![]() |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
![]() |
Waldhausen |
![]() ![]()
Пост
#1
|
Соромлюсь щось писати ![]() Група: New Members Повідомлень: 5 З нами з: 3-March 06 Користувач №: 188 Стать: Чол ![]() |
![]() Проект "Simap" ----------------------------------------------------------------------------------------------------------
![]() ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Дата основания команды - 08.01.2006 Капитан - Andrey Fenchenko ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Для присоединения к команде Украины: 1. Загрузите BOINC менеджер (Если его у Вас еще нет!) 2. Перейдите в "расширенный вид" 3. Выберите сервис ---> добавить проект 4. Введите адрес проекта http://boincsimap.org/boincsimap/ -- адрес недавно поменялся! 5. Введите свои регистрационные данные. 6. Найдите нашу команду. Она называется Ukraine и адрес ее статистики вы могли видеть выше. 7. Если есть доступные для загрузки задания Вы их получите и начнете расчеты. ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Полезная информация: Для идентификации пользователя в BOINC могут служить 2 вещи: 1) пара e-mail/пароль 2) межпроектный идентификационный ID (Cross-project ID) - 32значное шестнадцатиричное число. Если Вы пожелаете подключится ещё и к другому BOINC-проекту, то помните: чтобы не плодить новых аккаунтов при подключении к новому проекту или команде, нужно обязательно везде регистрироваться с одним и тем же e-mail/паролем либо CPID. если при регистрации в проекте указать другие e-mail или пароль, BOINC создаст новый аккаунт с тем же именем! ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- О проекте: http://boincsimap.org/boincsimap/project.php SIMAP - база данных сходств протеинов. Она содержит почти все опубликованные протеиновые последовательности и постоянно обновляется. Протеиновые последовательности вычисляются с использованием алгоритма FASTA, который обеспечивает оптимальные скорость и чувствительность. SIMAP - единственный известный нам проект, совмещающий исчерпывающее покрытие в отношении всех известных протеинов и возможности инкрементального обновления. Для чего используется SIMAP? Огромное количество известных протеиновых последовательностей в публичных базах данных не позволит в ближайшем будущем экспериментально описать большинство из них. Тем не менее, протеины, полученные от общего предка, часто имеют те же функции (так называемые ортологи - orthologs). Таким образом оказывается возможным вывести функцию неохаракеризованного протеина из ортолога с известной функцией. Широко известные примеры - исследования генов и протеинов мыши. Их результаты оказались во многих случаях справедливыми и для человеческих генов и протеинов. Сходства протеинов предоставляют информацию о связях между протеинами и необходимы для предсказания ортологов. Существует множество биоинформационных методов, полагающихся на сходства протеинов. Наша база данных сходств протеинов предоставляет предварительно вычисленные данные о сходстве и представляет известное пространство протеинов. Это открывает абсолютно новые перспективы по сравнению с используемыми методами для повторного пересчёта такого рода данных. SIMAP регулярно обновляется. Матрица сходств расширяется по мере появления новых последовательностей. Использование SIMAP полностью бесплатно для образовательных целей и публичных исследований. Зачем нам нужны распределённые вычисления для SIMAP? Стоимость вычислений данных о сходствах протеиновых послеовательностей пропорциональна квадрату количества содержащихся последовательностей. Таким образом, вычислительные усилия для поддержания матрицы в актуальном состоянии постоянно растут. Наших внутренних ресурсов, годами выполняющих вычисления для SIMAP, больше не достаточно для отслеживания новых последовательностей. Вот почему мы реализовали SIMAP-клиента для платформы BOINC (Berkeley Open Infrastructure for Network Computing), основанного на алгоритме FASTA для обнаружения сходств последовательностей. Какие организации стоят за SIMAP? SIMAP - это совместный проект GSF Национального исследовательского центра окружающей среды и здоровья в Нойерберге под Мюнхеном и Научного центра жизни и питания в Вайенстефане (Германия). Контактное лицо - Томас Раттай (Отдел геном-ориентированной биоинформатики, Технический Университет, Мюнхен). Перевёл Вит Сердаковский Translation by "witdba" from the Boinc-Simap forum. График ППД команды за последние 60 дней: (Show/Hide) 02.02.2009 CODE Project Rank Team Today Last Update Yesterday 2 Days Ago Average Last 7 days Last 28 Days RAC Total Credit 142 Ukraine 0 0 0 0 0 0 3,385 106 279,603 2.03.2009 CODE 140 Ukraine 0 0 628 0 90 628 7,664 126 287,642 ---------------------------------------------------------------------------------------------------------- Статус сервера выдачи заданий: ![]() http://webclu.bio.wzw.tum.de/portal/web/simap/ http://www.boinc-af.org/content/view/111/219/ http://www.dp.by/wiki/Projects/Simapathome CODE http://wiki.bc-team.org/index.php?title=Simap/en http://www.irelandboinc.com/projects/40-projects/113-simap https://distributed.ru/wiki/pro:simap |
![]() ![]() |
Death |
![]()
Пост
#16
|
![]() <script ///> ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Moderators Повідомлень: 6 371 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com ![]() |
Riliane, они обещали к 1 января подкинуть пачку, а подкинули 15 декабря. О чём и была новость у них на сайте.
Данные они действительно выкладывают по мере поступления из лабораторий. -------------------- |
Death |
![]()
Пост
#17
|
![]() <script ///> ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Moderators Повідомлень: 6 371 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com ![]() |
понеслась.
Project status Calculation of SIMAP updates is currently running. The current workunits calculate the similarities and domains of approx. 400.000 new sequences from public databases imported in december 2008. After these calculations are finished, next workunits are expected around february 1st. RESULTS Approximate # in database 163,969 unsent 6,543 in progress 116,273 Project Rank Team Today Last Update Yesterday 2 Days Ago Average Last 7 days Last 28 Days RAC Total Credit 144 Ukraine 0 0 0 0 200 1,178 17,543 666 265,182 -------------------- |
Death |
![]()
Пост
#18
|
![]() <script ///> ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Moderators Повідомлень: 6 371 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com ![]() |
Project status
The project has currently no work (see below). The similarity matrix of the SIMAP project is currently up to date. All workunits from the last calculation period are distributed, thanks to all users for chrunchig them. The calculation of new simap workunits containing the novel proteins from January 2009 (simap app) and their domains (hmmer app) will start around February 1st. 142 Ukraine 83 83 36 32 472 1,486 29,163 773 279,603 +2 места. До сотни надо будет не хуже чем в АБЦ навалиться ))) -------------------- |
Rilian |
![]()
Пост
#19
|
![]() interstellar ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Team member Повідомлень: 16 930 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера ![]() |
присоединился
пока заданий не пришло -------------------- |
Rilian |
![]()
Пост
#20
|
![]() interstellar ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Team member Повідомлень: 16 930 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера ![]() |
The calculation of new simap workunits containing the novel proteins from January 2009 (simap app) and their domains (hmmer app) will start around February 1st.
Задания будут 1го февраля -------------------- |
(_KoDAk_) |
![]()
Пост
#21
|
![]() BOINC-guru ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Trusted Members Повідомлень: 3 662 З нами з: 11-August 07 З: Kharkov Користувач №: 569 Стать: Чол Парк машин: E3-1245V2@3400-Mhz 16GB 1х GTX760DCMOC2GD5 Q8200@2300-Mhz 4GB + то там то сям ![]() |
http://www.dotsch.de/boinc/SIMAP.html
множество расчетных модулей под различные платформы http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/appdownloads.php -------------------- ![]() ![]() (Show/Hide) Спаcибо автору алфавита за любезно предоставленные буквы. |
Death |
![]()
Пост
#22
|
![]() <script ///> ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Moderators Повідомлень: 6 371 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com ![]() |
January 31, 2009
New Workunits: the calculation of similarities and features of approx. 300.000 new sequences, that were imported from protein databases into SIMAP in January, will start in the evening (UTC) of February 1st. Мы на 142-м месте ((( -------------------- |
Rilian |
![]()
Пост
#23
|
![]() interstellar ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Team member Повідомлень: 16 930 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера ![]() |
НАЛЕТАЙ!
![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() http://boinc.bio.wzw.tum.de/boincsimap/server_status.php ![]() Всего 250000 ВЮ (умножить на кворум 2 шт), каждая считается примерно 30 минут на среднем по мощности компе -------------------- |
Burzum |
![]()
Пост
#24
|
![]() D.NET'чик ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Trusted Members Повідомлень: 1 113 З нами з: 27-April 05 З: Вінниця-Kиїв-Львів Користувач №: 106 Стать: Чол Парк машин: Майже 0 ГГц ![]() |
01.02.2009 23:09:33|boincsimap|Message from server: (Project has no jobs available)
|
Rilian |
![]()
Пост
#25
|
![]() interstellar ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Team member Повідомлень: 16 930 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера ![]() |
Повысьте приоритет. ВЮ аплоадятся пачками
-------------------- |
Rilian |
![]()
Пост
#26
|
![]() interstellar ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Team member Повідомлень: 16 930 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера ![]() |
Да, 15 тыщ ВЮ расхватали за полчаса
кол-во ВЮ на сайте увеличивается, так что надо просто не отключать клиент -------------------- |
Rilian |
![]()
Пост
#27
|
![]() interstellar ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Team member Повідомлень: 16 930 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера ![]() |
После 20 минут простоя мой комп отхватил вторую ВЮ. Скоро "рынок" насытится и ВЮ будут разбираться без проблем
-------------------- |
Death |
![]()
Пост
#28
|
![]() <script ///> ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Moderators Повідомлень: 6 371 З нами з: 5-November 03 З: Kyiv Користувач №: 26 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: гидропарк jabber:deadjdona@gmail.com ![]() |
Project status
Calculation of SIMAP updates is currently running. The current workunits calculate the similarities and domains of approx. 250.000 new sequences from public databases imported in January 2009. After these calculations are finished, next workunits are expected around March 1st. RESULTS Approximate # in database 22,185 unsent 24 in progress 21,548 -------------------- |
Rilian |
![]()
Пост
#29
|
![]() interstellar ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Team member Повідомлень: 16 930 З нами з: 22-February 06 З: Торонто Користувач №: 184 Стать: НеСкажу Free-DC_CPID Парк машин: ноут и кусок сервера ![]() |
RESULTS Approximate # in database 22,185 unsent 24 in progress 21,548 угу. прикинь какая конкуренция на 24 задания среди активных за последнюю неделю 13,001 компов? ![]() пс: тока что удалось получить еще 2 ВЮ (после пары десятков безуспешных запросов) -------------------- |
Burzum |
![]()
Пост
#30
|
![]() D.NET'чик ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Група: Trusted Members Повідомлень: 1 113 З нами з: 27-April 05 З: Вінниця-Kиїв-Львів Користувач №: 106 Стать: Чол Парк машин: Майже 0 ГГц ![]() |
Невезучий я... Ніфіга нема для мене...
![]() |
![]() ![]() |
![]() |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 29th April 2024 - 03:36 |