Help Fight Childhood Cancer, проект по подбору лекарств от нейробластомы (рак) Налаштування

[Rilian]

Помоги в борьбе с детским раком / Help Fight Childhood Cancer

Как присоединиться читайте в главном топике World Community Grid

• Help Fight Childhood Cancer - статья у нас на сайте
• Статистика по команде "Ukraine"
• Топ-50 участников команды
• Общая статистика проекта
• обзор проекта на английском
• Официальный сайт Университета Чиба (новости на сайте)
• Видео, составленное командой NMG-NETWORK

World Community Grid рада объявить о запуске проекта Help Fight Childhood Cancer под руководством Института по Исследованию Рака в Чибо (Япония), а также Университета Чиба (префектура Чиба, Япония). Миссия проекта - найти лекарства которые смогут заблокировать три вида белков обычно связываемых с развитием Нейробластомы (вид рака) - одного из видов плотных опухолей которые чаще всего развиваются у детей. Нахождение лекарств, блокирующих эти белки, позволит более эффективно лечить этот вид опухоли с помощью химиотерапии. Нейробластома проявляется чаще всего в раннем детстве и обычно ведет к смерти. Если проект будет удачным, он может привести к прорыву в исследованиях этой болезни, которая до сих пор не поддавалась ученым, и это позволит намного увеличить шансы на лечение нейробластомы.

В новой фазе проекта, запущеной в Августе 2010, исследуется 3 дополнительных цели
После этого ввиду успешност экспериментов добавлено еще 3 цели. Итого на апрель 2012 года рассчитано 8 целей, и еще 1 на очереди

Help Fight Childhood Cancer это двенадцатый проект в рамках World Community Grid и один из 7 (на момент запуска) которые сейчас активны. Для более детальной информации по остальным проектам, заходите на форум World Community Grid.

Часто задаваемые вопросы по проекту:

Что такое нейробластома?
Нейробластома - один из видов злокачественных опухолей и встречается обычно у младенцев и детей и очень редко у детей старше 10 лет. Клетки этой опухоли напоминают нервные клетки на ранних этапах их развития у плода. Одна треть нейробластом развивается в надпочечниках, другая треть - в брюшной полости по ходу нервных стволов вдоль позвоночника и остальные - в грудной полости и на шее. Некоторые нейробластомы возникают из спинного мозга. Иногда в связи с широким распространением опухоли на момент диагностики трудно установить точно место, откуда возникла опухоль. Не все опухоли нервной системы относятся к злокачественным. Нейробластома составляет 6-10% из всех детских раковых заболеваний и 15% от всех летальных исходов вызванных раком.

Что вызывает нейробластому?
Вероятность возникновения нейробластомы по всему миру почти одинаковая. Это дает возможность предположить, что факторы окружающей среды, например, ее загрязнение, не являются причиной развития этой опухоли. Многие исследователи полагают, что нейробластома возникает в том случае, когда нормальные эмбриональные нейробласты не созревают в нервные клетки или клетки коры надпочечников. Вместо этого, они продолжают расти и делиться. Большинство нейробластом не являются следствием наследуемых мутаций ДНК. Они вызваны мутациями, приобретенными в ранний период жизни ребенка. Эти мутации присутствуют в опухолевых клетках родителя ребенка и не передаются детям. Причины, вызывающие изменения ДНК, приводящие к возникновению нейробластом, не известны.

Какие потенциальные преимущества проекта Help Fight Childhood Cancer?
Институт по Исследованию Рака в Чибо, а также Университет Чиба (Япония) используют компьютерные ресурсы WCG для определения новых лекарственных кандидатов которые имеют нужную форму и химические характеристики для блокирования трех протеинов: TrkB, ALK и SCxx, которые часто встречаются, или ненормально мутируют, в агрессивно развивающихся нейробластомах. Блокирование этих протеинов, как считают ученые, позволит значительно повысить шансы на излечение с помощью химиотерапии.

Что именно считают рассчетные ядра проекта Help Fight Childhood Cancer?
Исследователи приготовили базу из 3 миллионов соединений - или потенциальных кандидатов для лекарства - и используют мощности добровольцев в WCG для симуляции лабораторных экспериментов, чтобы протестировать какие из этих соединений блокируют протеины TrkB, ALK и SCxx. Лучшие из моелкул будут выбраны и протестированы в лаборатории для подавления нейробластомы.

Какие преимущества получает проект от использования World Community Grid?
На своих мощностях исследователям для этого проекта понадобилось бы 8000 лет компьютерных рассчетов. С помощью мощностей участников WCG рассчеты могут быть проведены примерно за 2 года!

Что изображено на скринсейвере?
Программа симулирует лабораторное исследование, и проверяет, может ли данный лекарственный кандидат потенциально блокировать протеин, связанный с образованием рака. Форма в центре круга детей представляет собой белковую молекулу, которая является целью эксперимента в данном рабочем юните - белок TrkB, ALK, или SCxx. Когда рассчитывается возможная позиция (докинг двух молекул) лекарственного кандидата и одного из 3 белков, это место обозначается цветным шариком.

Скриншот графического клиента

Откуда взялись рисунки на сайте Help Fight Childhood Cancer project и в графическом клиенте?
Они были пожертвованы Ассоциацией Детского Рака Японии (Children's Cancer Association of Japan) - это единственная благотворительная организация в Японии которая поддерживает детей больных раком и их семьи. Организация была основана в 1968 году родителями которые потеряли своих детей, больных раком. Рисунки нарисованы детьми:

* "Лев"

* "Розовые семена"

* "Упражнения по радио"


График производительности проекта:


Це повідомлення відредагував Rilian: Apr 16 2012, 21:20

[Rilian]

в проекте в среднем 12 очков в час на средних процессорах (2ггц)

стат на сайте обновляется раз в 12 часов, и твои новые компы, которые еще не посчитали 15 результатов, могут перепроверяться другими "правильными" компами, и в это время ВЮ зависает в ожидании валидации. Через некоторое время ВЮ валидируются и очки будут начислены.

[Rilian]

Посчитал 1000 ворк-юнитов за 231 процессорный день

[r140140]

а у меня че-то в проге - "error", "нет заданий для обработки"????
че за фигня??? сколько дней нормально считало и тут на те... сегодн во второй половине дня случилось...

[Rilian]

что-то с компом делалось?

какая ось? какой боинк?

[r140140]

да нет... к компу вообще не подходил... когда вечером сел за комп, удивился еще че проц не грузится и оперативы мало хавается... а тут такая фигня... а может это из-за того что на диске "с" было всего пол гига свободного места, но я уже освободил местяк (ща полтора) и перезагрузился после этого...

и еще, когда я заметил глюк (error) в сообщениях проги были сообщения выделение красным, и насколько я понял там указывалось свободное пространство на жестком, и наверное его было маловато...

все ужО заработало!!!!!!!!!!!!!!!!!!! все пучком!!!!!!!!!!

[Rilian]

а, ну это поправимо . Не переживай за ерроры - эти заданий пересчитаются на других компах.

Разреши в настройках больше места

[r140140]

да, в настройках стоит "оставлять не менее 0,5 гига" у меня как раз столько и было свободного места, и ошибка выскочила из-за этого...

[nick4eva]

Заработал себе серебряный бейджик

[Death]

Вобщем цель педали достигнута.
Мы молодцы!

[Rilian]

Да, команда рулит!!

[Rilian]

Я тут подумал, а что если вот этот проект будет успешным , и с помощью подобранных лекарств можно будет победить данный вид рака (а возможно и еще какието сопутствующие виды). Вылеченные дети приобретут к нему иммунитет, который передастся их детям итд, и через несколько поколений человечество будет защищено от этой болезни? Было бы круто

[Death]

было бы круто но это бред ))))

[YuRi]

Death,
По сути - согласен. Скорее рак приобретет иммунитет от лекарства и передаст его по наследству. ))
По форме - можно немного повежливей?

[cosmo_vk]

а точно надо посчитать 9 лимонов заданий, а то судя по этому:
http://www.m.chiba-u.ac.jp/class/bioinfor/...fcc_e/news.html
их поболе с учетом процентов, что сейчас готово

[Rilian]

всего есть 9 миллионов пар которые надо посчитать.

но в каждой паре может быть много разных начальных условий, позиций итд

судя по тому что на оф сайте прогресс 4% и посчитано 3,000,000 ВЮ, всего будет около 75,000,000 ВЮ