для создания моделей всех белков, закодированных геномом риса, структура которых может быть предсказана достоверно. Созданные модели будут проанализированы, из них будут отобраны наиболее перспективные. Специальные инструменты определят в полученных структурах функцию каждого белка и роль каждого гена, его кодирующего. Используя мощь Protinfo, World Community Grid первоначально исследует более 10 000 генов и произведет 100 000 моделей на каждый ген. Производство этого миллиарда моделей на кластере из 320 процессоров Центра Вычислительной Исследовательской группы Биологии заняло бы порядка 30 лет. Используя World Community Grid эта задача займет всего около года.

This knowledge will hopefully lead to the development of improved hybrids of rice strains with higher yield, greater disease and pest resistance, and a full range of bioavailable nutrients. This knowledge can also be extended to other food crops such as wheat and maize.

Мы надеемся, что эти знания приведут к появлению улучшенных гибридов сортов риса с более высоким урожаем, большей устойчивостью к болезням и сопротивляемостью вредителям, а также обладающих полным набором питательных веществ. Эти знания также могут быть применены при исследованиях других зерновых культур, например таких, как пшеница и кукуруза.


Примечание:
Перевод в основном смысловой, так как при дословном в русском языке смысл теряется. Ваши замечания, корректировки?
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
 
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(1 - 7)
Death
Jan 5 2009, 23:09
Пост #2


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 428
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



Marker assisted breeding

селекция с помощью маркеров


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Death
Jan 5 2009, 23:15
Пост #3


<script ///>
**********

Група: Moderators
Повідомлень: 6 428
З нами з: 5-November 03
З: Kyiv
Користувач №: 26
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
гидропарк
jabber:deadjdona@gmail.com



Компьютеры добровольцев из World Community Grid будут управлять программным обеспечением Protinfo


будут использовать Протинфо

остальное хорошо.


--------------------
wbr, Me. Dead J. Dona OGR-27
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Algon
Jan 5 2009, 23:40
Пост #4


Ambulance
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 899
З нами з: 11-November 08
З: Бердянск, СИЗО ГУВД :)
Користувач №: 862
Стать: Чол
Парк машин:
QX9650, Q8400S, Q8200S, Q6600, E6750, E4500, Xeon 5110, X2 5600+, M540, M420.



QUOTE
селекция с помощью маркеров

Исправлено.

QUOTE
будут использовать Протинфо

Исправлено.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jan 5 2009, 23:44
Пост #5


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 340
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



я выложу на сайт чуть позже


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jan 8 2009, 03:50
Пост #6


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 340
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



поправил немного текст.

QUOTE
Используя мощь Protinfo, World Community Grid исследует ...
wink.gif

Ник, можно публиковать!


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Algon
Jan 8 2009, 04:00
Пост #7


Ambulance
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 899
З нами з: 11-November 08
З: Бердянск, СИЗО ГУВД :)
Користувач №: 862
Стать: Чол
Парк машин:
QX9650, Q8400S, Q8200S, Q6600, E6750, E4500, Xeon 5110, X2 5600+, M540, M420.



Rilian
Ну... у меня было точнее... но так лучше smile.gif
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Jan 8 2009, 04:44
Пост #8


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 340
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



Да, хмм, в оригинале два компа соединенных по ethernet именуемых ВЦГ используют мощнейшую прогу Protinfo smile.gif


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 16th July 2019 - 15:16

Rambler's Top100 Рейтинг@Mail.ru
Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.