MolDynGrid, Virtual Laboratory |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
MolDynGrid, Virtual Laboratory |
Alien |
Jan 12 2010, 03:32
Пост
#1
|
Разработчик MolDynGrid Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb |
MolDynGrid Virtual Laboratory
QUOTE Віртуальна лабораторія MolDynGrid створена у вересні 2008 р. для вирішення задач в галузях структурної біології і біоінформатики, які потребують значних витрат машинного часу та оперують великими об'ємами інформації. Мета створення ВО полягає в розробці ефективної інфраструктури для проведення in silico розрахунків молекулярної динаміки (МД) біологічних макромолекул (білків, нуклеїнових кислот та їхніх комплексів) у водно-іонному оточенні в часовому інтервалі до 100 нс. MolDynGrid є частиною проекту розвитку Грід-сегменту Національної академії наук України з обчислювальними кластерами Київського національного університету імені Тараса Шевченка, Інститутів молекулярної біології і генетики (ІМБіГ), клітинної біології і генетичної інженерії (ІКБГІ), теоретичної фізики (ІТФ) та ін. Використання ресурсів ВО MolDynGrid є вільним та безкоштовним для зареєстрованих членів за умови дотримання правил користування. http://moldyngrid.org QUOTE публикации 2010 года: (Show/Hide) публикации 2009 года: (Show/Hide) (Show/Hide) -------------------- |
Sergyg |
Jan 22 2010, 21:41
Пост
#2
|
Гидробиолог Група: Trusted Members Повідомлень: 947 З нами з: 1-April 09 З: Dnipropetrovsk Користувач №: 980 Стать: Чол Парк машин: мозок - понад GPU, CPU та GPU+CPU |
(видео ролик - первый слайд презентации) Мы тоже мыслим онологично Вот интро: http://upload.com.ua/get/901331349/ только конечная цель там немного другая, хотя тоже сети. (этим вот и зарабатываю на кусочек хлеба, т.е. создание ролика, а не то, что там рекламирываеццо) ...и 1 неясность на ровном месте, но это уже не имеет значения... ещё раз прочитал то место, у вас все правильно, это я - читал ночью я вот как раз все время не понимал, почему в Folding@home такие мелкие молекулы считаются? как бы в жизни более актуальны более крупные и сложноустроенные. (как раз Rosetta@home работает с бОльшими, но, повторюсь, вроде как отдельные атомы там не видны, т.е. используются какие-то оптимизации для уменьшения детализации и соотв ускорения). А у вас таки очень немаленькие молекулы. Но я должен признаться, что курса молекулярной биологии у нас не было, да и цикл Креббса я мог держать в голове не более 1 недели. Т.е. ваши исследования мудрёны |
Alien |
Jan 22 2010, 22:10
Пост
#3
|
Разработчик MolDynGrid Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb |
(видео ролик - первый слайд презентации) Мы тоже мыслим онологично Вот интро: http://upload.com.ua/get/901331349/ только конечная цель там немного другая, хотя тоже сети. (этим вот и зарабатываю на кусочек хлеба, т.е. создание ролика, а не то, что там рекламирываеццо) симпотно, даже догадываюсь как и в чем было сделано =) я тоже планировал сперва подзарабатывать на визуализации научных результатов.. я вот как раз все время не понимал, почему в Folding@home такие мелкие молекулы считаются? как бы в жизни более актуальны более крупные и сложноустроенные. (как раз Rosetta@home работает с бОльшими, но, повторюсь, вроде как отдельные атомы там не видны, т.е. используются какие-то оптимизации для уменьшения детализации и соотв ускорения). А у вас таки очень немаленькие молекулы. Но я должен признаться, что курса молекулярной биологии у нас не было, и цикл Креббса я мог держать в голове не более 1 недели. Вот. все зависит от тематики отдела.. У Панды одни у нас другие, некоторые вообще занимаются мембранными белками, а это в несколько раз больше и медленнее считается... Насчет отдельных атомов, то ты несовсем правильно понял. Есть координаты ввиде цифр, которые идут на расчеты, а есть визуализация уже посчитанных результатов. Одни и теже координаты визуализировать можно по разному принципу, к примеру на атомарном уровне, по вандерваальсовским радиусам, по вторичной структуре.. Тоесть к расчетам это не имеет особо отношений. -------------------- |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 27th April 2024 - 23:39 |