Mapping Cancer Markers Налаштування

[e_alesha]

Mapping Cancer Markers (MCM, Картирование маркеров рака)



Старт проекта: 8 ноября 2013.

Организаторы проекта: Торонтский университет (University of Toronto), факультет компьютерных наук, Лаборатория доктора Игоря Юрисика (Dr. Igor Jurisica), в сотрудничестве с Princess Margaret Cancer Centre. Техническую поддержку оказывает Исследовательский центр наук о жизни IBM (IBM Life Sciences Discovery Centre) на базе объединения World Community Grid.

Официальный сайт проекта: http://www.cs.utoronto.ca/~juris/MCM.htm

Цели и задачи проекта Mapping Cancer Markers

Различные формы рака – одна из главных причин смертности в мире. Современные методы лечения обеспечивают пятилетнюю выживаемость (это считается критерием излечения) лишь менее чем половине пациентов. Некоторые формы рака (например, головного мозга или поджелудочной железы) до сих пор остаются на 100% смертельными – врачи могут только на несколько лет или месяцев продлить мучения больных. Выживаемость больных раком легких лишь в последние годы увеличилась до 16%. Общее количество больных в 31 ведущей стране мира оценивается в 19 млн. человек.

Причины возникновения рака – это не только канцерогены в окружающей среде и общеизвестные вредные привычки, но и нарушения работы генов. Многие из них и тем более процессы их взаимодействия еще не выявлены. Развитие рака является многоступенчатым процессом, который приводит к неконтролируемому росту клеток опухоли, а затем – к их распространению (метастазированию) в другие органы организма. Этот процесс сопровождается усилением активности онкогенов, новыми мутациями, прекращением, подавлением или активизацией кодируемых генами белков.

Злокачественные изменения в клетках могут быть обнаружены с помощью так называемых мАркеров – определенных участков ДНК и связанных с ними специфических белков. Комбинации этих маркеров связаны с характерными типами рака. По наличию тех или иных маркеров в организме человека можно определить его предрасположенность к определенной форме рака, развитие и протекание выявленного заболевания, а также результаты проведенной терапии, что позволяет значительно улучшить качество лечения.

Например, годы исследований рака молочной железы и простаты позволили обнаружить маркеры, которые позволяют диагностировать рак на ранних стадиях, выявлять пациентов с высоким риском заболевания, прогнозировать реакцию организма на лечение. Известны маркеры и для некоторых других видов рака, но еще больше их предстоит открыть, так как рак очень неоднороден.

Авторы проекта Mapping Cancer Markers (MCM) надеются с помощью участников World Community Grid обнаружить и картировать клинически полезные онкомаркеры, связанные с раком молочной железы, яичников, простаты, поджелудочной железы, легких и других органов. Для этого потребуется обработка проб здоровых и пораженных раком образцов тканей тысяч пациентов, а также тестирование астрономического числа комбинаций маркеров. При этом методом простого перебора комбинаций выполнить такую задачу не представляется возможным – на это не хватит никаких вычислительных ресурсов. Вместо этого исследователи применяют специальные эвристические методы уменьшения пространства поиска полезных маркеров, которые позволят произвести всеобъемлющее картирование в разумные сроки с помощью вычислительных мощностей World Community Grid.

Перечень публикаций и патентов организаторов MCM

Связанные с проектом публикации на сайте:
В проекте Mapping Cancer Markers совершенствуют методологию исследования рака

Слово организаторам МСМ:


Требования проекта к ОС и железу: Windows, Linux, Mac; ок. 400 Мб оперативной памяти и 500 Мб свободного места на диске.

Текущая версия расчетного клиента: 7.24

Скриншот графической оболочки клиента Mapping Cancer Markers


Бейджики проекта:

Це повідомлення відредагував Arbalet: Feb 13 2015, 21:04

[Arbalet]

Че за дела такие? На одной из машин упорно не хотят отправляться посчитанные задания. Клиент пишет такое:

04.01.2014 1:03:37 | World Community Grid | update requested by user
04.01.2014 1:03:40 | World Community Grid | Sending scheduler request: Requested by user.
04.01.2014 1:03:40 | World Community Grid | Reporting 7 completed tasks
04.01.2014 1:03:40 | World Community Grid | Not requesting tasks: too many uploads in progress
04.01.2014 1:03:42 | World Community Grid | Scheduler request failed: Peer certificate cannot be authenticated with given CA certificates
04.01.2014 1:03:44 | | Project communication failed: attempting access to reference site
04.01.2014 1:03:46 | | Internet access OK - project servers may be temporarily down.

[Rilian]

Arbalet, я думаю дата на компьютерах неправильная. будущее или прошлое, не помню

[Arbalet]

Arbalet, я думаю дата на компьютерах неправильная. будущее или прошлое, не помню

С датой и временем все ОК. Что еще может быть не так? Не хочется, чтобы пропали несколько суток счета...

[Rilian]

Arbalet, я думаю дата на компьютерах неправильная. будущее или прошлое, не помню

С датой и временем все ОК. Что еще может быть не так? Не хочется, чтобы пропали несколько суток счета...

Все-таки перепроверь. Что у тебя выставлено правильно время, дата, тайм зона, итд. Твой комп живет в будущем или прошлом. Это "известная проблема" в ВЦГ, и у них строгие настройки приема данных с клиентов

Также проверь что антивирусы ничему не мешают. Касперский может быть стоит ?

http://www.worldcommunitygrid.org/forums/w...eer+certificate

[Arbalet]

Короче, закончилось все тем, что тупо удалил все задания, тем более, что стали наступать дедлайны у вюшек... Пичалька!
И дело не во времени - у меня на компе все ОК и постоянно синхронизируется по сети.

[Rilian]

Arbalet, а ты почитал оф форум? антивирусы есть?

я кроме времени больше проблем с сертификатами не встречал.....

[Rilian]

Jan 10, 2014

Hello World Community Grid members,

As currently planned, over the course of the project, MCM will proceed in four phases, analyzing a different cancer dataset in each phase. The first (and current) phase is focused on lung cancer. So far, MCM work units have explored the space of lung cancer signatures that are composed of 10-20 genetic markers at a time.

We estimate about 350,000,000 work units in total for the project (counting redundancy) -- about 80,000,000 to 100,000,000 work units per cancer.

We are delighted by the incredible response to this project. Thank you all for making this project possible with your enthusiasm and your donated CPU cycles.

Christian A. Cumbaa
Research Associate
Ontario Cancer Institute / University Health Network


http://www.worldcommunitygrid.org/forums/w...ad_thread,36146

[Rilian]

Насчитал тут уже 11 процессорных лет!

[Rilian]

по этому проекту - оценено кол-во работы в 350М воркюнитов (с двойной избыточностью) -- http://www.worldcommunitygrid.org/forums/w...ad_thread,36146

на сегодня посчитано 65,916,036 результатов, то есть 18% -- http://www.worldcommunitygrid.org/stat/vie...tShortName=mcm1

в день считается скажем так 470000 результатов, итого осталось (350000000-65916036)/477000= 595 дней

[vadik_ua]

Похоже, скоро можно будет кранчить проект на GPU:

Technical updates: We have completed the initial design meetings for porting the MCM code to GPU. On the analytics side, we have been evaluating the use of IBM's InfoSphere Streams package to aid with post-processing of MCM results.

Больше разнообразной информации в отчете за май:

[vadik_ua]

"Дорожня карта" проекту від 10 липня.

[vadik_ua]

Стаття про проект в одній з найбільших канадських газет Торонто Стар.

[Arbalet]

Поделились промежуточными результатами исследований - перевел их статью с сайта WCG.
Молодцы - трудятся, совершенствуют инструментарий, ботаники 80-го левела!

[vadik_ua]

Arbalet, спасибо за перевод, а то на англицком не все было понятно

Молодцы - трудятся, совершенствуют инструментарий, ботаники 80-го левела!

Судя по скорости расчетов, к осени должны закончить

[Arbalet]

Arbalet, спасибо за перевод, а то на англицком не все было понятно

Да мне и на русском не все понятно Посмотрим, что у них в итоге получится - цели амбициозные...