MolDynGrid, Virtual Laboratory |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
MolDynGrid, Virtual Laboratory |
Alien |
Jan 12 2010, 03:32
Пост
#1
|
Разработчик MolDynGrid Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb |
MolDynGrid Virtual Laboratory
QUOTE Віртуальна лабораторія MolDynGrid створена у вересні 2008 р. для вирішення задач в галузях структурної біології і біоінформатики, які потребують значних витрат машинного часу та оперують великими об'ємами інформації. Мета створення ВО полягає в розробці ефективної інфраструктури для проведення in silico розрахунків молекулярної динаміки (МД) біологічних макромолекул (білків, нуклеїнових кислот та їхніх комплексів) у водно-іонному оточенні в часовому інтервалі до 100 нс. MolDynGrid є частиною проекту розвитку Грід-сегменту Національної академії наук України з обчислювальними кластерами Київського національного університету імені Тараса Шевченка, Інститутів молекулярної біології і генетики (ІМБіГ), клітинної біології і генетичної інженерії (ІКБГІ), теоретичної фізики (ІТФ) та ін. Використання ресурсів ВО MolDynGrid є вільним та безкоштовним для зареєстрованих членів за умови дотримання правил користування. http://moldyngrid.org QUOTE публикации 2010 года: (Show/Hide) публикации 2009 года: (Show/Hide) (Show/Hide) -------------------- |
Death |
Jan 17 2010, 11:21
Пост
#2
|
<script ///> Група: Moderators Повідомлень: 6 371 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com |
riliane, ti videl trebovanija k sertifikacii pod glite? oni po tolshine kak voina i mir ))) i do sih por neponyatno 4to shitat na superkomputere v kpi. zachem eshe i domashnie uzeri?
-------------------- |
Alien |
Jan 19 2010, 14:23
Пост
#3
|
Разработчик MolDynGrid Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb |
riliane, ti videl trebovanija k sertifikacii pod glite? oni po tolshine kak voina i mir ))) i do sih por neponyatno 4to shitat na superkomputere v kpi. zachem eshe i domashnie uzeri? это вопрос ко мне? =) мы работаем над этим. Все есть, кроме самой сертификации ROC-ом. Это скорее политический вопрос. не понятно что мы считаем на кластерах? не понял вопроса. КПИ кластера, как и всех ресурсов вместе взятых, которые нам доступны - не хватает. с инфинибендом у нас в громаксе классная параллелизация, а он стоит не на многих кластерах. При 1 Гбитном есернете мы не используем более 2-3 узлов, а при инфинибенде прирост очень классный, я лично использовал 96 ядер (8ми ядерные узлы). (можно в презентации глянуть). Мы не хотим ограничивать себя в маленьком времени... До грида и больших ресурсов мы проводили расчеты в пределах одного сервера до 5-10 нс, средних по величине объектов. Теперь я делаю по 100 нс, минимум. Благодаря этому я определил, что разгонный участок оказывается в первых 50 нс, для моего объекта. Разгонные участки нельзя использовать для большинства анализов, много погрешностей. Все траектории на картинках были поставлены на динамику при одинаковых параметрах симуляции, кроме 0, там другой алгоритм термостата - берендсен. Круто! И когда планируется запуск "Второго украинского проекта" где смогут подключатсья "домашние" юзеры? спасибо) на самом деле вся проблема в нехватке рук, мы бы этим занялись, но не хочется распыляться пока что... -------------------- |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 27th April 2024 - 08:04 |