Simap, создаем базу данных сходств протеинов Налаштування

[Waldhausen]

Проект "Simap"

----------------------------------------------------------------------------------------------------------

• Официальный сайт
• Официальная статистика по команде "Ukraine"
• Позиция команды в рейтинге
• Статистика на фришниках
• Статистика на фришниках по команде "Ukraine"
• Статистика polarSETI по команде "Ukraine"
• Статус серверов проекта
• Статус подсчета блоков ВЮ (work units)

ТОП-20 участников:

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Дата основания команды - 08.01.2006 Капитан - Andrey Fenchenko
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Для присоединения к команде Украины:
1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!)
2. Перейдите в "расширенный вид"
3. Выберите сервис ---> добавить проект
4. Введите адрес проекта http://boincsimap.org/boincsimap/ -- адрес недавно поменялся!
5. Введите свои регистрационные данные.
6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше.
7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты.
----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Полезная информация:
Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи:
1) пара e-mail/пароль
2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число.

Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем!
----------------------------------------------------------------------------------------------------------

О проекте:
http://boincsimap.org/boincsimap/project.php
SIMAP - база данных сходств протеинов. Она содержит почти все опубликованные протеиновые последовательности и постоянно обновляется. Протеиновые последовательности вычисляются с использованием алгоритма FASTA, который обеспечивает оптимальные скорость и чувствительность. SIMAP - единственный известный нам проект, совмещающий исчерпывающее покрытие в отношении всех известных протеинов и возможности инкрементального обновления.

Для чего используется SIMAP?
Огромное количество известных протеиновых последовательностей в публичных базах данных не позволит в ближайшем будущем экспериментально описать большинство из них. Тем не менее, протеины, полученные от общего предка, часто имеют те же функции (так называемые ортологи - orthologs). Таким образом оказывается возможным вывести функцию неохаракеризованного протеина из ортолога с известной функцией. Широко известные примеры - исследования генов и протеинов мыши. Их результаты оказались во многих случаях справедливыми и для человеческих генов и протеинов. Сходства протеинов предоставляют информацию о связях между протеинами и необходимы для предсказания ортологов. Существует множество биоинформационных методов, полагающихся на сходства протеинов. Наша база данных сходств протеинов предоставляет предварительно вычисленные данные о сходстве и представляет известное пространство протеинов. Это открывает абсолютно новые перспективы по сравнению с используемыми методами для повторного пересчёта такого рода данных. SIMAP регулярно обновляется. Матрица сходств расширяется по мере появления новых последовательностей. Использование SIMAP полностью бесплатно для образовательных целей и публичных исследований.

Зачем нам нужны распределённые вычисления для SIMAP?
Стоимость вычислений данных о сходствах протеиновых послеовательностей пропорциональна квадрату количества содержащихся последовательностей. Таким образом, вычислительные усилия для поддержания матрицы в актуальном состоянии постоянно растут. Наших внутренних ресурсов, годами выполняющих вычисления для SIMAP, больше не достаточно для отслеживания новых последовательностей. Вот почему мы реализовали SIMAP-клиента для платформы BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), основанного на алгоритме FASTA для обнаружения сходств последовательностей.

Какие организации стоят за SIMAP?
SIMAP - это совместный проект GSF Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге под Мюнхеном и Научного центра жизни и питания в Вайенстефане (Германия). Контактное лицо - Томас Раттай (Отдел геном-ориентированной биоинформатики, Технический Университет, Мюнхен).

Перевёл Вит Сердаковский
Translation by "witdba" from the Boinc-Simap forum.

График ППД команды за последние 60 дней:

(Show/Hide)

02.02.2009

CODE

Project Rank Team Today Last Update Yesterday 2 Days Ago Average Last 7 days Last 28 Days RAC Total Credit
142 Ukraine 0 0 0 0 0 0 3,385 106 279,603

2.03.2009

CODE

140    Ukraine    0    0    628    0    90    628    7,664    126    287,642

----------------------------------------------------------------------------------------------------------
Статус сервера выдачи заданий:



http://webclu.bio.wzw.tum.de/portal/web/simap/

http://www.boinc-af.org/content/view/111/219/

http://www.dp.by/wiki/Projects/Simapathome

CODE

http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Simap/en

http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/113-simap

https://distributed.ru/wiki/pro:simap

[Rilian]

Project status: running
Hosts active: 8,773
Work distributed: 69 %
Remaining: 27 days

[Rilian]

Новые задания из майской пачки закончились

Начали выдавать задания из метагеномов!

Мой БОИНК показывает что метагеномы считаются в 5 раз дольше

сейчас выдаются таски из ВЮ номер 620_000, а всего в метагеномах 1_140_000 ВЮ http://boincsimap.org/boincsimap/batchmonitor.php

Итого ориентировочно надо посчитать 520_000*2 = 1_040_000 тасков

[Rilian]

Метагеномы посчитаны на 65%! Еще на 11 дней работы!

К нам в команду присоединился крутой кранчер vvv с 600к очками !

http://stat.polarseti.ru/index.php?t=11&p=42&sort=week

[Rilian]

Осталось 240_000 новых тасков!

Посчитано 914229 из 1140958 ВЮ

http://boincsimap.org/boincsimap/batchmonitor.php

[Death]

ранше за 2 недели успевали. щас месяца не хватает.

вот закончится судоку...........

[Rilian]

ранше за 2 недели успевали. щас месяца не хватает.

нет, с этим все ок

просто в июле 2012 было выпущено 1.14М дополнительных заданий "metagenomes" которые считаются в 3 раза дольше обычного СИМАП-задания. Итого получается таких тасков 2.29М

http://boincsimap.org/boincsimap/batchmonitor.php

В Июне 2013 не было ежемесячного обновления базы, и благодаря этому, а также пентатлону в мае, удалось посчитать практически 0.5М оставшихся заданий метагеномов

Возможно в Июле 2013 выдадут двойную дозу ежемесячных заданий

[Rilian]

Осталось заданий на 24 часа!

То есть около 60_000 ВЮ, или 120_000 тасков

http://boincsimap.org/boincsimap/batchmonitor.php

[Володимир]

Теж вирішив приєднатися, поки слінка не паше.
Навантажив купу завдань на 3 компи

[re_SET]

Теж вирішив приєднатися, поки слінка не паше.
Навантажив купу завдань на 3 компи

ОООО! Чудово

[Rilian]

Осталось заданий на 10 часов!

http://boincsimap.org/boincsimap/

re_SET, за тобой не угнаться

[re_SET]

Задания разобрали. Все успели набить кеш?

[Rilian]

Я кэш не набирал - щяс подключил на все FAAH и Rosetta

[Rilian]

Work #
Tasks ready to send 0
Tasks in progress 115,646

Project status: no work
Next work expected: around Jul 1

[Rilian]

Project status:
preparing new work
Scheduled start: Mon, Jul 1 (06:00:00)

New protein sequences for SIMAP release 2013/07 simap

The workunits for the about 980.000 new protein sequences (for the July release of SIMAP) will be available from Mon, Jul 1. We estimate that the batch for July will need about three weeks of work.

Best,
Thomas

[Dromage]

Project status: running
Hosts active: 8,079
Work distributed: 10 %
Remaining: 22 days