MolDynGrid, Virtual Laboratory |
Привіт Гість ( Вхід | Реєстрація )
MolDynGrid, Virtual Laboratory |
Alien |
Jan 12 2010, 03:32
Пост
#1
|
Разработчик MolDynGrid Група: Trusted Members Повідомлень: 569 З нами з: 7-October 07 Користувач №: 594 Стать: Чол Парк машин: Q6600 2.4@3.0GHz\Asus p5kc\8Gb\8600GT\2 SATA: Sams 500Gb+ 500Gb + Seagate 400Gb |
MolDynGrid Virtual Laboratory
QUOTE Віртуальна лабораторія MolDynGrid створена у вересні 2008 р. для вирішення задач в галузях структурної біології і біоінформатики, які потребують значних витрат машинного часу та оперують великими об'ємами інформації. Мета створення ВО полягає в розробці ефективної інфраструктури для проведення in silico розрахунків молекулярної динаміки (МД) біологічних макромолекул (білків, нуклеїнових кислот та їхніх комплексів) у водно-іонному оточенні в часовому інтервалі до 100 нс. MolDynGrid є частиною проекту розвитку Грід-сегменту Національної академії наук України з обчислювальними кластерами Київського національного університету імені Тараса Шевченка, Інститутів молекулярної біології і генетики (ІМБіГ), клітинної біології і генетичної інженерії (ІКБГІ), теоретичної фізики (ІТФ) та ін. Використання ресурсів ВО MolDynGrid є вільним та безкоштовним для зареєстрованих членів за умови дотримання правил користування. http://moldyngrid.org QUOTE публикации 2010 года: (Show/Hide) публикации 2009 года: (Show/Hide) (Show/Hide) -------------------- |
Sergyg |
Jan 21 2010, 12:26
Пост
#2
|
Гидробиолог Група: Trusted Members Повідомлень: 947 З нами з: 1-April 09 З: Dnipropetrovsk Користувач №: 980 Стать: Чол Парк машин: мозок - понад GPU, CPU та GPU+CPU |
Молодцы, вы превзошли ожидания многих из нас
После ознакомления с презентацией появились такие мысли: Основная часть ваших работ велась на кластере из 32 Оптеронов. На сегодня 1шт. Intel i7 способна на многое, да и КвардКоре и Феном довольно сильны. Но, по всей видимости, ваши программы "общаются" именно с кластером, виртуально одной машинкой и перейти к схеме удаленных РВ, где нужно ещё засунуть алгоритмы в клиента, написать софт для сервера рассылки/приема заданий - большая ДОПОЛНИТЕЛЬНАЯ работа. Не говоря о том, что нужно как-то "разрезать" одну большую задачу на множество маленьких заданий. Но, с другой стороны, если вы это осилите, думаю, получите заметное ускорение своей работы. Многие пользователи могут выделить вашему клиенту более 2 Гб ОЗУ и даже более, если потребуется. (я вообще оч удивляюсь, что многие клиенты потребляют мало памяти, наверняка это из моральных соображений и в ущерб производительности). Хотя та же Rosetta@home требует много памяти на процесс и я вполне понимаю, почему так. Хотя, может уже не стоит связываться с ЦПУ, т.к. имеем ГПУ. (Ферми, очевидно, будет мощной штукой с её производительностью в вычислениях двойной точности и серьёзно переработанной архитектурой). Тем более, что Folding@home давно применяют Gromacs для ГПУ, вот только они там используют какой-то Brooks - вроде бы как давно устаревший и оттого довольно таки медленный. Но и они (почему-то?) не могут перейти на более эффективные алгоритмы (может, оттого, что трудно делать одинаковые задания для АМД и Нвидии? тогда нужно целиться на DirectCompute или OpenCl, ну или же CUDA с прицелом на Ферми. Но нужно где-то брать специалистов по этим делам или самим...) Знакомы ли вы с методологией проекта Rosetta@home+Fold-it ? (имхо, они (зачем-то?) убрали с сайта анимацию своих достижений в симуляции фолдинга и вообще мало делятся результатами, но моему имху кажется, что ихний подход эффективнее, чем у Folding@home. Правда, мне так и не удалось углубиться, в чем основные отличия, вроде, как минимум, в бОльшей детализации у Folding@home. (но так ли она нужна?) Также - я не силён в суперкомпьютерах, но сильно удивился, что в вашем тесте вышло, что кластер на основе (уже) очень слабых Ксеон2,33ГГц выдавали производительность на процессор - в 3 раза бОльшую, чем Ксеон3,2ГГц - за счет большей полосы пропускания между узлами. Просто интересно - это особенность используемых алгоритмов или общеизвестный факт, что 1Гбит сети оказывается явно недостаточно. А 3Д-очки - думаю, вы оцените их пользу. Может, даже "другими глазами" посмотрите на казалось бы знакомые модели молекул. (ну в презентации допущено 5 описок и 1 неясность на ровном месте, но это уже не имеет значения, если она была проанализирована целевой аудиторией) |
Lo-Fi Версія | Поточний час: 28th April 2024 - 23:46 |