Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )

> Fold It, Онлайн-игра по свертыванию белков
(_KoDAk_)
May 10 2008, 09:35
Пост #1


BOINC-guru
*********

Група: Moderators
Повідомлень: 3 714
З нами з: 11-August 07
З: Kharkov
Користувач №: 569
Стать: Чол
Парк машин:
E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям





Проект "FOLD It"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Официальный сайт

Статистика по команде "Ukraine"

wiki по стратегии
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 10.05.2008 Капитан - KoDAk


О проекте:
Теперь в фолдинг белков можно играть

Инструкция по установке под Linux (fold.it linux setup) находится ниже

14.05.2008 [06:08], Арсений Герасименко
На страницах новостной ленты 3DNews мы не раз освещали достижения участников Folding@Home, проекта распределенных вычислений, объединяющего мощности сотен тысяч персональных ПК по всему миру. Сегодня же хочется рассказать об очень интересной разработке ученых Вашингтонского университета, которые превратили невероятно сложный процесс сворачивания белков в увлекательную игру.

Итак, программный продукт Fold.it позволяет практически любому пользователю в трёхмерном режиме создать наиболее рациональную модель сворачивания белка. Нужно сказать, что сам процесс сворачивания (фолдинга) по своей сути очень сложный, для для его расчета требуется много времени и ресурсов ПК. Как известно, многие пользователи во всем мире тратят огромное количество времени на практически бессмысленные электронные забавы. В свою очередь, Fold.it позволяет провести десятки человеко-часов с пользой для медицины и фармацевтики. Согласно имеющимся данным, в ближайшем будущем эта программа сможет получать данные о требующих изучения протеинах. Подобно Folding@Home, результаты можно будет отправить с помощью интернета в центр обработки.

Теперь в фолдинг белков можно играть

Напомним, что накопление знаний о свойствах белков может поспособствовать поиску лекарств от таких недугов как рак, болезнь Альцгеймера и даже СПИД. Согласитесь, спасти мир играючи – неплохая перспектива. Поиграть в фолдинг белков смогут как пользователи платформы Windows, так и Mac. Для этого нужно лишь зарегистрироваться и скачать файл объемом 53 Мб.

FOLD.IT Linux - запускаем под линуксом

1. для начала надо установить WINE
sudo apt-get install wine

2. качаем инсталяху Fold.It к себе в директорию
cd ~/some/dir; wget http://fold.it/portal/files/app/Fold%20It!.exe

3. запускаем установщик с помощью wine
wine "Fold It!.exe"

4. подтверждаем что хотим установить в C:\Program Files\foldit smile.gif
5. next -> next -> finish
6. в конце установки будет галочка "launch fold.it" - нажимаем ее и ОК
7. готово!

(Show/Hide)



http://www.boinc-af.org/content/view/942/219/

http://elementy.ru/news?newsid=431388

Це повідомлення відредагував nikelong: Sep 3 2010, 10:03
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
4 Сторінки V < 1 2 3 4 >  
Reply to this topicStart new topic
Відповідей(15 - 29)
Некто
Oct 5 2008, 16:29
Пост #16


кранчер з фермою
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 767
З нами з: 16-May 08
З: Київ
Користувач №: 745
Стать: Чол
Парк машин:
Q6600 @ 2600 MHz





--------------------

User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
uNiUs
Oct 6 2008, 10:01
Пост #17


Rosetta@Home капитан
*****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 173
З нами з: 17-June 07
З: Zp.ua
Користувач №: 529
Стать: Чол
Free-DC_CPID



Некто, кул! clap_1.gif
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Sergyg
Apr 1 2009, 22:24
Пост #18


Гидробиолог
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 966
З нами з: 1-April 09
З: Dnipropetrovsk
Користувач №: 980
Стать: Чол
Парк машин:
мозок - понад GPU, CPU та GPU+CPU



хай all!
Попробовал тут и не пойму таких вещей:
*- как у них рейтинг считается (почему у Украины так немного, вроде, список завоеваний имеется), ну и индивидуальный рейтинг юзера - тоже тайна природы smile.gif
*- есть ли научная ценность этих пазлов, т.е. она хотя бы предполагается?
ЗЫ: мне показалось, что ихний подход пока эффективнее, чем тупое перебирание вариантов сотнями тысяч компьютеров.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Rilian
Apr 1 2009, 22:43
Пост #19


interstellar
**********

Група: Team member
Повідомлень: 17 340
З нами з: 22-February 06
З: Ванкувер
Користувач №: 184
Стать: НеСкажу
Free-DC_CPID
Парк машин:
ноут и кусок сервера



научная ценность в том что они для каждого белка видят цепочку "рассуждений" человека, который его свернул. Чем больше успешных и максимально возможных сворачиваний, тем больше шансов увидеть какуюто закономерность и улучшить сам алгоритм. Ведь Rosetta работает по такому же принципу - сворачивает, "трясет", разворачивает части, и так на протяжнеии нескольких минут пока внутри задания считается подзадание.

Общий рейтинг там действительно какойто странный. Я когда "игрался", так и не понял как он считается


--------------------
(Show/Hide)

Миссия проекта Help Fight Childhood Cancer (Помоги Победить Детский Рак) - подобрать белки, блокирующие некоторые виды рака. Подключайтесь!
IPB Image
IPB Image

IPB Image

IPB Image
IPB Image

общая статистика: BOINCstats * FreeDC команда: BOINC команда Ukraine

IPB Image
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Sergyg
Apr 1 2009, 23:50
Пост #20


Гидробиолог
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 966
З нами з: 1-April 09
З: Dnipropetrovsk
Користувач №: 980
Стать: Чол
Парк машин:
мозок - понад GPU, CPU та GPU+CPU



Спасибо за ответ.
А что нас так мало? А то я сегодня-завтра выйду из 150-очкового предела и не смогу набирать рейтинг в более простых (массовых заданиях - до_150) smile.gif smile.gif да, время оно забирает, но если вдруг выпадает возможность - интересно потыкать. Хотя.. посмотрим, как нам очки начислять будут. А то ведь ужё в 2-х забегах (за 2 дня) мы имеем 1 место, типа 100 очков, но итоговый рейтинг - не меняетсо
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
YuRi
Apr 1 2009, 23:53
Пост #21


BOINC-одессит
********

Група: Trusted Members
Повідомлень: 1 680
З нами з: 6-May 06
З: Odessa
Користувач №: 211
Стать: Чол
Парк машин:
25, від P-III/650 до C2D E4400@3GHz, переважна більшість Celeron 430@2.025GHz



Я в него тоже игралсо пару дней, а потом забросил - уж больно много ресурсов компа эта игрушка жрет (не говоря уже о _личном_ времени). sad.gif


--------------------
Гармонично недоразвитая личность
(Show/Hide)




















User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Sergyg
Apr 2 2009, 01:20
Пост #22


Гидробиолог
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 966
З нами з: 1-April 09
З: Dnipropetrovsk
Користувач №: 980
Стать: Чол
Парк машин:
мозок - понад GPU, CPU та GPU+CPU



похоже, в OpenGl сделано, у мене на Radeon3850 25-37fps в єтом окне наблюдается. Да, 320-350 Мб кушает (из 6 Гиг віделить не жалко smile.gif ) и одно ядро проца, как и все порядочные OpenGl-штуковины отъедает. На граф.планшете нормально дёргать молекулы wink.gif да, у меня вот был депрессняк -помогло слегка. И то счастье (а если ишо польза человечеству ? - сплошная выгода!)
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Sergyg
Apr 3 2009, 19:47
Пост #23


Гидробиолог
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 966
З нами з: 1-April 09
З: Dnipropetrovsk
Користувач №: 980
Стать: Чол
Парк машин:
мозок - понад GPU, CPU та GPU+CPU



да, сильные участники там smile.gif Интересно, они просто двигают участки, rebuild + wiggle/shake или всё же думают и анализируют на счёт конформации и взаимного расположения связей. В первый день пребывания там, пообщался с Nicky666 - /очень сильный игрок/ - похоже, она не просто передвигает, но и думает (может, спрошу её об этом), просто, когда я с трудом продвигался по квалификационному 4-3 4-4 уровням, она подсказывала именно про wiggle/shake (но я уже знал wink.gif ) В паззлах для <15 довольно несложно вывести команду на хорошее место , <150 - тоже , ПРИСОЕДИНЯЙТЕСЬ! (правда, с 07.04 меня уже не пустят в паззлы <150 , а там дальше - сложнее состязаться). Борюсь с поляком...
Хотя, конечно никто ни с кем не борется, результат - на благо всемexcl.gif
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Sergyg
Apr 12 2009, 23:15
Пост #24


Гидробиолог
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 966
З нами з: 1-April 09
З: Dnipropetrovsk
Користувач №: 980
Стать: Чол
Парк машин:
мозок - понад GPU, CPU та GPU+CPU



Проект интересный! :-) я побаивался, что мене быстро 150 баллов насчитают, и перестанут пускать в задания до_150, а они совсем и не торопяцца баллы складывать. Насчитали очки по каждому из заданий (ч/з 1,5 дня после завершения) а общую сумму не складывают :-) более того - открылся следующий тур, можно параллельно 136 и 137 играть.
Что меня удивило: % загрузки 1 из ядер все же зависит от сложности молекулі: в 136 туре - простая молекула - 21% (сместо 25% раньше) а в 137 ОЧЕНЬ навороченная молекула, грузиццо уже 2 ядра, так что 4-ядерник в итоге загружен на 41-48% Это МОЩЩЩЬ!
ЗЫ: у нас харошие командные очки начисляются, вот только не ясно, добавтся ли когда-нибудь к рейтинговым 6 баллам хоть что-то /61-место/ или оно там заморожено.

ЗЫ2: 01.04 вышло обновление ядра программы, имхо, появились новые опции, дающие ещё больше возможностей, правда и более сложное, когда уже молекула особо не улучшается, оно только портит (есть опции - сохранение положения, и возврат к самому высокому баллу (конформации). Почитать бы туториал.

кроме того, в Extras , когда у вас есть бонусные (?) очки / не заметил, откуда ни взялись, когда обнаружил, их было у мну 5/ можно воспользоваться 2 видами помощи: 1 балл сттОит то, чтобы программа подсветила (выделила цветом) самые неудачные участки молекулы, только они не предупредили, что длится это всего 90 секунд (причем захват экрана его не берёт! (в другое время берёт smile.gif ) ТОлько фоткать ! И ещё помощь - 2 балла стоит - подровнять свою молекулу под топовое решение учаснегоф (я так поднялсо в командном рейтинге в 135туре (>150) с 3-го на 2-е место (в самом конце состязания). Теперь у мене всего 1 бонусное очко, новых почему-то не дают, оно и понятно - они ж не пересчитывали рейтиги участников давненько).
ЗЫ3: шо-то вы стесняетесь, граждане, никаво нивидно smile.gif
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Sergyg
Apr 15 2009, 08:50
Пост #25


Гидробиолог
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 966
З нами з: 1-April 09
З: Dnipropetrovsk
Користувач №: 980
Стать: Чол
Парк машин:
мозок - понад GPU, CPU та GPU+CPU



Вот и начислили мне очки, с 89 сразу стало 285, интересно, будут ли засчитівать результат в уже начатой игре для участников_до_150?
Но пачиму команде ничего не начисляют - мой моск отказываетсо воспринимать такую реальность.
http://fold.it/portal/node/180495
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Sergyg
Apr 16 2009, 13:41
Пост #26


Гидробиолог
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 966
З нами з: 1-April 09
З: Dnipropetrovsk
Користувач №: 980
Стать: Чол
Парк машин:
мозок - понад GPU, CPU та GPU+CPU



продолжаю мемуары :-) /уу, бонусніх очков не добавили, а я надеялсо за "2" подровнять молеуклу и т.о. приподняццо, вырасти в своих глазах... Может, оно где и написано об этом всём. /
наконец-то создатели пересчитали командный рейтинг: прогесс на 22 места вверх.
Теперь 39-е
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Sergyg
May 7 2009, 22:15
Пост #27


Гидробиолог
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 966
З нами з: 1-April 09
З: Dnipropetrovsk
Користувач №: 980
Стать: Чол
Парк машин:
мозок - понад GPU, CPU та GPU+CPU



всё с ними понятно - они снимают очки, если пропускаешь раунд.
Вот с 36 на 38 упали, и с 25 до 22 очков - т.к. случайно пропустил 141 конкурс smile.gif
а точнее, не за пропуск участия снимают, а наверное за ненабранные очки...
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Sergyg
May 31 2009, 00:07
Пост #28


Гидробиолог
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 966
З нами з: 1-April 09
З: Dnipropetrovsk
Користувач №: 980
Стать: Чол
Парк машин:
мозок - понад GPU, CPU та GPU+CPU



щаз мы на 30 месте. ФолдИт обновился до новой версии с новой функцией Дизайн (для соответствующих проектов (не все поддерживают)). Прикольная. Так, мне удалось за 30-40 мин. с начала работы с молекулой добраться до 20 места в забеге в рейтинге. (через сутки юзеры уже сбросили на 29-е, и все равно как-то вяло сбросили, видимо, не сильно разобрались с новой функцией smile.gif )
И 152 забег также интересный - маленькая молекула, а набрать очков никак не получается - результат 9057 (что сейчас имею) набрало 6-7 человек, а предыдущуу ступеньку - 9056 - так вообще человек 12-15 (разлчия в десятых долях). Такого ещё не было. И совсем неясно, каким знанием обладают чемпиёны, т.к. лучший результат на сейчас - 9307 баллов. Т.е. чел 20 оторвалось от остальной группы, каким-то образом :-)
===================
На счет командной игры :-\
ФАКи читать нет времени, там наверняка все написано, но мне кажетсо, что - каждый участник команды может сохранить свою молекулу и передать её другому участнику группы. Т.о. другой может поморочиться и продвинуться ещё дальше и тоже выложить её. Т.о. группе легче достичь высокого результата, т.к. каждый из участников может кумулятивно (аддитивно :-) вносить индивидуальный вклад в совершенствование молекулы (и каждый себе заработает высокий балл). Возможно, после того, как поделишься результатом с другими, тебе начислят юонусные очки, позволяющие получить "мировую помощь" (у мну как растратилось с 5 очков до 1, так до сих пор 1 и есть sad.gif )
Так шо - вэлкам в игру, громадяны!
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
Sergyg
Jul 29 2009, 21:06
Пост #29


Гидробиолог
*******

Група: Trusted Members
Повідомлень: 966
З нами з: 1-April 09
З: Dnipropetrovsk
Користувач №: 980
Стать: Чол
Парк машин:
мозок - понад GPU, CPU та GPU+CPU



товарищ EKONOMIST, рад видеть уплотнение наших рядов :-)
тут какое дело - /я правда, так и не смотрел мануала по этой программе/ мне пока все ещё так кажется, что члены группы (команды Украины) могут обмениваться своими результатами для совершенствования этого самого результата.
Как только я начал этим заниматься :-) в секции Extras имел 5 очков, потом 4 израсходовал и так 1 до сих пор болтается. На что расходовал - типа "помощь клуба" и улучшается твой результат. Кажется, так (бесплатно) могут делать и участники группы (раньше проверить возможности не имел). Предлагаю попробовать. Для этого вроде нужно занести друг друга в "приятели" - buddies
-----
вот в раунде 174 у тебя замечательный результат excl.gif у мну как-то не пошло.
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post
EKONOMIST
Jul 29 2009, 22:25
Пост #30


kранчер
****

Група: Trusted Members
Повідомлень: 87
З нами з: 12-January 09
Користувач №: 902
Стать: Чол
Парк машин:
Дабл-дуб e5200 8800GTS (g80) Два дуба e4600 9600GSO (g92) Atom n450



Вот, нашел неплохую альтернативу тетрису cool2.gif В перерывах между работой самое оно да ищо с возможной пользой для дела. На счет коммандной лепки - я вроде как делал какой-то солюшн или чет такое (сохранял вобщем) Короче завтра разберемся. Ушел drinks.gif


--------------------
User is offlineProfile CardPM
Go to the top of the page
+Quote Post

4 Сторінки V < 1 2 3 4 >
Reply to this topicStart new topic
1 Користувачів переглядають дану тему (1 Гостей і 0 Прихованих Користувачів)
0 Користувачів:

 



- Lo-Fi Версія Поточний час: 20th October 2019 - 01:16

Rambler's Top100 Рейтинг@Mail.ru
Invision Power Board v1.3.3 © 1996 IPS, Inc.